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自组织是系统行为动力的核心之一，那么，系统内部自组织机制是如何运作的？
自组织系统内部的自组织机制因不同系统、不同要素而有所差别。自组织结构是自组织机制的基础。在自组织结构的基础上，产生自组织行为，发生自组织过程，表现为自组织功能。对这个问题的研究和思考，要落实到自组织结构和自组织行为上去，具体而言，组织的要素是什么？组织的结构是什么？组织的行为是什么？
一个系统，内部存在多个要素，这些要素或多或少是不一样的，也就是说，系统内部是不平衡的。随着系统演化和时间推移，系统内部的不平衡不断发展，物竞天择，适者生存，系统就会形成内部的等级和支配关系。有些要素处于主导地位，将成为系统的控制部分。有些要素处于被支配地位，将成为系统的被控制部分。控制部分和被控制部分，通过信息反馈
行为，实现系统的稳定性和进化发展。这样的一个系统，可以称之为信息反馈控制系统。它是系统发展的高级形式，是一个典型的自组织系统。信息反馈控制就是自组织的核心机制和高级发展阶段。例如：高级动物的体温控制、瞳孔反射、皮肤变色，都是信息反馈控制。
一般来说，信息反馈控制结构包括：控制器、受控对象、反馈通路三个核心部分。控制器是系统的控制中心，对接收的信息进行整合分析，并且做出反应，输出信息。受控对象是系统的被控制部分，将自身的状态信息发送给控制器，并且接收控制器的信息调控，改变自身状态。反馈通路是控制器和受控对象之间信息传输的通道，一般包括输入通道和输出通道两个部分。
人体就是一个典型的信息控制反馈系统，拥有信息反馈控制结构。这个结构主要是反射弧
，实现神经调节功能。反射弧是执行反射的全部神经结构，一般包括感受器、传入神经纤维、中枢、传出神经纤维和效应器五部分。反射过程如下：一定的刺激被一定的感受器所感受，感受器发生了兴奋；兴奋以神经冲动方式经过传入神经传向中枢；通过中枢的分析与综合活动，中枢产生兴奋；中枢的兴奋又经一定的传出神经到达效应器，使其根据神经中枢传来的兴奋对外界刺激做出相应活动。
反馈包括正反馈和负反馈两个方面。如果控制器为被控对象设定一个相对恒定的指标范围，被控对象高于这个指标范围控制器则发出下调指令，低于这个指标范围控制器则发出上调指令，被控对象的指标变化方向与控制器指令调整方向相反，使被控对象保持在一个相对恒定的范围内，这就是一个负反馈。正反馈则相反。被控对象指标增加，控制器接收到被控对象的指标增加信息后，发出指令使被控对象指标继续增加，反之亦然（减少的情况下），使得被控对象持续变化，远离初始状态，乃至发生突变、质变，这就是一个正反馈。
信息反馈控制系统通过负反馈实现自身系统的稳定性，负反馈在稳定内部环境的同时，又为正反馈过程提供了良好的条件，系统通过正反馈实现系统功能与系统的不断更新优化。以人体为例，人体通过负反馈机制，使得体温、血压、血糖维持在一个相对恒定的范围内，使得人体状态相对稳定，形成内稳态和健康态。人体的排尿反射、射精过程、凝血过程、细胞动作电位等都是正反馈过程。
系统具有一定的稳定性，包括稳定的结构、功能、状态、行为等。同时系统也不断发展变化、优化、进化。无论是系统的稳定性还是系统的发展进化性，都与系统自组织密切相关。从反馈角度看，系统的稳定性与负反馈相联系，负反馈致力于使得系统通过自我调节而保持自我稳定。一个组织系统之所以能在受到干扰后能够迅速排除偏差，恢复到正常稳定状态，其关键在于负反馈机制。而不稳定则与正反馈相联系，正反馈作为系统的不稳定性因素致力于打破系统现存状态，促使系统偏离原来的发展轨迹进化发展。实际上是正负反馈共存于系统之中。没有仅仅存在负反馈的系统，也没有仅仅存在正反馈的系统。如果系统之中仅仅存在负反馈，仅仅强调系统稳定，任何系统偏离都不容许，这样的系统就无法发展。相反，如果系统中仅仅存在正反馈，无异于说系统根本就没有稳定性可言，系统的任何稳定倾向都会遭到破坏，只会处于变动不定之中，这样的系统同样也是不可能有真正的发展。在系统中正负反馈同时存在，依据不同条件而表现出不同主导地位，既能维持系统的相对稳定性，又使得系统能够不断优化、发展与进化。这启示我们，人体健康的维护，也需要正负反馈的作用，负反馈维持健康状态，正反馈推进从疾病到健康的转化或从低层次健康状态向高层次转化。人体反馈机制，是健康研究的重要课题，这也正是后面人体系统优化和心身整合所研究的重点内容。