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尼古拉·培根的第一任妻子，共生了6个孩子。他聘请了著名教育家库克爵士很有学问的女儿安妮到家里，帮助病中的妻子珍妮打理家务，照顾几个孩子。
安妮的父亲库克爵士，曾是伊丽莎白的哥哥爱德华王子的家庭教师，他以学问渊博著称。
安妮姐妹3个，她的一位姐姐嫁给了财政大臣兼国务秘书威廉·塞西尔·博莱伯爵。塞西尔也是伊丽莎白女王非常倚重的大臣之一。塞西尔的儿子罗伯特·塞西尔，在父亲去世后，继承了他的职位和权力。
在小爱德华王子上课时，伊丽莎白公主和小安妮也常常陪着一起听课。安妮身上充满着一种活力，她既活泼，又很自信。安妮从小就得到父母的宠爱，接受了良好的家庭教育。
她对自己在尼古拉·培根家的这份工作非常喜欢，一天到晚十分忙碌。珍妮·培根没有多久就过世了，留下安妮一个人打理培根一家的事务。后来，尼古拉爵士了解到安妮对自己非常有好感，于是就向安妮求婚了。
安妮当时很年轻，但是她还是非常乐意担当培根家庭的女主人。安妮在嫁给尼古拉·培根之后，相夫教子，是当时伦敦上层社会出了名的贤惠妻子。安妮不仅要带好尼古拉前妻生的6个孩子，还要带自己生的两个孩子，经常累得疲惫不堪，但是她心里却很高兴。
由于尼古拉家庭良好的传统和安妮自幼接受的文化教养，两个人很是恩爱。尼古拉身体欠佳，有一次患病长期卧床不起，但在安妮的精心护理下，很快就恢复了健康。
尼古拉怀着感激的心情，给爱妻写了一首长诗：
最亲爱的妻子，我心中想起，
你怎样在多次忧患里，
用明智的言辞，愉快的风度，
使我那沮丧的面容变得欢悦。
还记得，你曾用多大的巧思，
为我读那悦人的名著，
就此缩短了那时间的空闲。
我每天都亲眼看到，
在我长期的重病中，
你如何照料我的身心，
费尽心血使我恢复健康；
我必须凭良心说，
你的确尽到了贤妻的责任。
从尼古拉写的这首抒情长诗里，可以看出他们夫妻间的深厚感情和家庭的文化氛围。尼古拉平时爱读文学名著，在闲暇的时候，夫妻俩还常常讨论一些文化艺术方面的问题。
在培根家高兰伯里别墅的餐厅里，壁炉的上方挂着一幅油画，画的是谷类女神席利斯教导人类播种五谷的情景。
油画旁的题词是“教育造成进步”。从这幅画和题词中，就可以看出尼古拉夫妇在教育孩子方面是多么的重视，就连房间布置都动了一番心思。
极富好奇心的小培根在吃饭时，常常盯着这幅画出神。
有一次，培根看着餐桌上丰盛的食物，就问妈妈：“席利斯女神在没有教人学会种植五谷之前，人们都吃什么呢？”
妈妈说：“只能吃野生的果子。”
“噢！原来是这样。”在得到妈妈的解答后，培根才拿起刀叉开始吃饭。
借吃饭的机会，母亲向培根讲述了这幅油画的深刻含义。待培根年龄稍大一点儿时，妈妈指着这幅画又进一步告诉他：“学会种植五谷，是人类发展史上的一次伟大发明。这个发明使人类物质生活发生了第一次飞跃。”
在父亲的影响下，弗朗西斯·培根在有生之年始终热情地倡导科学，认为发明创造给人类带来了巨大的利益。
在培根的著作《新工具》中，有几行这样的诗句：
伟大的雅典在久远以前，
对弱的人类首先给予了种子，
从这些种子才出生了摇曳的谷物，
于是就重新创造了我们这地上的生活。
这几句诗表述了农耕的发明，对于人类物质文明具有第一次革命的意义。
据说，尼古拉·培根在宗教改革之后，曾被英王亨利八世委派起草一个有关教育改革的计划，目的是培养非僧侣出身的各种新类型人才。这个计划后来虽然被亨利八世搁置了，但在伊丽莎白女王时代，却由汉菲利在1570年作为伦敦大学的计划实现了。
在尼古拉·培根起草的这个计划里，既有帮助学生了解旧世界的拉丁语、希腊语、希伯来语的学习，也有帮助学生了解新世界的西班牙语、法语、意大利语的学习；而且更为突出的，也是最富革新精神的是有关实践技术训练的学习，比如适于在新时代从事航海业的人员的训练等。
尼古拉·培根的这些革新的、重视实践技术的思想，对小儿子弗朗西斯·培根产生了巨大影响！此时，在培根幼小的心灵里深深地埋下了热爱科学的种子，他开始思考科学运用于实践，定会给人类带来多么意想不到的巨大好处。
有一天，到吃午饭的时间了，但是谁也找不到小培根，急得安妮说：“别是他跑到街上玩迷了路，或者被人拐骗走了吧？”
爸爸尼古拉说：“不会吧！大家再仔细找一找。这孩子经常到家里的藏书室去翻书，我到藏书室去看看。”
尼古拉走到藏书室里一看，只见小培根正坐在他的椅子上，全神贯注地翻阅桌上摊开的一大堆图书，就连爸爸走到跟前也没有发觉。
是什么书这样吸引小培根的眼睛呢？若不是亲眼看见，尼古拉怎么都不会相信：这都是一些同龄的孩子们读不懂或不喜欢读的图书，都是有关科学发明如何引起技术进步，导致人类生活改善的图书，什么采矿、冶金、制糖、酿酒、纺织、造纸、玻璃、制碱等，无所不有。
当尼古拉走近桌边时，培根正在看一本《新世界的几十年》。这本书囊括了当时关于地雷、炸弹、硝石和火药的丰富知识。
尼古拉没有想到十来岁的孩子竟对科学技术、新的工业成就如此感兴趣。于是尼古拉低头问儿子培根：“孩子，书上讲的这些道理你都懂吗？”
培根抬起头，对爸爸说：“书中的道理我不懂，但书上的故事我读得懂，很吸引人。”
尼古拉高兴地抱住可爱的小儿子，培根又问爸爸：“书上的故事是不是用来说明那些道理的？”
尼古拉亲了亲培根的小脸蛋，说道：“我的乖儿子，你真聪明。”
在那个时代，父母和教育家们普遍认为，知识靠填充，甚至靠鞭子抽打，才能装入孩子的头脑之中。当然，尼古拉夫妇对培根这样聪慧的孩子，就用不着鞭子了，但他们对儿子的期望值很高，不会让他把光阴浪费在玩耍上。
培根的同胞哥哥安东尼·培根比他大两岁。兄弟俩都聪明好学，而培根尤为聪慧过人，深得父母的喜爱。
弗朗西斯·培根的母亲安妮，是一个博学多才的女性，她精通希腊文、拉丁文，是一位语言学家和神学家，但她并不想用希腊文与主教们交往。安妮也是加尔文教派的教徒，热心于宗教改革事业，她和加尔文主义者有着密切的关系。
宗教改革家西奥多·贝赞是日内瓦科学院的教授，也是加尔文出版物的助手。在加尔文去世后，西奥多·贝赞成为加尔文的传记作家和遗产管理人，他曾写了一本《冥想录》题献给安妮。
安妮还翻译出版了意大利宗教改革家奥奇诺的《讲道集》。奥奇诺是为躲避宗教裁判所的迫害，逃到瑞士后，与加尔文在一起的。后来，奥奇诺又来到了英国，成为由爱德华六世给予生活津贴的坎特伯雷的牧师。
安妮还把改革家玖惠尔主教用拉丁文撰写的《英国教会的申诉》翻译成英文出版。这是一本著名的为英国教会辩护的著作，被认为是“英国教会反对罗马教会的一个有条不紊的声明”。
安妮的才学和她的信仰、气质，在她翻译出版的著作中充分体现了出来。作家安德逊曾对安妮做出这样的评论：
她在神学上是一个加尔文主义者，在信仰上是个清教徒，在气质上是个“狂热者”，在学问上是接受各种学派的哲学、神学学说的思想家……是当代政治斗争的较为公正的观察员。
安妮对儿子弗朗西斯·培根的教育、宗教信仰等方面，有着诸多的影响。她亲自对培根进行教育，为教养儿子耗费了很多心血。
培根的姨父是威廉·塞西尔·博莱伯爵。博莱是英国著名的贵族，其家族与皇室的密切联系始于亨利七世时。
博莱曾在剑桥大学和葛莱公会学习，在爱德华六世、玛丽王朝都曾做过高官。
伊丽莎白继承王位后，博莱是伊丽莎白枢密院里权力最大的成员，是女王的财政大臣、国务秘书、首席部长，对女王及整个王朝都有着重大影响。人们本以为权倾朝野的博莱会提拔亲戚培根，却没料到他反而成了培根在仕途上的巨大阻力。
博莱和他的儿子罗伯特·塞西尔，即后来的萨里斯·博莱伯爵，对培根的一生都有较大的影响。培根生长于这样一个显赫的家族，对他来说，在生活、学习、成长等诸多方面，都具有极好的条件。