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牛顿10岁的时候，他的继父去世，母亲汉娜回到了伍尔索普生活。牛顿重获母爱，随后的一个时期也许应是一段快乐的插曲。不过快乐中也有许多苦，因为分享母亲关爱的还有一个同母异父的弟弟和两个妹妹，其中一个妹妹还不到一岁，另一个刚刚两岁，他们也许是母亲关注的中心。
1655年，12岁的牛顿该上中学了，这一年，他被送到格兰瑟姆镇中学去读书。牛顿来到格兰瑟姆镇，除了金格斯中学外，还要去的地方便是镇上的药剂师克拉克家。克拉克夫人自幼便与牛顿的母亲汉娜是好朋友，由于牛顿在镇上也没有别的亲戚，因而牛顿在金格斯中学读书的日子，便要寄宿在克拉克家。
牛顿对克拉克夫妇感到生疏，因为他们从未见过面。已感到对陌生的金格斯中学有些不适应的牛顿，一想到又要和这陌生的一家人见面，并且还要长久地住下去，不免有些忐忑不安。
克拉克的家在镇中心，阁楼的样式与自家的相差不多，这种相像使牛顿产生了好感。与克拉克夫妇的见面也同样令他感到惬意，因为夫妇二人都是那么和蔼可亲，毫无陌生感，就好像在哪见过一样。克拉克夫妇特意为牛顿准备了一间阁楼，好让他能够比较舒适地生活和学习。
牛顿是个内向沉默且拒绝陌生人的人，但在克拉克家却不一样。他好像很快习惯并喜欢上了这里的生活，并没有初来时想象的孤独感。自幼失去了父爱、母爱的牛顿感到了家的温暖。另外，克拉克家与众不同的家庭氛围也吸引了牛顿。
克拉克先生是镇上有名的药剂师，在当时的英国，有些药品需要药剂师自己配制，因而，克拉克先生便有自己的药品配置室。克拉克先生的药品配置室可称之为今天的实验室。
在克拉克的实验室中，各种配药仪器布满了整个房间，有坩埚、天平及各种玻璃实验制品，这些都深深地吸引了牛顿。他以前用锯子、斧头模仿着看过的东西，做过小水车之类的东西，但从没接触过这类东西。
每当克拉克先生走入他的实验室时，都令牛顿产生一种莫名的冲动，他要看看这些东西到底是怎么用的。克拉克先生每次配置药品时，神色都是那么严峻，显得是那么小心谨慎。
克拉克先生用小天平称来称去，各种药剂有白的、红的、黄的，接着他又把各种器皿连接起来，然后又用火加热、用水冷却，在器皿中的药剂一会儿变成了其他颜色，一会儿又由气体变成了液体。在旁边观看的牛顿被他的实验深深吸引了。
牛顿想，这些东西太神奇了，为什么要对它加热？为什么要把那两种东西放在一起？为什么它会变色？这些对于他来说，真是变化无穷，充满着无尽的魅力。对克拉克先生实验室的关注完全出自牛顿的内心，对这些陌生的东西他自己都不知道为什么会这么热爱。他很羡慕和敬佩克拉克先生的博学，同时想象着有一天自己也什么都能知道。
克拉克先生也看出了这个孩子与众不同，便耐心地引导他，希望这个对知识有着无尽欲望的孩子能有更大、更快的进步。
他告诉牛顿，在进行实验前你一定要掌握必要的基础知识，因为只有在一定理论的指导下，才能通过实验验证自己想法的正确性，因而，掌握知识是很有必要的。牛顿把这些话深深地记在了心里。
格兰瑟姆中学的校长斯托克是牛顿在伍尔索普就读学校的经办人，他是一位很有名望的教育家，对牛顿也特别看重。另外数学老师是克拉克孪生的弟弟，他们为人都很友好。
这种宽松的学习环境，对牛顿来说是很理想的。他在这里主要是学习拉丁文文法，此外学习数学和神学，数学则以几何为主。
这时的牛顿仍然不爱讲话，爱沉思默想。他既不接近老师，也不大和同学亲近，仅仅和克拉克夫人与前夫所生的女儿安娜·斯托瑞比较亲近。
牛顿一看到这个端庄文静的女孩子就不由自主地喜欢上了她，不爱说话的牛顿在她面前却总有很多话题。
斯托瑞和牛顿年龄相仿，两个人谈得很投机。牛顿为了讨她的欢心，常常给她做玩具或者修理家具什么的，表现出他的心灵手巧和别出心裁。
斯托瑞看在眼里记在心上，有时也会流露出来。随着时间的推移，在这对少男少女的心中不由得萌发出一种情不自禁的、朦朦胧胧的，然而却震动两个人心灵的感情，像一股不含一点杂质的清泉流淌在彼此心里。当斯托瑞不在身边时，牛顿有时会诗兴大发，随口吟出几句。