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1868年3月26日，日本大阪湾内靠近天保山一带的海面上樯桅林立，煤烟蔽日，效忠天皇的日本各藩共调集了“电流丸”（肥前藩）、“万里丸”（肥后藩）、“千岁丸”（久留米藩）、“三邦丸”（萨摩藩）、“华阳丸”（长州藩）、“万年丸”（芸州藩）6艘蒸汽动力军舰（另有1艘法国军舰参加），在此接受新君明治天皇睦仁的检阅，誓师讨伐幕府残余势力，是为日本近代历史上著名的天保山冲观舰式。
当时日本明治中央政府还没有一艘直接隶属于自己的蒸汽动力军舰，但是对建设西式海军已经充满了热情和渴望，早在这一年的1月17日，明治政府在中央设立海陆军务课，由海陆军务总督管辖，这标志着日本在国家建制中正式列入海军这一新鲜事物，这一年也就被视为日本帝国海军的创始之年。
和近代中国在遭受了西方列强欺凌之后，面临巨大的海防压力才开始尝试建设海军的情况相同，近代日本海军的开端也在西力东渐时代。19世纪到来时，日本原本处在挟天子以令诸侯的德川幕府政权的统治下，实行保守的锁国政策。1854年发生了美国海军舰队叩关的“黑船事件”，幕府政权被迫对外开放通商口岸，实行开国。在此之后，与德川幕府交往较深的欧洲国家荷兰为了笼络日本，于1855年将1艘排水量400吨的蒸汽明轮炮舰“森宾”号（
Soembing
）赠送给德川幕府，这艘船随后被更名为“观光丸”，是日本拥有的第一艘近代化军舰。
日本美术作品《天保山冲观舰式》
从19世纪50年代后期开始，日本国内中央和地方同步开始了建设近代化海军的努力，一时群雄竞起。德川幕府中央一面向荷兰、法国等欧洲国家购买西式蒸汽动力军舰，一面在国内多地依靠西方力量建设海军教育机构和造船机构，陆续建设了长崎海军传习所、兵库海军操练所、横须贺制铁所等，培育出日本第一批职业化的近代海军军人，旨在建立一支由幕府领导的中央海军。与此同时，对德川幕府心怀不满的萨摩、佐贺、长州、土佐等西南强藩也意识到西式军舰、海军的价值，野心勃勃地着手建立各自的海军力量。1867年日本国政发生巨变，孝明天皇去世，新即位的明治天皇在萨摩、长州等强藩的支持下，宣布废除绵延二百余年的德川幕府政权，将国家大权收回天皇之手，日本进入了生机勃勃的明治维新时代，日本海军也从幕府海军时代迈入帝国海军时代。
不甘退场的德川幕府势力发动叛乱，和新生的明治政府大打出手，爆发戊辰战争。1868年明治政府征调萨摩、长州等藩的军舰，参加对幕府势力的征讨，这支直接听命于天皇的海军力量就是日本帝国海军的雏形。
内战中，明治政府和幕府运用近代化军舰进行了宫古湾海战、函馆海战等激烈的战斗，使得日本早早就有了使用蒸汽军舰进行海战的经验。幕府势力在1869年被荡平，随后明治政府收缴各藩军舰，继续致力于建立统一的中央政府海军，1870年于兵部省内设海军挂主管海军事务，1872年改革军制，将兵部省拆分为陆军省和海军省，奠定了以海军省作为日本海军最高主管机构的格局。
日本美术作品《函馆之战》，画面右上角可以看到正在交战的蒸汽动力军舰
从创建开始，日本海军就和清王朝的海军存在着诸多本质区别。
清王朝虽然在中央先后由总理各国事务衙门、总理海军事务衙门负责管理全国海军建设，但是中央的海军事务管理部门，更多只是主管海军建设经费的申请和政策协调而已，而中国的几支近代化舰队，无论是管理权还是指挥权，都下放到地方大臣手中，多由地方财力支撑、维系，建设发展上缺乏协调配合，属于一盘散沙式的建设模式。另外，虽然日本经历了从幕府海军到帝国海军的重大的变革，但是在人员、制度、战略等方面，日本海军走的始终是一条在旧有的基础上进行改造、提高的持续发展道路。反观清王朝，海军建设始终没有一个确定不变的方略和模式，遇到新思路、新模式或是新的政治环境，就对旧有模式进行彻底的、革命式的全盘否定，一切都要推倒重来。虽然中日两国近代化海军建设起步时间相近，但是日本海军拥有较长的一脉相承的发展期，而中国海军则在破立之间浪费了大量的金钱、时间和国力资源，有效的建设、发展时间远远不如日本海军长。
此外，在国家认识和制度建设方面，日本帝国海军也和中国近代海军有着根本的不同。
作为当时中国唯一一支国家海军部队，北洋海军虽然名为海军，本质上不过是一支近代化的舰队，北洋海军仅能管辖直属的舰船部队，与海军息息相关的教育机构、基地、军工厂等都不归其统辖。在北洋海军之上，这支海军的统辖大员也只不过是地方的总督而已。
日本的情况与之迥异，无论是海军建设还是海军运用，日本都学习英国模式，海军完全由中央政府掌握，最高管理机构——海军省直接列在政府内阁中，与外务省、陆军省等内阁各部平级，可以直接在中央为海军建设争取政策，影响国家的海洋战略。与海军相关的军港、学校、工厂等机构，均统一纳入海军省的管理体系内。日本建立的海军是真正意义上的一个军种，而北洋海军的性质仅相当于日本海军的一支舰队。
在完备的建军理念的牵引下，日本海军先是开设军官学校、收缴各藩军舰，快速具备了基础规模，进而不断改革、厘定官制和军制，并且积极订造新舰。经过数十年的摸索、发展，至甲午战争爆发前夕，日本海军成了一支体系、制度健全，舰船装备实力位居亚洲首位的强大海上力量。