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经过长时间的发展，Python目前主要流行两个不同的版本：Python 2.X和Python 3.X。与其他语言不同，这两个版本之间无法实现兼容，所以初学者经常面临选择哪个版本的问题。Python 2于2000年发布，Python 2.X可以实现完整的垃圾回收，并支持Unicode。Python 3于2008年发布，基于性能优化等相关问题的考虑，决定不向下兼容。例如，Python 3.X不支持print，而需要使用print()函数。
虽然两个版本的Python都在更新，但Python 2.X版本更加成熟，又由于Python语言的胶水特性，Python的大部分第三方库只支持Python 2.X，并且用早期Python版本设计的程序都不能在Python 3.X上正常运行。对于初学者，建议先学习Python 2.X。
现在，有很多库已经移植到Python 3.X上了，但还有大部分的库没有移植，并且也不容易移植。为此，官方提供了一个将Python 2.X代码转换为Python 3.X代码的小工具，即一个名为2 to 3的转换工具（Python自带的实用脚本），它可以把Python 2.X代码无缝迁移到Python 3.X中。
尽管Python 3.X是最新的版本，但由于一些第三方库在新版本上无法运行，Python 2.X仍然是科学领域使用最多的版本。然而，在学习Python的时候，建议使用Python 3.4或更高版本，毕竟Python 3.X才是Python的现在和未来。Python 3.X将是Python基金会进一步开发和改进的唯一版本，也将是许多操作系统上的默认版本。