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福柯一生著作颇丰，其研究的问题遍及现代社会的权力、知识、真理、主体、历史和形式等各领域，因而，我们先要理清和澄清福柯一生的众多研究主题和研究对象，进而阐发对他的理解，定位对他进行研究的主要层面、对象和方法。福柯曾说：“我研究的总的主题，不是权力，而是主体。”
在这个意义上，福柯研究最为人知的主题——“权力”问题得到澄清，福柯从不承认自己是权力学家，就像他从不承认自己是结构主义者一样。首先，构成福柯主要研究对象之一的“权力”并不是以我们意识中的政治等级权力出现的，被福柯改写和重新定义的微观“权力”描述了我们每个人日常生活中身处各种社会机制所构成的关系网络，我们在这个关系网中被生产和锻造成某种主体。其次，这种“权力”不再引起一种势能关系，而是一个像经济关系、表意关系等一样的人类领域之一，这个领域构成福柯哲学分析的一个重要空间。最后，在福柯开辟的这个独特的权力分析空间中，关系才是他分析的重点。所以福柯才这样表述自己在权力问题上的研究实体：“我很少使用
权力
这个词，偶尔使用的时候，仅仅把它当做我通常使用的
权力关系
这个词的简略表述方式。……在人类关系之中，不管是涉及语言交流……还是恋爱、制度或者经济上的关系，权力始终存在：我指的是一种关系，在这种关系中，人们努力去控制他人的行为。因此，我谈论的是不同层面、不同形式的关系；这些权力关系是动态的，我们可以对它们做出更改。”
福柯研究的关系不是像我们常见的同与异的关系研究，而是在不同层面，涉及不同形式的，实际存在的机制中各种异质因素互动关系的研究，由于它们涉及有意或者无意地控制他人的身心，所以它们是一个权力关系的领域，而福柯要研究这些不同层面、不同形式的动态权力关系的活动方式以试图更改这些复杂关系将指向的方向，实现一种可能的自由。
同时，纠缠福柯很深的另一个关键词是“知识”。根据他对自己哲学研究主题的“主体”定位，我们知道福柯思考的总主题也不是“知识”，然而在与真理和权力关系的分析中，福柯借着话语理论将“知识”的自明性、客观性和真理性都推翻了，而把“知识”还原为一个与主体、真理、权力等不断相互作用的动态领域，而知识自身也是加入这些游戏中的一个因子。尤其是对权力与知识的关系，福柯继尼采之后，继语言学转向将知识和真理看作语言游戏之后，他用权力关系的领域，重新让我们看清知识难以豁免意识形态和历史机制的事实，看清知识与权力的互惠关系，看清人获得关于自身及世界的知识所付出的代价。然而，很多人对福柯的这一研究对象有误会，所以福柯说：“当我读到‘知识即权力’，或‘权力即知识’这种说法时，我总是哈哈大笑，因为，确切地说，我的问题就是要研究它们的关系。如果它们是两个同一的东西，我就没法研究它们的联系了，这样也就免去了许多劳苦。我对这两者的关系提问的这一事实就很好地证明了我不把它们视为同一。”
亦即福柯认为自己的研究对象依然是异质因素的关系问题，知识和权力在他的研究中分属两种异质的东西。
我们拒绝为福柯贴上任何标签，因为福柯研究的是关系，而不是某一确定的本质。福柯说：“我觉得，所有这种形式的分析，不管它们是采取激进的形式并且宣称哲学从一开始就是一种忘却，还是采取一种更加具有历史性的观点并且声称‘某某哲学家忘却了某种事物’，这两种方法都不是特别有吸引力或者有用。”
很明显，宣称“忘却”的哲学家内在地假定了自己发现被遗忘的真理的先设位置，这种先设是不符合福柯的分析方式的。因此，福柯哲学与现象学、海德格尔哲学所声称的对存在“忘却”的揭示是不同的。应当说它们采取了不同的哲学反思策略。福柯正是用权力、知识、话语等不同的策略分析“真理”如何不是一种忘却，而是一种不断的游戏，是将某些东西真理化的过程，在这个过程中各种主体被建构。所以福柯研究的总主题是现代“主体”。他本人一直走在对历史、主体、真理方案等进行持续的分析、批判、解析和解读这条路上，这种总在过程中的哲学方式在真正意义上实现了对意识深处“真理”霸权的剔除。
前文我们不断说到福柯不是权力学家，不是知识学家，不是真理学家，当然也不简单是结构或者解构主义者，他研究的始终是关系，而不是一个单一的对象。那么，福柯是不是怀疑论思想家呢？我们或许可以称他为怀疑大师，而这时的“怀疑”只是对这只狐狸的哲学事业的称谓而不是哲学定位，亦或者我们可以说福柯是真正的怀疑论哲学家，这样我们就需要说明此处的怀疑论并非传统哲学派别的怀疑论。事实上，福柯自己曾说过自己绝对不是怀疑论思想家：“在怀疑论的纲领里，我不能接受的唯一的东西，就是怀疑论者企图得到按照一定顺序的若干结果——因为怀疑论从来不是完完全全的怀疑论！怀疑论试图在既定范围内提出问题，然后又试图在其他领域内利用确实被认为有价值的概念；其次，我觉得在怀疑论者看来，理想就是做一个所知相对较少的乐观主义者，但是对于已知的东西则要求其确实可靠，持久不变，而我所要做的，则是要利用能限定知识范围的哲学。”
所以，我们毋宁说福柯才是彻底的怀疑论者。这种怀疑不是虚无，不是设定某一程序，然后得出若干不符合程序的结果，因而对这个结果持怀疑态度，不是利用某些确定的概念进行批判，也不是确定较少的确实可靠、持久不变的范畴、概念来归化哲学问题。福柯要做的是限定知识的范围，考察知识的条件，在这种限定中普遍性的任何假设都遭到了质疑，对任何“本质”或“经验”不加分析而作为基础的诡计最终被识破。所以我们也是在这个意义上理解詹姆斯·米勒对福柯的定位：“一位公开宣称已‘超越善恶’的深刻的现代怀疑论者，究竟是怎样处理哲学的使命、政治承诺的作出及某种公共‘自我’的塑造之类问题的。”
需要注意的是福柯的这种深刻的怀疑主义是建立在多种关系学的基础上的，他不是怀疑某一个东西，而是通过关系的作用揭示某种“权力”“伪装”为真理的真理游戏的运作过程。
那么，是否这样的怀疑大师真的让我们身陷牢笼，或者让我们意识到我们身陷牢笼，而永远无法仰望星空呢？这恰恰是对福柯权力理论最大的误解。以权力关系领域的分析为例，福柯说：“我拒绝回答人们有时候向我提出的这个问题，即，‘如果权力无处不在，那么就不存在自由’。我的回答是，如果权力关系存在于社会每一个领域，恰恰是因为自由无处不在的缘故。……问题的关键在于认识到反抗活动会从何处发展起来。”
福柯不去研究统治与服从的明显等级制度，是因为他要开辟微观权力关系这样的分析领域，用米歇尔·塞尔的话总结就是：“最平庸无能、最卑躬屈膝的服从，不是服从长官，服从等级制度，也不是服从统治阶级，因为人们可能是被逼迫着服从的，而且总得要继续活下去；最卑下的服从是服从产生这层层统治的规律，或者说服从产生等级制度、产生阶级、产生主子和奴才的规律。”
所以，反抗之实践是探求伪装的细微机制，揭示那些不被察觉让人心甘情愿就范并追求就范的社会机制和规律。在权力关系这个领域才能实现一种自由的嬉戏，而宏大的等级制权力只会导致“宰制”这种不对称性的关系，因此不具有福柯研究自由权力关系的价值和必要。福柯瞄准了反抗之点在权力关系中，所以才发现了自由的空间。这样，权力关系存在的条件反而是：“只有主体是自由的，权力关系才可能存在。”
主体不可能在“宰制”关系中有些许自由，而在微观权力中，主体一直自由地心甘情愿地在行使“选择权力”，虽然他无意识地被迫服从，但它却可以在对规律、规则的发现中嬉戏和反抗，并起到改变现有状况的作用。同时，人类社会存在很多关系领域，“权力关系普遍存在于人类关系之中。这并不是说政治权力无处不在，而是说，在人类关系中存在一个权力关系领域。”
福柯从未说权力关系领域是人类关系的唯一领域，而是说它是一个可以展示主体状况的分析视角和领域。在这里，自由与权力是互动的，相互依赖，相互生成的。如果权力是一种统治、治理策略，那么自由就是找到不被如此统治的反抗策略，是对塞尔意义上规律的揭示和抗逆，所以这种反抗不是萨特存在主义意义上的主体的自由选择，而是研究主体生成的权力的模式是什么，内在代价是什么，反抗的条件和空间何在。因而，福柯意义上的主体并不是一个独立选择的行动主体，它介入各种关系中，并在之中通过表面的行动和选择而不断被建构。
我们回到主体问题，前文说到当福柯论及权力、知识等时，他要言及的领域都是一种异质因素、异质层面和空间的关系。那么，福柯关于主体的研究总主题又是如何思考的？福柯的主体是不是也是一种先设，或者也只是一种本质研究呢？不是的！福柯“一直想探明，人类主体是如何适合某些真理游戏
的”
，所以福柯的主体研究主题并不是以主体为选题的，他的主体研究，仍然是在某种异质关系中考察主体的生成方式。因而，福柯晚年在回想自己一生的事业时，他对自己的定位依然是一种关系研究：“我一直对主体和真理之间的关系这个问题感兴趣。”
所以不妨再次说，各种权力、主体、真理关系的分析和研究才是福柯研究的重要主题和实体对象，而这种关系分析都是具体实在的，这种分析都涉及至少两个层面、两个领域如何交织交叉的问题。也是在复杂关系研究的对象基础上福柯成为真正的、深刻的、彻底的怀疑论者，他对现代社会的所有主体概念、身份、经验的合理化确立过程和形式进行了解析、解构和批判。主体则是在福柯所展示的这种关系中被历史地建构和生成的，主体既是研究的总线索，又是处在各种关系的交织中的中介物和生成物，它既是主体又是客体和对象。这也是本书对主体的基本定义。