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知识产权如何从封建的垄断特权嬗变为市场经济的财产权，用来说明或论证其合理性的理论很多，如劳动论、人格权论、激励论、契约论、工具论等，直到今天依然有不同的流派在各自倡导的理论基础上试图矫正知识产权的制度设计。不过，从知识产权的制度规范和运作实施效果来看，它是由多种理论共同支撑的。
“自然权利论”又称为“劳动论”。这一理论的基本思想是：人的创造性活动是一种劳动，智力劳动者对其经过辛苦劳动取得的智力劳动成果——如具有独创性的作品等——在道德上享有某种独占的权利。按照这种理论，知识产权和传统的物权一样是道德权利，而不仅仅是法律权利。知识产权的存在不取决于国家的承认，权利的授予只不过是履行国家权力的认可程序而已。基于这一理论建立起来的知识产权制度，宗旨是强调对创造者利益的保护，鼓励创新，维护个人的自主与独立。该理论在证明知识产权制度合理性的早期历史中占据了主流地位。
及至当代，“劳动论”面临着反知识产权的险境。最突出的表现就是该理论导致创造者权利的无原则扩张。特别是在各大产业集团为代表的权利人群体的游说下，更多的信息产品进入了受知识产权保护的客体范围，权利的类型不断扩张、保护期限不断延长。倡导信息民主自由的学者认为，这一理论基础上的知识产权已成为限制思想自由传播的绊脚石，在现实中造成了垄断，妨碍了对思考能力加以行使的自由和对现有思想进行改进的自由，影响了社会的进步。
“自然权利论”在解释知识产权制度设计上有许多不足，专利权、商标权取得的“先申请原则”足以说明“有劳动不当然产生权利”。
“人格权论”又称为“非物质财产论”。该学说认为，知识产权作为精神产品是一种非物质性的无形财产。一个人进行发明或创作，就好像将自己生命的一部分投入其中，知识产品上凝结了创造者的个人意志。“非物质财产理论”更强调劳动成果的思想性质和权利人的本质特征，从而区别了智力成果创作人的权利和成果所有人的权利，即将知识产权的财产权利和人身权利清楚地划分开来。财产权可以转移，而人身权与人不可分割，永远属于本人所有、不能转移。“人格论”反对知识产权的计划许可、强制许可，主张知识产权无价，其侵权损失无法用经济赔偿来弥补。“人格论”在著作权保护上更为突出。“文如其人”的说法足以说明，作品在很大程度上表现的是作者的思想和个人特征，精神权利在某些情况下胜于财产权利。
“人格权论”过分强调智力成果创作人的精神权利，容易导致在知识产权保护上追求绝对“权利”，如电影《秋菊打官司》中的“秋菊”那样，为了要一个说法，不惜付出巨大代价。过多强调人格权不符合知识产权保护的现实情况。商人（经济人）通常持有知识产权，他们更注重财产（property）和利益（profit）的保护，而不是权利（rights）的保护。
“契约论”认为，知识产权是其所有人与社会公众之间所签订的一种社会契约。所有人通过国家赋予的知识产权获得利益，与之相应，社会公众则通过有偿使用知识产权获得利益。当知识产权超过了法律所规定的保护期，便进入公共领域，成为人类的共同财富。公开技术以获得暂时的垄断权，对发明人而言，可以通过垄断利润补偿发明创造活动中付出的劳动和费用，甚至获得更多的利益回报；对社会而言，它增加了新的科技知识和信息，而新增的知识将为科技进步准备良好的条件。专利权期限结束后，发明便成为社会的公共财富，公众可以自由使用。“契约论”鼓励一切有创造天赋的人去进行艰难而充满风险的创新，鼓励创新成果的公开。“契约论”在现代各国专利法和著作权法中都有所体现。它可以灵活地解释一切知识产权制度设计的规则，给立法者和实践者以足够的空间。
“产业政策论”也称“工具论”。这一理论是从国家产业的发展，而不是个人权利出发来阐释知识产权的制度设计。保护权利人，赋予其排他性独占权，目的在于鼓励优势产业的垄断地位，促进新兴产业的发展。“产业政策论”将知识产权视为促进技术和经济进步的制度手段，强调国家经济利益和社会综合效果。通过“私权”制度的设计使其成为实现产业发展的重要途径，但它不是简单地保护“私权”，更重要的是在维护“私权”的同时促进产业发展进而谋取国家利益。
现代知识产权制度的诞生与技术和经济有着特殊的关系。重商主义的产业贸易政策孕育出了现代专利制度和著作权制度，而知识产权的保护范围和保护水平在不同的历史阶段也发生着变化。这种根据市场需求和产业发展水平制定法律的做法，实际上是对产业政策的贯彻和制度化。各国在对具体技术是否授予专利权保护方面在不同的历史阶段就存在着差别。在排除专利保护的技术领域的选择上，体现的是国家在该技术领域的技术水平和产业状况。例如，各国在早期都不授予生物技术专利权；在1980年至1996年间，美国的专利法对计算机软件的专利保护也处于摇摆不定的状态；中国《专利法》颁布之初不保护化学物质和药品；几乎所有国家的专利法都排除了以原子核变换方法获得的物质的保护。
“产业政策论”将专利权视为促进技术和经济进步的制度手段，强调专利权的首要目的并非保护发明人的私有财产，而是促进产业的发展。它最主要的观点是：（1）专利保护不仅能刺激发明人从事发明创造的积极性，更重要的是鼓励企业在技术开发和实施发明方面踊跃投资，通过授予垄断权来刺激创新，从而推动社会的技术和经济进步；（2）专利制度促使发明人将其最新技术公诸于世，使社会尽快了解新技术、新知识，有利于技术信息的交流与传播，进而促进产业发展；（3）如果对某些关系国计民生的领域授予专利权，会造成“权利壁垒”，桎梏本国工业的发展，可以暂时排除对这些领域发明的专利保护，待这些领域的科技水平提高后再放宽保护范围。“产业政策论”从国家整体利益出发，把发明人的个人利益降低到次要地位。从专利法诞生初衷看，专利制度就是一种产业发展的工具，它与其他民事权利的保护制度有着本质的不同。它不是简单地保护“私权”的创造者，更重要的是通过维护拥有“私权”的市场主体的利益，调节国家的产业方向。因此，每一个国家都会根据国家产业的发展水平，对不同技术领域给予适当的专利保护，在专利保护的对象、专利保护期限的设立、权利要求的解释等方面设立不同的制度规定。在著作权领域，“私权”的保护更是一边倒地偏向文化产业中的企业。美国的著作权法尤为明显，影视、音像、图书等雇佣作品的著作权原则上都归于雇主。此举减少了许可交易的成本，也降低了著作权侵权的诉讼风险。这些企业在取得著作权之后，对作品的任何演绎行为都不需要创作者的许可，也不需要向其支付报酬，从而保证其能够自由地、最大限度地利用作品赚取利润。此外，围绕着著作权这一产业核心，对有商业价值的形象的保护还扩大到商标、专利领域。美国法院还以司法判例的形式扩大对文化产业企业的保护，不断延长著作权的保护期限。1998年，《松尼·波诺著作权期限延长法案》通过，让本于2003年因著作权保护期限届满而将寿终正寝的米老鼠，再获20年的新生。这一法案让公众免费使用或模仿米老鼠等卡通形象的希望瞬间化为泡影，为大型传媒娱乐公司赢得了一次集体胜利。除了保护期限之外，著作权法对著作权保护对象的条件限制也体现了不同时期的产业政策。例如，在著作权制度建立之初，为了刺激本国的印刷产业和保证本国居民以较低价格获得教育材料，美国著作权法不保护外国人的著作权，对盗版行为也持放任态度。又如，随着计算机技术的发展，各国陆续在著作权法的修订中增加了对数据库作品的保护，以期实现促进信息产业发展的政策目标。可见，脱离对一国特定历史时期产业发展的分析，很难理解知识产权制度的演进逻辑。
各国知识产权保护的历史始终伴随着竞争法的规制。这进一步说明，知识产权制度主要适用的主体是那些参与市场竞争的企业或者个人，要在公平自由的竞争环境下对市场主体行使知识产权加以规制。竞争法还能够保证知识产权保护中的社会公共利益考量。在竞争法层面下对知识产权保护的规制更多是公共政策问题。
《TRIPs协议》第7条规定了该协议的宗旨：“知识产权的保护与权利行使，目的应在于促进技术的革新、技术的转让与技术的传播，以有利于社会福利的方式去促进技术知识的生产者与使用者互利，并促进权利与义务的平衡。”知识产权制度无疑是以权利保护为核心的，只有充分和有效的保护才能使知识产权鼓励创新的激励机制发挥作用。但知识产权保护应该以社会福利为依归。知识产权保护可能增加社会福利，也有可能削弱和减少社会福利，保护水平应当有一个合理、适度的界限。这个合理、适度的界限主要是通过知识产权的权利限制制度予以实现。知识产权的限制，通常是指对知识产权人的专有权行使的限制，其功能在于通过适当限制，平衡权利人与其他竞争者、社会公众之间的利益。
知识产权的制度设计贯穿了权利限制和衡平的理念。知识产权法为知识产权的取得规定了严格的门槛条件；进入这一门槛之后，知识产权法又规定了知识产权使用的限制制度（如著作权法中的合理使用制度、专利法上的科学实验例外、商业秘密保护中的反向工程等）；当知识产品进入流通领域之后，为避免权利人控制整个销售体系，解决知识产权与商品自由流通之间的冲突，规定了“权利穷竭”的原则：当权利人首次将产品交易流通后，即失去对该产品的营销控制权，第三人则可通过真品平行输入的方式取得产品。
此外，知识产权法还通过强制许可、法定许可等制度的运用，消减知识产权的独占效力。这些制度的综合运用，适度减弱排他性的法律效果，以期在保障商业利益和增进知识进步之间取得平衡。
竞争法作为外部制约保护手段，对知识产权保护进行了限制。当出现知识产权法不适当地限制竞争的情形时，竞争法可以提供制度性保障。在经济全球化的背景下，世界各国围绕知识产权所展开的市场竞争更加激烈：一方面，各种不正当、不合法的竞争行为对知识产权人的合法权益构成了极大威胁；另一方面，具有独占性质的知识产权往往会形成市场垄断或支配地位，从而限制了该市场的自由竞争。
与知识产权制度的内部制约一样，反不正当竞争的规制也是以私法的制约为出发点和依托。但维权成本对个体而言往往过高，民事侵权的补偿性赔偿也不足以增加威慑力，难以实现对知识产权滥用行为和限制竞争的有效控制。于是，主要以公权手段规范竞争秩序的反垄断法也承担了重要的任务。
知识产权被视为合法的垄断权，在20世纪反垄断法兴起时，对知识产权无一例外地适用除外的规定。然而，由于市场驱动机制而产生的知识产权保护的异化，对创新和公平竞争带来了巨大的阻碍作用。随着利用知识产权限制竞争的行为越来越普遍，各国反垄断法对知识产权的规制态度开始发生转变，从绝对豁免转向相对豁免，陆续在本国反垄断法中确立知识产权滥用行为的规制标准和前提。反垄断法对于知识产权滥用的规制有利于维护有效竞争，使社会个体行使知识产权的行为不至于损害社会的整体利益。
为弥补知识产权类型法定主义的缺陷，反不正当竞争法通过惩罚所有的商业混淆行为来保护规范企业的竞争行为，如企业名称、经营模式、有特色的商品包装和广告语的保护等
，对商业秘密的保护只能通过反不正当竞争法。反不正当竞争法通过扩大知识产品的保护范围，实现了对知识的私有价值的扩大保护，同时维护了公共利益和市场秩序。