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就组织效能的衡量，很多学者从不同角度提出了很多效能指标。德鲁克（Drucker，1954）使用了8项指标，Campbell等人（1974）使用了30项指标，Pennings（1976）使用了5项效能指标，Spitzer（2007）使用了34项指标。
问题在于，上述研究使用的效能指标均不相同。一方面，这些研究所涉及的行业完全不同，不同的行业涉及不同的内部和外部环境，会有不同的效能指标；另一个方面，每个研究者对效能的主观看法都不一致，即便针对同一行业，不同的研究者也可能偏爱不同的效能指标。为了调和差异，有些学者试图把组织效能的标准变得更加结构化。Seashore（1956，第26页）提出，组织效能的评价标准是一个呈金字塔形的有层次的系统，位于塔顶的是最终标准，反映了有效利用环境资源和机会以达到长期或正式目标的程度；二是中间标准，位于金字塔的中部，是较为短期的经营效益影响要素或参数，反映出企业希望追求的成果，在它们之间可以进行比较、权衡和取舍。三是短期标准，它们位于塔底，是一些对组织当前活动进行评价的标准，大体上反映了顺利和充分实现中期目标所需要的前提和条件。卡普兰和诺顿（Kaplan，Norton，1996，第44页）在平衡记分卡框架之中，提出全面衡量组织效能需要从四个角度和相应指标出发：一，财务角度（投资回报率和经济附加值）；二，客户角度（满意度、客户流失情况、市场份额、客户份额）；三，内部角度（质量、回应速度、成本、新产品的引入）；四，学习和成长角度（员工满意度、信息系统的发达程度）。尽管如此，这些作者都承认由于组织效能指标应该是组织目标和战略驱动的，而每个公司在目标和战略上又是不同的，因而很难横向加以适用或进行比较。此外，组织目标和战略由于需要因应内、外部变化而被不断调整，所以具体的组织效能指标也可能是不断变动的、短期的和阶段性的。
尽管屡受挫折，但学术界仍然非常希望能够找到具有共通性的、“终极的”组织效能指标（Kirchhoff，1976，第247页）。这也许是不可能完成的任务，但在自然系统模型的框架中，在进行组织效能的比较研究时，如果尽可能选取外部化、长期化、全局化和客观化的指标，则有可能最大限度地接近这一目标。彼得·圣吉认为，公司组织可以被看作机器，也可以被看作独立的生命体。当被视为机器时，公司是为特定的外部人（群）建造和拥有的，为了满足特定目的而建造的，是固定的、静态的，没有自我认同，为所有者服务，被逐步磨损报废，无法自我学习和更新。而作为独立生命体的公司组织启动了独立的进化流程，具有自我认同、自我改良、持续学习的能力，在功能和寿命上可以超越任何组织成员（Senge，1997）。圣吉的观点是对自然系统模型理论假设的精辟注解。
基于以上讨论，我们认为，组织效能的比较只有在同类可比组织间展开才有意义。我们提出三项组织效能标准。这三项标准是相互关联和一体化的：
1. 组织在所处行业中是否属于相对长寿的公司。长寿是组织具备效能性的重要标志之一，正如巴纳德（Barnard，1938，第82页）所言：“组织要想持续存在，效能和效率都是必不可少的，而且组织存在的时间越长，这两者的必要性就越突出。”
2. 组织在所处的行业中是否能够不断超越竞争对手。这是经济组织经常会设定的目标。在组织生存期内能够不断超越可比竞争对手是优越组织效能的客观指标。
3. 在存续期内，组织是否比其他可比公司在更长的时间内处于所在行业的中心地位。Etzioni（1961，第71页）把组织目标定义为组织试图达到的状态。德鲁克（Drucker，1954）把市场地位视为企业绩效的首要指标。成为业界领先的核心企业是经济组织所能够达到的理想状态。在实践中，我们也能够观察到一些公司，虽然长寿，但在行业内高度边缘化，这样的长寿公司因缺乏超越性和中心性，并非我们所定义的高效组织。
需要再度强调的是：上述指标都是相对性指标而非绝对性指标，客观性指标而非主观性指标，长期指标而非短期指标，综合指标而非局部指标，具有可比性和可测度性，尤其适合用来对处于同时期、同行业的组织效能展开比较研究。从组织文化研究的角度看，在发现特定行业在特定时期的高效能组织的基础上，可以再聚焦其组织文化，并深入研究组织文化与组织效能间的关系。