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通过选址工作确定的浦东国际机场场址处于滨海地带，南北长8km，东西宽4 km。场址大部分区域为滩涂和湿地。我国东海岸是世界候鸟迁徙的主要路线之一，而浦东国际机场场址及附近地区恰好处在候鸟迁徙路线上，即亚洲东部路线的西侧边缘。
调查发现，此处的鸟类资源比较丰富，有越冬的冬候鸟、在此地区繁殖的夏候鸟、春秋两季迁徙并作短暂停留的旅鸟和常年生活在此的留鸟等。调查记录鸟类共计159种，其中候鸟和旅鸟约占85.6％，包括鹰类、鸳类、水禽类、鹬类等59种已发生过鸟撞飞机事故的鸟类，部分鸟类活动高度对航空器飞行造成严重威胁。
这一问题当时被炒作得非常厉害，有人甚至写文章说“浦东机场让鸟撞上了飞机”来否定浦东国际机场的选址。这是我们选址期间面临的第一个难题。
我们在处理场址鸟类问题上，采取了非常审慎的态度。我们将这一问题，首先视为一个科学研究课题，而不是简单的工程问题，要充分体现人对自然环境的关怀和机场建设者对环境影响的高度重视。我们委托上海师范大学的鸟类专家进行了为期两年的实地观察、调查，先后召开了由上海环境科学研究院、中国环境科学研究院、中国民用航空总局、中国国际工程咨询公司等单位组织的专家评审会，对机场建设的环境影响和鸟类问题进行了反复论证。
渐渐地，大家逐渐在一些问题上达成了共识：
（1）机场建设必定会迫使大多数现有鸟种逃离家园，这对于未来机场运行安全、防范航空器鸟击是十分有利的，也是十分必要的。浦东国际机场的建设将占用大片沿海滩涂湿地，破坏这一地区原有的湿地植被，生态环境将从农村景观转变为城市景观，人口急剧增加，交通量迅速上升，必将使现有的多种鸟类被迫离开这一地区，该地区鸟类种群数量将明显减少。
（2）本着人与自然和谐相处、保护机场周边生态环境和野生动物的精神，在建设机场的同时，必须要为原来在此栖息、驻留的鸟类再造家园。
（3）处于长江口、距场址11 km的天然小岛九段沙，可以考虑作为再造鸟类家园的处所（图2-2），但要对其可行性做进一步的调查和论证。
图2-2 九段沙种青引鸟工程示意图
为论证在九段沙再造鸟类家园的可行性，我们又进一步组织地貌、沉积、水文、生物、生态、水利等多学科专家进行现场考察、研究，并委托华东师范大学河口海岸学国家重点实验室组成课题组，对此进行专题研究，最后得出结论：“九段沙种青引鸟”不仅完全可行，而且在某种意义上是为浦东东滩的鸟类找到了更适合其生存、栖息的永久性家园。因为即使没有建设浦东国际机场，随着浦东新区的开发建设，东海之滨肯定也将不适合鸟类的生存、繁衍。
九段沙种青引鸟工程方案形成后，我们很快就组织实施了这一工程项目。1997年5月，经过上海市水利局、华东师范大学、指挥部和横沙海塘管理所等单位的联合验收，确认所种芦苇成活率约80％、互花米草成活率约70％，而且这是在经历了潮汛和风浪考验后的成活率，证明种青工程获得了圆满成功。种青成功意味着九段沙促淤会加速，岛的面积会很快扩大。
种青工程结束之后，接下来就是要全面考察“种青”的效果——“引鸟”是否能够按照预期的计划实现。为此，我们继续委托华东师范大学河口海岸实验室对“种青引鸟”的效果进行跟踪观测。1998年9月至1999年6月，科研人员重点对九段沙、机场江滩、南汇边滩和崇明东滩区域的鸟类活动分秋季、冬季和春季进行了调查。根据观察，1998年初期调研中观测到迁徙鸟68种（秋季、冬季和春季各为38种、24种和42种）；1999年调研中观测到迁徙鸟79种（秋季、冬季和春季各为38种、28种和70种）。调研结果与初期相比，总鸟种数增加了11种。秋季种数持平，冬季增加4种，春季增加28种。由此可见，“种青引鸟”的生态工程已取得了初步成果。
在此基础上，我们还继续深入开展了课题研究，对鸟类问题进行了远期规划，以期更加系统、全面地了解机场区域的候鸟活动规律。研究内容包括：浦东机场30 km半径范围内候鸟的种类和数量；各种候鸟每年的出没时间、平均飞行高度、栖息地、觅食地、聚集地和昼夜活动规律；浦东机场30km半径范围内候鸟栖息地生态环境质量、候鸟饵料状况及变化趋势等。
最后，在上述一系列研究的基础上，同时提出了“鸟击”防范措施和候鸟保护措施，从而达到了“保证机场运行安全，保护候鸟活动自由”的双赢目的。