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相对于广东沿海对南洋的贸易而言，浙闽沿海对日本的贸易控制更严，这种矛盾更为突出。一旦浙江市舶司关闭以后，海上贸易的供求失衡尖锐地凸显出来，大规模的走私集团兴起，为了对付官方的弹压，他们都配备武装。这种武装走私集团的贸易对象是日本商人，由于种种原因，被蒙上了“倭寇”的色彩。这是“罢市舶”所引起的严重后果，当时人几乎众口一词地指出：“罢市舶，则利孔在下，奸商外诱，岛夷内诇，海上无宁日矣。”
参与“平倭”的谭纶说得非常深刻：
闽人滨海而居者不知凡几也，大抵非为生于海则不得食。海上之方千里者不知凡几也，无中国绫绵丝之物则不可以为国。禁之愈严则其值愈厚，而趋之者愈众。私通不得则攘夺随之。昔人谓：弊源如鼠穴也，须留一个，若要都填塞了，好处俱穿破。意正在此。今非惟外夷，即本处鱼虾之利与广东贩米之商，漳州白糖诸货，皆一切禁罢，则有无何所于通，衣食何所从出？如之何不相率而勾引为盗贼也。
谭纶的话揭示了一个简单的事实：“一切禁罢”，海禁愈趋严厉，沿海民众“私通不得则攘夺随之”，由海上走私而转化为“盗贼”。这是值得注意的大背景。
关闭市舶司，中止日本与中国的朝贡贸易的结果，断绝了官方贸易，民间走私贸易乘机取而代之。沿海走私贸易商人向日本商人提供他们所需的生丝、丝织品、棉布、陶瓷、铁锅、水银、药材、书籍等中国商品。海禁愈严，价格愈贵，铤而走险者愈多。《筹海图编》记载了当时运往日本的中国商品情况，非常有意思：
丝，所以为织绢纻之用也。盖彼国自有成式花样，朝会宴享，必自织而后用之。中国绢纻但充里而已。若番舶不通，则无丝可织。每百斤值银五十六两，取去者其价十倍。
丝绵，髡首裸裎不能耐寒，冬月非此不暖。常因匮乏，每百斤价银至二百两。
布，用为常服，无棉花故也。
绵绸，染彼国花样，作正衣服之用。
锦绣，优人剧戏用，衣服不用。
红线，编之以缀盔甲，以束腰腹，以为刀带、书带、画带之用。常因匮乏，每百斤价银七十两。
水银，镀铜器之用，其价十倍中国。常因匮乏，每百斤价银三百两。
针，女工之用，若不通番舶而止通贡道，每一针价银七分。
铁锅，彼国虽自有而不大，大者至为难得，每一锅价银一两。
瓷器，择花样而用之。
古文钱，倭不自铸，但用中国古钱而已。每一千文价银四两。若福建私新钱，每千文价银一两二钱。
药材，诸味俱有，惟无川芎，常价一百斤价银六十七两；其次则甘草，每百斤价银二十金以为常。
你看，如此一个巨大的市场，如此高额的利润，对商人的诱惑力之大可想而知，要想禁是禁不住的。面对如此汹涌的潮流，堵塞不如疏导。
全汉昇指出：“日本在战国时期（1467—1573）后，内战结束，人民生活安定，对丝货的消费跟着增加。在另一方面，由于银矿生产丰富，人民购买力提高，从而输入更多的丝货。可是，当日本华丝入口贸易扩展的时候，葡人却不能像过去那样垄断华丝市场，因为利之所在，中、日商人看见葡人那样发财致富，自然要违反明朝政府禁止通商的法令，从事走私贸易了。”又说：“看见葡人经营中、日贸易，大发其财，中国东南沿海商人，早就不顾明朝政府有关中、日通商的禁令，秘密派船输出华丝及其他货物，运往日本及其他国家出售获利。”
长期以来，关于明代的倭寇，尤其是“嘉靖大倭寇”（或曰“后期倭寇”），在学术界一直争议不断，关键在于概念与史实的混淆。1990年代出版的《中国历史大辞典》，也留下明显的痕迹。该辞典的“倭寇”条说，倭寇是指“明时骚扰中国沿海一带的日本海盗”。
这个说法过于笼统，缺少分析，显得似是而非。应该说，不同时期的倭寇，其内涵是不同的，对中国影响最大的是后期倭寇，即“嘉靖大倭寇”，如何界定，似乎是一个问题。
1980年代以来，史学界一些有识之士对倭寇（主要指“嘉靖大倭寇”）重新加以检讨，从考证历史事实出发，提出令人耳目一新的解释。林仁川《明代私人海上贸易商人与“倭寇”》，根据大量历史事实得出这样的结论：“倭寇”的首领及基本成员大部分是中国人，即海上走私贸易商人，嘉靖时期的御倭战争是一场中国内部海禁与反海禁的斗争。
戴裔煊《明代嘉隆间的倭寇海盗与中国资本主义萌芽》在实证研究的基础上，提出独特见解：倭患与平定倭患的战争，主要是中国社会内部的阶级斗争，不是外族入寇。
王守稼《嘉靖时期的倭患》，说得更彻底：明朝政府把王直集团称为“倭寇”，王直集团也故意给自己披上“倭寇”的外衣，他们其实是“假倭”，而“真倭”的大多数却是王直集团雇佣的日本人，处于从属、辅助的地位。
为什么长期以来人们都把嘉靖倭患说成是日本海盗的入侵呢？原因是复杂的，不外乎这样几点：其一，倭寇中确有一部分真正的日本人，即所谓“真倭”，正如《明史·日本传》所说：“大抵真倭十之三，从倭十之七。”其二，王直等人有意制造混乱，保护自己。曾经参与胡宗宪平倭的幕僚茅坤指出：海寇每船约二百人，首领大都为福建及浙江温州、台州、宁波人，也有徽州人，“所谓倭而椎髻者特十数人”，“由此可见诸寇特挟倭以为号而已，而其实皆中州之人”。王直等人每攻掠一地，必放出风声，诡称为“岛夷”所为，以致明朝官方不明真相，误以为日本海盗入侵。其三，明朝的平倭将领为了冒报战功，虚张声势，在作战失利时谎称倭寇进犯，夸大敌情；稍有斩获，便把一般海盗当作“真倭”上报。因为官方规定，擒斩“真倭贼首”一名，可以连升三级获赏银一百五十两；擒斩“真倭从贼”一名，可以升一级或赏银五十两。无怪乎当时人要说：“尝闻吾军斩首百余，其间止有一二为真贼者……官兵利于斩倭而得重赏，明知中国人而称倭夷，以讹传讹，皆曰倭夷，而不知实中国人也。”
以上新论或许有待完善，但就其主要倾向而言，更加接近历史真实，是毫无疑问的。陈文石1965年发表的论文《明嘉靖年间浙福沿海寇乱与私贩贸易的关系》，从五个方面展开论证：一、明代的海禁政策贡舶贸易制度与私贩贸易的关系；二、国人私贩贸易与沿海地理经济条件；三、嘉靖前期的私贩活动；四、私贩转为海盗与朱纨禁海失败；五、嘉靖后期的私贩与寇乱。他在文末指出：嘉靖年间的大祸（即所谓倭患）是明代海禁政策造成的后果，“凡违禁私贩出入海上者，官府皆以海盗视之，严予剿除。彼等既不能存身立足，自新复业，则只有往来行剿，或奔命他邦，开辟生路”
。另一位台湾学者林丽月对于嘉靖年间闽南士绅卷入海上走私贸易，给与正面的评价：“闽南士绅投身海上贸易无非以追逐私利为动机，难免有蔑视朝廷法令与地方官府之讥，但就促进闽南沿海地区的经济发展而言，应不无正面意义。”
读者不难发现，上述新论与20世纪三四十年代以来过多掺杂民族情绪的“倭寇”论相比，是大异其趣的，显示了史学家追求客观认知的真诚态度。
众所周知，倭寇问题涉及日本，日本学者作了大量研究，令人不解的是，以往中国大陆学者在研究这个问题时，有意无意地忽略了日本学者的研究成果。在我看来，日本学者以他们特有的实证风格，努力揭示历史真相的努力，是令人钦佩的。
明史专家山根幸夫在《明帝国与日本》中，谈到“后期倭寇”时，强调以下两点：一、后期倭寇的主体是中国的中小商人阶层——由于合法的海外贸易遭到禁止，不得不从事海上走私贸易的中国商人；二、倭寇的最高领导者是徽商出身的王直——要求废止“禁海令”，追求贸易自由化的海上走私贸易集团的首领。
曾经写过《倭寇与勘合贸易》的倭寇问题专家田中健夫，为《日本史大事典》撰写的“倭寇”条，释义既客观又精细，大大有助于廓清倭寇的概念，很值得细细品读：
在朝鲜半岛、中国大陆的沿岸与内陆、南洋方面的海域行动的、包括日本人在内的海盗集团，中国人和朝鲜人把他们称为“倭寇”。它本来带有“日本侵寇”或“日本盗贼”的意味，但是由于时代和地域不同，它的意味和内容是多样的，把倭寇当作连续的历史事象是不可能的。
“倭寇”二字初见于404年的高句丽《广开土王陵碑》，此后丰臣秀吉的朝鲜出兵，以至二十世纪的日中战争等事件中，都有倭寇的文字表述。由于时期、地域、构成人员等规模的不同，对倭寇的称呼是各式各样的：“高丽时代的倭寇”“朝鲜初期的倭寇”“丽末鲜初的倭寇”“元代的倭寇”“明代的倭寇”“嘉靖大倭寇”“万历的倭寇”“二十世纪的倭寇”“朝鲜半岛的倭寇”“山东的倭寇”“中国大陆沿岸的倭寇”“浙江的倭寇”“杭州湾的倭寇”“双屿的倭寇”“沥港的倭寇”“台湾的倭寇”“吕宋岛的倭寇”“南洋的倭寇”“支那人的倭寇”“朝鲜人的倭寇”“葡萄牙人的倭寇”“王直一党的倭寇”“徐海一党的倭寇”“林凤一党的倭寇”等等。
在以上这些倭寇中，规模最大，活动范围最广的是14—15世纪的倭寇和16世纪的倭寇。
关于14—15世纪的倭寇，田中健夫认为这时期的倭寇以朝鲜半岛为主舞台，也在中国大陆沿岸行动，高丽、朝鲜（李氏朝鲜）、元、明受到各种各样的损害。《高丽史》于1223年首次出现记录倭寇的文字。日本方面《吾妻镜》记载，贞永元年（1232）肥前镜社的人在高丽当海盗的事。但是，在高丽的倭寇行动成为大问题的是1350年以后，这年以后每年都有倭寇的船队骚扰朝鲜半岛沿岸，全罗道和杨广道（现忠清道）受害特别大。倭寇的构成人员是以对马、壹岐、松浦地方的名主、庄官、地头等为中心的海盗群、海上流浪者群、武装商人等，还有朝鲜称为禾尺、才人的贱民。日本人在倭寇集团中所占比率约为10％到20％的程度，大部分的倭寇集团是日本人和高丽人、朝鲜人的联合体。袭击朝鲜半岛的倭寇，他们的行动地域延伸到中国大陆，攻击了元、明。明朝在加固沿岸警备的同时，明太祖取缔和日本的西征将军怀良亲王有交涉的倭寇，没有取得成果。明成祖时，和足利义满之间达成交通关系，倭寇势头趋于和缓。
关于16世纪的倭寇（亦即后期倭寇），田中健夫这样写道：
因为依托于勘合船的日明间的交通中途断绝，中国大陆沿岸发生了大倭寇。最激烈的是明嘉靖年间为中心，持续至隆庆、万历年间的约四十年时间，因而称为“嘉靖大倭寇”。这个时期的倭寇，日本人参加数量是很少的，大部分是中国的走私贸易者，以及追随他们的各色人等。这时在东亚海域初现身姿的葡萄牙人被当做倭寇的同类对待。自从明太祖以来称为“海禁”的一种锁国政策，禁止中国人在海上活动。随着经济的发达，维持这种政策是困难的，于是产生了大量走私贸易者。他们和地方富豪阶层（乡绅、官僚）勾结，形成强大的势力，推进走私贸易。葡萄牙人因为得不到明政府正式贸易的许可，也不得不加入走私贸易，日本的商船则以国内丰富的银生产为背景，与之合流。中国官府把这些人一概当作倭寇。浙江省的双屿港和沥港作为走私贸易基地，遭到中国官军的攻击而毁灭殆尽，走私贸易者一变而为海盗群。萨摩、肥后、长门、大隅、筑前、筑后、日向、摄津、播磨、纪伊、种子岛、丰前、丰后、和泉等地的日本人投靠了倭寇。作为倭寇的首领，有名的是王直、徐海。王直以日本的平户、五岛地方为根据地，率大船队攻击中国的沿海。明朝方面胡宗宪、戚继光、俞大猷等负责海防，取得了各种功绩。不久与海禁令解除的同时，日本方面丰臣秀吉国内统一的进行，倭寇次第平息。
如果平心静气地把《日本历史大事典》的“倭寇”条与《中国历史大辞典》的“倭寇”条加以比较，那么其间的高下，是不难辨明的，把倭寇简单地断定为“明时骚扰中国沿海的日本海盗”，看来颇有商榷之余地。
徽州商人（日本学者称为新安商人）研究的奠基人——藤井宏，最早注意到这个问题。他的成名作《新安商人的研究》，注意到徽商在浙闽沿海的进出口贸易。他追述了藤田丰八博士在《葡萄牙人占据澳门以前的诸问题》一文中，揭示了《日本一鉴》和其他相关资料关于徽州海商活动的记载，并在此基础上，广泛收集资料展开分析。
藤井宏指出，嘉靖十九年（1540），许一、许二、许三、许四勾引葡萄牙人络绎于浙海，并在双屿、大茅等地开港互市。《筹海图编》卷五《浙江倭变记》云：“嘉靖十九年李光头、许栋引倭聚双屿港为巢……光头者，福（州）人李七；许栋，歙人许二也……其党有王直、徐惟学、叶宗满、谢和、方廷助等，出没诸番，分迹剽掠，而海商始多事矣。”此时的王直不过是许氏兄弟的僚属。《日本一鉴》海市条云：“嘉靖二十二年邓獠等寇闽海地方，浙海盗寇并发。海道副使张一厚因许二等通番，致延害地方，统兵捕之。许一、许二等敌杀得志，乃与佛郎机竞泊双屿，伙伴王直于乙巳岁往日本，始诱博多津倭助才门等三人，来市双屿。”嘉靖二十七年（1548），浙江巡抚朱纨派遣都指挥卢镗等突袭双屿港，一举覆灭所谓海贼老巢，生擒李光头、许栋，王直等收集余党，重整势力，把老巢移到金塘山（定海县西八十里海中）的烈港（即沥港），直到嘉靖三十六年（1557）被胡宗宪擒捕以前，东南海上全是王直的独占舞台。
藤井宏还指出，王直是徽州盐商出身，后来为日本人当经纪人，是货物贸易的中介者，在双屿、烈港开辟走私市场。他借助闽广海商的实力称雄浙海，遭官军打击后，在日本平户建立根据地，建都称王，部署官属，控制要害，形成了以“徽王”王直为中心的徽浙海外贸易集团，把徽州海商的海外贸易活动推进到一个前所未有的鼎盛阶段。王直以后，日本平户港一直是明末清初中国民间往来日本的一个主要据点。
这种基于史料的实证研究，为理解王直与倭寇提供了很好的借鉴。令人不解的是，藤井宏的研究成果很少被研究倭寇问题的中国学者所关注，迟至三十年后才激起反响。
在这方面最有力度的当推徽商研究的后起之秀唐力行，他的《论明代徽州海商与中国资本主义萌芽》一文，从徽州海商的角度来考察倭寇，反过来考察日后成为倭寇首领的徽州海商：“为了对抗明王朝的武力镇压和扩大贸易，海商们渐次组合成武装集团……这些船头又在竞争兼并中聚合成几个大的武装海商集团。其中，较著名的以徽州海商为首领的有许氏海商集团、王直海商集团和徐海海商集团。”唐力行的另一大贡献是考证了《明史》改王直为汪直很有必要。王直本姓汪，从事海上走私，风险大，为家属安全计，隐瞒真姓（汪）。《明史》有汪直传，以前均以为有误，其实王直本来姓汪。汪为徽州大姓，“为贾于杭绍间者尤多”。横行东南沿海几十年的“倭寇”首领许氏兄弟、王直（汪直）、徐海等，莫不是徽州海商。唐文的主旨是阐明这样一个观点：正是徽州海商和其他海商的走私贸易冲破了明王朝的海禁，把江南与世界市场联系起来了，从而造成了江南社会经济的一系列连锁反应。
相隔二十年之后，唐力行在《结缘江南：我的学术生涯》中回顾这篇文章时，还颇为激动。他说：
自明末直至上世纪70年代，史家众口一词地指责嘉、隆年间的海商为“倭寇海盗”。这就涉及到一个如何对待传统史学的问题。不少史学工作者至今没有突破忠君爱国的正统观念，他们以是否能保持封建王朝的稳定性作为评判历史事件的标准，而不是以是否有利于历史的进步作为研究工作的着眼点。戴裔煊先生以耄耋之年推出他的开创之作《明代嘉隆间的倭寇海盗与中国资本主义萌芽》，为“倭寇”正名，其坚持实事求是的学术勇气是可钦的。
他还说，1990年文章发表后，居然引来了麻烦——“被列入有组织的批判对象之一”。时过境迁之后，唐力行感慨地说：“此事并未了结，恐怕也难了结。在民族主义情绪高涨的情势下，2005年网络和舆论对亦寇亦商的王直的功过是非发生激烈争论，浙江丽水和南京师范大学的两名教师，趁着夜色，带着斧头和榔头来到安徽歙县，热血沸腾地将刻有王直名字的墓碑和刻有日本人名字的‘芳名塔’砸毁。上海《新民晚报》也接连刊出整版的文章为之推波助澜。”
这确实是值得深长思之的。人们应当反思，对历史的无知是多么得可怕。
关于倭寇问题的最新研究成果，从另一个方面提供了思路。台湾学者吴大昕的论文《猝闻倭至——明朝对江南倭寇的知识（1552—1554）》，为探究历史而别开生面。他的结论之一是：“嘉靖大倭寇的形象，是由各式各样不同性质与目的之记载所构成的：有记载一地倭寇的著作，士绅文集中偶见的书信与奏议，《实录》上的记载，以及为数不多的兵部奏议，与几部由胡宗宪挂名主编的作品。留下的倭寇文字记录虽多，但可用来说明‘真实’的却很少，这是由两个原因所造成，一是倭寇发生时江南普遍笼罩在‘猝闻倭至’的恐慌心理中；二是北京与地方讯息传播的不确实。”结论之二是：“当时各式出版品的出版风潮下，助长了嘉靖大倭寇形象的再建立，倭寇全是日本人，他们都是无知、愚昧而残忍好杀的，靠着中国人王直的领导，才能成功的劫掠东南沿海。此时的倭寇出版品充满了目的性，述说着倭寇不难平定，对日本应采取严厉的打击而非合作；而这个目的性，便完全掩盖了嘉靖大倭寇的真实面貌。”有意思的是，这篇文章提到了一个鲜为人知的史事：江南人对于嘉靖大倭寇的记忆，居然来自一个叫做萧显的中国人。嘉靖三十二年（1553），明朝官军进攻烈港，把王直驱逐出浙江的据点，使得王直的海上势力一时瓦解，由于缺乏补给，一部分人冒险登陆松江府的柘林，其中一个叫做萧显的人尤为桀骜狡猾，当时人这样描述他：“率劲倭四百余人，攻吴淞、南汇所，俱破之，屠掠极惨。分兵掠江阴，围嘉定、太仓。”吴大昕说：“萧显这次的冒险，开始了嘉靖大倭寇的时代，也烙印了江南人对大倭寇的记忆。”他还说：“许多学者就根据记录中‘言如鸟语，莫能辨也’来判断是否是真倭。实际上，在那个没有‘国语’的时代，即使是同为中国人，是否真能相互沟通都是令人怀疑的，特别是对江南而言，倭寇几乎等同于‘外地人’。无形中‘倭’也就变得更多了。”
这种基于史料实证的严谨考辨，揭示了当时人对倭寇的认识，令人耳目一新。
亲历平倭事宜的唐枢，在一篇写于嘉靖三十一年（1552）的公文中，提及“寇之缘由”，说得还是比较客观的：“海寇之炽，自嘉靖五六年始。彼因商道禁严，横行劫掠，然止以南纪澳为巢穴，居有定处。至嘉靖二十年后，许栋、李光头等掠人责赎，声势衍蔓，然止偶遇佛郎机船数只，党有定伙。昔时在倭为寇，在我国为民；行者为寇，居者为良民。今则华夷浑处，内外连结，善恶莫辨。官府举动方下堂阶，而声传贼众；贼有勾当，不时遣入，而即作施行，推厥所终，诚可疑惧。”
地方政府第一次以“倭贼入寇”上报朝廷，与“内地奸商”汪直、徐海与余姚谢氏在海外贸易上的纠纷有关。朱纨在奏报漳州走马溪大捷时，说“夷患率中国并海居民为之”，王士骐引用这一奏疏，所写的按语很值得注意：
海上之事，初起于内地奸商汪直、徐海等，常阑出中国财物，与番商市易，皆主于余姚谢氏。久之，谢氏颇抑勒其值，诸奸索之急，谢氏度负多不能偿，则以言恐之曰：“吾将首汝于官。”诸奸既恨且惧，乃纠合徒党、番客，夜劫谢氏，火其居，杀男女数人，大掠而去。县官仓惶申闻上司云：“倭贼入寇。”巡抚纨下令捕贼甚急，又令滨海居民有素与番人通者，皆得自首及告。于是人心汹汹，转相告引，或诬良善，而诸奸畏官兵搜捕，亦遂勾引岛夷及海中巨盗，所在劫掠，乘汛登岸，动以倭贼为名，其实真倭无几。
显然，地方官所谓“倭贼入寇”完全是讹传。所谓“内地奸商”汪直、徐海，不过是从事海外贸易的徽州商人，他们代理余姚谢氏货物的外销业务，另一方则是停泊在宁波外海的日本或葡萄牙商船，汪直、徐海从中起到中介作用，收取佣金而已。由于谢氏经常拖欠应付的佣金，引起纠纷，最终导致一场焚劫事件，轰动一时，却与“倭贼”全然无关。此处所说的余姚谢氏，即前任大学士谢迁家族，与同安林氏一样，都有强硬的背景，可见势豪之家都卷入走私贸易，所以难禁。但是，走私贸易者并非倭寇。这条关于倭寇缘起的重要史料，值得重视。
同时代的嘉兴人李日华，在《嘉禾倭寇纪略》中也有类似的说法：
海上之事，初起于内地奸商汪直、徐海辈，阑出中国财物，与番舶市易。主于余姚谢氏，颇抑勒其值，谢复多所贞，度不能悉偿，则恐之曰：“吾将首汝”。诸奸恨且惧，纠合徒党，夜焚劫谢氏，杀男妇数人，掠资而去。有司张皇其事，称“倭入寇”。巡抚都御史朱纨下令捕贼甚急，又令沿海居民得互讦察，相告言。于是人心汹汹，诸奸莫必其命，遂勾岛夷及海中亡命，乘潮登岸行劫。
李日华与王士骐是同时代人，王是万历十七年（1589）进士，李是万历二十年（1592）进士；王是太仓人，李是嘉兴人，就时间与空间而言，都是嘉靖倭患的亲历者，所见略同，不足为奇。然而文字如此雷同，人们或许会问，究竟是谁影响了谁？抑或二人都接受了同一信息源？这其实无关宏旨，重要的是，两位重量级人物的看法如此一致，有力地证明了事实的真相。海上之事起初不过是海商的走私活动，由于地方官谎报军情，朱纨的严厉海禁，促使海商转化为海盗。王氏说“勾引岛夷及海中巨盗，动以倭贼为名，其实真倭无几”；李氏说“勾岛夷及海中亡命，乘潮登岸行劫”，从不同角度揭示了倭患缘起的真相。
当时人几乎都认同这样一点，即真倭所占比例极少，大部分是假倭。嘉靖三十三年（1554），身任兵部侍郎兼漕运总督的郑晓，于四月十三日写的奏疏中说：“倭寇侵犯，其中类多福建、浙江并江南、江北、直隶之人，或奸豪射利之徒，或勇悍无聊之众，赍粮漏师，肆无忌惮，结党效尤，苟活旦夕。若不早为区处，日甚一日，其祸不啻烈于戎狄而已。”
同年五月十二日，他在另一份奏疏中说：“臣原籍浙西，叨役江北，窃见倭寇类多中国之人，间有臂力、胆气、谋略可用者，往往为贼躧路踏白，设伏张疑，陆营水寨，据我险要，声东击西，知我虚实。以故数年之内，地方被其残破，至今未得殄灭。缘此辈皆粗豪勇悍之徒，本无致身之阶，又乏资身之策，苟无恒心，岂甘喙息，欲求快意，必致鸱张。是以忍弃故乡，幡从异类。倭奴藉华人为耳目，华人藉倭奴为爪牙，彼此依附，出没海岛，倏忽千里，莫可踪迹。况华夷之货往来相易，其有无之间，贵贱顿异。行者逾旬，而操倍蓰之赢；居者倚门，而获牙行之利。今欲一切断绝，竟至百计交通。利孔既塞，乱源遂开，驱扇诱引，徒众日增。
他一再指出，所谓倭寇大多是中国人，既有东南沿海省份的奸豪，也有破产的勇悍人群。海禁愈严，断绝了他们的生计，祸乱愈发严重。对于这一点，他写的《皇明四夷考》，从政治腐败入手予以分析：“近年宠络公行，上下相蒙，官邪政乱，小民迫于贪酷，苦于徭赋，困于饥寒，相率入海从之。凶徒、逸囚、罢吏、黠僧，及衣冠失职、书生不得志，群不逞者，皆为之奸细，为之向导。人情忿恨，不可堪忍，弱者图饱暖旦夕，强者奋臂欲泄其怒。于是王忤疯（王直）、徐必欺（徐海）、毛醢疯（毛海峰）之徒，皆我华人，金冠龙袍，称王海岛，攻城掠邑，劫库纵囚，遇文武官发愤砍杀，即伏地叩头乞余生不听，而其妻子、宗族、田庐、金谷公然富厚，莫敢谁何，浙东大坏。”
明末陈仁锡在谈到海防时，引用了郑氏这段话，不过立意稍有不同：“或云，罢市舶而利孔在下，奸豪外交内诇，海上无宁日矣。番货至，辄赊奸商，久之，奸商欺负，多者万金，乃投贵家；久之，贵家又欺负，不肯偿。番人乏食，出没海上为盗。贵官家欲其亟去，辄以危言撼官府出兵，辄赍粮啖番人，利他日货至，且复赊我。番人大恨，言我货本倭王物，盘踞海洋不肯去。小民迫于贪酷，相率入海从之。凶徒、逸囚、罢吏、黠僧，及衣冠失职、书生不得志，群不逞者，皆为之奸细。于是，汪五峰、徐碧溪、毛海峰之徒，皆我华人，金冠龙袍，称王海岛，攻城掠邑，劫库纵囚，遇文武官发愤砍杀，浙东大坏。”
当时的地方官多纷纷指出，倭寇大多是中国人。例如嘉靖三十二年（1553）太平府同知陈璋向朝廷上《御倭十二事》，重点就是“倭寇多中国人，宜早图区处”。兴化知府董士弘认为，“江南海警，倭居十三，而中国叛逆居十七”。又如嘉靖三十四年（1555）南京湖广道御史屠仲律，向朝廷上《御寇五事》，第一就是“绝乱源”：“夫海贼称乱，起于负海奸民通番互市，夷人十一，流人十二，宁、绍十五，漳、泉、福人十九。虽概称倭夷，其实多编户之逋民也。臣闻海上豪势为贼腹心，标立旗帜，勾引深入，阴相窝藏，展转贸易。此所谓乱源也。”
明白了所谓倭寇大多是中国人，也就是说，真倭少而假倭多，并不能解释本质问题。必须进一步揭示真倭与假倭的关系，如果假倭从属于真倭，听从真倭指挥，那么把这些假倭概称为倭寇，并无不可；假如真倭从属于假倭，听从假倭指挥，那么就不能把假倭一概称为倭寇。
在这方面，当时的内阁大学士徐阶向皇帝奏对时所说的话，最有说服力：“臣去岁具奏时，尚闻此贼是真倭，近来细访乃知，为首者俱是闽浙积年贩海剧贼，其中真倭不过十分之三，亦是雇募而来者。只因初时官司不能讨捕，彼见地方无人，又得利甚厚，故旧者屯据不去，新者续增无穷，而沿海无赖贫民为所诱胁，因而从之，故其徒日繁，其势日猖獗。”
徐阶的这段话，是对于皇帝咨询的回话，是两人之间的意见交换，与公开场合的官样文章截然不同，他坦率地讲了真话。那些海贼并非真倭，而是长年在闽浙沿海从事贸易的“剧贼”，而十分之三的真倭，是他们雇募而来的日本人。因此真倭是从属于“剧贼”的，当然不能笼统地把“剧贼”一概视为倭寇。
那么这些雇募而来的真倭充当什么角色呢？一是用他们来对付官军，二是用他们来混淆视听。请看胡宗宪的幕僚郑若曾的说法：“海商初不为盗，然盗由商起，何也？许二、王直辈通番渡海，常防劫夺，募岛夷之骄悍而善战者，蓄于舟中。”
话说得很直白，那些真倭都是王直等人从日本雇募而来的，处在从属的被雇佣的地位。这也印证了徐阶所说，“真倭不过十分之三，亦是雇募而来者”，确有所据。反观郑晓所说，“倭奴藉华人为耳目，华人藉倭奴为爪牙，彼此依附”，就显得过于含糊，不分主从。所以关于倭寇的记载中，有名有姓的真倭寥寥无几，稍微有点名气的有一个名叫辛五郎，此人不过是徐海的偏裨。
曾经作为胡宗宪幕僚的茅坤，亲历倭患，谈及此事，非常注意把“海上之寇”与“倭寇”、“倭患”加以区分。他在一篇议论“海寇事宜”的书信中，向浙江巡抚李天宠条陈八事，即谍贼情、申军令、利器械、分战守、择官使、籍兵伍、筑城堡、练乡兵。其中第一条“谍贼情”写得最为精采，特别强调“诸寇特挟倭以为号而已，其实皆中州之人”：
即如近年黄岩以来，众并称倭奴入寇。倭特东海诸夷之总名，而不闻其某岛为首乱，以某事始衅也。或谓诱之者海贾王五峰、徐碧溪等。然要之，诸海贾特以射利而出尔，非欲长子孙海岛也……若海上之寇，乘潮而来，自温、台、宁、绍，以及杭、嘉、苏、松、淮阴之间，几三千里。东备则西击，南备则北击，决非国家戍守之兵所可平定者。近闻里中一男子，自昆山为海寇所获，凡没于贼五十日而出，归语；海寇大约艘凡二百人，其诸酋长及随从，并闽及吾温、台、宁波人，间亦有徽人，而闽所当者什之六七。所谓倭而椎髻者，特十数人焉而已。此可见，诸寇特挟倭以为号而已，而其实皆中州之人也。夫既皆吾中州之人，其始也，本操资冒利而入；其既也，则相与行动，畏重罪而不能出。
《筹海图编》专门写了《寇掠分合始末图谱》，提及的倭寇，其实都是假倭。陈文石的论文引用了这一《图谱》，令人一目了然。简要摘引如下：
金子老、李光头：双屿之寇，金子老倡之，李光头以枭勇雄海上。子老引为羽翼。迨子老去（归福建），光头独留，而许栋、王直相继而兴者也。
许栋：此浙、直倡祸之始，王直故主也。初亦止勾引西番人交易，嘉靖二十三年始通日本，而夷夏之衅门开矣。许栋灭，王直始盛。
王直：嘉靖二十三年入许栋船为司出纳，为许栋领哨马船，随贡使至日本交易。嘉靖二十七年，许栋为都御史朱纨所破，王直收其党自为船主。嘉靖三十一年，并吞陈思盼，因求开市不得，掠浙东沿海。嘉靖三十二年闰三月，在列表为俞大猷所破。分略沿海各地，败走白马庙，往日本，屯松浦。
陈思盼：屯长涂，寻为王直所灭。
邓文俊、林碧川、沈南山：屯日本杨哥，攻仙游寨，攻瑞安、黄岩，出洋，巢柘林，分掠苏州、杭州。林碧川、邓文俊、沈南山皆海上巨寇也。嘉靖三十一年浙直之祸林碧川实为之首，破黄岩得利，遂启群盗贪心。三十三年，萧显继出。碧川与显以次败亡，而徐海、陈东又继之为浙东大患。
萧显：寇太仓，陷上海，巢柘林，破南汇，据川沙，攻嘉定，败走海盐。南直隶之祸，萧显实为首，善战多谋，王直亦惮而让者也。
徐海：率和泉、萨摩、肥前、肥后、津州、对岛诸倭入寇，屯柘林，攻乍浦，犯平湖，破崇德，犯湖州，分掠各地。嘉靖三十四年、三十五年之乱，徐海为之首，陈东、叶麻为之辅，众至数万。
陈东：率肥前、筑前、丰后、和泉、博多、纪伊诸倭入寇，攻南汇、金山，入崇明，攻青村，围上海，遁归日本，复屯川沙，并入柘林，与徐海合，攻乍浦，围桐乡，分屯新场，与徐海、叶麻合。
陈文石引用了上述《图谱》后评论说：“这些有的原为海盗，纯以劫掠为事。有的原为海商，转而为盗。三十三年前后，诸股渠帅多被诛服，惟王直、徐海等仍为乱不已。”
明白了海商转而为盗的背景，我们不能不佩服当时人唐枢的犀利目光，他在回答胡宗宪的咨询时，直言不讳地指出，由于海禁严厉，商人转而为寇：“嘉靖六七年后，守臣奉公严禁，商道不通，商人失其生理，于是转而为寇。嘉靖二十年后，海禁愈严，贼伙愈盛。许栋、李光头辈然后声势蔓衍，祸与岁积。今日之事，造端命意，始系于此。夫商之事顺而易举，寇之事逆而难为，惟其顺易之路不容，故逆难之图乃作。”他特别强调所谓倭寇其实是中国百姓：“海上逐臭之夫无处无之，恶少易动之情，亦无处无之。樵薪捕鱼，逞侠射利者，原无定守，不得安于其业，则随人碌碌，乃常情之所必至。使有力者既已从商而无异心，则琐琐之辈自能各安本业，无所效尤，以为适从。故各年寇情历历可指，壬子（嘉靖三十一年）之寇，海商之为寇也；癸丑（三十二年）之寇，各业益之而为寇也；甲寅（三十三年）之寇，沙上黠夫、云间之良户复大益之而为寇也；乙卯（三十四年）之寇，则重有异方之集矣。迹是而观，能无治其乎？”
很清楚，倭患最严重的嘉靖三十一年到三十四年，先是海商转而为寇，继之各行各业随之为寇，沿海的黠夫与松江的良户也从而为寇，到了后来四方云集，鱼龙混杂，形势愈发严重。
万历时福建长乐人谢杰对倭寇的分析，与唐枢有异曲同工之妙至少有以下几点值得注意：
一、成为中国大患的“倭寇”，其实多是中国人：“倭夷之蠢蠢者，自昔鄙之曰奴，其为中国患，皆潮人、漳人、宁绍人主之也。其人众，其地不足以供，势不能不食其力于外，漳潮以番舶为利，宁绍及浙沿海以市商灶户为利，初皆不为盗。”
二、由于政府实行严厉的海禁政策，闽浙沿海民众海上贸易的生路受到遏止，由商转而为寇：“嘉靖初，市舶既罢，流臣日严其禁，商市渐阻。浙江海道副使傅钥申禁于六年，张一厚申禁于十七年。六年之禁而胡御史琏出，十七年之禁而朱御史纨出。视抚设而盗愈不已，何也？寇与商同是人，市通则寇转为商，市禁则商转为寇。始之禁禁商，后之禁禁寇，禁愈严而寇愈盛。‘片板不许下海’，艨艟巨舰反蔽江而来；‘寸货不许入番’，子女玉帛恒满载而去。商在此者，负夷债而不肯偿；商在彼者，甘夷据而不敢归。向之互市，今则向导；向之交通，今则勾引。于是滨海人人皆贼，有诛之不可胜诛者。”
三、政府推行政策的偏颇是导致“倭患”愈演愈烈的根本原因：“初但许栋、李光头等数人为盗，既则张月湖、蔡未山、萧显、徐海、王直辈出而称巨寇矣！初但宫前、南纪、双屿等数澳有盗，既则烈港、柘林、慈溪、黄岩、崇德相机失事，而称大变矣！初但登岸掳人，责令赴巢取赎，既则盘踞内地，随在成居，杀将攻城，几于不可收拾矣！”
四、归根结底，“倭患”根源在于海禁太严：“推原其故，皆缘当事重臣意见各殊，更张无渐，但知执法，而不能通于法外；但知导利，而不知察乎利之弊，或以过激起衅，或以偏听生奸……闽广事体大约相同，观丙子（万历四年）、丁丑（万历五年）之间，刘军门尧诲、庞军门尚鹏调停贩番，量令纳饷，而漳潮之间旋即晏然，则前事得失亦大略可睹也。已夫，由海商之事观之，若病于海禁之过严。”
既然倭患的根源在于海禁太严，最好的解决办法不是“堵”，而是“疏”，换言之，必须开放海禁，才能缓解倭患以及由此引起的社会动乱。事实已经证明，用军事围剿来解决倭患并不成功，从朱纨、张经、李天宠到胡宗宪，调动重兵围剿倭寇，劳民伤财，财政不堪重负，民不聊生，社会愈发动乱。平倭总督胡宗宪之所以会乞灵于“招抚”的一手，就是看到了围剿难以奏效，不得不另谋出路的无奈之举。而“招抚”必须以开港通市作为交换条件，开放海禁便成了无法绕开的话题。