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凡出现上述症状中的部分表现而经有关检查排除病变者，均可以认为处在亚健康状态，但有时需要和一些常见疾病进行鉴别，以免耽误治疗时机。
贫血患者也可以出现头晕、头痛、乏力、心慌、多汗、晕厥、月经不调，但尚有面色苍白、易感冒、血红蛋白低等症状，可以通过血常规化验和骨髓穿刺鉴别。
由高血压、冠状动脉硬化、风湿热、肺动脉高压、病毒感染等病因引起的器质性心脏病，也可以有胸闷、心悸、心律不齐等症状，但一般体检和心电图检查可以发现相应阳性体征，而亚健康状态却表现正常。
亚健康状态与神经衰弱在临床表现上十分相似，实验室检查也属正常，故鉴别起来比较困难。但神经衰弱一般病史较长，神经系统的症状更突出一些，而且常有药物治疗史，亚健康状态的全身症状则要更多些。
病因目前尚不明确，本病多发于20～50岁，与长期过度劳累，包括脑力和体力疲劳、饮食生活不规律、工作压力和心理压力过大等精神、环境因素，以及应激等造成的神经、内分泌、免疫、消化、循环、运动等系统的功能紊乱关系密切。部分人认为，慢性疲劳综合征与免疫力有关，一个人的免疫力增强，患上慢性疲劳综合征的概率就相对降低。
中医学也认为，饮食生活不规律、长期的精神心理压力及房事不节等是导致本病的关键，以肝气不舒、心绪不畅为本，为实，以心、脾、肾诸脏气血阴阳不足为标，为虚。
这是伴随现代社会发展而出现的病症，直到近些年才受到世界各国的注意，这种病不仅与现代社会的快节奏有关，更与长期反复出现的心理紧张有关，如因怕解聘、被淘汰、不受重视、不得不承受的工作、生活压力和心理负担等，再加上家庭纠葛和自我期望过高，出现失眠、疲劳、情绪激动、焦躁不安、爱发脾气、多疑、孤独、对外界事物兴趣减退、对工作产生厌倦感等，则是应激反应综合征的先兆。
根据自我感觉做出亚健康的自测，主要有以下5个方面。
1.疲劳，休息后不缓解。
2.精神状态、工作效率低下。
3.饮食、消化、二便异常。
4.不明原因的器官、肢体疼痛。
5.全身持续多处不适，到医院又检查不出具体疾病，试着吃药也没有明显效果。