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躯体性亚健康大多以个人主观感受为主，无阳性体征，实验室指标检测多为阴性，故在诊断上有一定难度，目前国际上采用的生物学诊断标准主要有症状标准诊断法、量化诊断法、MDI健康评估法等。
亚健康状态是机体在无器质性病变情况下的一些功能性改变。因其主诉症状多种多样且不固定，故又称为“不定陈述综合征”。美国疾病控制中心制订了诊断标准，其内容包括以下3个方面。
1.持续或反复出现的原因不明的严重疲劳，病史不少于6个月，且目前患者职业能力、接受教育能力、个人生活及社会活动能力较患病前明显下降，休息后不能缓解。
2.同时至少具备下列8项中的4项
（1）记忆力或注意力下降。
（2）咽痛。
（3）颈部僵直或腋窝淋巴结肿大。
（4）肌肉疼痛。
（5）多发性关节痛。
（6）反复头痛。
（7）睡眠质量不佳，醒后不轻松。
（8）劳累后肌痛。
3.排除下述的慢性疲劳
（1）原发病原因可以解释的慢性疲劳。
（2）临床诊断明确，但在现有医学条件下治疗困难的一些疾病持续存在而引起的慢性疲劳。该诊断是一个排除诊断，应在确信排除了其他疾病的基础上进行，不能以病史、体格检查或实验室检查作为特异性诊断依据。
亚健康者大多以个人感受为主，体检无阳性体征，各种实验室检查多为正常、正常高值或临界状态，因此诊断上有一定的难度，需要进行综合量化分析。该检查分为一级检查和二级检查。一级检查即一般的体格检查，如果没有明显的症状，一级检查不能查出病因时，可用二级检查，如运动试验、24小时动态血压检测、脑电图、标准量表的心理状态测试。还可采用微观手段进行个体化体检，如机体免疫细胞功能检测、血液超高倍形态检查，以及与疾病相关的DNA和基因PCR检查等，都能发现人体微小的生理改变。如果各项检查结果基本为正常、正常高值或临界状态，起病呈急性或亚急性，任何一种临床症状持续6个月以上而又难以确诊为某一疾病时，即应诊断为亚健康。在明确亚健康诊断前，一定要排除器质性疾病。
很多学者用世界流行的心理功能衰退指数（MDI）健康评估法对亚健康状态进行定量研究。根据被测者的实际检测状况逐项打分（采取百分制，满分为100分），对应于世界卫生组织（WHO）的健康定义，进行综合评价。其标准是85分以上为健康状态，70分以下为疾病状态，70～85分为亚健康状态。MDI所依据的提示包括依次排列的对心血管疾病检测及中风预报，恶性肿瘤征象提示，脏器病变提示，血液及过敏提示，体内污染测定，内分泌系统检查，肢体损害探测，服药效果探测等躯体性指标，以及几年来增加的心理和社交障碍指标。
近年来，国外推出了一种名为“亚健康诊断仪”的医学仪器，其主要性能是用于诊断受检测者的生命整体情况、精力储备、人体反应能力，并对疾病作出预测。因为人的生命因素除了取决于客观环境、生物学与气候的影响、营养、生活条件等以外，人体本身也有自己的节律和新陈代谢的波动。因此，可以通过一定的检测手段，以秒和分的节拍，取出其变化情况并进行处理分析，从而作出诊断指示和治疗建议，供医生诊疗参考，亚健康诊断仪能够对受检测者迅速而有效地作出诊断提示。
1.机体的困扰和困扰的部位，植物性和功能性的失调，器官和器官群的虚弱情况。
2.急性和慢性的病痛，风湿病，炎症病源的所在部位。
3.营养与新陈代谢的紊乱情况，机体的免疫与抵抗能力。
4.过敏反应，睡眠障碍和其他的交替症状，心理学的困扰，生命节律的波动，心力的憔悴情况。
5.环境的影响和风土病理学。
6.体内重金属过多或其他的毒性情况。