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亚健康状态的神经系统表现中，头痛为日常生活中最常见、最令人厌烦、类型较多的症状，本部分以头痛为例讨论，其他疼痛依此类推。头痛的主要类型有紧张性头痛、束扎性头痛、偏头痛，以紧张性头痛、偏头痛最为多见（占90%以上）。头痛多与睡眠不足、进盐量多、生活不规律、情绪不稳定、易激动、精神疲劳及药物因素有关。
整个头部，以太阳穴两侧为主，甚至颈部感到疼痛；疼痛起伏不定，易复发；全天候均可发作；疼痛性质似紧箍咒，呈压迫性，非脉动式，多与生活难题引起的精神紧张、焦急、失眠、烦恼，以及职业性体位不良有关，随睡眠改善、精神压力消失而好转；除头痛外亦可见背痛、腰痛、牙痛。
多有家族倾向，周期性发作，以早晨为主；多起于青春期，女性为多见；多是脉动式、拨动式头痛；发作时间持续4～72个小时，伴恶心，呕吐，羞明，畏光或头晕等前兆；多偏一侧头痛（每次发作可在同一侧）。
突然发作，眼后窝痛，每次发作5～10分钟进入高峰，1小时能自动缓解，且为经常性发作。
突然感到周围物体旋转，同时感觉站立不稳，伴有恶心、呕吐、出汗等，但始终无意识丧失，在检查时可发现眼球震颤，也可没有震颤。
晕厥是一种极短暂的失去知觉和行动能力的状态，可出现头晕、眼花、胸闷及饥饿感等症状，多由于暂时性脑缺血或缺氧所引起，多在站立、过度劳累或炎热环境下发生。
耳感受到蝉鸣、哨声、铃声或风声、雨声。若仅为病人自己感受为主观性耳鸣，若检查者与病人均可听到耳鸣为他觉性或客观性耳鸣。轻则可单耳，间歇发生，多在安静时出现，重者持续感到耳内吵闹不安。
很多人都有过麻木的感觉，比如坐久了腿会麻木，仰卧久了被压的肢体会麻木，这些都是正常的生理性现象。但是，有的麻木是疾病的早期信号，多数是亚健康状态的感觉。麻木的部位多不固定，呈游走性，时轻时重，变化多样，特别是可随着情绪的变化而发生变化。同时，病人常会伴有焦虑、烦躁、失眠、多梦、记忆力减退、心慌气短和周身乏力等自主神经紊乱症状。
在亚健康的临床表现中，此类疼痛处于第一位，而且包罗万象，遍布全身，包括以下几种。
多表现为慢性疼痛，多因心理冲突强烈、心理压力过大所致。
心理暗示也可导致疼痛的产生，多项检查未查出器质性病因。
往往抑郁的感觉较轻，如仅表现为缺少愉快感觉或高兴不起来，但躯体疼痛却持续而顽固。
焦虑可引起疼痛，其特点是同时伴有明显的焦虑感及相关症状，如紧张、不安、心慌、气促、出汗等，不如抑郁性疼痛的部位固定。
腹胀，并伴有腹泻或便秘，晨起便意紧迫，临床起病隐匿，症状反复发作，迁延，查不到器质性病变。该病较为顽固，易复发，常影响生活质量。肠易激主要与心理因素、胃肠动力异常、内脏痛觉过敏和胃肠道激素变化、免疫功能变化等有关。
胃肠道有一定的营养吸收功能，吸收不良综合征可因吸收功能下降或排泄过快引起，也可因长期服药及毒物所致，经常有腹泻、消瘦。
易被人忽视，仅表现为体质衰弱、消瘦、贫血，似为亚健康，实为发作间歇的休止期。发作时表现为呕吐、腹痛。
一般人肠道内保持一定数量比例的正常菌群，如大肠埃希菌、乳酸杆菌等，起着合成维生素、促进生长发育及防御作用。亚健康状态会出现轻微的菌群失调，不致引起重大病理变化，但可影响营养代谢和自身的保护机制。
多为胸闷、憋气、气短，仅是没有明显疼痛症状表现而已，它与基因、体质、疼痛耐受性、糖原供给能量、身心及社会环境因素有关，如运动、寒冷、兴奋、忧虑等影响交感神经、迷走神经及其肾上腺能受体神经，常有情绪心理变化表现，可由闷痛伴有窒息感，甚至伴有濒死的恐惧。
猝死前多半呈亚健康状态，有一系列隐潜疾病存在，或在疾病逆转康复过程中出现，因此需重视体检、体质训练，对隐潜疾病予以微观、宏观分析。
二尖瓣是分隔左心房和左心室的一对瓣膜，如在每次心搏后瓣膜不能恰好地关闭，少量血液就会回流并产生杂音。出现这种杂音对某些人来说，表示身体某个部位出了问题，很多问题不在心脏，而是控制液体平衡的神经系统方面。这部分人的血容量降到很低，原因不明，为了补充血量，使供应细胞的营养和氧不致减少，身体会释放超量的肾上腺素给心脏加速。而肾上腺素长期偏高，很可能使人产生焦虑不安、心率加快和睡眠障碍。大多数病人会感到疲劳，且有时疲劳是唯一的症状。
多为50岁上下的妇女，她们往往变得不但困乏想睡，而且有畏寒、便秘、抑郁等症状，且普遍感到懒散不大想动。而甲状腺素分泌过多通常有容易兴奋激动的表现，这也会导致疲乏无力。虽然如此，但各自产生的疲劳性质有所不同。甲状腺素分泌过多的人通常感到虚弱和精疲力竭。若为甲状腺功能减退，则更多地表现为昏昏欲睡。此外，还有体质消瘦，食欲差伴腹胀，双下肢疲劳，易劳累，记忆力下降，睡眠时腓肠肌痉挛疼痛等表现。
当人的睡眠不足时，其内分泌也会呈现失调现象。正常情况下，皮质类固醇的分泌量在夜晚会下降，褪黑激素带来的昏昏欲睡，使人能很快进入梦境。但是如果连续1周睡眠不足，皮质类固醇不会在清晨上升到高峰，故常会有精神不振、懒洋洋的身心表现。
有人认为更年期综合征不属于亚健康状态范畴，但两者之间没有明确的界限，难以区分。一般认为，亚健康状态应为时重时轻，时有时无。在临床上，绝经期女性的疾病突然多起来，而且种类繁多，心血管、脑血管、内分泌、骨科、神经精神各方面几乎无不涉及，远不局限于更年期综合征的潮热出汗、烦躁不安、性欲减退、失眠健忘、精神异常等症状，而更多的更年期妇女是处于亚健康状态。
其临床症状分为3类。
如潮热、出汗、心绞痛。
如头痛、失眠、情绪改变、易怒、抑郁、无性欲、恐惧。
老年性阴道炎、动脉硬化、血栓形成、皮肤萎缩、乳房萎缩、骨质疏松、关节病变、多毛症等。
1.心理因素引起假性妊娠。假性妊娠是指妇女并没有怀孕而出现妊娠反应，在月经延迟半个月以后出现恶心呕吐，爱吃酸东西，行动有气无力等表现。
2.恐惧、惊慌。它们在一定的条件下也可以成为触发流产的因素。
3.产前孕妇不良情绪导致难产。
4.产后出现悲伤，经常情绪低落，哭泣，失眠，精力不足，脾气急躁，焦虑，恐惧，抑郁，是产后抑郁症的主要表现。
综合上述诸多临床表现，可以概括为以下14条。
1.衰老（免疫力下降、皱纹等）。
2.疲劳（心理、神经、心血管）。
3.失眠。
4.头痛。
5.贫血。
6.肥胖。
7.痛经。
8.便秘。
9.心病（抑郁、自闭、固执等）。
10.皮肤问题。
11.排尿异常（浑浊、分叉、不畅）。
12.胸闷胸痛。
13.食欲不良（纳呆、无食欲等）。
14.性功能减退。