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监所医学的研究任务，是随着研究对象的明确而得以确定的。总体上说，监所医学长期的研究任务是构建、丰富和发展监所医学的知识理论体系。具体说，监所医学的研究任务有以下几个方面。
为了监所医学的健康发展，需要寻找并掌握它的基本矛盾。那么监所医学的基本矛盾是什么呢？我们认为是罪犯在监管条件下，其健康会受到一定的影响，和选择采用怎样的有效干预措施，维持和促进罪犯健康之间的矛盾；是在这一条件下，疾病的形成和发展变化有一定的特殊性，与采取怎样的治疗方案以有效控制病情，尽快恢复健康间的矛盾。
如何揭示这些矛盾及其运动变化形态、趋势，掌握其规律性，更好地为完成好根本任务——保障和促进罪犯的健康服务，成为监所医学研究的主要任务。
监所医学的历史，尤其是新中国成立后的发展史，各地在不同的发展阶段，都积累了丰富的实践经验，都有各自行之有效的做法，很有挖掘、整理之必要，使之上升到理论层面，成为具有普遍指导意义的监所医学理论体系的组成部分。同时，对一些值得深思的方面、问题或教训，同样需要进行总结、传承，以警示后学。
总结其历史经验和教训，传承行之有效的做法和理论，结合现实吸纳并发挥其优势；避免其教训的重演和相类似负面因素对发展的影响，都是需要认真研究和总结的内容。目的只有一个，就是更好地为现实服务。
理论源自于实践，并在指导实践的过程中不断得到检验、丰富和发展。在我国的监所医疗实践中，不同时间、不同地区，在实践中都形成了颇具特色的、结合自身工作实际的有效做法。总结、提炼历史长河中以及现实工作中，各地区在实践中所积累和形成的行之有效的各类理论和做法，将其上升到系统理论的层面，使之成为监所医学知识理论体系的有机组成部分，不断丰富其理论体系，促进其向纵深发展，更好地指导实践。
充分考虑现代医学发展所呈现的新趋势、新进展；监所在实践中所面临的新情况、新形势；监所医学所遇到的新问题、新矛盾；罪犯群体对医学提出的新需求、新动向；冷静应对，缜密思考，深入研究，严谨论证，大胆科学地猜想，寻找解决问题的理论和方法，不断推进监所医学的理论创新和实践创新。只有用发展的观点，结合实践中所遇到的新问题，不断创新理论和办法，才能在解决实践问题的过程中，不断促进监所医学的发展。
监所医学本身是一门交叉学科，它的发展需要重视并加强对相关学科的研究，学习、借鉴、吸收其有益成分，不断丰富监所医学理论体系；实践中，更需要充分借鉴其他学科的知识理论体系，为问题的解决服务，为监所医学的发展服务。仅仅局限于医学和监所管理学的运用和研究，是远远不够的。必须善于学习，勇于探索，结合实践中的问题，广泛吸纳有助于问题解决的一切有益知识，不断拓展知识理论体系。
必须指出的是，监所医学的研究任务和它的根本任务“保障和促进罪犯的健康”是有所区别的。研究任务更多侧重在知识体系的理论层面，而根本任务则关注在活动体系的目的层面；研究任务是为了更好地为根本任务服务，为其提供强有力的支撑和保障。
罪犯的犯罪行为与身体所患疾病之间有无内在的因果关联，这一问题越来越受到有关专业学者、国内外专家的关注和重视。从无数的被监禁对象的案情材料来看，至少是有一部分罪犯的犯罪与自身健康状况、尤其是疾病状态是有内在关联的。充分分析和研究这种关联，对开展针对性的教育改造和矫治，对社会开展犯罪预防等都将是十分有益的。
监所医学作为主要为特殊对象服务的特种医学，开展健康、疾病与犯罪的关联性研究，无疑对提高服务对象的健康水平、生存能力，矫正犯罪行为和动机，最终防止犯罪等都将会产生积极的影响。
有关这一方面的课题研究，过去几乎没有涉及，从现实需要和学科建设需要的角度，开展相关研究是学科应该承担的任务。
监所医学的研究，其最终任务是构建形成并不断丰富和发展监所医学的知识理论体系，从而更好地、有效地指导临床实践。所以，从长远来说，需要共同体人员，紧紧围绕这一研究任务，系统规划研究目标，制订详实的研究计划；长期坚持，通力协作，为终极研究任务的完成而不懈努力。