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作为住院医师而言，规范化培训是从医学生真正转变为医生的关键阶段。因此，需要有些规范来介绍如何从整体的角度和横向的角度重新认识疾病，这样换一个角度认识疾病是对疾病诊断的真正开始。要从纷杂的不同传播途径、不同病原体感染的疾病中迅速抓住要点，对疾病作出诊断，首先需要对常见病和多发病，以及一些重大疾病能够很清晰的掌握，形成系统的知识体系，比如病毒性肝炎的病原学、临床表现、诊断依据、鉴别诊断及治疗；人类获得性免疫缺陷综合征（AIDS，艾滋病）的病原学、自然史、临床表现、初筛和确认、抗病毒治疗、机会感染的诊断和治疗。还要对于重要的临床表现和疾病具有系统规范基本知识和临床思维，比如慢性乙型肝炎和丙型肝炎的抗病毒治疗；脓毒血症与感染性休克的发病机制及抗休克治疗；抗菌药物的选择、进展及临床应用；寄生虫病的诊断和治疗；不明原因发热的诊断与鉴别诊断；重型肝炎的诊断和治疗。在横向思维的形成过程中，分类和比较是一个常用的方法，所以，对于伤寒、细菌性痢疾、阿米巴病、细菌性食物中毒等肠道传染病的传播途径共同性、诊断依据、鉴别诊断及各自的特异治疗进行比较，从而掌握和运用诊断和治疗的基本知识和基本技能。
根据感染性疾病的流行率和发病率特点，要能够对病毒性肝炎、发热待查、细菌性痢疾、败血症、感染性休克、细菌性食物中毒、中枢性神经系统感染以及艾滋病等病种，通过亲自管理患者，完成诊断和治疗，达到理论和实际相结合。当然，在其他病种方面，希望多接触各种疾病，并根据感染性疾病的流行性、季节性和地方性特点，完成在感染科阶段所能见到的病种，在轮转其他科室时，也能参加其他一些疾病诊断和治疗的讨论，帮助我们进一步认识感染性疾病的季节性和地方性。当然，作为唯一形成法律的一类疾病，要掌握法定传染病报告与处理程序，今后无论在哪个科室工作，这一点都是作为医生必需的。
另外，住院医师还应该掌握一些基本技能，如消毒隔离的程序；各种体液（血液、痰液、浆膜腔积液）的病原微生物培养及药敏试验的临床意义。同时了解一些技能的适应证、禁忌证和临床诊断治疗的价值，如肝穿刺、人工肝支持治疗等。
但是，作为住院医师，是不应该局限于教材的，教材的目的在于介绍最基本的概念、临床最常见的问题和国内外最新的进展，实际上是希望起到触类旁通的作用。由于教材的出版周期和医学的快速发展，国内外的进展可能更多需要自己去学习对新发表文献的敏感、评价和应用，掌握对于新进展进行综合分析的能力，建立循证医学的理念。
总之，教材的设立是在我国首次明确住院医师培训目标，这个目标是按照国家卫生和计划生育委员会内科住院医师规范化培训标准来确定的培训目标，并建立各阶段培训要求。也因为如此，本教材还有许多需要探讨的地方，欢迎同道批评建议。
感染的英文来自于infect，而infect 是由两个词根组成，分别是in 和fect，in 是进入的意思，fect 作为词根的常见用法表示do，就是做。因此，感染的过程就是围绕什么病原体进入人体、在什么情况下进入人体、如何进入人体、进入人体后做了什么、怎么做、发生了什么。因此，自始至终是一个病原体和人体相互作用的过程。就感染过程或者个体而言，就需要具备病原体、机体和环境三个感染发生的基本因素，如果该疾病不仅仅具有感染的特点，还会造成流行，就是传染性疾病，因此，就人群和发生流行而言，就需要传染源、传播途径和易感人群三个基本条件。
由于感染的过程是病原体和人体相互作用的过程，根据病原体和人体免疫力的强弱不同，就形成了病原体被清除、隐性感染、显性感染、潜伏性感染和病原携带状态五种表现，其中，显性感染有明显的、特异性的临床表现，是临床最常见的形式，也包括急性感染和慢性感染。即便是急性感染和慢性感染，也体现了作为病原体和人体相互作用过程中强弱不均衡。隐性感染虽然往往没有明显的临床表现，但是，却具有最重要的流行病学意义，特别是在该疾病流行时。
由于世界各地经济和社会发展的不均衡，世界卫生组织（WHO）较少对非感染性疾病发布全球性的疾病诊断和治疗指南，但是，对于感染性疾病是一个例外。这是由于感染性疾病的流行病学特征所要求的。因为有些传染性疾病会快速传播，造成全球的流行，WHO 就需要做出具有普适性的诊断和治疗指南，其目的和意义并不仅仅局限于诊断和治疗，还具有预防的意义。
同时，对于感染性疾病，特别是传染病的及时诊断和治疗对预防有意义，而且是对全民健康有意义，所以，感染性疾病的进展往往全球分享更快、国内外进展的结合更加紧密。
传染病的基本特征是有病原体、有传染性、有流行病学特征和有感染后免疫。根据这些基本特征，在感染性疾病的诊断中，病原体的检测就成为最重要的诊断，是确诊的依据。对于有些难以检测病原体的疾病，针对病原体的特点，可以检查病原体的抗原进行诊断；根据感染免疫的特点，可以检测机体在感染后产生的特异性抗体进行诊断。
由于病原体是感染的始动因素和感染发生的最关键因素，所以，一旦找到病原体就可以确诊。也正是因为这一点，病原治疗就是感染性疾病最主要的治疗。而感染发生的过程和结局取决于病原体和人体的相互作用，感染一旦发生，两者的相互作用就会决定感染的进程，所以，免疫治疗，特别是特异性免疫治疗就成为感染性疾病治疗的一个重要的方面，特别是在缺少病原学治疗手段的时候更是如此。
传染病的临床特征主要表现之一为疾病发展的规律性，可以表现为潜伏期、前驱期、症状明显期和恢复期。这一特点与病原体和人体相互作用有很大关系，也对于治疗有指导意义。及早诊断可以有效控制疾病进展，降低重症化的发生；而在症状明显期，除了需要针对病原体的治疗，由相互作用而导致的不同疾病中复杂的病理生理异常成为治疗的一个重要方面。
感染性疾病的感染后免疫是其基本特征，有些病原体感染后免疫持续时间较长。这一基本特征成为传染病预防的基础。可以研发疫苗来预防易感人群的感染。
传染病临床特征中，最早出现的临床阶段是潜伏期，潜伏期是决定检疫期以及密切接触者医学观察期的依据。对于特定的传染病，应该观察到该病的最长潜伏期为止。
传统的分类方法是按照疾病的传播特点来进行分类，可分为呼吸道传染病、消化道传染病、血液传播传染病、虫媒传染病、接触传播传染病。这种分类方法在预防中的意义大于临床的意义，但是，在临床上，对于患者的分类隔离，采取隔离的方式方法有指导作用。新近的分类则采取按照病原体进行分类，包括病毒感染性疾病、立克次体病、细菌感染性疾病、螺旋体感染性疾病、原虫感染性疾病、蠕虫病。这样的分类对于指导治疗有意义，也反映了国际上对感染病原生物特异性治疗方法的发展。
循证感染病学（evidence-based infectious disease）是循证医学中最活跃的一个领域。其定义是，从感染性疾病研究中撷取当前最好的证据，明确地、有思考地、认真地应用于个体或群体感染的预防和治疗。在人类疾病中，对于感染性疾病的循证医学研究显著地占据了重要的地位，从而丰富了对感染性疾病的认识，促进了循证医学与临床实践的紧密结合。
由于感染性疾病的有病原体、有感染性、有流行病学特征以及感染后免疫等特点，感染性疾病的循证医学研究也涉及微生物学、流行病学、免疫学、分子生物学等领域。而导致人类感染的病原体有500种以上，又分为细菌、病毒、真菌和寄生虫等，并且，感染病原体不仅可以由外来环境入侵人体（外源性感染），也可由人体黏膜腔内移行易位或者在潜伏的组织器官内复活而导致内源性感染，使感染变得很复杂。
由于以上的各种复杂情况和学科的发展，感染病学中的循证医学概念的应用是获得科学证据的最基本手段，根据这些循证医学证据发展起来的指南和专家共识也在整个医学领域占据规范和引导的作用。目前，在感染性疾病的预防、诊断和治疗等方面，均有基于循证医学的研究。
采用循证医学的原理和方法进行感染性疾病诊断研究，或者对一个感染性疾病诊断方法进行循证医学评价的时候，有必要先了解一些重要的方法和概念。
在对诊断方法评价中，除了要知道该方法的研究过程是否采用了“盲法”，还要关注的是敏感性（sensitivity）和特异性（specificity），前者是指用标准方法（或参考方法）检测阳性的样本中，用新方法检测同样为阳性的百分比；后者是指用标准方法（或参考方法）检测阴性的样本中，用新方法检测同样为阴性的百分比。在理想的情况下，新的诊断方法在敏感性和特异性方面都能达到95%以上。
但是，95%的敏感性和特异性仅仅对于检验人员选择优秀的检测试剂有所帮助，在临床医生的工作中还难以具体操作。当我们采用一个方法诊断某一个病原体感染时，该诊断方法的敏感性和特异性达到95%以上，检测结果为阳性，此时，我们还不能认为该患者感染该病原体的可能性就是95%，还需要借鉴另外两个概念，即阳性预测值（positive predictive value，PPV）和阴性预测值（negative predictive value，NPV）。前者是指所有检测阳性者中真阳性的百分比；后者是指所有检测阴性者真阴性的百分比。当阳性预测值为90%时，我们可以认为阳性检测结果提示该患者感染该病原体的可能性为90%。但要注意，阳性预测值和阴性预测值往往随着该感染性疾病目前的患病率而变化，患病率越高，阳性预测值也高；临床医生根据某病的患病率和诊断试验的阳性结果就能预测就诊者患某病的可能性大小；在患病率一定时，特异性越高，阳性预测值越准确；敏感性越高，阴性预测值越高。
为了解决疾病患病率对于阳性预测值和阴性预测值的影响，更准确地诊断疾病，可以采用似然比（likelihood ratio，LR）。似然比不受疾病患病的影响，可以检验诊断方法的敏感性和特异度，提示我们应该增高或降低检测结果对于诊断疾病的可能性。阳性似然比（positive likelihood ratio，LR+）提示我们，应该增高检测结果对于诊断疾病的可能性。阴性似然比（negative likelihood ratio，LR-）提示我们当检测结果为阴性时，应该降低对于诊断疾病可能性的考虑。
当谈到循证医学的时候，更多地会考虑“随机、双盲对照临床试验”并得出可信的、真正有效的治疗结果。从发展指南的角度来看，可以根据大样本或小样本的随机对照研究、前瞻性队列研究、病例对照研究以及病例的系列研究来确定证据的等级。近几年来，在新的证据等级分级中，荟萃分析（meta-analysis，meta 分析）和系统综述被确定为最高等级。通过Meta 分析，可以将多个试验的结果综合起来分析，评价和减少不同研究中的临床异质性和方法学异质性、统计学异质性三类，评价分析各研究结果合并效应量。Meta 分析又分为探索性meta 分析和分析型meta 分析。对于探索性meta 分析的结果还需要发现主要的问题和不足，进一步设计更好的研究来解决，比如随机对照研究。对系统综述也同样需要明确综述文献选择的策略是什么、纳入综述的文献入选标准和排除标准是什么、治疗相关的文献中样本数和精确性、是否重要的结局都已经考虑到、系统综述的结果是否可以推广到目前诊治的患者，甚至其他同类的患者，以及临床的益处明显超过有害性。
当我们阅读一篇文献、评价一项临床研究时，有几个影响研究质量的重要问题需要注意，即研究的目标人群是什么样的人群、是否真正做到了随机、所有的干预和检测是不是真正双盲、结局是什么、是否可以推广用于我们自己在临床上所遇到的患者。
（魏来）