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遗传因素和环境因素是影响儿童生长发育的两个最基本因素。遗传决定了生长发育的潜力，这种潜力又受到一系列环境因素的作用和调节，内在的遗传因素与外界的环境因素相互作用共同决定了每个儿童生长发育的水平。
儿童生长发育的特征、潜能、趋势、限度等由父母双方的遗传因素共同决定。种族和家族的遗传信息会影响儿童的皮肤和头发的颜色、面部特征、身材高矮、性成熟的早晚及对传染病的易感性等。遗传性疾病，如染色体畸形或代谢障碍也会对生长发育造成影响。性别也可造成儿童生长发育的差异，各有其规律与特点。如女孩的平均身高、体重低于同龄男孩。
合理的营养是儿童生长发育的物质基础，当各种营养素供给比例恰当，生活环境适宜，儿童的生长潜能就可能得到最好的发挥。宫内营养不良的胎儿，不仅体格生长落后，严重时可以影响脑的发育；生后营养不良，特别是生后1～2年严重营养不良，可影响体格生长和使机体的免疫、内分泌、神经调节等功能低下，影响智力、心理和社会适应能力的发展。宫内营养不良和超重儿童在成年后发生胰岛素抵抗、糖尿病、动脉粥样硬化、高血压等的概率将增加。
胎儿在宫内的发育受孕母生活环境、营养、情绪、健康状况等各种因素的影响。如妊娠早期感染弓形虫、风疹、巨细胞病毒、疱疹和其他病原如梅毒等（概括为TORCH感染），是导致出生缺陷发生的主要生物因素之一。妊娠早期严重营养不良可引起流产、早产和胎儿体格生长以及脑的发育迟缓；孕母接受药物、放射线辐射、环境毒物污染和精神创伤等，可使胎儿发育受阻。
良好的生活环境及卫生条件，如阳光充足、空气新鲜、季节气候适宜、水源清洁、居住条件舒适等，能促进儿童生长发育，反之则会带来不良影响。家庭生活模式、亲子关系、父母育儿观念、婚姻质量等直接影响儿童的早期发展水平。健康的生活方式、科学的护理、正确的教养、适当的锻炼和完善的医疗保健服务均是促进儿童体格、神经心理发育达到最佳状态的重要因素。
疾病对儿童的生长发育影响十分明显，尤其在儿童发展的关键时期。急性感染常使体重减轻；长期慢性疾病则同时影响体重和身高的增长。内分泌疾病常引起骨骼生长和神经系统发育迟缓，如先天性甲状腺功能减低症等；先天性疾病，如先天性心脏病常伴随生长迟缓。同时长期患病的儿童不断处于疾病所造成的不平衡状态中，承受持续的内在压力，还会影响其独立及自主能力的发展。两岁以内的儿童，在患有呼吸道感染、慢性腹泻等疾病，经治疗痊愈后，若营养充足，会出现“追赶性生长”的现象，即儿童身高、体重等在短期内加快增长，以弥补患病期间的损伤，但持续的生长延迟或发生在关键时期的不良事件所造成的影响则无法弥补。