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传染病发病机制的阶段性与临床表现的阶段性大多是互相吻合的。
病原体入侵部位适当，病原体才能定植、繁殖及引起病变。
病原体入侵定植后，可在入侵部位直接引起病变，如恙虫病的焦痂；也可在入侵部位繁殖后分泌毒素引起其他部位病变（如白喉和破伤风），或病原体进入血液循环后再定位于某一靶器官引起该脏器的病变（如病毒性肝炎），或经过一系列的生活史阶段，最后在某脏器中定居（如蠕虫病）。病原体的机体内定位与其组织亲和性密切相关，如肝炎病毒对肝脏的亲和性、人类免疫缺陷病毒（HIV）对CD4 + T细胞的亲和性。
即各种传染病排出病原体的途径，是传染源造成传染的重要因素。有些病原体排出途径是单一的，有些是多方面的，排出的持续时间也有长有短，因而不同的传染病有不同的传染期。
病原体可通过机械运动及所分泌的酶直接破坏组织，通过细胞病变使细胞溶解，或通过诱发炎症引起组织坏死等途径造成组织直接损伤。
通过各种毒素和毒力因子（如细菌素、入侵素等）作用造成组织损伤。
有些病原体感染人体后能抑制或直接破坏细胞免疫，有些病原体则通过引发变态反应造成组织损伤。
是传染病的重要表现之一。当机体发生感染、炎症或受到抗原刺激时，病原体及其产物、免疫复合物、异性蛋白、大分子化合物等外源性致热原作用于单核-吞噬细胞系统，使之释放内源性致热原，通过一系列过程作用于下丘脑的体温调节中枢，提高体温调定点，使产热超过散热而引起体温升高。同时触发肌肉频繁收缩震颤产生更多的热，临床上表现为寒战。
感染、创伤、炎症等过程可诱发一系列宿主应答，伴有特征性的代谢改变，包括蛋白代谢、糖代谢、水和电解质代谢异常以及内分泌改变等。