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国民党败退台湾前，把大批特务和正规军遣散为匪，潜留大陆，伺机东山再起。这些匪特竭力网罗反动分子，扩充武装，组织反革命武装暴动，无时无刻不在寻找一切可能的机会向人民政府进攻，企图颠覆新生人民政权，一度成为危害很大的反动势力。据统计，1950年1月至10月，全国共发生妄图颠覆新生政权的武装暴动816起；匪患最为活跃的西南地区，曾被匪特攻打、攻陷的县城有100座以上，贵州省会贵阳曾被匪特进攻5次；在安徽大别山区的14个县及广西部分地区，匪特还一度建立了伪政权；1950年，全国有近四万名干部和群众积极分子惨遭匪特杀害。
匪患不除，国无宁日。新解放区人民群众强烈要求人民政府和人民解放军坚决消灭土匪，保护人民生命财产的安全。1950年2月18日，时任西南局书记的邓小平给中共中央的报告中提出：“剿匪工作已成为西南全面的中心任务，不剿灭土匪，一切无从着手。”有鉴于此，毛泽东指令人民解放军：必须限期剿灭股匪，加速进行土改，发展地方武装和坚决镇压反革命活动，我党我军方能取得主动，否则有陷入被动的危险。
为了保证剿匪作战的顺利进行，毛泽东提出军事进剿、政治瓦解、发动群众武装自卫三者相结合的方针。在匪情严重的地区，要以军事打击为主，政治争取为辅，军事政治双管齐下；在一般情况下，则以政治争取为主，军事打击为辅；在实行军事打击或政治争取的同时，均应与充分发动群众、建立政权、加强地方武装、进行民主改革等项工作结合进行，以求从根本上消除匪特生存活动的条件。对匪特实行的政策是：镇压与宽大相结合，即首恶者必办，胁从者不问，立功者受奖。通过上述方针政策的贯彻执行，达到争取多数、打击少数、利用矛盾、各个击破、彻底消除之目的。
1950年3月22日，邓小平、刘伯承与贺龙联名发布了剿匪布告。邓小平指出，这一任务“要比普通的军事斗争复杂与艰苦得多”，“仍然包括流血和牺牲”，而且“不是打几个冲锋就能解决问题的”。要取得胜利，不仅需要坚定勇敢，更重要的是要有智慧、有策略、有办法。一场大规模的剿匪斗争，就此拉开序幕。
为彻底歼灭各路土匪，中共中央西南局、西南军区专门下达了《关于组织一元化剿匪斗争的指示》，要求各军区、军分区至县、区、乡、保都应成立剿匪委员会，作为一元化剿匪领导的组织形式。剿匪委员会原则上以同级党委书记为主任或副主任，将广大人民群众发动与组织起来，形成党政军民轰轰烈烈的剿匪局面。
1951年上半年，各地清剿的股匪已逾百万，大陆上的匪患基本上平息。以匪情严重的广西为例，人民政府先后调集20余万人，在大瑶山、六万大山、十万大山、灵山、永淳和钦州等地重点进剿，歼灭“粤桂边反共救国军”、“广西游击联军”等股匪33万余人，受到毛泽东的嘉奖。三十多年后，邓小平同原二野的老同志座谈时，十分兴奋地回忆说：“进军西南，同胡宗南那一仗打得很容易，同宋希濂也没有打多少仗，真正打了一场的是剿匪战斗，这一仗打得很漂亮！”
湘西地区也是匪患的重灾区。新中国成立初期，在这块只有4万多平方公里的地方，各类土匪武装达到了10余万人。匪多、枪多、鸦片多的混乱局面，使当地百姓生活在抢劫、杀戮的恐怖之中。1950年初，人民解放军第47军大举进剿湘西一带的土匪，并将矛头首先对准土匪中最顽固、最嚣张的势力。1月，解放军依靠当地群众，越过天险，攻克了八面山燕子洞，捣毁了盘踞于此地的陈子贤、师兴周匪部。3月，剿匪部队兵分三路，从泸溪、凤凰、麻阳向兴隆场合围徐汉章匪部，同时采取分进合击战术，围攻张平的老巢李家洞，并在4月取得胜利。紧接着，我军又开展了中心区、边缘区的清剿和清剿残匪的斗争，击毙了张平、曹振亚、曹子西、杨树臣、龙云飞等多名匪首。
根据湘西剿匪真实历史事件改编，1987年出品的电视连续剧《乌龙山剿匪记》，是荧屏的经典。该剧以凝重的笔触，曲折的故事，惊险的情节，描述了以刘玉堂为队长的剿匪小分队，依靠当地人民群众与匪首田大榜、钻山豹，国民党女特务四丫头等展开的一场殊死的斗争，给观众留下深刻印象。
在西北解放区，匪患主要是国民党军胡宗南、马步芳、马鸿逵的残部。他们纠集散兵游勇、职业土匪及会道门反动分子，欺骗群众，组织暴乱，破坏民族团结。从1949年11月开始，西北军区先后投入2个兵团、11个军、38个师另1个旅3个团的兵力，在陕、甘、宁、青、新地区进行剿匪作战，歼灭了陕西王凌云、甘肃马英贵、青海马成贤、宁夏马绍武、新疆乌斯满等股匪，沉重打击匪徒的嚣张气焰。
根据中央“除恶务尽，不留后患”的方针，一些地方肃清残散土匪的斗争持续进行到1953年。人民解放军大规模的剿匪作战，共歼灭土匪、武装特务和争取投降自新260余万人，使旧中国历史上遗留下来而为广大人民深恶痛绝的匪患得到根绝，有力地保护了人民安居乐业，稳定了社会秩序。