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国民党在其军队主力被歼灭后，不甘心在大陆的失败，在大陆密布特务组织。军统头子毛人凤奉命拟订的《关于大陆失陷后组织全国性游击武装的应变计划》，通过秘密电台发往各地的潜伏组织和武装特务，内容有四项：第一是布置潜伏工作；第二是搞还乡计划；第三是准备在西南地区打游击、当流寇；第四是中共叛徒大量留下不许去台湾。尽管一些潜伏特务思想转变，后来向人民政府自首，但不乏投机分子“脚踏两只船”。
新中国成立后，面对人民政府各项工作的顺利开展，反革命分子制定了“长期潜伏，等待时机，重点破坏与暗害活动”的策略，尤其是着重在财政经济部门中进行抢劫物资、破坏机器，纵火、爆炸、盗窃、暗杀、窃取国家机密等破坏活动，以达到干扰和破坏人民政权之目的。据铁道部不完全的统计，1950年前八个月，全国超负荷的铁路网遭受了401次破坏，造成大量的机车、火车车厢和桥梁被损毁，另有412次破坏被成功避免。反革命分子还残杀地方干部群众，有些地方，村干部全家被杀。农会干部一次被杀十余人者有之；一村的农会会员被杀四十余人者有之；为人民解放军运输军需粮草的民夫，整队被杀者有之。仅广西一省，人民政府干部被杀者，即有三千余人。
1950年6月，朝鲜战争爆发后，美国把战火烧到中国的大门口。反革命分子以为“第三次世界大战”将要爆发，蒋介石将要“反攻大陆”，“变天”的日子将要到来，气焰更加嚣张，加紧进行破坏活动。同时，四处散播谣言。上海的地主就对佃户说：“现在美国人在朝鲜打得很好，不久就要到中国来了，国民党也很快回来的。”北京地区更是荒谬地传说：“鼓楼冒烟，石狮子流泪，万寿山闹鬼”，说是“风水破了，要改朝换代”。
面对严峻的形势，不少地方没有采取有力的措施，发生了过分宽大的偏向，引起人民群众的不满。当时担任政务院政法委员会副主任的彭真，在向中央人民政府委员会所作的一次报告中说：“人民责备我们‘宽大无边’、‘有天无法’，说：‘天不怕，地不怕，就怕共产党讲宽大’；‘人民政府什么都好，就是对坏人这样客气，看着坏人残害老百姓，不给老百姓作主，不好’。有的工人义愤填膺地质问干部说：‘看：我们竞赛几个月，特务放一把火就完蛋了；再不镇压，说什么我们也不竞赛了’。有的说：‘政府睡着了’，‘连敌我都不分’。有的人说政府‘姑息养奸，贻害人民’，‘简直不像个人民政府的样子’。”
为了巩固新生的人民政权，保护人民生命财产安全，稳定社会生活秩序，中共中央和人民政府决定放手发动群众，严厉打击反革命分子。1950年7月23日，政务院和最高人民法院公布《关于镇压反革命活动的指示》，要求各级人民政府对一切反革命活动必须及时地采取严厉的镇压。
1950年国庆节前夕，公安侦查人员截获了一封寄往日本的可疑信件，里面藏有一张画有天安门的草图。公安部门以这封信为突破口，破获了一起境外反革命势力派遣间谍，阴谋在国庆之时炮击天安门的重大案件，震惊了全国。10月10日，中共中央作出《关于镇压反革命活动的指示》，要求各级党委对已被逮捕和尚未逮捕的反革命分子，按照罪恶的轻重，分别地加以处理。对于罪大恶极、怙恶不悛的反革命分子，应当坚决镇压。对于真正的胁从分子、自动坦白和立功分子，应分别予以宽大的待遇。
对地方干部中存在的“宽大无边”的倾向，《指示》提出了严厉批评：“有不少干部和党委，或者由于在胜利后发生了骄傲轻敌思想，或者由于在新的环境中受了腐朽的自由主义思想的影响，以致把统一战线中的反对关门主义问题与在对敌斗争中坚决镇压反革命活动问题相混淆，把正确的严厉镇压反革命活动与乱打乱杀相混淆，把‘镇压与宽大相结合’的政策误解为片面的宽大。因此，在镇压反革命问题上，发生了严重的右的偏向，以致有大批的首要的、怙恶不悛的、在解放后甚至在经过宽大处理后仍然继续为恶的反革命分子，没有受到应有的制裁。这不仅助长了反革命的气焰，而且引起了群众的抱怨，说我们‘宽大无边’、‘有天无法’。这种右的偏向，必须采取步骤，加以克服。”
从1950年12月起，镇压反革命运动在全国范围内开展起来。中央确定镇反的工作路线是：党委领导，全党动员，群众动员，吸收各民主党派及各界人士参加；统一计划，统一行动，严格地审查捕人和杀人的名单；注意各个时期的斗争策略，广泛地进行宣传教育工作，打破关门主义和神秘主义，坚决地反对草率从事的偏向；要把公安、司法等专门机关的工作和广大人民群众的积极性密切结合起来。
1951年2月21日，中央人民政府公布《中华人民共和国惩治反革命条例》，使镇压反革命斗争有了法律武器和量刑标准。这方面的政策，被概括为五句话：“首恶必办，胁从不问，抗拒从严，坦白从宽，立功者受奖。”
毛泽东亲自领导了镇压反革命运动。他在一开始就提出“打得稳，打得准，打得狠”的方针。他说，“打得稳，就是要注意策略，不能草率从事。打得准，就是不可捕错杀错。打得狠，就是要坚决地杀掉一切应杀的反动分子”。他还强调，要采取放手发动群众的方针，在城市和乡村都大张旗鼓，广泛宣传，努力做到家喻户晓。
至1951年春夏，镇压反革命形成了全国性的高潮，广大人民群众积极投入这场斗争中，纷纷起来控诉和检举反革命分子的活动。许多潜伏特务、血债累累的恶霸分子无处可藏，落入法网。潜伏在武汉的原国民党少将胡振南无奈自首，并说：“群众都起来了，不登记也会被检举，还是自己坦白登记好。”
1951年1月10日，四川成都市公审杀害李公朴、闻一多的凶手王子民，当即判处死刑；4月29日，杀害毛泽民、陈潭秋、林基路的凶手李奇英被处以死刑；6月24日，山西文水县云周西村，两万多人在刘胡兰烈士遇难的地点，公审杀害刘胡兰的凶手张全宝、侯雨寅，并押赴刑场；7月16日，杀害二七大罢工领导人林祥谦的刽子手赵继贤，在林祥谦遇害的地方被执行枪决……一个个反革命凶手的正法，是人们对革命先烈的告慰。
1951年5月，中央召开第二次全国公安会议，鉴于镇压反革命运动已经达到预期目标，决定实行“谨慎收缩”的方针，集中力量处理积案，并且采取两项措施：一是严格规定捕人杀人的批准权限；二是对犯有死罪的罪犯绝大部分采取判处死刑缓期执行的政策。
旧中国遗留下来的反动会道门组织，极大地扰乱了社会秩序的安定。会道门是“会门”和“道门”的合称。会门最初是以兵器种类命名的，偏重吞符念咒，练功习武。道门诵经拜神，制造和传播迷信邪说，迷信色彩极为浓厚。由于各类会、道、教、社大肆泛滥，混合生长，多名、重名和改名屡见不鲜，新中国成立后将其统称为会道门。如遍布城乡、道徒甚众的“一贯道”，肆意编造“神言谶语”，诋毁党的政策，造谣惑众，影响恶劣。
1950年12月18日夜，北京开展统一行动，逮捕了130多名一贯道首要分子。12月19日，北京市市长聂荣臻，副市长张友渔、吴晗签署《北京市人民政府布告》，宣布取缔一贯道。12月20日，《人民日报》发表社论《坚决取缔一贯道》，指出：“这是维护首都治安，保护生产，打击反革命破坏活动和反革命谣言的必要措施。”
经过两个月的斗争，北京市取缔一贯道的工作取得决定性胜利。据统计，先后逮捕反动道首381人；枪毙反动道首42人；登记点传师720人，坛主4775人，“三才”663人；声明退道者178 074人；封闭大小坛1283个。2月28日，中共中央将北京市委取缔一贯道的报告批转全国，取缔一贯道的行动在全国各地展开。
著名民主人士程潜高度评价取缔一贯道的行动，说自己“开始对共产党夺取了天下能不能治理国家有怀疑。一是能不能解决反动会道门问题，二是能不能解决民族问题。这两个问题历代政府都没有解决，包括蒋介石在内。现在你们把这两个问题都解决了，我就完全信服了”。一位外国记者也感慨地说：“共产党是一把铁扫帚，一扫帚把妓院扫光了，又一扫帚把一贯道扫光了，真厉害！”
镇压反革命运动历时三年，到1953年取得了全面的胜利。这场斗争基本肃清了旧社会遗留的残余反动势力，巩固了人民民主专政，安定了社会秩序，提高了广大人民群众的觉悟，密切了党和人民政府同人民群众的联系，保证了抗美援朝、土地改革、其他各项民主改革和恢复国民经济工作的顺利进行。在全国很多地方，出现了历史上少有的“路不拾遗，夜不闭户”状况。