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对一个国家来说，海关是一个具有较大特殊性的政府工作部门，是根据国家法令对进出国境的货物、货币、证券及运输工具等进行监管，征收关税并执行查缉走私的行政机关，对国家政治经济活动有着重大影响，是国家主权的象征，捍卫着国家的利益。
我国设关历史悠久，源远流长。早在西周时期，就出现了军事功能的“关”，春秋战国时期设立的边境检查机构“关津”具备了监管、缉私、征税等海关事权；唐至明代的“市舶司”（使）集海关、外贸、外事管理职能于一体；清代前期设置闽、粤、江、浙四海关，“海关”之名初定。然而，鸦片战争后，我国海关主权丧失，沦为半殖民地海关，不但不能够保护和促进我国民族工业及农业的发展，反而成了帝国主义摧残中国民族经济，榨取和掠夺中国人民财富的工具。
为了收回海关主权，中国人民在革命斗争中提出过“关税自主”和“海关革命”的口号，进行过收回海关主权的斗争。但始终没有达到目的，因为不推翻帝国主义及其代理人在中国的反动统治，要单独搞收回海关主权的所谓“海关革命”是不可能成功的。1949年3月5日，毛泽东在中共七届二中全会的报告中指出：“取消一切帝国主义在中国开办的宣传机关，立即统制对外贸易，改革海关制度，这些都是我们进入大城市的时候所必须首先采取的步骤。”他还说：“在做了这些以后，中国人民就在帝国主义面前站立起来了。”可以说，成立新中国的海关，收回海关管理权，是废除帝国主义在华特权的一件大事。
为了建设新中国的人民海关，周恩来点将孔原筹建海关总署。孔原后来在回忆中写道：“1949年6月，我从东北解放区奉调进关来到北京。一天，周恩来同志找我谈话，说党中央已指定由我负责筹备建立新中国海关总署的工作。我对工作岗位发生的这一变化感到突然。因此，我回答说：我连什么叫海关都弄不清楚，更不用说懂得海关业务了。我表示怕做不好，不想做这个工作。周恩来同志和气地说：不了解海关情况，不懂得海关业务，不能成为不去做的理由。革命取得胜利，收回了海关主权，难道还让帝国主义继续控制中国海关吗？你不懂得什么是海关，我也是不懂得的，但只要我们亲自做一做，去体验体验，就可以学会过去不懂的东西，逐渐熟悉并做好工作嘛。”
1949年8月，中央财政经济委员会设立了海关处和海关总署筹备小组。8月13日，筹备小组负责人姚依林、孔原、朱剑白提出了关于建立海关总署的初步意见。9月23日至10月16日，中财委召集各地海关代表在北京召开全国海关工作座谈会。会议主持人孔原在开幕时，详细地说明了会议召开的目的是了解情况，交换经验，商谈今后人民海关工作的方针任务，准备建立新的中央海关组织机构并使到会各地代表能借以互相学习、互相认识及互相联系。除汇报外，会议规定研讨下列问题：（一）人民海关工作的方针、任务和业务范围；（二）全国海关组织机构及领导系统；（三）新中央海关总署的任务及组织条例草案；（四）若干海关行政的与业务的问题，如验征、税则、查缉、海务、统计及人事等。通过这次座谈，大家商讨了新中国海关的工作方针、任务、业务范围以及海关组织机构等问题，为海关的正式成立做了大量准备工作。
10月21日，中央人民政府政务院成立。四天后的10月25日，中国海关总署在北京宣告成立，由中央人民政府政务院直接领导，实行集中统一的垂直领导体制。孔原任海关总署第一任署长，丁贵堂任副署长。当天，两人联合颁布了海关总署第一号通告：“海关总署业已遵照中华人民共和国人民政府组织法，在中央人民政府政务院与财政经济委员会领导之下，于北京宣告成立，负责领导与管理全国海关及其事务，并经中央人民政府任命孔原为海关总署署长、丁贵堂为副署长。自即日起开始办公，在新的海关章则尚未公布前，全国各海关及其分支机构暂仍在当地最高政府或军管会指导之下，照常努力工作，海关一切事务及关产，均由现任负责人担负全责，所有一切表册报告文件应各备一份呈送北京海关总署。”这一通告的颁布，标志着中国人民彻底结束了由外籍税务司控制的海关历史，新中国人民海关诞生了。
1950年1月27日，政务会议通过《关于关税政策和海关工作的决定》，指出：过去一百多年中，帝国主义者侵犯了我国的海关自主权。他们曾长期掌握了我国海关管理和关税收支的大权，并且把同海关无关的保证航行安全和巡卫国境海岸等也揽入海关管理范围之内。《决定》规定：“中央人民政府海关总署，必须是统一集中的和独立自主的国家机关。海关总署负责对各种货物及货币的输入输出执行实际的监督管理，征收关税，与走私进行斗争，以此来保护我国不受资本主义国家的经济侵略。”《决定》还规定海关工作，在恢复与发展我国人民经济中，应起重要的作用。海关税则，必须保护国家生产，必须保护国内生产品与外国商品的竞争。3月7日，《决定》正式公布，标志着中国海关完全掌握在中国人自己手里了。4月29日，在全国政协庆祝五一国际劳动节纪念大会上，中央人民政府副主席刘少奇发表讲话指出：“帝国主义已经从中国赶走，帝国主义在中国的许多特权已经被取消，新中国的海关政策与对外贸易政策已经成为保护新中国工业发展的重要工具。”他充满感情地说：“我们已把中国大门的钥匙放在自己的袋子里，而不是如过去一样放在帝国主义及其走狗的袋子里。”
1950年10月6日，孔原在政务院第53次会议上作了《关于全国关务会议的总结报告》。在讨论孔原所作的报告时，周恩来在发言中充分肯定了海关总署成立一年来的工作成绩，指出：“海关总署最突出的成绩是：把长期为帝国主义服务的半殖民地化的海关基本上改变过来，使我们掌握了国家大门的钥匙。”同时，周恩来对新中国海关设立的原则又一次给予了明确的说明。周恩来认为，旧海关的许多业务、行政、技术、方法还是有用的，如海关的统计就是比较可靠的，有些资料和业务经验也是比较有用的，应该接收过来并加以改造。根据周总理的讲话精神，海关总署代政务院起草了一个有关设关问题的指示。
12月14日，以政务院总理和海关总署署长名义公布的《关于设立海关原则和调整全国海关机构的指示》指出：中华人民共和国设立海关的基本原则，必须一反过去反动统治为服从帝国主义大量倾销外货并廉价吸取原料的经济侵略措施，滥行开放对外贸易，到处设立海关机构的方针，而严格以独立自主精神，根据国家经济情况的需要，在应开放对外贸易的地方设立海关机构。凡与这个基本原则不合的，为我经济情况不需要的地方所设立的关、卡、所、哨等，均应根据各地具体情况有计划有步骤地予以取消。根据这一原则，海关总署把原有的173个海关调整为70个。同时实行了新的干部政策和人事制度，辞退洋员，重新任免各地海关负责人。这使全国海关的组织机构都发生了根本性变革，加速了改造旧海关，建设人民新海关的步伐。
1951年5月，周恩来在中央人民政府委员会作《外交报告》时指出：帝国主义国家曾长期控制我国海关，这样它们不仅侵犯了我国主权，还利用了这个非法特权，控制我国财政和进行经济侵略。他庄严宣告：现在，这个特权已经彻底取消了。中央人民政府已经完全收回了海关的主权。