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改革开放后，在快速工业化和城镇化过程中，有中国特色的城乡二元住房制度曾经发挥了积极作用，主要表现在：
首先，城镇住房市场化改革为农民进城定居创造了条件。城镇住房分配体制改革之前，城镇居民的住房主要由工作单位进行福利化的实物分配。进城打工的农民通常在工厂从事临时性工作，在身份上属于“临时工”，不能像国营单位的“正式工”那样享受各项福利，也就没有资格获得福利分房。因此，农民工是很难在城市永久性定居下来的。1998年底实行住房的货币化分配以后，任何人都可以拿着货币像购买任何普通商品一样在房地产市场上购买自己中意的住房，这就为农民工在城市居住提供了条件。旧制度下，农民工有钱也买不到房，而在新制度下，只要经济能力足够，就能拥有住房。
其次，作为户籍制度的附属内容，二元住房制度避免了农民爆发式涌入城市。二元户籍制度的设计初衷就是要将广大农民固定在农村，优先保证城市发展。农业或非农业户口是一种身份标志，两种身份可以享受的公共服务内容有巨大差异。在住房方面，拥有农业户口者可以向集体申请无偿取得宅基地并自建住房，而拥有非农业户口者则可以享受城市住房保障。如果农民选择进城就业却无法获得非农业户口，就意味着既无法实际利用农村住房，又无法享受城市住房保障，因此，对于大多数农民来说，向城市迁移并非理智的选择。正因为二元住房制度以及二元户籍制度的其他附属内容对农民进城造成的阻力，才避免了农民爆发式涌入城市。
再次，带有保障性质的宅基地制度为农民进城提供了退路，发挥了“缓冲器”作用。农村宅基地制度是一项福利色彩浓厚的保障制度，所有农民家庭都有权无偿且永久获得一块宅基地。一些农民之所以甘愿冒着一定风险进城“闯天下”，其中一个原因就是，即使在城市闯荡失败、无法继续生存下去，还可以退回老家，至少还有那“一亩三分田”和一套宅院。
再其次，城乡二元住房制度催生了“城中村”和“小产权房”等迁移人口聚居区，成为吸纳进城人口的“海绵”。在那些被城市包围的农村或者城乡接合部的农村，现行制度既不允许直接进行房地产开发，也不允许农民将住房转让或者出租。面对巨大的住房需求，很多农村集体或者村民选择私下里将住房出租或转让，或是开发所谓“小产权房”。不少进城的农民工或者由于经济能力不足，或者由于不打算在城市永久定居，没有选择在城市租购商品房，而是选择在“城中村”或者城乡接合部租赁住房，或者购买价格十分便宜的“小产权房”，从而在城市形成迁移人口聚居区，这些地方像海绵一样为大批进城务工农民提供居住场所。
最后，促进了低成本的工业化和城市扩张。现行制度对国家征收集体土地规定了很低的补偿标准，使得地方政府能够以极低的经济成本将大片集体土地转变为国有，然后再以很低的价格出让工业用地，低的用地成本非常有利于工业化进程。
然而，随着我国经济快速发展和城镇化达到较高水平，现行城乡有别的住房制度也显现出一些弊端，主要表现有：
第一，人与房错配导致住房和宅基地资源浪费。快速城镇化过程中，随着大量农业剩余劳动力向城镇转移，城镇建设用地越来越吃紧，尤其是一些特大城市，人地矛盾更为突出。然而，农村住房和宅基地却不能在农民进城后进行适当流转，用于增加城镇建设用地，出现了人与房错配的不合理局面，这都是现行制度造成的结果。人与房错配显然是一种资源浪费，因为农民工“在农村盖房给老鼠住，在城市住得像老鼠”。根据国土资源部的数据，截至2014年，农村居民点空闲和闲置用地面积约为0.3亿亩，低效用地面积超过0.9亿亩，分别相当于城镇用地规模的1/4和3/4。
第二，引起人口城镇化和土地城镇化失调。城乡割裂的住房制度一方面对人口向城镇迁移产生阻力，另一方面却对滥征土地产生推力，最终导致土地城镇化快于人口城镇化，两者速度失调。
第三，农业转移人口在城市的聚居区居住环境差。在“城中村”或城乡接合部农村，为了获得可观的租金收益，农村村民往往不顾一切地多盖住房，造成规划管制失控，私搭乱建普遍，“脏、乱、差”问题严重。进城农民工聚居区的居住环境很差，社会治安比较混乱，有些类似于西方国家的“贫民窟”。
第四，单向城镇化导致农村衰败。农村现行住房制度严禁城市居民下乡购买农村住房或宅基地，这就造成我国的城镇化是单向的，即只有农民由农村向城镇的迁移，不可能出现市民由城镇向农村的转移。单向城镇化必然导致农村越来越衰败，因为随着农村人口越来越少，农村住房逐渐破旧而无人修缮。城镇化必然意味着城市的发展壮大和农村的逐渐萎缩，然而农村的过快或过度衰落并非是健康的城镇化，健康的城镇化应能“留得住乡愁”。
第五，将农民固定在农村的理念已不适应人口红利消失的现实。我国已经于2000年进入老龄社会，随着“刘易斯拐点”的来临（蔡昉，2010），人口红利逐渐消失，从“人口红利”转向“制度红利”应该成为中国的战略选择（聂辉华等，2012）。现行城乡住房制度仍然基于将农民固定在农村的旧理念。在新形势下，应该转变理念，全面改革那些不利于农村劳动力向城市迁移的制度，既包括二元户籍制度，也包括二元住房和土地制度。