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本书的上篇叙述了500年来，在“世界经济”向“现代资本主义世界体系”转化的过程中，中国由“世界经济”的火车头和“创生者”逐步走向衰落的过程。
“东洋的近世”本是由“京都史学派”提出的著名论断，其核心是：中国在10世纪进入近世，这比欧洲要早三个世纪左右。举凡国内与世界交通方面的革命，货币经济的普及，士大夫阶级之于世袭贵族阶级的战胜和替代，儒家思想由经学向史、论方向的转化，加之焦炭冶铁技术的成熟及铁器的大规模生产与出口——凡此五个方面，分别从交通变革、经济变革、政治变革、文艺复兴和工业变革，铸就了一个中国文明主导的“近世世界”。
“漫长的16世纪”的提法，来自两位著名的历史学家。一位是费尔南·布罗代尔，他把1350—1650年之间的300年称为“漫长的16世纪”。布罗代尔认为，这一时期是“世界经济”形成的时期，它大致与中国的明朝（1368—1644）在时间上是重合的。另一位是当代美国历史学家彭慕兰，他把1350—1850年之间的500年均称为“漫长的16世纪”。因为彭慕兰认为，只有在世界货币体系由“银本位”向“金本位”的过渡完成之后，只有在中国于1850年完全被西方的军事实力——进而是金融资本控制和支配之后，“漫长的16世纪”才算真正结束，而“现代资本主义世界体系”支配世界的时代才算开始。
通过阅读本书的上篇，读者首先将会逐渐区分两个重要范畴之间的不同，即布罗代尔所提出的“世界经济”与“现代资本主义世界体系”二者之间的不同。简单地说，“世界经济”是生产发展和市场交换不断扩大的产物，物质生产的发展和市场交换的日益扩大，最终以“世界”的规模铺开，于是就产生了“世界经济”，而这就是“漫长的16世纪”的主题。与“世界经济”不同，所谓“现代资本主义世界体系”，则是指以军事与金融扩张的方式在世界范围内攫取剩余价值的机制，而那将是本书的下篇——“漫长的19世纪”所论述的主题。
当前，对于中国文明及其历史命运，大致存在着两种看法：一种看法是中华文明从来辉煌灿烂，500年前就逐渐形成了一种以生产为基础，以市场为导向之平和—平等的发展模式，只是在1840年之后由于西方的入侵，才突然间被打断了发展（乔万尼·阿瑞吉）；另一种看法则是这个文明从根本上“一塌糊涂”，几千年来都是“专制”和“独裁”，因而注定是要被“现代文明”荡涤和抛弃的。本书挑战了这两种一般性的看法。
上篇对最近500年世界历史运动的研究，能够使读者看到，在这500年里，中国历史所经历的大致是一个“双向的过程”：一方面是生产的发展、市场的扩大；另一方面却是“制度的无为”，即国家能力的持续下降。这种“国家能力的持续下降”，既指皇权直接面对千百万小农的基层无组织能力，又特别是指国家货币制度的混乱、税收体制的混乱，从而最终不得不将货币供应委之于国外的货币市场，结果逐步丧失了财政金融上的自主性。
这个“双向的过程”起码能让我们看到：生产的发展、市场的扩大，即我们一般意义上的经济繁荣发展，其实并不意味着社会共同体真正意义上、最终意义上的“强大”，如果没有政治有组织地推动，农业发展带来的剩余也不会自动扩展到工业领域。这就是有学者指出的：“经济力量在原则上固然可以转变为军事力量，可是当中也必须有组织与结构。”
它尤其不意味着：由于生产规模和贸易规模之庞大，其在货币金融方面就能够自动获得优势和主导权。相反，随着生产发展、市场扩大而产生的货币和资本短缺问题，却有可能导致一个经济体将货币金融问题委之于“外部”——而中国的“漫长的16世纪”，恰恰提供了这样一个历史分析的范本。
因此，本书上篇的叙述，告诉我们的就是另一幅文明演进的图景。一方面，中国文明毫无疑问是辉煌灿烂的，这种辉煌灿烂使得中国在500年的大部分时间里保持着世界生产大国和贸易大国的地位，这一点当然是不可否定、毋庸置疑的。另一方面，从组织与结构上看，在“漫长的16世纪”里，中国行政体制深陷“官无封建而吏有封建”的痼疾之中，商与农、沿海与内地、中央与边疆的分裂、脱节日益严重，国家更一直没有解决由生产发展和市场扩大带来的货币金融问题。由于中国的货币制度一直是杂乱的“多种币制”，国家的税收制度不能不是混乱的，加上国家财政与税收实际上操持在基层和地方的“胥吏”之手，这种状况长期得不到治理和解决，这样一来，随着经济的发展，中国的国家能力、行政能力和财政能力反而就是逐步下降的。与此同时，由于一直没有解决经济的发展与货币短缺、信用制度不发达之间的矛盾，结果在明隆庆元年之后，中国转而通过大规模进口美洲白银解决内部的货币短缺问题，这种将货币金融委之于外国的举措，最终逐步造成了近代以来中国的经济、财政和社会完全为欧美金融资本所控制的局面。
正是从500年历史发展的角度看，一方面，中国经济、文化的辉煌灿烂是值得我们骄傲的；另一方面，中国的近代衰落也并不是突然、偶然发生的。恰恰是因为“发展”带来了新的问题，包括伊懋可所提出的市场的“高度平衡陷阱”问题，也正是由于没有自觉和有力地应对发展带来的问题，中国文明的辉煌、中国经济的发展才变得不可持续，而其近代衰落则不可避免。
因此，本书的上篇在结构上由彼此联系的两大块构成：第一节到第四节，集中论述“漫长的16世纪”中国经济和文化的辉煌，以此追寻一个已经消失的“中国文明主导的世界”；第五节到第八节，则集中探究“中国文明主导的世界”走向瓦解与衰落的内部和外部原因。
第一节从中国现实出发展开话题和引起讨论。我们身处的世界为“现代资本主义世界体系”所支配，这是一个不平等的世界。它的基本特征是核心地区从周边榨取剩余用于自身的发展，正是这种不平等的支配和剥削关系
，造成了世界各国及中国各区域和地域之间的发展不平衡。从这个意义上解释“科学发展观”，我们才会发现它真正的革命性所在：不仅致力于一般地消除中国内部的社会矛盾，而且致力于改造中国与世界的不平衡发展结构。
第二节的主题是在“世界史”叙述中，追寻已经消失了的“辉煌的中国世界”，重新发现、发掘在西方主导的“世界史”叙述中，消失和被掩埋了的“中国引导世界经济”时代。这一节用相当的篇幅介绍了费尔南·布罗代尔关于“世界经济”与“现代资本主义世界体系”之间的重要区分，同时介绍了中国文明对“世界经济”的创生起到的火车头作用，并集中反思了以马克斯·韦伯为代表的现代西方思想家对于“资本主义”和“世界经济”的混淆。
第三节和第四节集中从海洋和大陆两个方向上，叙述了“中国主导的世界”为什么是和平的、非掠夺（他人剩余）性的。这在海洋方面是指海洋朝贡贸易体系的形成，而在大陆方面则是指由经济而非战争原则支配的大陆条约体系的缔结。这两节的叙述重点又分别围绕着琉球和蒙古（北元）地区与中国长期交往的关系史展开。
第三节的论述重点是朝贡体系。海洋朝贡贸易体系曾是中国应对生态问题、区域安全（打击海盗）和货币资源短缺而设置的有效制度，它以中继贸易的方式将中国与世界联系起来。第三节中还着力描述了朝贡体系是如何随着新的帝国主义海洋时代的到来而逐步瓦解的，同时指出了这种瓦解对近代以来中国命运的重要影响。
世界古代史在很大程度上是中亚各民族不断发动战争的征服史，这种征服活动经匈奴、突厥到元帝国的形成时期达到高峰。第四节的叙述表明，正是500年来中国所形成的“长途贸易”和多元化的主权关系体系，即所谓的“多主制”（hierarchical inclusion），扭转了这种“中亚民族征服史”。这一节集中描述了中国如何以“大陆条约体制”，通过经济贸易的原则，改变并扭转中亚“征服史”的过程。
第五节是本书上篇叙述的转折点，从这一节开始叙述“中国主导的世界”是怎样走向瓦解的，并且致力于探索这种瓦解的内外原因：“漫长的16世纪”和中国命运的大转折发生在明隆庆元年前后
，从此中国开始通过大规模引进白银解决内部的货币短缺问题，从而放任内部的币制混乱、税制混乱不加治理，放弃自主的货币财政制度建设，而将金融命脉委之于外国。造成这一切的根本制度原因在于：中国式的封建主义在宋、明、清时期的发展，皇权与士大夫的对立（道学与朋党），基层事务渐归胥吏垄断，造成统治效率迅速下降，其中最集中的表现就是所谓“官无封建而吏有封建”。封建主义嵌入并落实到中国的最基层和地方，并与税收、币制、行政、司法密切联系。
第六节是本书上篇的重点，通过重新解释明朝亡国的原因和教训，指出国家能力的持续下降，乃是近500年来中国历史的根本问题，也正是由于国家能力的持续下降，明朝既不能应付“外寇”，又不能应付“流寇”。同时更指出这种国家能力的下降，主要原因大概有以下五点：其一，中国封建势力的变本加厉（所谓“官无封建而吏有封建”）；其二，儒学蜕化为道学，精英阶层长于朋党内讧而对财政、税收、司法一无所知，遂将基层一切财政、税收、司法归于“民间精英”——胥吏和幕僚，这种行政上的失败，阻碍了中国由宗法国家向近世财政国家，特别是向民族—人民国家的转换；其三，豪门巨富与新兴外贸商人勾结，土地兼并未能停止，市场垄断复又加剧，造成生产者和一般小农流离失所，生产力大幅下降；其四，小农丧失土地，民兵制无所依据，国家丧失劳动力，税收长期无着落，税收无着落，则无以养兵，故武备废弛，军队不堪一击；其五，金融业委之于外国。
第七节通过对著名明史专家黄仁宇之研究的再解读，重新发微近代以来中国革命的意义，即中国革命一方面从基层改造出发，自下而上地完成了彻底反封建的任务；另一方面确立了国家信用，从货币和财政上为中国的长远发展打下了制度基础。
第八节通过晋商的命运，集中探讨中国式的与长途贸易相联系的信用制度和近代西欧式的与战争投资相联系的资本主义战争金融制度之间的根本不同，从而把对“漫长的16世纪”的追寻引向了本书的下篇，即“漫长的19世纪”的讨论。
第八节既是上篇的结尾，也是下篇的先声。
读者将会发现，本书的上篇是根据作者的一篇讲稿修改而成的，那次讲解所面向的是基层，面对的是基层的工作者。中国的问题、变革中国的力量和希望都在基层，中国的根本出路在于广大基层民众与执政者的智慧、创造和奋斗，在于基层行政的高效和清明，非建设基层便不能形成一个下情上达、有效互动的社会组织结构，更无以建立严密之分工交换的经济体系。这其实也是为500年中国历史，特别是近代以来的中国革命所证明的一条真理。打破学术垄断和隔阂，向基层学习，向普通百姓学习，努力向在基层工作的同志学习他们的宝贵经验，是当今中国学术的出路所在。
正是基于这样的原因，我保留了上篇原有的面向基层的讲座风格，希望这种安排不会给读者带来阅读上的不便。