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方剂分类，各家不一。有以病证分类者，或以病因分类者，或以脏腑分类者，或以组成分类者，或以治法（功用）分类者等，现代亦有仅为查索之便而以方名汉字笔画分类者。
病证分类者，首推《五十二病方》。该书记载了52类疾病，283首医方，涉及内、外、妇、儿、五官等科。汉·张仲景《伤寒杂病论》、唐·王焘《外台秘要》、宋·王怀隐等《太平圣惠方》、明·朱
《普济方》、清·吴谦《医宗金鉴》等，均属按病证分类方剂之作。这种分类方法，便于临床以病索方。
脏腑分类亦系病证分类之属，只是首列脏腑，下分病证。如唐·孙思邈《备急千金要方》、清代巨著《古今图书集成医部全录》中的“脏腑身形”等。
病因分类亦属病证分类，是以病因为纲，分列诸证诸方。如宋·陈言《三因极一病证方论》中有中风、中寒、中湿等，清·张璐《张氏医通》中有伤寒、伤暑、伤湿、伤燥、伤火、伤饮食、劳倦等，皆属此类。
以组成分类，上可追溯至《内经》。《素问·至真要大论》有“君一臣二，制之小也；君一臣三佐五，制之中也；君一臣三佐九，制之大也”；“君一臣二，奇之制也；君二臣四，偶之制也；君二臣三，奇之制也；君二臣六，偶之制也”；“补上治上，制以缓；补下治下，制以急；急则气味厚，缓则气味薄”；以及“奇之不去则偶之，是谓重方”等。至金代成无己在《伤寒明理药方论·序》中云：“制方之用，大、小、缓、急、奇、偶、复七方是也。”至此，明确提出“七方”，并将《内经》的“重”改为“复”。后世引申“七方”为最早的方剂分类法，但迄今仍未见到按此分类的方书。“七方”的实质，是以病邪的轻重、病位的上下、病势的缓急、病体的强弱作为制方的依据。所谓大方，是指药味多或用量大，以治邪气亢盛所需的重剂；小方是指药味少或用量小，以治病浅邪微的轻剂；缓方是指药性缓和，以治病势缓慢且需长期服用的方剂；急方是指药性峻猛，以治病势急重且取效迅速的方剂；奇方是指由单数药味组成的方剂；偶方是指由双数药味组成的方剂；复方则是两方或数方组合的方剂。
确切以组成分类者，当首推明·施沛的《祖剂》。该书“首冠《素》《灵》二方，次载伊尹汤液一方以为宗，而后悉以仲景之方为祖，其《局方》二陈、四物、四君子等汤，以类附焉”。其共载历代名方788首，其中主方70余首，附方700余首。清·张璐《张氏医通》除按病因、病证列方外，另编一卷“祖方”，选古方36首为主，附衍化方391首。组成分类法对类方研究多有裨益。
治法分类，亦称功用分类。始于北齐·徐之才《药对》，但原书已佚。据《本草纲目·序例》记载：“徐之才曰：药有宣、通、补、泄、轻、重、涩、滑、燥、湿十种。”并于“宣可去壅”“通可去滞”“补可去弱”“泄可去闭”“轻可去实”“重可去怯”“滑可去著”“涩可去脱”“燥可去湿”“湿可去枯”之下，各举数药为例。宋·赵估《圣济经》于每种之后加一“剂”字，如《圣济经·审剂篇》云：“故郁而不散为壅，以宣剂以散之。”金·成无己《伤寒明理药方论》云：“制方之体，宣、通、补、泻、轻、重、涩、滑、燥、湿十剂是也。”至此，在方书中始用“十剂”之名。后世医家或有增益，如宋·寇宗奭《本草衍义》又加入寒、热之剂；明·缪仲淳增加升、降二剂；明·徐思鹤《医学全书》在原十剂基础上，又增加调、和、解、利、寒、温、暑、火、平、夺、安、缓、淡、清而成二十四剂。清·陈修园《时方歌括》选108首方剂，按宣、通、补、泻、轻、重、燥、湿、涩、滑、寒、热“十二剂”分类。明·张介宾鉴于“古方之散列于诸家者，既多且杂，或互见于各门，或彼此之重复”，而“类为八阵，曰补、和、攻、散、寒、热、固、因”。并在《景岳全书·新方八略引》中解释说“补方之制，补其虚也”；“和方之制，和其不和者也”；“攻方之制，攻其实也”；“用散者，散表证也”；“寒方之制，为清火也”；“热方之制，为除寒也”；“固方之制，固其泄也”；“因方之制，因其可因者也”。共选古方1516首，自制新方186首，均按“古方八阵”“新方八阵”分类。八阵之外，复列有妇人、小儿、痘疹、外科诸方，以便临证应用。清·汪昂《医方集解》开创了新的功用分类法，选“正方三百有奇，附方之数过之”，分为补养、发表、涌吐、攻里、表里、和解、理气、理血、祛风、祛寒、清暑、利湿、润燥、泻火、除痰、消导、收涩、杀虫、明目、痈疡、经产及救急良方共二十二剂。这种分类方法，概念比较明确，切合临床的实际需要，故清·吴仪洛《成方切用》、张秉成《成方便读》等均仿其法而有所增改。
现代大型方剂辞书等，为查索之便，以方名汉字笔画分类。其中，《中医方剂大辞典》将古今96592首方剂按名称字首的笔画多少，依次排列诸方。这种分类方法便于查阅，亦有利于鉴别同名异方。
综上所述，历代对于方剂的分类，繁简不一，各有取义。本教材遵循以法统方的原则，将下篇所辑之方分为解表剂、泻下剂、和解剂、清热剂、祛暑剂、温里剂、表里双解剂、补益剂、固涩剂、安神剂、开窍剂、理气剂、理血剂、治风剂、治燥剂、祛湿剂、祛痰剂、消导化积剂、驱虫剂、涌吐剂、治痈疡剂，共二十一章，每章分若干小节，使之纲目清晰，便于学习和掌握。