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《巢元方医学全书》收录了隋·巢元方存世著作《诸病源候论》。《诸病源候论》是由隋代太医博士巢元方领衔，率当时名医集体编撰，成书于隋大业六年（610）。全书共50卷，67门，1739候，内容涉及内、外、妇、儿、五官各科病证，论述各种疾病的病因、病理与证候。部分证候并附有养生、导引等防治方法。该书条目清晰，内容丰富，是中国历史上最早，内容最系统、最全面的病因、病理、证候学专著，有极其重要的科学史料价值和指导临床的实用价值。
一、《诸病源候论》简况
《诸病源候论》是由国家组织，专家集体编写而成。收罗广远，门类齐备，以纲统目，纲举目张，是历史上对病因、病理、证候做出系统全面整理总结的大型著作。该书对疾病的分类方法是历史首创，影响亦很深远，后世几乎所有的大型著作，如《太平圣惠方》《圣济总录》《普济方》等，或按《诸病源候论》体例编撰，或以其论述来安排具体内容，或以此为全书蓝本，或以此作为全书之纲领。日本、朝鲜等海外国家的重要典籍，如《医心方》《医方类聚》等也都运用该书体例，以该书论述作为纲领。
据《宋史》记载，当时《诸病源候论》与《素问》《难经》等并列称为“七经”，并以此书作为医生考试的主课之一。宋代以后，金、元、明、清代均将此书视为中医经典，直接用其指导医疗和教学。
《诸病源候论》对病因病理证候做出划时代的整理总结，成为承先启后、具有历史意义的重要文献，取得了重大的学术成就。例如：
在病因理论上发展了六淫致病学说，提出“乖戾之气”等新的病因学说，对传染病的病因认识，已超过前代水平，并首次提出防病学说。在中医宏观、辨证的认知方法的基础上，开创了实证研究、细微观察的研究方法，如对癞、疥、癣、肠道寄生虫等病，明确指出有虫寄生，成为寄生虫病学、病原微生物学的先驱。另外，对过敏性疾病、感染性疾病、遗传性疾病、地域性疾病的发病原因，以及发病机理的认识，已远远超过《黄帝内经》《金匮要略》等中医典籍，发展了中医病因学说。
在病理学方面，除了遵循《内经》邪正相争等方面的传统认知外，强调不同疾病的病理特点和症状要点。强调病因作用于不同部位是导致不同症状的原因，比前代更加重视细部的变化。在病理生理的关系上也有较多创新，如提出“气脉闭塞，津液不通”理论，成为后世“治痰先治气”治则的理论渊源。再如水肿病理，《素问》责之“其本在肾，其末在肺”，而《诸病源候论》则着重在肾、脾二经，并与胃有关，对《内经》的理论有了较大的发展。
在证候归纳方面，《诸病源候论》至今仍然是中医书籍中收罗最广、叙证最多的著述。在所载病候中，如虚劳精血出候、急黄候、脑黄候、癖黄候、干霍乱候、呷嗽候、疸水候、水注候、温注候等大批证候，均首见于本书。对临床症状描述简明切要，精确完整，对诊断疾病有很大帮助。如“发时眼目相引，牵纵反强，羊鸣，食顷方解”，形象地描述癫痫发作的情状。更有多种疾病的证候表现在本书中首次记录，如消渴并发痈疽，或成水肿等。对于证候分类，本书分别采用病因分类、病理分类、脏腑分类、病程分类，以及兼变症分类等，各有特点，又互为补充。如中风、积聚，均以五脏分证，虚劳从五劳六极七伤论起，又归本于五脏。又如咳嗽病、心腹痛病、痢疾等，是从病程分类，详述新病、久病之相互关系和各种变化。即使以六经辨证的伤寒病，本书亦以证候为主，把六经诸证集中起来，增强比较分析的论证方法，如伤寒谬语候，就鉴别阳明热实、亡阳、热入血室三种不同病情之谵语，并指出其预后变化。如此比较分析，则又开创了证候鉴别诊断学的先河。
在疾病分科方面，内容涉及内、外、妇、儿、五官等各科。内科39病，包括时病、杂病、地方病、寄生虫病、急症等，是隋代以前诸书中最全面的。五官科中将鼻病、耳病、牙齿病、口唇咽喉病等汇为专篇，是《诸病源候论》的首创。外科手术的记载，反映当时水平已经相当成熟，如外伤的手术缝合“凡始缝其疮，各有纵横，鸡舌隔角，横不相当；缝亦有法，当次阴阳……”堪称伤口缝合的操作规范，加上以歌赋形式，便于传授，如同教材，是古医籍中关于外伤缝合术之最早记载。本书对各科疾病的特点，以及各自之所及范围，都已具备了相当水平，成为唐以后中医分为十三科的奠基著作。
《诸病源候论》是病因、病理、证候专著，不载治疗方法，但在有关病证下面却附载了养生方、养生方导引法。这些资料来源于道家著作《养生方真诰》《养生要集》《养生禁忌》及上清真人、赤松子、《无生经》等，现大多佚失，可见这部分内容尤为珍贵。
二、《诸病源候论》的版本系统
《诸病源候论》最早刊于宋代天圣四年（1206），由国子监颁行。该刊本早已失传。现存最早刊本为南宋重刊北宋天圣五年国子监本，存世三部，均藏于日本。国内现存版本，最早者为元代刊本，即《重刊巢氏诸病源候总论》，该版本是根据宋本校勘而成。
《诸病源候论》的版本系统比较简单，即一源二流。一源是北宋刊本，二流是南宋坊刻本和元刻本两个流传系统。
南宋坊刻本系统：此版本“盖南宋人从天圣校刊本而重刻者”。该版本中国大陆已失传，存世者有：日本怀仙阁藏本（现存日本宫内厅书陵部）、日本酌源堂藏本（此本20世纪后下落不明）、日本天保四年（1833）丹波元坚据怀仙阁藏本配补酌源堂本影写本、小岛宝素据怀仙阁及酌源堂两本影写本（现存台湾“故宫博物院”）、日本无名氏据南宋本抄本（仅存卷14～19。存台湾“故宫博物院”）等。
南宋重刊本元刻系统：南宋刊本国内早已失传，明清以来的多种传本均据此而传承，如明代汪济川、江瓘校本、清嘉庆间胡益谦经义斋刊活字本、清光绪间周学海刊本和湖北官书处及崇文书局刊本，以及日本正保二年刊本等，现均流传于世。在这个意义上，其实《诸病源候论》只有一个版本系统，只是这个版本系统的版本比较多。
三、整理原则
1.底本与校本
底本：《诸病源候论》最早的北宋刊本已佚。南宋刊本现存日本怀仙阁本与酌源堂本之配补本，但版本磨灭及虫蚀所致的缺卷、缺页、错讹现象非常普遍。元刻《重刊巢氏诸病源候总论》是国内现存的最早版本，来源于南宋重刊北宋天圣本，其源流清楚，字体工整，印刷精良。此后，明、清以下刻本，如汪本、胡本、周本，均源于此，故选定为底本。
主校本：以日本怀仙阁本藏南宋坊刻本（简称“宋本”）、明代汪济川、江瓘校刊本（简称“江本”）、清代周学海校刊本（简称“周本”）、清湖北官书局刊本（简称“湖本”）、日本正保二年刊本（简称“正保本”）为主校本。
旁校本：《永乐大典·医学篇》引《巢元方病源》，《医方类聚》引《巢氏病源》。
参校书目：《外台秘要》经余居刊本、《医心方》人民卫生出版社影印浅仓屋本、《太平圣惠方》人民卫生出版社排印本、《圣济总录》人民卫生出版社排印本、《普济方》人民卫生出版社排印本、《医方类聚》所引《巢氏病源》人民卫生出版社点校本、《黄帝内经素问》顾从德本、《灵枢经》赵府居敬堂本、《针灸甲乙经》人民卫生出版社影印本、《黄帝内经太素》人民卫生出版社影印本、《难经集注》商务印书馆排印本、《华氏中藏经》商务印书馆重印本、《伤寒论》重庆人民出版社排印本、《注解伤寒论》人民卫生出版社影印本、《金匮要略方论》人民卫生出版社影印本、《金匮玉函经》人民卫生出版社影印本衙藏版刊本、《脉经》人民卫生出版社影印本、《肘后备急方》人民卫生出版社影印本、《刘涓子鬼遗方》人民卫生出版社影印仿宋刻本、《备急千金要方》人民卫生出版社影印本、《千金翼方》人民卫生出版社影印本等。
2.校注体例
原文：悉依底本全录，不另分段。原有注释以小一号另体标识。对底本全文进行标点。为保持元代重刊本原貌，目录、正文中《重刊巢氏诸病源候总论》书名未予改动，书眉亦保持统一。
校勘：采用“四校合参”法，以底本为主，校本择善而从。对底本原文中的误、脱、衍、倒、错简、疑义等，采用校改、校补、校删、乙正、并存校、存疑校等六类方法进行处理，均出校记说明。
撰写校记时，本校，写出卷次篇目，如“卷××××候作××”；对校，写出版本简称，如“周本作××”；他校，既出所校书名，又出卷次篇目，如“《外台秘要》卷十七《五劳六极七伤》”等。
原文有大段和整候脱漏者，如卷十“瘴气候”中“行青草瘴”以下文字，卷八“伤寒攻目生疮候”，卷十七“重下候”，卷四十五“食痫候”“小儿形证论五脏惊传候”，卷四十八“小儿鬼舐头候”，均据校本补入。
统一体例：调整底本体例错乱：如“其汤熨针石，别有正方，补养宣导，今附于后”四句，是所有养生方的引导词，但在原文中位置不一，排列较乱，有的连接在正文之后，有的列于养生方之前，或在其后。养生方条文排列亦有窜乱，有时错入养生方导引法中。对此做了统一调整。四句引导词一律连接在正文之后；窜乱之养生方条文，一一理出，列于养生方导引法之前。
其他明显错乱的病候、条目，均据理一一校正。
增添序号：原书各病候标题均无序号，为方便阅读和检索，现以“卷”为单位给以编号。
3.异文处理
异体字：径改，如“藏府”改作“脏腑”，“歧伯”改作“岐伯”。
通假字：径改，于首见处出注说明。
繁体字：一律改为简化字，但专用字保留，如“淡饮”不改作“痰饮”，“耎”不改作“软”等。
避讳字：缺笔避讳（如“恒”下少一横）则直接描正，不出注记；同义避讳（如“膊”与“肩”，“治”与“理”等），则原文不动，在首见处出注说明；重造避讳字（如“
”字），为避“坚”之讳字，则予改正，不出注说明。避讳字“圆”，径改为“丸”，不出注。
俗字、变体字：如涩—澀、澁、濇，体—體、躰、體；“覩”为“睹”之古字，“申”为“伸”之古字；“挙”为“举”之俗字；“總”为“总”等，一律改用通行字，以便阅读。不同时期的著作，如本书“隐轸”，《太平圣惠方》作“瘾轸”，保持原貌不改。
至于文字笔画误者，如“若”与“苦”、“正”与“止”、“顷”与“项”之类，均加以改正，出校说明。这些字，虽然字形相近，但文义不同，所以均出校记，以示郑重。
王旭东
2018年5月