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新中国成立特别是改革开放以来，中国的自然文化遗产事业从无到有，快速发展，取得了显著成绩。结合中国文化和自然遗产地保护“十一五”规划纲要，成绩主要体现在：
初步建立了国家自然文化遗产管理机制。在体制建设方面，形成了与现行行政体制相对应的部门负责与属地管理相结合的管理方式；在法律法规上，各部门、各级政府出台了一系列法律、法规、规章及规范性文件，基本形成了“国家法律法规-地方政策法规-自然文化遗产地管理规定”的三级框架，有些还需要遵守相关国际公约；在规划管理上，基本形成了覆盖各类自然文化遗产的规划体系，各类国家自然文化遗产保护规划编制工作取得较大进展。国家自然文化遗产保护开始由粗放管理向规范化、法制化、科学化管理转变。但是，部门管理与属地管理也造成了中国自然文化遗产资源多头管理、地方过分追求经济利益等问题。
自然文化遗产保护工作被纳入国家社会经济发展整体战略，自然文化遗产保护意识在全社会逐步普及。随着科学发展观的贯彻落实，中国自然文化遗产的保护和利用正在成为可持续发展和构建社会主义和谐社会的重要内容。国家“十一五”规划明确提出“实施主体功能区战略”，世界文化自然遗产、国家级自然保护区、国家级风景名胜区、国家森林公园、国家地质公园等被明确划定为禁止开发区域。党的十八大报告又系统、完整地提出生态文明的战略任务。随着自然文化遗产保护的宣传、教育工作逐步加强，自然文化遗产价值认识逐步深化，自然文化遗产保护观念得到推广，全民自然文化遗产保护意识逐渐形成。这也进一步要求国家层面关于遗产地财政保障机制和绩效评估机制等具体政策必须及时跟进。
自然文化遗产的环境、社会和经济效益日渐突出。自然文化遗产在中国生态环境保护、民族文化传承和社会发展进步方面发挥着不可替代的重要作用。目前，中国85%左右的陆地生态系统类型、绝大多数国家公布的重点保护野生动植物物种以及大部分具有国际代表性和国内典型性的地质遗迹和古生物遗迹，在国家自然文化遗产体系中得到保护
。中国湿地维持着约2.7×10
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t淡水，保存了全国96%的可利用淡水资源，是中国淡水安全的生态保障
。同时，自然文化遗产凝聚着深厚的民族精神，在加强精神文明建设、传承民族优秀传统文化、开展爱国主义教育、促进民族团结、维系海内外中华儿女情感和增进国家认同感等方面发挥着日益重要的作用。自然文化遗产也是旅游业发展的宝贵资源，遗产旅游带动了诸多相关产业的发展，增加了就业机会，促进了自然文化遗产周边群众的脱贫致富，2011年，中国游客量前十位的风景名胜区年游客数均超过1400万人次，而门票收入前十位的风景名胜区仅此一项均超过3.5亿元（见表1，表2）。湖南省的世界遗产地和风景名胜区2011年吸纳了全省40%以上、总数达到1.3亿人次的游客，创造了占全省1/4以上、总数400亿元的旅游收入
。
表1-1 2011游客量前十位的风景区
（续表）
表1-2 2011年门票收入前十位的风景区
自然文化遗产保护的国际交流与合作日益广泛深入。中国在自然文化遗产保护方面还与多个国际组织和有关国家建立了广泛的合作关系，合作模式从过去的“走出去，向别人学习”逐步向“重合作，在合作中创新”转变。中国是《保护世界文化和自然遗产公约》、《生物多样性公约》、《湿地公约》等国际公约的缔约国，并作为遗产大国承办了第28届世界遗产大会、第3届世界自然遗产大会、国际风景园林师联合会第47届世界大会，还与相关国际组织合作举办了一系列国际会议。由江西庐山发起成立了世界名山大会。截至2011年，共有27个国家级风景名胜区与国外的国家公园建立了友好公园，并派出2061名技术人员赴国外学习交流，接待133 801名国外国家公园人员访问交流
。这些合作不仅有效地促进了中国遗产保护事业的国际化，同时也增进了国际同行对中国文化和自然遗产保护理念、方法的认识和理解，形成了一些具有重要影响的国际文件（如《苏州宣言》、《峨眉山宣言》等），发挥了作为一个自然和文化遗产资源大国应有的积极作用，为国际自然和文化遗产保护事业作出了重要贡献。
在看到中国自然文化遗产保护取得突出成绩的同时，也要清醒地看到中国自然文化遗产保护在国家快速工业化和城镇化的背景下还面临着错误认识、错位开发、体制不顺、区域不平衡等因素带来的严峻挑战，存在着一系列亟待解决的问题。
自然文化遗产是人类宝贵的文化财富。但随着近年来一些自然文化遗产知名度大增，游客蜂拥而至，在取得了显著的经济效益和社会效益的同时，一些地方和领导对遗产的认识出现了严重的错误，将遗产这种不可再生的资源完全等同于一般的经济资源而且是无成本的经济资源，以其旅游价值完全取代了历史文化和科学价值。
于是，一方面造成片面追求经济利益，对自然文化遗产资源超载开发，过度利用；另一方面，这种利用在空间上集中在遗产地范围内，产业上多限于狭义的旅游业，结果是超载利用、低效收益。这些都对自然文化遗产的真实性和完整性造成了破坏，甚至在国内外产生了不良影响，损害了国家的声誉和形象。
首先，无序的建设造成遗产地内部“城市化”、“商业化”和“人工化”，破坏了遗产地原有风貌以及生态环境，也降低了遗产资源的审美内涵，影响了游客的游览情趣。其次，遗产地外围混乱的布局造成遗产地环境“孤岛化”，大量建设用地沿着通道或多方向不断蚕食、挤占遗产地外围保护用地甚至遗产用地，使遗产地失去了其存在和演变的历史环境，真实性和完整性受到严重损害。
目前，部分国家自然文化遗产拥有多重身份，风景、旅游、森林、土地、文物、宗教等分别属于不同部门管理，没有统一的遗产管理机构，容易产生“遇到利益一哄而上，遇到责任互相推诿”的现象。各类自然文化遗产区划重叠、边界不清、核心功能不明造成了管理效能低下，不利于统筹自然文化遗产资源的整体保护。
除了多头管理外，中国现行行政法规对国家文化和自然文化遗产保护均作了相应规定，但一些领域的立法滞后，实践中有法不依、执法不力、违法不究的问题在一些地方还较为突出，法制化建设亟待加强。规划管理方面，当前在一些自然文化遗产规划管理中存在的规划缺乏、水平不高、执行不力、修订滞后、公众和专家参与不足等突出问题，严重削弱了规划在自然文化遗产保护管理中的基础性作用，导致一些自然文化遗产盲目建设、粗制滥造，甚至造成破坏。
中国自然文化遗产分布点多、面广，尤其是对于广大中西部地区而言，分布着中国大部分重要的生态保护区（如三江源）以及珍贵的大型民族文化遗产（如丝绸之路），但由于经济相对落后，多年来在设施设备和日常管理上资金投入不足，许多自然文化遗产保护设施短缺，装备陈旧，技术人员匮乏，因此它们面临的主要是保护管理能力低下的问题。而对于东部地区，由于经济发达，人口密集，遗产地在征地、拆迁、就业、收益分配等方面和当地居民容易引发诸多冲突，影响了自然文化遗产的有效保护和可持续利用，因此，东部面临的更多是巨大的发展压力问题。