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如果连来自新教联盟内部的援助都可能是弊大于利的话，那么波希米亚人就更不应该依靠外力了。尼德兰人确实帮了些忙，也愿意再尽一份力，无奈他们现在也深陷困境，心有余而力不足。英王詹姆斯一世则直接告诉女婿腓特烈五世，他不想侵犯他国主权，而且他已经应西班牙的请求调解波西米亚臣民和国王之间的矛盾了。调停工作已经让他忙得不可开交了，他没有精力像其他人那样大动干戈。
1619年3月20日，新的战役尚未打响，马蒂亚斯就驾崩了。斐迪南再次宣誓遵从《皇帝诏书》的规定，但在争议问题上仍然固执己见，自然遭到了新教政府委员的反对和嘲讽。最终，解决争议只能诉诸武力了。有了尼德兰人的资金支持和海德堡的资金及军火援助，图尔恩伯爵和欧内斯特·冯·曼斯费尔德伯爵在战局上取得了主动。欧内斯特·冯·曼斯费尔德伯爵负责牵制布阔伊的兵力，图尔恩伯爵负责收复远离波希米亚叛乱中心但至今仍属马蒂亚斯的领地。他不费吹灰之力就攻下了摩拉维亚。1619年6月5日，他兵临维也纳城下。维也纳城内只有斐迪南本人和区区三百卫戍部队以及一些志愿守城的市民。图尔恩伯爵要求守城人赶快打开城门受降。但在奥地利贵族和斐迪南进行谈判的时候，他错失了战机。上奥地利
与下奥地利
的贵族们大多是新教徒。马蒂亚斯驾崩后，他们不愿再向斐迪南称臣。下奥地利向维也纳派来一个使团，要求斐迪南同意他们和波希米亚结盟。实际上，这是要把斯塔利亚到西里西亚的整个地区变成一个联邦共和国。
图尔恩伯爵
然而，斐迪南置人身安危于不顾，坚决不受要挟。他深知，一旦屈服，就等于承认了新教贵族所提制度的合法性，而在他看来，这种制度与神圣的帝国法律格格不入。他站在十字架前，找到了代表自己家族以及天主教与新教抗争的力量。他始终相信神圣罗马帝国和上帝会赐给他无穷的力量，尽管没有人认为钉在十字架上的人会给他这个恳求者带来任何东西，也不会俯身说出诸如“斐迪南，我绝对支持你”这样的话来。
面对奥地利贵族派来的使团，斐迪南表现得坚贞不屈。虽然他们极尽各种威胁之能事，但他就是拒不签字。于是，对方的恐吓不断升级，有人甚至放话要将他废黜，让他的子嗣全部改信新教。就在这时，城下传来了一阵军号声。一支骑兵从图尔恩伯爵没有设防的一处城门疾驰而入，赶来为斐迪南解围。刚刚还颐指气使的使团赶忙溜了出去，暗自庆幸躲过了一劫。
如果图尔恩伯爵真能下决心攻城，那么一小支援军不堪一击。但由于粮食和军需品供应没有跟上，他只能指望城内的敌人投降，但敌人并未向他投降。失望之余，他只好率军撤回了波希米亚，结果却发现布阔伊已重挫欧内斯特·冯·曼斯费尔德伯爵，并突破了欧内斯特·冯·曼斯费尔德伯爵对百威的封锁。
斐迪南不愿与奥地利的臣民争辩有关权力的问题，所以就没有在维也纳多逗留。新皇帝选举要在法兰克福举行，他必须赶到现场。在神圣罗马帝国的新教诸侯看来，斐迪南戴上皇冠不是一件无关紧要的事。很多迹象表明，他极有可能当选为皇帝。而一旦重掌波希米亚王国大权，在处理造成神圣罗马帝国四分五裂局面的问题上，他会比马蒂亚斯的态度更强硬。巴拉丁选帝侯腓特烈五世及其支持者有上千个排除斐迪南当选皇帝的计划，但最后没有一个成功实施。1619年，萨克森选帝侯约翰·乔治一世提出的反驳理由同1612年一样。他称，斐迪南不是波希米亚国王，不能以波希米亚国王的名义参选皇帝。因此，皇帝选举必须推迟到波希米亚问题解决后方可进行。当时，如果三位新教选帝侯能统一思想，斐迪南也就不会那么轻易地当选为帝国皇帝了。
先不管新教选帝侯的提议有多少优点，该提议至少能把北方地区的路德教和南方地区的加尔文教团结起来，共同御敌，这才是最重要的。但巴拉丁选帝侯腓特烈五世却不信任萨克森选帝侯约翰·乔治一世，非要按自己的计划行事。萨克森选帝侯约翰·乔治一世一怒之下，居然给斐迪南投了支持票。巴拉丁选帝侯腓特烈五世当然不想显得与别人格格不入，于是也将票投给了斐迪南，毕竟他心中也没有其他人选。1619年8月28日，斐迪南以全票当选为帝国皇帝，史称“斐迪南二世”。
在这之前的两天，布拉格也举行了一场选举。波西米亚人将1617年出任国王的斐迪南废黜后，选举巴拉丁选帝侯腓特烈五世当新国王。
巴拉丁选帝侯腓特烈五世成为波西米亚国王
巴拉丁选帝侯腓特烈五世应该接过这个烫手的山芋吗？众说纷纭，莫衷一是。新教联盟各诸侯甚至连巴拉丁选帝侯腓特烈五世的亲信都表示反对。巴拉丁选帝侯腓特烈五世的家人意见也不统一，其母亲拿骚的路易丝·朱莉安娜警告他不要轻举妄动，而乐观、美丽的妻子伊丽莎白则鼓励他当仁不让。可怜的年轻人心烦意乱，不知如何是好，最后只好用“这一切都是上帝的安排”来安慰自己。在海德堡臣民眼含泪水的挽留中，巴拉丁选帝侯腓特烈五世俯视着脚下奔涌的内卡河，走出了雄伟壮丽的城堡。其母亲拿骚的路易丝·朱莉安娜悲叹道：“他还是要到波希米亚去啊。”1619年11月4日，巴拉丁选帝侯腓特烈五世在布拉格加冕，上演了波希米亚之乱的最后一幕。