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政府预算管理的组织系统是指为政府预算服务的各种组织、机构、程序、活动等构成要素的总称，它们共同构成一个完整的体系，以保证政府预算的实现。政府预算的管理要按照一定的组织层次和职责分工来进行，如果政府预算管理没有一套完整的组织系统，或各管理机构没有明确的职责分工，就会造成预算管理的困难。
我国政府预算管理按照国家政权级次、行政区划和行政管理体制，实行“统一领导，分级管理，分工负责”。政府预算的管理涉及中央和地方各地区、各部门、各单位，其组织系统纵向由中央和地方各级政府预算组成，横向由国家政权机关、行政领导机关、财政职能部门及各类专门机构组成。
（一）按预算管理级次划分
1．预算管理体系
由于政府预算是政府的基本收支计划，为政府履行职责、提供公共服务提供财力保障，因而预算管理体系必然与行政管理体制相一致，即一级政府、一级财政、一级预算。根据《中华人民共和国宪法》的规定，我国目前从中央到地方共有五级政府，即中央，省、自治区、直辖市，设区的市、自治州，县、自治县、旗、不设区的市、市辖区，乡、民族乡和镇。与之相适应，我国纵向的预算管理体系也包括中央预算，省、自治区、直辖市预算，设区的市、自治州预算，县、自治县、旗、不设区的市、市辖区预算，乡、民族乡和镇预算，共五级预算。中央预算由中央各部门预算组成，省、自治区和直辖市预算以下为地方预算。其基本关系如图2.2所示。另外，《中华人民共和国预算法》规定，不具备设立预算条件的乡、民族乡、镇，经省、自治区、直辖市政府确定，可以暂不设立预算。
图2.2 预算管理级次图
2．预算管理职责权限划分
预算管理体制的核心，是如何处理政府间预算资金管理权限的划分，以及相应的责任与利益。首先需要解决的问题，就是中央财政与地方财政的关系，即怎样在集权与分权之间取得均衡。这也是世界各国财政面临的一个共同难题。在两者的关系方面，由于中央政府在提供全国性公共产品方面的重要责任，预算体制安排要保证中央财政的宏观调控能力，赋予其相应的管理权限。具体而言，就是有关全国的财政方针、政策、制度，必须由中央统一制定，国家主要财力必须由中央统一支配，以保证中央财政有充裕的财力，对地方实施转移支付，调节地区收入差距，组织全国性、跨区域的大型公共工程建设，支持全国性科技、教育、文化、卫生事业的发展，保障国防、外交支出需要等。
在保证中央财政宏观调控能力的前提下，预算管理体制安排需要注意维护地方财政的自主权，充分调动地方政府的积极性。因为我国是一个幅员辽阔的多民族国家，各地区在经济、文化、自然环境上都有很大的差异，许多事情要由各级政府因地制宜地去办理；同时，由于财政资金的筹集与分配有很大一部分是由地方和基层单位组织实施的，因此实行分级管理有其客观必然性。通过预算体制安排，使各级地方政府在规定的权限内，组织预算收入，根据地方经济社会发展的需要，自主安排预算支出，自求平衡，形成相对独立的地方分级预算管理体制，充分调动地方政府预算管理的积极性。
（二）按预算编制主体划分
1．总预算
总预算是各级政府的基本财政计划，由各级财政部门编制。各级总预算由本级政府预算（本级预算）和汇总的下一级政府总预算组成；下一级只有本级预算的，下一级总预算即指下一级的本级预算；没有下一级预算的，总预算即指本级预算。
政府预算由中央预算和地方预算组成，地方预算由各省、自治区、直辖市总预算组成，省总预算由省本级预算和汇总的所辖市级政府总预算组成，市总预算由市本级预算和汇总的所辖县级政府总预算组成，县总预算由县本级预算和汇总的所辖乡级政府总预算组成。
2．本级预算
本级预算是指经法定程序批准的本级政府的财政收支计划，它由本级各部门（含直属单位）的预算组成，同时包括下级政府向上级政府上解的收入和上级政府对下级政府的返还或补助。
3．部门预算
部门预算反映各本级部门（含直属单位）所属所有单位全部收支的预算，由部门机关及所属各单位预算组成。本级各部门是指与本级政府财政部门直接发生预算缴款、拨款关系的国家机关、政党组织和社会团体（中央部门含军队），直属单位是指与本级政府财政部门直接发生缴款、拨款关系的企业和事业单位。
4．单位预算
单位预算是指列入部门预算的国家机关、社会团体和其他单位的收支计划。
（三）按照行政隶属关系和经费领拨关系划分
1．一级预算单位
一级预算单位是指与同级政府财政部门发生预算领拨关系的单位，如果一级预算单位还有下级单位，则该单位又称主管预算单位。
2．二级预算单位
二级预算单位是指与一级预算单位发生经费领拨关系，下面还有所属预算单位的单位。
3．基层预算单位
基层预算单位是与二级或一级预算单位发生经费领拨关系，下面没有所属预算单位的单位。
上述根据国家政权结构、行政区域划分和财政管理体制等所确定的预算级次和预算单位，按照一定方式进行组合就形成了政府预算体系（如图2.3所示）。
图2.3 政府预算体系构成图
（一）管理组织体系
1．政府预算的监督管理机构
各国的立法机构（西方国家的议会、国会，我国的人大）均具有对政府预算方案的制订、预算收支的落实、预算结果评价的审查批准和监督管理权限，这也是公共选择机制的具体体现。
《中华人民共和国预算法》规定，全国人大及其常务委员会对中央和地方预算、决算进行监督；县级以上地方各级人大及其常务委员会对本级及下级政府预算、决算进行监督；乡、民族乡、镇人大对本级预算、决算进行监督。
2．政府预算日常管理的组织领导机构
政府预算日常管理贯穿于政府预算编制、执行和决算的全过程。按照《中华人民共和国预算法》的规定，各级预算由本级政府组织编制、执行和决算，即负责政府预算管理的组织领导机关是国务院及地方各级人民政府。国务院作为国家最高行政机关，负责组织中央预算和全国预算的管理；地方各级人民政府负责本级政府预算和本行政区域内总预算的管理，并负责对本级各部门和所属下级政府预算管理进行检查和监督。
3．政府预算的主管职能部门
《中华人民共和国预算法》规定，政府预算的具体编制、执行和决算机构是本级政府财政部门，即各级政府财政部门是预算管理的职能机构，是具体负责预算收支管理的主管机构。财政部对国务院负责，在国务院的领导下具体负责组织中央预算的管理，指导和监督地方预算的管理，并定期向国务院报告预算情况；地方各级财政部门对地方各级政府负责，并在其领导下具体负责组织本级预算的管理，监督和指导所属下一级预算的管理，并定期向同级人民政府和上一级财政部门报告预算情况。
4．政府预算收支的具体管理机构
政府预算收支的具体管理工作，由财政部门统一负责组织，并按各项预算收支的性质和不同的管理办法，分别由财政部门和各主管收支的专职机构负责组织管理，即除财政部门外，国家还根据预算收支的不同性质和不同的管理办法，设立或指定了专门的管理机构，负责参与组织政府预算的有关管理工作。
组织预算收入执行的机关主要有税务机关和海关，参与组织预算支出执行的机关主要有中央银行、有关商业银行和国家开发银行、中国农业发展银行等政策性银行。国家金库担负着政府预算执行的重要任务，具体负责办理预算收入的收纳、划分和留解，办理预算资金的拨付。我国的国家金库由中国人民银行代理。
各有关部门、单位是预算管理中部门预算和单位预算的执行主体。中央和地方各级主管部门负责执行本部门的部门预算和财务收支计划，提出本部门的预算调整方案，定期向同级财政部门报告预算执行情况；各企业、事业、行政单位负责本单位预算和企业财务收支计划的执行。
除上述机构外，我国预算管理机构还包括审计部门及有关社会中介组织，它们共同参与对政府预算的审计与评价。
（二）预算管理职责权限划分
预算管理权是国家政治权利的重要组成部分。为有效实施预算管理、维护社会公共利益，需要将各项管理权限、职责在有关方面合理划分。《中华人民共和国预算法》等有关法律、法规对立法机构、各级政府、政府财政主管部门和预算执行部门、单位的职权做了明确界定，构成了预算管理的法律依据。
1．立法机关的职权
（1）各级人大的职权。各级人大行使预算和预算执行情况的审批权，以及预算、决算不适当决定的撤销权等，即全国人大有权审查中央和地方预算草案及中央和地方预算执行情况的报告，批准中央预算和中央预算执行情况的报告，改变或者撤销全国人大常务委员会关于预算、决算的不适当的决议；县级以上地方各级人大有权审查本级总预算草案及本级总预算执行情况的报告，批准本级预算和本级预算执行情况的报告，改变或者撤销本级人大常务委员会关于预算、决算的不适当的决议，撤销本级政府关于预算、决算的不适当的决定和命令；设立预算的乡、民族乡、镇的人大有权审查和批准本级预算和本级预算执行情况的报告；监督本级预算的执行；审查和批准本级预算的调整方案；审查和批准本级决算；撤销本级政府关于预算、决算的不适当的决定和命令。
（2）各级人大常务委员会的职权。各级人大常委会主要行使预算执行监督权及调整权、预算执行情况及决算的审批权、预算和决算不适当决定的撤销权等，即全国人大常务委员会有权监督中央和地方预算的执行，审查和批准中央预算的调整方案，审查和批准中央决算，撤销国务院制定的同宪法、法律相抵触的关于预算、决算的行政法规、决定和命令，撤销省、自治区、直辖市人大及其常务委员会制定的同宪法、法律和行政法规相抵触的关于预算、决算的地方性法规和决议；县级以上地方各级人大常务委员会监督本级总预算的执行，审查和批准本级预算的调整方案，审查和批准本级政府决算，撤销本级政府和下一级人大及其常务委员会关于预算、决算的不适当的决定、命令和决议。
2．各级政府的职权
各级政府是本级预算的行政机关，其主要职权有：编制本级预算草案、决算草案；向本级人大做关于本级预算草案的报告；组织本级总预算的执行；决定本级政府预备费的动用；编制本级预算调整方案；监督本级各部门和下一级人民政府的预算执行；改变或者撤销本级各部门和下一级人民政府关于预算方面的不适当的决定；向本级人大、本级人大常委会报告本级总预算的执行情况。
3．各级财政主管部门的职权
各级财政主管部门是政府预算管理的职能部门，具体负责预算编制、执行和决算的各项业务工作，其主要职权有：具体编制本级预算、决算草案；具体组织和负责本级总预算的执行；提出本级预备费动用方案；具体编制本级预算调整方案；定期向本级人民政府和上一级财政部门报告本级预算执行情况。
4．各预算执行部门的职权
各部门编制本单位预算、决算草案，组织和监督本部门预算的执行，定期向本级财政部门报告预算的执行情况。
5．各预算单位的职权
各单位编制本单位预算、决算草案，按照国家规定上缴预算收入、安排预算支出，接受国家有关部门的监督。
（一）管理机构
财政部门作为预算收支及管理的职能部门，其内部具体管理要按收支性质由各业务职能机构负责管理。以财政部为例，目前其内部主要业务司局构成包括综合司、条法司、税政司、预算司、国库司、国防司、行政政法司、教科文司、经济建设司、农业司、社会保障司、企业司、金融司、国际司、会计司、监督检查局等（如图2.4所示）。
图2.4 财政部职能机构构成图
地方各级财政根据需要设置内部职能部门，一般不设置条法、关税、国防、国际等机构。
（二）主要管理职责
1．综合司的主要职能
研究财政改革和财政政策；分析预测宏观经济形势，提出调整经济政策及运用财税政策调控经济的建议；负责重要财税改革方案的研究和协调；拟订财政分配政策和工资制度改革方案，参与机构编制管理；提出住房和国有土地、海域、矿产资源使用制度调整改革和其他经济体制改革的政策建议；拟订政府非税收入管理政策及规章制度；负责审批全国性和中央部门政府性基金和行政事业性收费项目，参与标准的确定，并拟订有关管理制度和办法；统一监制和管理中央行政事业性收费和政府性基金票据，检查指导收费票据的使用；研究彩票法规，制定彩票管理政策和制度，审核和下达彩票发行计划，监管彩票市场等。
2．条法司的主要职能
研究提出修改、完善财税法规的建议，制定财税立法规划；组织和协调财政法律、法规草案的拟订；审核上报财政、税收法律、法规草案；审核其他法律、法规草案中有关财政税收的条款；承担行政复议和行政诉讼的应诉代理工作等。
3．税政司的主要职能
负责研究国内和涉外税收政策，拟订实施方案；提出税制改革、税种增减、税目税率调整、减免税、出口退税等重大事项的建议；参加涉外税收谈判，并草签有关协议、协定；拟（修）订国际税收协议和协定范本等。
4．预算司的主要职能
拟订财政体制和预算管理制度，编制中长期财政规划；研究提出编制年度预算的指导思想和原则，提出增收节支和平衡财政收支的政策措施与建议；负责编制年度中央预算草案、国债发行计划和中央本级预算外资金收支计划；负责政府债务政策研究及有关协调工作；分析报告国家预算执行情况；审定中央各部门人员经费、公用经费支出定额标准；统一管理财政专项资金投放项目库；负责研究建立财政支出绩效评价体系；审查、批复中央部门预算和政府采购预算；统一办理预算调整事项的审核报批；汇总年度全国财政预算、决算；指导地方预算管理；拟订财政转移支付制度和区域财政政策，负责中央对地方的转移支付工作；承担与全国人大财经委员会和全国人大常委会预算工作委员会的有关联络工作和审计署审计中央财政预算执行的有关工作；负责指导预算管理信息网络体系的建设等。
5．国库司的主要职能
提出并拟订国家金库管理制度、财政总预算会计制度和行政单位会计制度；负责中央财政资金的调度；分析国家预算的执行情况；汇总并编制中央、地方、全国决算；汇总行政事业单位决算；统一管理中央财政的银行开户；统一管理和审批中央预算单位银行账户的开立、变更和备案；研究政府国内债务政策，拟订管理制度，负责政府内债发行、兑付及二级市场管理，研究国债市场运行中的有关问题；管理中央预算外资金专户；拟订并监督执行政府采购政策，对全国政府采购工作进行指导和信息统计分析；研究和推行国库集中收付制度；负责综合性财政统计及分析工作等。
6．国防司的主要职能
参与研究军队、武警、军工的发展规划及改革措施；研究拟订财政扶持相关部门发展的政策；会同分管部门（单位）研究提出经费开支标准、定额、年度预算和专项资金支出预算建议；负责监督分管部门（单位）预算的执行；对专项资金追踪问效，检查项目实施中资金的管理使用情况，进行项目的效益考核；制定分管部门（单位）和项目资金使用的财务管理办法；管理军工企业财务和事业单位的资产和财务，负责拟订军工科研事业单位的资金和财务管理制度；审核、编制和批复分管部门（单位）的年度决算等。
7．行政政法司的主要职能
牵头制（修）订《行政单位财务规则》；负责制定行政性经费（包括行政、政法、外事经费）的财务管理制度；负责牵头制定因公出国（境）人员的工资及生活待遇标准和费用开支标准；制定部门（单位）和项目资金使用的财务管理办法；研究提出行政性经费开支标准和定额；管理援外经费；参与联合国会费谈判；牵头汇总办理国家财政向国际组织缴纳的会费、捐款；会同分管部门（单位）研究提出经费开支标准、定额、年度预算和专项资金支出预算建议；负责监督分管部门（单位）预算的执行；对专项资金追踪问效，检查项目实施中资金的管理使用情况，进行项目的效益考核；审核和批复分管部门（单位）的年度决算，研究制定行政单位的国有资产管理政策，组织开展行政单位的国有资产管理工作等。
8．教科文司的主要职能
负责研究制定事业单位通用的财务管理制度和国有资产管理政策，牵头制（修）订《事业单位财务规则》及事业单位国有资产管理办法；研究制定财政支持教科文事业改革与发展的政策，提出优化事业支出结构的建议；会同分管部门（单位）研究提出部门经费开支标准、定额、年度预算和专项资金支出预算建议；负责监督分管部门（单位）预算的执行；对专项资金追踪问效，检查项目实施中资金的管理使用和配套到位情况，进行项目的效益考核；制定分管部门（单位）和项目资金使用的财务管理办法；审核和批复分管部门（单位）的年度决算；制定（修订）新闻、出版和电影行业的财务制度；参与事业单位收费项目的审批和标准的确定及事业单位人员编制管理；组织开展事业单位国有资产管理工作等。
9．经济建设司的主要职能
牵头与国家发展改革委员会等有关部门研究制定财政投资的有关政策，参与项目安排；负责管理国家物资、粮食、棉花、食糖、医药等专项储备资金和政策性补贴；会同分管部门（单位）研究提出经费开支标准、定额、年度预算和专项资金支出预算建议；负责监督分管部门（单位）预算的执行；对专项资金追踪问效，检查项目实施中资金的管理使用和配套到位情况，进行项目的效益考核；制定部门（单位）和项目资金使用的财务管理办法；审核和批复分管部门（单位）的年度决算等。
10．农业司的主要职能
负责研究财政支农政策；参与编制农业发展规划；制定财政支农资金管理办法和农口事业、企业财务管理制度；管理和分配财政支农资金，管理政策性农业和扶贫专项贷款贴息，参与安排财政扶贫资金；会同分管部门（单位）研究提出经费开支标准、定额、年度预算和专项资金支出预算建议；负责监督分管部门预算的执行；对专项资金追踪问效，检查项目实施中资金的管理使用和配套到位情况，进行项目的效益考核；制定部门（单位）和项目资金使用的管理办法；审核和批复分管部门（单位）的年度决算等。
11．社会保障司的主要职能
参与国家社会保障法规、政策、制度的研究、制定；提出中央社会保障预算草案；会同分管部门研究提出经费开支标准、定额、年度预算和专项资金支出预算建议；负责监督分管部门（单位）预算的执行；对专项资金追踪问效，检查项目实施中资金的管理使用和配套到位情况，进行项目的效益考核；制定部门（单位）和项目资金使用的财务管理办法；审核和批复分管部门（单位）的年度决算等。
12．企业司的主要职能
参与国家与企业分配政策改革的研究；参与研究国家产业政策和企业改革政策；负责牵头制定（修订）并组织实施《企业财务通则》；监缴国有资产收益，并提出国有资产预算编制草案；负责监管中央国有企业财务（金融、军工、粮食、铁路等企业除外）；负责拟订境外企业和外商投资企业财务管理制度；负责中央财政直接拨付中央企业的亏损补贴、税收返还等支出项目的管理；参与国有企业的租赁、拍卖、兼并、破产、重组等有关政策的研究制定和实施；参与组建企业集团、实行股份制改革等工作，并制定相应的财务管理制度；负责资产评估行业的行政管理，联系和指导中国资产评估协会的工作；指导地方企业财政财务管理工作，归口管理补助地方的专项经费等。
13．金融司的主要职能
负责货币政策及其与财政政策协调配合的研究工作；负责金融机构国有资产的基础管理工作，组织实施金融机构国有资产的清产核资、资本金权属界定和登记、统计、分析、评估；负责金融机构国有资产转让、划转处置管理，监缴国有资产收益；拟订银行、保险、证券、信托及其他非银行金融机构的资产与财务管理制度并监督其执行；指导地方金融机构资产和财务监管工作；研究政府外债发行政策，拟订管理制度；负责办理中国政府对外发行债务和主权信用评级工作；负责编制政府统借统还外债还本付息年度预决算和外国政府贷款的中长期计划；负责外国政府贷款（含日本国际协力银行不附带条件贷款、联合融资贷款）的对外磋商、谈判与签约业务，拟订相关政策和制度，并对贷款使用与偿还进行监督与管理；负责制定并组织实施出口信用保险的国家限额和费率政策；拟订担保业的相关政策和制度，对担保业实施监督和管理等。
14．国际司的主要职能
研究分析国际财经问题，提出有关政策建议；负责财政国际多边和双边合作事宜；负责世界银行和亚洲开发银行贷款、担保和联合融资的对外谈判与磋商业务；负责世界银行和亚洲开发银行中国理事的工作；参与国际农业发展基金会贷款的谈判、转贷、偿还工作；提出部机关和直属单位的年度外事经费预算建议，负责财政部香港、澳门特别行政区及台湾事务办公室的工作，组织和管理部机关人员的出国、出境考察和培训工作等。
15．会计司的主要职能
管理全国会计工作；研究提出会计改革和政策建议；草拟会计法律、法规和国家统一的会计制度，并组织贯彻实施；负责全国会计从业资格管理；负责全国会计职称管理工作；指导和管理社会审计工作；指导和监督会计电算化工作；负责会计委派制度试点工作等。
16．监督检查局的主要职能
制定财政监督检查的政策和制度；监督财税法规、政策的执行情况；检查反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政管理的政策建议；依法查处违反财经纪律的重点案件；管理财政监察专员办事处的业务工作；监督检查部内各单位执行财政法规、政策、制度和预算的情况；监督部属单位的财务收支管理。