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长江是我国的第一大河，其流域面积占全国总面积的19%，养育着全国三分之一的人口，流域的工农业总产值约占全国的40%，在我国国民经济发展中占有重要地位。
长江三峡位于四川省东部和湖北省西部，为以长江峡谷水道为主的河川，西起四川奉节，东至湖北宜昌。长江三峡是瞿塘峡、巫峡、西陵峡的总称，两岸群山笔立，崔嵬摩天，幽邃峻峭。三峡以瞿塘雄、巫峡秀、西陵险和观三峡云雨驰名。沿江的名胜古迹有丰都名山、忠县石宝寨、云阳张飞庙、奉节白帝城以及大量赞颂三峡风光的题刻。长江支流大宁河的小三峡，山清水秀，奇峰壁立，林木葱茏，猿声阵阵，饶有野趣。因此，1982年11月，长江三峡被列为由国务院批准确定的我国第一批国家重点风景名胜区之一。
但是，长江中下游的洪水灾害历来频繁而严重。新中国建立以来，国家在长江流域进行了大规模的防洪建设，对保障中下游地区的经济建设和人民生命财产安全，发挥了很大作用。但由于多方面的原因，长江资源还没有得到很好的开发利用，水患尚未根治，上游洪水来量大与中下游河道特别是荆灌河段过洪能力小的矛盾依然十分突出，两岸地面高程
又普遍低于洪水位，一旦发生特大洪水，堤防漫溃，将直接威胁荆江两岸江汉平原和洞庭湖区的1500万人口和2300万亩良田，人民群众的生命财产和一批重要的大中城市、工矿企业和交通设施，将会遭受巨大损失，国民经济全局将受到严重影响。
对于如何解决长江的防洪问题，更好地开发长江资源，中共中央和国务院一直很重视，社会各界也十分关注。经过几十年来的治理和对各种意见、方案的反复研究和论证，各界达成了共识：解决长江中下游的防洪问题，必须采取综合治理措施。兴建三峡工程是综合治理的一项关键性措施。
三峡工程兴建后，可将荆江河段防洪标准由目前的十年一遇提高到百年一遇；配合其他措施，可以防止荆江河段发生毁灭性灾害；还可减轻洪水对武汉地区及下游的威胁。同时，三峡工程还有发电、航运、灌溉、供水和发展库区经济等巨大的综合经济效益和社会效益。三峡工程建成后年发电量为八百四十亿千瓦时，占目前我国年发电总量的八分之一，可为华东、华中和川东地区的经济发展提供重要的能源；可以大大提高川江航道通过能力，为发展西南地区的经济和繁荣长江航运事业创造条件。三峡工程还有利于长江中下游城镇的供水，有利于南水北调。
《中华人民共和国国民经济和社会发展十年规划和第八个五年计划纲要》（第七届全国人民代表大会第四次会议1991年4月9日批准）确定，要“继续抓紧长江三峡工程项目的审查”工作。
1992年3月，国务院批转了原国家计委《关于加强水库移民工作若干意见的通知》，将三峡工程移民（将超过二百万人）作为需要考虑的重大问题。同时还开展了对三峡工程库区移民工作的对口支援工作。
1992年4月，第七届全国人民代表大会第五次会议通过了《关于兴建长江三峡工程的决议》。
长江三峡工程随即开始兴建。
尽管从孙中山时期就开始设想修建长江三峡大坝，但直到毛泽东、邓小平时期，这项工程还是因为弊害较大
而未能决策上马。
中国国内围绕三峡工程的影响的问题与争论，主要涉及政治、经济、移民、环境、文物、旅游等方面。
1．关于生态环境的影响和争议问题
三峡工程对环境和生态的影响非常广，其中对库区的影响最直接和显著，对长江流域也存在重大影响，甚至还有人认为三峡工程将会使得全球的气候和海洋环境发生重大变化。
库区人们对三峡工程影响环境的最大担忧来自于水库的污染。目前三峡两岸城镇和游客排放的污水和生活垃圾，都未经处理直接排入长江。在蓄水后，由于水流静态化，污染物不能及时下泻而蓄积在水库中，因此已经造成了水质恶化和垃圾漂浮，并可能引发传染病，部分城镇已在其他水源采集生活用水。同时，大批移民开垦荒地，也加剧了水体污染，并产生水土流失的现象。对此，当地政府正在大力兴建污水处理厂和垃圾填埋场以期解决污染问题，如果发现污染过于严重，也可能会采取大坝增加下泄流量来实现换水。
三峡水库库容极大，因此必然会增加库区地震的频率。但支持工程的人士认为，当时论证坝址时，非常重要的一个考虑因素就是地质条件，三斗坪附近的岩体比较完整，断裂少，历史上也极少发生有感地震，因此不大可能发生破坏剧烈的强震。三斗坪的上游地区，地质条件主要是碳酸盐岩，发生地震的可能性较大，但烈度估计最高也不会超过6级，而三峡的主要建筑物都是按照防7级地震烈度来设计的。由于三峡两岸山体下部未来长期处于浸泡之中，因此发生山体滑坡、塌方和泥石流的频率会有所增加，这将是三峡工程所能造成的主要地质灾害。而工程的反对者们则质疑论证过程只考虑了地质的静态状况，没有考虑蓄水后可能带来的地质条件质变。
根据葛洲坝水电站的运行经验，三峡工程将会对周边生态造成严重的冲击。因为有大坝阻隔，鱼类无法正常通过三峡，它们的生活习性和遗传等会发生变异。三峡完全蓄水后将淹没五百六十多种陆生珍稀植物，但它们中的绝大多数在淹没线以上也有分布，只有疏花水柏枝和荷叶铁线蕨两种完全在淹没线以下，现均已迁植。
三峡蓄水后，水域面积扩大，水的蒸发量上升，因此会造成附近地区日夜温差缩小，改变库区的气候环境。由于水势和含沙量的变化，三峡还可能改变下游河段的河水流向和冲积程度，甚至可能会对东海产生一些影响，并进而改变全球的环境。但是考虑到海洋的互通性，以及长江在三峡以下的一千多公里流程中还有湘江、汉江、赣江等多条重要支流的水量汇入，因此估计不会对全球海洋和气候环境造成较大的影响。而且环境的变化是由多种可变因素交织形成的，极其复杂，所以也无法确定三峡工程对环境影响的明细程度。
除了对环境的负面影响，在某种程度上，三峡工程也会对环境产生有益的作用。水能是一种清洁能源，三峡水电站的建设，将会代替大批火电机组，使每年的煤炭消耗减少五千万吨，并减少二氧化硫等污染物和引起温室效应的二氧化碳的排放量，将间接实现环保。
学者王维洛于2002年在《当代中国研究》杂志撰文介绍了三峡工程环境影响评价报告的编写过程。本书以下拟引用该文的部分内容，就三峡工程环境影响报告书编制过程中出现的争议问题予以说明。
（1）三峡工程第一个环境影响评价报告的结论：工程弊大于利
1958年中共中央批准兴建三峡工程，在周恩来总理的主持下，开始了三峡工程的勘探、设计、论证工作。后因经济政策失误，计划搁浅。在这种情况下，并考虑国力、技术和国内国际形势等其他因素，毛泽东主席最终决定暂缓实施三峡工程，“积极准备，充分可靠”，先修建葛洲坝水电站，作为三峡水电站的实验工程。
葛洲坝水电站位于长江西陵峡出、南津关以下的湖北省宜昌市境内， 1971年开工，“边设计、边准备、边施工”，但不久后就因为施工质量实在不合格而停工。在多次修改设计和施工方案后，于1974年复工，1981年实现长江截流，1988年全部建成。电站为无调节能力的径流式水电站，共安装19台12.5万千瓦和2台17万千瓦水轮发电机组，总装机容量271.5万千瓦，一度是中国最大的发电厂。
“文化大革命”结束后，中国提出建设“四个现代化”的口号，要兴建一批骨干工程以拉动国民经济的发展，三峡工程于是被再次提上议事日程。1983年水利电力部提交了工程可行性研究报告，并着手进行前期准备。1984年国务院批准了这份可行性研究报告，但在1985年遭到全国政协许多委员的强烈反对。1986年中共中央和国务院提出要进行三峡工程的可行性研究。为此，从1986年到1988年，国务院又召集四百多位专业人士，分14个专题对三峡工程进行全面重新论证，结论认为，技术方面可行、经济方面合理，“建比不建好，早建比晚建更为有利”。
需要说明的是，从20世纪70年代后期开始，我国《环境保护法（试行）》规定了环境影响评价制度。因此，三峡工程的环境影响评价报告的书写和审批，就成为中国环境影响评价制度建立和完善的主要内容。
对于三峡工程是否需要制作环境影响评价报告书，绝大部分人（包括许多科学家、工程技术人员、环境保护机关的行政管理人员、一些政治家）的共识是，建设三峡工程对生态环境的影响，特别是负面影响是严重的，三峡工程必须提出相应的对策，来减少工程对生态环境的影响，以保护生态环境。所以，三峡工程必须制作环境影响评价报告书，上报批准。
1982年，长江水利委员会提出的三峡工程正常蓄水位150米方案中，就有一章是三峡工程对环境的影响，承认三峡工程对环境的影响有利有弊、弊大于利。
1984年，国务院原则批准了三峡工程上马。受原国家计委和国家科委的委托，中国科学院组织了“三峡工程生态环境科研项目”领导小组，负责编写《长江三峡工程对生态与环境及对策的研究》。这也是一个违反《环境保护法（试行）》中规定的有关环境影响评价程序即“先批后审”的决定。
就在中国科学院的这个研究课题进行之时，1986年，中共中央和国务院决定对三峡工程进行可行性论证。可行性论证由水利部负责，分14个课题组进行，其中一个课题就是“生态和环境”，这个课题是中国科学院“三峡工程生态环境科研项目”的延续，其人员也是原班人马的扩充。“三峡工程可行性论证生态环境组”负责人是中科院学部委员马世骏和侯学煜，马世骏任组长，侯学煜为顾问。
从1986年开始到1988年，生态环境组初步完成了研究报告。1988年11月下旬，三峡工程论证领导小组召开第9次扩大会议，由生态环境组汇报他们的工作结果。组长马世骏发言时说明，中科院对三峡工程生态环境影响研究报告的结论是有利有弊、弊大于利。
原因在于：三峡工程是个超大型的水库大坝工程，其对生态环境的影响在目前的科学技术水平下还存在认识不足的情况，有许多问题还根本没有认识到，提出的防止措施是否能起作用也未经过实验证实，是否有效仍值得怀疑。这个观点也是参加论证的大部分专家的意见，最终的生态环境组专业报告也是以这个结论上报的。
报告的主要结论是：“三峡工程对生态环境的影响是有利有弊、弊大于利，但是一些弊病可以采取工程措施加以限制或减轻。”而侯学煜不同意结论中的后半句，他把名利置之度外，拒绝在专业报告上签字，单独向三峡工程论证领导小组提交了自己的意见书。他认为：“从对生态环境和资源的影响来看，三峡工程不是早上或晚上的问题，坝高多少的问题，而是根本要不要上的问题。”
三峡工程可行性论证报告（共14个分报告，包括生态环境组的分报告）于1989年8月完成。参加三峡工程可行性论证的有412位各学科的专家，其中403位在各自参加编写的分报告上签了字，只有侯学煜等9位专家没有在报告上签字。从1989年到1991年期间，长江水利委员会在生态环境组分报告的基础上，按照环保部门规定的格式，编写了“三峡工程环境影响评价报告书”。结论仍然是，三峡工程对生态环境的影响是有利有弊、弊大于利，但是一些弊病可以采取工程措施加以限制或减轻。
《中国百科年鉴1988》发表的中国科学院海洋研究所1985─1986年的研究成果表明，长江河口是海水与淡水的交汇区，生态环境复杂多样，兴建三峡工程将改变长江径流原来的季节分配，因而会对河口和邻近海域的生态环境产生影响。例如，三峡水库若保持180米水位，就可能使长江口和舟山渔场的渔业资源量下降8%—10%;10月份流量减少，对冬季带鱼捕捉有利，但对资源保护不利；三峡建库后，输送到河口的细颗粒泥沙会减少，将引起长江三角洲的海岸遭侵蚀，险工地段增多，对上海的堤防十分不利；海水倒灌的问题将加重，影响范围会从镇江上溯到南京。
1990年7月6日，在国务院召开的三峡工程论证汇报会上，负责汇报的“三峡工程生态环境科研项目”领导小组的副组长、技术总负责人在会上将三峡工程论证生态环境组的“弊大于利”的结论改为“三峡工程对生态环境的影响是广泛而深远的”。他指出：“我们认为，除水库淹没以外，影响生态环境的基本因素是建坝引起河流水文、水力情势的变化。……三峡水库对河流天然径流量的调节有限，水库各月平均下泄流量只在枯水季节比天然情况有变化，而且均在天然流量的变化范围之内。……三峡工程对生态环境的影响，不致成为工程决策的制约因素。”
（2）三峡工程可行性论证报告的审查过程与结果
1990年8月，国务院重新组成三峡工程审查委员会，原国务委员兼国家计委主任邹家华为主任，其他副主任由原国务委员兼财政部长、原国务委员兼国家科委主任以及一名原国务委员担任，另有21个部委局的主要负责人任委员。
1990年12月11日，召开了审查委员会第一次会议。会议确定了审查委员会的主要任务是负责审查“长江三峡工程可行性研究报告”，提出审查意见并上报国务院。会议决定采用“分专题、分阶段”的方式进行审查。在第一阶段，先分10个专题，组织10个专家组分别预审，每个专家组提出专题预审意见；在第二阶段，由审查委员会集中审查，提出意见。
在参加审查委员会会议的人员中，既有反对者，也有支持者。1991年8月3日，三峡工程论证审查进入集中审查阶段，国务院三峡工程审查委员会召开了第三次会议，审查并通过了三峡工程论证报告。虽然当时三峡水利枢纽环境影响分报告的结论仍然是三峡工程对环境影响有弊有利且弊大于利，但是三峡工程论证总报告中关于三峡工程对环境影响的结论却被改成了利大于弊。这个论证总报告强调了大坝对生态环境的“有利”影响：水库可以减轻长江洪水对中游人口稠密、经济发达的平原湖区生态与环境的严重破坏，以及洪灾对人们心理造成的威胁；对中下游血吸虫防治有利；水力发电可以减少对周围环境的污染；可以改善库区气候，有利于发展柑橘种植；能减少洞庭湖的淤积，有利于调节长江径流量，等等。
虽然论证总报告中关于三峡工程对生态环境影响的结论与生态环境组的结论截然相反，但在当时的政治气候下，生态环境组的成员没有人敢表示异议。他们认为，他们只对生态环境组的报告以及相应的结论负责，他们只在这个分报告上签字；他们对总报告以及总报告中关于三峡工程对环境影响是利大于弊的结论不负责任，也没有在总报告上签字。
（3）对生态环境可行性论证组“不利”结论的“善后”
国务院三峡工程审查委员通过和批准了可行性论证总报告后，国务委员宋健于1992年8月31日下午召开会议，研究三峡工程可行性论证报告的“善后”问题。
虽然在政治压力下通过的总报告中关于三峡工程对环境影响的结论是利大于弊，但生态环境组的专业报告以及长江水利委员会在该报告基础上编写的三峡工程对环境影响评价报告的结论却仍然是有弊有利、弊大于利，总报告与分报告之间显而易见的矛盾仍然会贻笑后人，因此，必须找出一个妥善的解决办法。
这时，原长江水利委员会主任提出了一个方案，他认为，长江水利委员会根据生态环境组的报告所编写的《长江三峡水利枢纽环境影响报告书》，虽然其评价大纲经过论证领导小组审议通过，但是尚未报国家环保局审批，可以说在程序上是不完备的，可以借此程序性漏洞否定长江水利委员会的环境评价报告。
于是，这次“善后”会议声称，虽然在可行性研究阶段对生态与环境问题作了大量的工作，国务院三峡工程审查委员会组织的生态与环境预审专家组和审查委员会已审定了可行性研究阶段的评价成果，但考虑到三峡工程的生态与环境评价具有极大的国际国内影响，应该按有关法规和程序补编“环境评价报告书”并进行“正式审查”。会议要求国家环保局必须在1992年2月5日前通过这个报告。
（4）三峡工程第二个环境影响评价报告的结论：工程利大于弊
从国务院三峡工程审查委员规定的时间表来看，从1991年9月到1991年底4个月内必须完成如下程序：组织领导和专家班子，编写环境影响评价报告大纲，送交国家环保局批准；重新调查研究，重新分析评价，提出新的防治措施，撰写新的环境影响评价报告书；先上报主管的水利部审查，然后再上报国家环保局并经审查批准。
1991年10月，国家环保局批准了长江水利委员会送交的环境评价大纲。从10月起，长江水利委员会着手修改环境影响报告书和结论。
长江水利委员会并没有为编写第二个环境影响报告书重新组织基础数据的调查，而是使用与原来报告同样的数据；它也没有组织新的分析研究，更没有新的发现或突破。但是，第二个报告却提出了与第一个报告截然相反的结论。
第二个环境影响报告书的结论是：三峡工程对环境影响有利有弊、利大于弊。在对生态环境的有利影响方面，除了前面提到的之外，还添加了一些新的“有利因素”：三峡工程可提高中下游，特别是荆江河段的防洪能力，是长江中下游综合防洪体系中的关键性工程；三峡工程建成后，装机1768万千瓦，年发电量840亿度，可替代火电厂燃煤4千至5千万吨，大量减少废气、废水、废渣对环境的污染；三峡工程有利于改善川江航运，扩大库区养殖水面和改善长江中下游枯水期的水质；三峡工程可调节库容达165亿立方米，能增加长江枯水期流量，可为沿江工农业供水和南水北调提供有利的水资源条件，有利于改善生态与环境，等等。
关于切实可行的减少工程对生态环境不利影响的措施，第二个环境影响报告书只是开列了一些尚待研究的课题：针对库尾泥沙淤积和三峡工程对重庆市环境的不利影响，建议组织综合研究、提出专题报告；针对水生生物和珍稀、濒危物种的保护，建议研究、提出规划报告；就三峡工程使库区一些自然疫源性疾病蔓延或加剧的可能性，建议加强调查研究、提出防治对策；在三峡工程对长江中游平原湖区的土壤沼泽化和潜育化问题上，建议进一步研究；关于三峡工程泄水对长江中下游河道的影响，建议进一步研究；还有三峡工程对长江河口地区的影响，也建议继续进行观测和研究。
2．关于政治、经济、移民、文物、旅游等问题
（1）政治争议问题
三峡工程的支持者们相信，该工程将具有巨大的经济和社会效益，并能拉动整个国家国民经济的发展。而反对者们则认为，该工程劳民伤财，是政府领导人好大喜功、打算青史留名的表现。
在1992年4月3日全国人民代表大会会议表决过程中，共有2633名人大代表参与表决，结果是赞成1767票，反对177票，弃权664票，未按表决器的有25人。表决虽然获得通过，但赞成票只占总票数的2/3左右（67%），是迄今为止中国全国人大所通过的得票率最低的议案。
国务院向各省强制征收三峡工程建设基金的做法，曾一度受到一些省份的抵制，后来在国务院的三令五申下，才勉强募集到位。另外，由于三峡工程引发的许多环保问题，也让它在国际上备受指责，从而难以在海外筹集资金。
在国防安全方面，有人担心，一旦中国卷入战争或者遭受恐怖主义袭击，三峡大坝将成为受袭的目标。不过乐观者认为，轰炸这种关系数亿人民生命的民用目标是严重违反国际法的行为，在现代战争中当不会出现，而三峡大坝极其庞大，一般恐怖组织所使用的手段都难以对大坝造成整体性损毁，即使是炸较薄弱的船闸，由于有五级船闸，而且建于与大坝并不相连的坛子岭，因此，也不会引起溃坝。
（2）预期效益和实际情况问题
三峡工程主要有三大效益，即防洪、发电和航运，其中防洪被认为是三峡工程最核心的效益。
历史上，长江上游河段及其多条支流频繁发生洪水，每次出现特大洪水时，宜昌以下的长江荆州河段（荆江）都要采取分洪措施，淹没乡村和农田，以保障武汉的安全。在三峡工程建成后，其巨大库容所提供的调蓄能力将能使下游荆江地区抵御百年一遇的特大洪水，也有助于洞庭湖的治理和荆江堤防的全面修补。
三峡工程的经济效益主要体现在发电。它是中国西电东送工程中线的巨型电源点，非常靠近华东、华南等电力负荷中心，所发的电力将主要售予华中电网的湖北省、河南省、湖南省、江西省、重庆市和华东电网的上海市、江苏省、浙江省、安徽省以及南方电网的广东省。三峡的上网电价按照各受电省份的电厂平均上网电价确定，在扣除相应的电网输电费用后，约为0.25元。由于三峡电站是水电机组，它的成本主要是折旧和贷款的财务费用，因此，利润非常高。由于长江属于季节性变化较大的河流，尽管三峡电站的装机容量大于伊泰普水电站
，但其发电量却小于后者。
在三峡建设的早期，曾经有人认为，三峡工程建成后，其强大的发电能力将会造成电力供大于求。但现在看来，即使三峡水电站全部建成，其装机容量也仅为那时中国总装机容量的3%，并不会对整个国家的电力供需形势产生多大影响。而且，自2003年起，中国出现了严重的电力供应紧张局面，煤炭价格飙升，三峡机组适逢其时开始发电，在它运行的头两年里，发电量均超过了预定计划，供不应求。
自古以来，长江三峡段下行湍急，唐代诗人李白曾有“朝辞白帝彩云间，千里江陵一日还，两岸猿声啼不住，轻舟已过万重山”（《早发白帝城》）的千古名句。但同时，船只向上游航行的难度也非常大，并且宜昌至重庆之间仅可通行三千吨级的船舶，所以三峡的水运一直以单向为主。到三峡工程建成后，该段长江将成为湖泊，水势平缓，万吨轮可从上海通达重庆。而且通过水库的放水，还可改善长江中下游地区在枯水季节的航运条件。不过，由于永久船闸分为五级，因此通行速度较为缓慢，理论上过闸要2小时40分钟，在目前实际运行中，往往需要4个小时以上才能通过。
（3）移民问题
移民是三峡工程最大的难点，在工程总投资中，用于移民安置的经费便占到了45%。
当三峡蓄水完成后，将会淹没129座城镇，其中包括万州、涪陵等两座中等城市和十多座小城市，会产生113万移民，这在世界工程史上是绝无仅有的，并且，如果库尾水位超出预计，还会再增加新的移民数量。移民的安置主要通过就地后靠或者就近搬迁来解决，但后来发现，水库淹没了大量耕地，从而导致整个库区人多地少，生态环境趋于恶化。于是，对农村人口又增加了一种移民方式，就是由政府安排，举家外迁至其他省份居住，目前已经有大约14万名库区移民迁到了上海、江苏、浙江、安徽、福建、江西、山东、湖北（库区外）、湖南、广东、重庆（库区外）、四川等省市。
为解决移民问题，政府在20世纪80年代中期曾筹备设立三峡省予以统筹管理，但后来考虑到该地区较为贫困，新成立的省恐难以实现经济自立，并且湖北省抵制情绪严重，该方案最终只得作罢。到三峡工程正式开工后，为提高占库区移民总数85%的重庆市在移民问题上的积极性和主导性，中央政府决定将重庆升格为直辖市，并在1997年3月14日由全国人大以88%的赞成票通过。重庆直辖市于当年6月14日正式成立，包括了原四川省的重庆、万州、涪陵和黔江四个地区的范围，因此，它虽然被称为市，但实质上更接近于省。
三峡工程实行“开发性移民”模式，即在移民的同时，也伴随进行大规模的基础设施建设和产业建设，根本目的是要改善民众的生活水平。其经费除了由三峡建设基金拨付外，三峡总公司在电站投产后的若干年内每年也要支付给地方政府一笔资金用于移民安置。此外，国家还要求全国的21个省市，每个省对口支援三峡库区的一个县。但目前的现状是，虽然移民城镇的基础建设较快，但是工业发展较差，大批搬迁的企业破产倒闭，库区整体呈现出一种产业空心化的状态，经济增长缓慢，失业率较高，并引发了一系列社会问题。
（4）泥沙淤积和水位问题
由于有三门峡水电站的前车之鉴，因此泥沙问题始终是三峡工程技术讨论的重中之重。据测算，长江上游江水每立方米含沙1.2千克左右，每年通过坝址的沙量在5亿吨以上。在三峡工程未建前，这些泥沙大量淤积在曲折的荆江河段，抬高了河床水位，并威胁到整个江汉平原和洞庭湖平原的安全。
当三峡水库形成后，受水势变缓和库尾地区回水的影响，泥沙必然会在水库内尤其是大坝和库尾淤积。不过乐观者认为，长江的含沙量有季节性差异，汛期江水中的含沙比例比枯水期大，因此三峡水电站可以采用“蓄清排浑”的方法来应对，即在汛期时加大排水量使浑水出库，在枯水季节大量蓄积清水，便可以减少泥沙在水库内的淤积，这种方式与目前水电站的一般运行方式基本一致，所以不用过于担心三峡的泥沙淤积问题。他们认为，在三峡蓄水的初期，排沙比例只有30%至40%，将发生轻度淤积，但主要是填充死库容，影响不大，随着水库运行时间的增长，排沙比例会逐渐提高，在80—100年后，将基本达到平衡，不再出现新的淤积，旧有淤积也可以通过由临时船闸改建的泄沙信道和加强疏浚等方法进行清理。那时水库将依然保持90%左右的库容，不会对发电、航运以及沿岸城镇尤其是重庆造成大的不良影响，而且随着长江上游植树造林、水土保持工作的进展，江水的泥沙含量也将缓慢下降。
但是，工程的反对者如黄万里等认为，长江上游河流所携裹的，除了泥沙，还有颗粒较大的鹅卵石，在三峡大坝筑起后将极难排出，会造成堵塞，并向上游延伸，进而影响重庆。此后，在2002年10月，国务院批准由三峡总公司承建长江上游干流金沙江上的乌东德、白鹤滩、溪洛渡和向家坝等四座巨型水电站，其建设目的之一就是为了分担三峡库区的泥沙淤积，减缓三峡库区的泥沙淤积速度，这也再度引起人们对三峡泥沙问题的担忧。
与泥沙淤积问题同样极具争议的，还有水位问题。在三峡蓄水至135米后，有人发现从大坝到库尾之间的水位落差高达34.7米，远远超过了工程论证报告认为的0.4米，因此担忧重庆可能会在三峡完全蓄水后被淹没。不过三峡验收组副组长潘家铮对此解释，论证报告中计算的是满蓄水后的情况，而现在的库尾水位其实是天然水位，它和大坝水位目前存在着巨大落差并不令人意外。
（5）对风景名胜和文物古迹的影响
长江三峡是中国著名的风景名胜区，它起自重庆奉节县白帝城，蜿蜒约二百千米至湖北宜昌南津关，由瞿塘峡、巫峡和西陵峡组成，沿途地形险峻，山川秀丽，古迹众多。在水库满蓄水后，三峡的峡谷感将会受到一定程度削弱，但是三峡两岸山势原本高拔陡峭，“夔门天下雄”等山峦多在1000米以上，因此视觉观感并不会差异太大。同时，蓄水后，原先一些幽深的景区也将更加便于游人探访。不过，由于旅游机构在20世纪90年代广泛宣传了“告别三峡游”，使得人们普遍认为蓄水后的三峡景致不再，因此，自2003年以来，三峡的旅游业便一落千丈。
三峡周边在古代是巴文化和楚文化的交汇地。水库淹没区已探明的文物点有一千二百多个，从1992年起文物部门便开始进行抢救性发掘，预计可在2009年蓄水完成前抢救、保护完毕。此外，政府还对其中的全国重点文物保护单位和其他重要古建筑文物设立专案、拨给专款予以保护。
白鹤梁题刻位于重庆市涪陵区城北长江江面上，是一组天然石梁，长度约1600米，有题刻165段，石鱼18尾，揭示了当地自唐代至清代间的72个年份的枯水资料，是世界上所发现的时间最早、延续时间最长、数量最多的水文题刻。三峡蓄水完成后，白鹤梁将永远淹没于水中，文物部门已经在其周围建设了巨大的水下无压透明容器以方便游客观赏和学者研究，使之成为世界上第一座水下的博物馆。
张桓侯祠位于重庆市云阳县县城的对岸，依山傍水，是纪念三国名将张飞的巨大祠庙建筑群，古建、碑刻等颇多。庙前有“江上风清”四个大字，从长江上抬眼望去，极其宏伟。2002年至2003年，文物部门按照“整旧如旧”原则对张桓侯祠实施了整体搬迁，新址在新云阳县城的对岸，东距原址32千米。
石宝寨位于重庆市忠县石宝镇，其35米高的寨楼，是中国唯一一座穿斗式构架的高层木建筑，被誉为“世界八大奇异建筑”之一。寨后有山，拔地而起，四面陡峭如印，名“玉印山”，山与寨浑然一体。由于地势较高，石宝寨在三峡蓄水后将会成为一座孤岛，四面被水环绕。但是，由于水位的抬高，使其下的山石有可能软化、崩解，因此文物部门在其周围建造了一道巨型围堤，包围住整个山寨。
丁房阙—无铭阙均为位于重庆市忠县境内的汉代石阙。丁房阙为双阙，坐落在忠县县城，是罕见的庙前阙。无铭阙位于忠县县城外的古驿道旁，原为双阙，今仅存右阙。这两组汉阙现在都已搬到了地势较高的忠县白公祠内。
此外，地方政府还对千年古镇大昌镇和屈原祠等实行了整体搬迁，对原本三面临水的白帝城实施原址保护，使之成为一座江中岛，而夔州古城（奉节县城）等无法搬迁保护的，就只能永埋水底了。
1．专家的评审
1992年1月21—24日，水利部根据国务院领导批示在北京主持召开了《长江三峡水利枢纽环境影响报告书（送审稿）》（以下简称《报告书》）的预审会议，提出了如下评审意见：
第一，《报告书》针对工作规模巨大、对生态与环境影响深远的特点，采取全流域、多层次的系统分析和综合评价方法，对23个环境子系统和68个环境因子进行了评价。《报告书》全面分析了三峡工程对生态与环境的有利影响和不利影响，以及环境对三峡工程的影响，提出了减免不利影响的对策和下阶段工作的建议。专家委员会认为：三峡工程对生态与环境的影响有利有弊，只要采取切实有效的措施，认真落实，可以使其减少到最低限度。根据以上分析，生态和环境问题不致影响三峡工程的可行性。
第二，同意《报告书》就三峡工程对生态与环境有利影响的分析和结论。
第三，同意《报告书》就三峡工程对生态与环境不利影响的分析和对策措施的建议，包含水库淹没和移民安置、水库水质保护、库尾泥沙淤积与防洪、水生生物与珍稀、濒危物种保护、自然景观和文物保护、人群健康、中游湖区的土壤沼泽化和潜育化、长江口地区的生态与环境问题及其他等九个方面。
第四，关于环境影响的经济损益问题，专家委员会认为：目前大型水利工程对生态与环境影响的量化难度较大，建议可先采用定性的分析方法，并继续进行定量分析方法的研究。
第五，原则同意《报告书》提出的重点对策，并同意在三峡工程概算中安排必要的环境补偿投资。
2．国家环境保护局审批
1992年2月1日，水利部将第二个环境影响报告书送交国家环境保护局审批。1992年2月17日，国家环境保护局以《关于〈长江三峡水利枢纽环境影响报告书〉审批意见的复函》（环监〔1992〕054号）予以批复。该批文的意见是：第一，原则同意《长江三峡水利枢纽环境影响报告书》预审专家委员会的评审意见，认为只要对不利影响从政策、工程措施、监督管理以及科研和投资等方面采取得力措施，使其减小到最低限度，生态与环境问题就不致影响三峡工程的可行性；第二，列举了三峡工程对生态与环境的三大有利影响和七大不利影响，并载明三峡工程的建设还可能产生目前尚未被认识和潜在的生态与环境问题；第三，鉴于三峡工程对生态与环境的影响广泛而深远，要求必须对不利影响予以高度重视，本着对人民负责、对后代负责、对历史负责的精神，严格执行环保法规，采取得力措施，并认真落实。
3．全国人大对三峡工程议案的审批
1992年2月17日，国务院环保局批准了三峡工程环境影响报告书，为在3月份召开的全国人民代表大会审批三峡工程的议案做好了准备。
1992年3月21日，时任国务院副总理的邹家华向人大作了“关于提请审议兴建长江三峡工程议案的说明”。他指出，1991年8月3日，审查委员会在最后一次全体会议上一致通过了对长江三峡工程可行性研究报告的审查意见，认为三峡工程建设是必要的，技术上是可行的，经济上是合理的。建议国务院及早决策兴建三峡工程，提请全国人大审议。1992年1月17日，国务院常务会议认真审议了审查委员会对三峡工程可行性研究报告的审查意见，同意兴建三峡工程，提请全国人民代表大会审议。
1992年3月16日，时任国务院总理的李鹏代表国务院向全国人大提请审议兴建长江三峡工程的议案
和议案附件说明。
在附件说明中提到：三峡工程对生态环境的影响，引起国内外人士的广泛关注，提出了很多加强生态与环境研究的意见和建议，国务院对此十分重视，在工程论证和审查中都被列为重点课题；在三峡工程论证期间，成立了长江三峡工程生态与环境专家组，由生态、环境、环境水利等55位国内著名专家组成，经过两年的论证，提出了“长江三峡工程生态与环境影响及其对策的论证报告”;1991年国务院三峡工程审查委员会审查并肯定了这一环境影响报告的评价成果，同时要求根据中国的环境保护法律规定“补办”三峡工程环境影响报告。据此，中科院环境评价部和长江水资源保护科研所联合编制了“长江三峡水利枢纽工程环境影响报告书”，由水利部主持预审，进行修改，最后由国家环保局主持终审通过。三峡工程对生态环境的影响有利有弊，主要有利影响在长江中下游，主要不利影响在库区。但是，国务院的这个附件说明只字不提三峡工程论证审查过程中先后有两个工程环境影响报告书，而两个环境影响报告书的结论又截然相反的情况。三峡工程对生态环境的不利影响引起了国内外人士的广泛关注，而负责撰写第二个环境影响评价报告书的专家们实际上根本无法回答许多重要问题。
1992年4月3日，全国人民代表大会第五次会议就是在这样的背景下批准了国务院提出的三峡工程议案。这是中华人民共和国历史上继1955年三门峡水电站之后第二件提交全国人民代表大会审议的工程建设议案。
2004年1月，原全国人大环资委主任委员曲格平先生在谈到有关三峡工程的利弊问题时指出，三峡工程可以带来三大好处：其一，防止了50年一遇的洪水危害，解决了心头之患；其二，大坝对水量的调节，可以有效防止枯水期给生态带来的危害；第三，三峡机组的水力发电，每年至少可以节约5000万吨煤的消耗，有效保护生态资源。但是，三峡工程带来的不利因素也至少有三条，即泥沙淤积问题、长江特有生物的保护问题和人文及自然景观的改变问题。他同时认为，三峡工程总的来说还是利大于弊。