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1．麻雀成为“四害”之一
受薛攀皋先生《为麻雀翻案的艰难历程》
一文的启发，中国社会科学院近代史研究所雷颐副研究员曾引用薛攀皋先生的文章撰写了《麻雀的劫难与人的悲剧》一文，对20世纪50年代中国政治运动的“除四害”决策进行了介绍。
1955年下半年的一天，毛泽东接到农民的反映，说是麻雀祸害庄稼，于是指示：麻雀是害鸟，能不能消灭它们？农业部副部长刘瑞龙找到中科院前任动物所副所长钱燕文。钱回答，我们对麻雀的食性还没有系统研究过，不敢肯定是否应当消灭麻雀。
几天后，毛泽东在组织起草《农业发展纲要草案》即《农业十七条》时，决定将麻雀与老鼠、苍蝇、蚊子一起列为必除的“四害”。在这个草案的酝酿过程中，鸟类学家郑作新等科学家提出麻雀实际吃谷有限，而吃害虫很多，因此是益鸟，不应消灭。
但这些生物学家的意见并未被接受，最后在《全国农业发展纲要》第27条规定：除四害。从1956年开始，分别在5年、7年或者12年内，在一切可能的地方，基本上消灭老鼠、麻雀、苍蝇、蚊子。1956年1月，经中共中央政治局讨论、最高国务会议正式通过的《纲要草案》第27条规定，从1956年起，分别在5年、7年或12年内基本上消灭包括麻雀在内的“四害”。
于是，消灭麻雀的运动正式兴起。
2．中国科学家眼中的麻雀
1956年10月，青岛举行了中国动物学会第二届全国会员大会。实验生物学家朱洗首先讲了一个故事：1774年，普鲁士国王下令消灭麻雀，并宣布杀死麻雀有奖赏。百姓于是争相捕雀。不久，麻雀被捉光了，各地果园却布满了害虫，连树叶子也没有了。国王不得不急忙收回成命，并去外地运回雀种，加以繁殖保护。朱洗说：“除了在某些季节麻雀是有害的，其他季节都是有益的。”
大多数科学家都建议，在没有正式得到科学结论以前，希望政府考虑不要轰轰烈烈地搞运动。许多生物学家都以自己的研究为坚实的基础，公开反对消灭麻雀。
1957年10月，可能是部分地接受了生物学家们的意见，《全国农业发展纲要》将第27条“除四害”内容改为：“从1956年起，在12年内，在一切可能的地方，基本上消灭老鼠、麻雀、苍蝇和蚊子。打麻雀是为了保护庄稼，在城市里和林区的麻雀，可以不消灭。”但不少城市不但没有按规定停止灭雀，反而更加大张旗鼓地开展围歼麻雀的群众运动。例如，上海市第一次灭雀大战进行了3天，灭雀88171只，获雀卵265968只；第二次进行了两天，灭雀598001只。
据不完全统计，从1959年3月到11月上旬，8个月的时间中全国捕杀麻雀19.6亿只！为此，《人民日报》还专门发文热情讴歌。不过，“惩罚”自然之后，必然要受到自然的“报复”。1959年春，在上海等一些大城市，树木发生了严重的虫灾，有些地方人行道树的树叶几乎全被害虫吃光。在这种情况下，生物学家更强烈要求为麻雀“平反”。
3．“替麻雀翻案，比替曹操翻案的意义大”
就在“麻雀战”轰轰烈烈进行的时候，鸟类学家郑作新和他的同事们走遍了河北昌黎果产区和北京近郊农村，采集了848号麻雀标本，一个一个地解剖嗉囊和胃部，以求得各种食物的容量。他的结论是：冬天，麻雀以草籽为食；春天养育幼雀期间，大量捕食虫子和虫卵；七八月间，幼雀长成，啄食庄稼；秋收以后主要吃农田剩谷和草籽。总之，对麻雀的益害问题要辩证地看待，要因季节、环境区别对待。他在《人民日报》等报刊上发表了他的考察成果。
可惜，这科学理性的声音没有传到毛泽东的耳朵里。1959年7月在庐山会议上，他仍然自信地认为，“消灭麻雀”的决策没有错，并说：“麻雀现在成了大问题，还是要除。”就在毛泽东说“麻雀还是要除”的时候，广大农村传出了“遍地虫灾”的消息。更多的科学家也开始挺身而出，为麻雀翻案。一位科学家甚至斗胆提出：替麻雀翻个案，比替曹操翻案的意义大。
面对庐山会议后的“反右倾”强大浪潮，朱洗、郑作新、冯德培、张香桐等几位科学家仍无所畏惧，继续为麻雀鸣冤。所幸的是，他们的强烈反对意见此时得到了中科院领导的支持，1959年11月27日，院方十分策略地决定以党组书记张劲夫的名义、以反映科学家不同意见的方式写了《关于麻雀益害问题向主席的报告》，经胡乔木转报毛泽东，并成立了“麻雀研究工作协调小组”。
报告中说：科学家一般都认为，由于地点、时间的不同，麻雀的益处和害处也不同；有些生物学家倾向于提消灭雀害，而不是消灭麻雀。这份附有大量科学依据和分析的报告终于打动了毛泽东。1959年11月29日，毛泽东主席批示：张劲夫的报告印发各同志（注：作为杭州会议文件，印发给与会者）。他在1960年3月18日起草的《中共中央关于卫生工作的指示》中提出：“再有一事，麻雀不要打了，代之以臭虫，口号是‘除掉老鼠、臭虫、苍蝇、蚊子’。”当然，并没有说打麻雀打错了。4月6日，谭震林在二届人大二次会议上所作的关于农业问题的报告对此十分委婉地说道：“麻雀已经打得差不多了，粮食逐年增产了，麻雀对粮食生产的危害已经大大减轻；同时林木果树的面积大大发展了，麻雀是林木果树害虫的‘天敌’。因此，以后不要再打麻雀了……”
以这种方式，毛泽东终于为麻雀平反了。