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朗达玛王毁佛灭僧之际，拉萨西南翠葆山间，有修行僧三人，出亡甘肃西南之安土，师事大喇嘛思明得具足戒。复有西藏梅鲁之僧众十人来学，复得具戒。后此诸人偕还藏土，恢复旧观。但秉持密法，掺杂神道，未为纯善。时有藏地额利王（ 今译阿里王 ）智光者，热情兴学，从东印度聘致大德法护及其弟子辈，广事译订，密乘复兴。其间密乘经典增译者，较昔为多，史称此谓后期佛学。
智光之嗣菩提光，延致阿底峡入藏弘法，尤为胜事。阿底峡尊者，一名吉祥燃灯智，东印度奔迦布人，博通显密，德重当时，曾为超岩寺上座。于公元一〇三七年（宋仁宗景祐四年）入藏，巡化各地，凡经廿载。德行所感，上下归依。藏土佛学，为之一新。中间多事翻译，并著述《菩提道炬论》，极力弘扬显密贯通之学。尊者示寂（七十三岁，公元一〇五二年），其弟子冬顿（ 今译仲敦巴 ）等益阐其说，针对旧传密法专尚咒术者，别立一切圣教，皆资教诫为宗。判三士道（下士人天乘、中士声闻缘觉乘、上士菩萨大乘）。摄一切法，又奉四尊（释迦、观音、救度母、不动明王），习六论（《菩萨地》、《经庄严》、《集菩萨学》、《入菩萨行》、《本生鬘》、《法句集》）。次第四密（作、修、瑜伽、无上瑜伽）。而以《上乐》、《密集》为最。组织精严，迈于昔贤。遂称为甘丹派（ 今译噶当派 ）（甘丹之义，为圣教教诫之意）。藏土后之分立四派，于是兴矣。
宁玛派（意即古派，俗称红教者）。此即旧传前期密乘之学，大要分九乘道。应身佛释迦所说者：声闻、缘觉、菩萨三乘。报身佛金刚萨埵所说者：密乘、外道、作修瑜伽三乘。法身佛普贤所说者：内道大瑜伽、无比瑜伽、无上瑜伽三乘。而复以无上瑜伽中之喜金刚为最究竟。行持随俗，不事律仪，但观修现显契证明空智，即得解脱云云。
迦尔居派（ 今译噶举派 ）（意云教敕传承，俗称白教者）。创自摩尔瓦（ 今译玛尔巴 ）。其人曾三度游学于印度，师事阿底峡，复受密乘学于超岩寺诺罗巴（ 今译那洛巴 ）之门。得金刚萨埵、娑罗诃、龙树以来之真传，精通瑜伽密中之密集，及无上瑜伽中之喜金刚、四吉祥座、大神变母等法。尤于空智双融解脱大手印等法，通达底蕴。归藏以后，授其学于弥拉莱巴（ 今译密勒日巴 ）。再传至达保哈解，取阿底峡《菩提道炬论》，与弥拉莱巴之大手印法，著《菩提道次第随破宗庄严论》，盖有取乎佛护中观之说以为诠释也。后因流传渐广，更分九小派，不一其说。九派中杜普派，于元初有大学者布顿者出，博贯五明，精通显密，整理注解大藏要典，创护律学密乘道甚多。立说平允，后世推重。
萨迦派（俗称花教）。创自藏王族衮曲爵保。后自藏州西百余里萨迦地方建寺聚徒教学，故得名焉。此派学说，融会显密，取清辨一系中观为密乘本义作解释。又以显教之菩萨五位（资粮、加行、见、修、究竟）与密乘四部对合而修，以彼此互相因果。以加行位中暖、顶、忍三昧耶断所取惑，世第一法三昧耶断能取惑，同时以菩萨智慧本性光明而入大乐定，则已达显密融合之境地矣。此说与宁玛派之学迳庭，故又谓之新学也。
希解派（ 今译息结派 ）（意即能灭）。以元初南印度阿阇黎敦巴桑结（ 今译当巴桑吉 ）为始祖。其学出于超岩寺，要以密乘四种断法除灭苦恼，极其通俗。有除灭三灯、夜摩帝成就法等。敦巴五度入藏行化，三传至玛齐莱冬尼，行脚一生，开化至盛云。
此外尚有爵南派（ 今译觉囊派 ）。迄明万历间，此派有大学者多罗那他，博学能文，深通梵语，为译经之殿军。但此派至清初已改宗，今已无传。
上述诸派，除甘丹派专事教化以外，余均与政治有关，援引势力，施行威福。迦尔居派（ 今译噶举派 ）曾握揽藏中政治大权。萨迦派第二世孔迦宁保，尝由元成吉思汗予以西藏统治权，复受命开教于蒙古。至第四世孔迦嘉赞，学尤精博，应元库腾汗之召入朝，依用“兰查”字体，改定蒙文，受帝师尊号。其侄第五世发思巴（ 今译八思巴 ），更大得元帝信任，入朝为帝灌顶，亦受帝师之号，王公后妃，踊跃参加灌顶，秽迹流言，传之史乘。既而归藏统一久事纷争之十三州，悉举以臣事于元。西藏之喇嘛教者，即随之遍行汉土内地，僧众骄奢淫逸，久而愈甚，汉地佛教各宗，皆颓废不张矣。内廷供养喇嘛费用，耗国库十之六七，其声势嚣张，岂可想象！明代永乐时，逐密宗而放之日本，岂偶然哉！
黄衣士派（ 今译格鲁派 ）。降及明代，鉴于元代纵容喇嘛之弊，册封各派喇嘛为王，以杀萨迦派专横之势。迨永乐年间，西宁西南，有宗喀巴者出，游学全藏，目击颓败，慨然有改革之志。乃秉阿底峡之宗，采布顿之说，励行律仪，采诸派之长，而合一经咒之教融为一说。宗喀巴学行优越，德重当时，教化所及，靡然从风。门人学者，皆染黄衣冠，以别于旧时各派，故世称为黄衣派。于拉萨东南，建伽登寺（ 今译甘丹寺 ），弘传其学。后又建色拉、哲蚌二寺，为著名之三大寺焉。藏土久衰之佛法，焕然昭苏矣。
宗喀巴弟子有嘉察伯（ 今译贾曹杰 ），及开珠伯（ 今译克珠杰 ）二大家，均能传承其学。其在伽登住持，而传宗师之衣钵者，为大弟子法宝（ 今译贾曹杰 ），遂成后世伽登座主传承之法统。后其高弟根敦珠巴（亦为克珠杰弟子），创历世转生之说，班禅（梵语意谓大宝师）、达赖（蒙语意谓大海）二人，以师弟而相约，世世互为师长，弘传教法（班禅为其师转生，达赖为其弟也）。及明宪宗加以册封，势力更盛。清初达赖五世罗赞嘉错（ 今译阿旺罗桑嘉措 ），博学多才，蜚声学界，而复借蒙古和硕部（青海附近）固始汗及清朝武力，底定全藏，即置班禅于后藏，自居前藏，分揽统治之权。于是政教合一，悉掌于达赖。及至近世，班禅来汉，彼此纷争不已，权利争夺，自启纷争，岂佛法之本意，良可慨也！故后之言西藏佛学显密完整者，咸以宗喀巴之传承为宗。