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1798年6月，英国舰船毫无征兆地出现在埃及海岸。一个登陆队划船上岸，当时还很不起眼的亚历山大城的总督和地方显贵们接待了他们。英国人警告他们说法国即将入侵，并表示愿意提供帮助。总督愤慨地说：“这是素丹的土地，无论是法国人还是其他国家的人都无权得到它，让我们自己处理吧！” 1 一个像法国这样的次等国家将要威胁奥斯曼帝国的领土，或是奥斯曼帝国的臣民可能会向另一个次等国家英国求助，这类说法显然冒犯了亚历山大的显贵们。英国人划着船回到他们的高桅帆船上，撤走了。当时，没有人再进一步考虑这件事。
亚历山大城的人民在7月1日早上醒来，发现他们的港口满布军舰，他们的海岸被入侵。拿破仑·波拿巴率领一支大规模的部队到来，这是自十字军东征以来第一支进入中东的欧洲军队。由于军力和火力都不及对手，没过几小时，亚历山大就投降了。法国人站稳了脚跟，继续向开罗进发。
马木鲁克骑兵在开罗南郊与法国军队正面相遇。英勇的马木鲁克人拔出剑，向法国侵略者发起进攻，仿佛1516年马木鲁克人在达比格草原大战奥斯曼人的场面重现。但马木鲁克人甚至没能进入攻击距离。法国人排着紧密队形向前推进，一排排步兵的步枪持续轰鸣，一批批马木鲁克骑兵倒地阵亡。一位同时代的埃及编年史家记录道：“空气浓黑，满布火药、烟尘和风裹挟来的尘土。枪声不断，震耳欲聋，人们觉得地在晃动，天在崩塌。”
据埃及目击者说，战斗在45分钟内结束。拿破仑军队占领了毫无防备的开罗，恐慌席卷街巷。
在接下来的3年里，埃及人民直接接触到了法国人的风俗习惯、启蒙运动的思想和工业革命的技术。拿破仑曾打算在埃及建立永久政权，这意味着要用法国统治的好处来赢得埃及人民的心。这不仅仅是军事问题。有67名学者随法国步兵前来，他们肩负双重使命：研究埃及，并用法国文明的优越性感染埃及人。随着法国大革命思想的自由传播，占领埃及成为法国最初的“文明化使命”。
阿布杜·拉赫曼·哲拜尔提（1754—1824）是这次占领的重要目击者，他是一名知识分子和神学家，能够接触到法国和埃及社会的最高阶层。哲拜尔提用很长的篇幅记录了法国的占领，详细描述了埃及人同法国人及其革命思想和令人震惊的技术的碰撞。
法国革命思想与埃及穆斯林价值观之间的鸿沟不可逾越。法国人认为具有普世性的启蒙运动价值观，对许多埃及人来说是非常令人反感的。他们既是奥斯曼帝国的臣民，也是虔诚的穆斯林。从拿破仑第一次向埃及人民宣布“所有人在上帝面前一律平等，只有智慧、才干和美德才能使他们彼此不同”时，就可以看出这种世界观上的差异。
拿破仑的声明非但没有引起谋求解放的共鸣，反而令人深感沮丧。哲拜尔提逐行批驳了这篇声明，拒绝了拿破仑所吹嘘的大多数“普世”价值观。他将拿破仑宣称的人人平等贬斥为“谎言和蠢话”，并总结道：“你看，他们是物质主义者，否认真主的所有属性，他们遵循的信条将人的理性变得至高无上，人们随心所欲对世事做出评判。”
哲拜尔提的言论反映了埃及大多数穆斯林的观念，他们拒绝人类理性凌驾于天启的宗教之上。
如果说法国人不能说服埃及人接受启蒙运动的思想，但他们仍然相信法国的技术会打动当地人。拿破仑的学者给埃及带来了一批新巧的事物。1798年11月，法国人举行蒙哥尔费（Montgolfier）热气球发射仪式。他们在开罗周围张贴告示，邀请市民见证飞行的奇迹。哲拜尔提听到法国人就他们的飞行器给出了让人难以置信的说法，“人们可以坐在里面，前往遥远的国度采集信息、发送消息”，于是他亲自去见证这项技术的展示。
看着平台上那只装饰着法国红、白、蓝三色的蔫蔫的气球，哲拜尔提满是怀疑。法国人点燃了蒙哥尔费热气球的火芯，让气球充满热空气直到起飞。人群惊愕得喘不过气来，法国人显然乐意见到这样的反应。一切似乎进展顺利，直到气球失去了它的火芯。没有了热空气，蒙哥尔费热气球垮了，坠落在地面上。热气球坠毁让开罗的观众恢复了对法国技术的蔑视。哲拜尔提不屑一顾地写道：“很明显，这就像仆人们为节日和婚礼做的风筝。”
当地人并没有被打动。
法国人没有意识到埃及人固有的骄傲和被外国占领的屈辱感。拿破仑的声明似乎是呼吁埃及人感恩，但鲜有埃及穆斯林会认可法国人或他们的制度——至少不会当着法国人的面承认。贝托莱先生（Monsieur Bertholet, 1748—1822）的化学演示就是一例。
哲拜尔提是开罗法国研究院的常客，这次演示他又出席了。他坦诚地记录下他对所目睹的化学和物理学成就的惊讶。他写道：“我在［研究院］看到的最神奇的事情之一是：一位助手拿起一个装满蒸馏液体的瓶子，倒了一点到杯子里，然后他又从另一个瓶子里倒了些东西。这两种液体沸腾了，冒出五颜六色的烟，直到烟消失，杯子里的液体都干了，变成了一块黄色的石头。他把石头倒出来，放在架子上。那是一块干石头，我们拿在手里查看。”液体转化为固体之后，他又演示了气体的易燃性和纯钠的挥发性。当“用锤子轻轻地”敲击时，钠发出“像卡宾枪一样可怕的声音”。当哲拜尔提和他的埃及同胞们被砰砰的炸裂声惊得瞠目结舌时，他对法国学者们的欢乐愤恨不已。
重头戏是用莱顿瓶来演示电的特性，莱顿瓶是1746年研制出来的静电发生器。“如果一个人一手握引线……一手接触这个旋转的玻璃瓶的底部……他的身体会颤抖，他的骨架会震动，他的肩胛骨会发出嘎嘎声，他的前臂会立即抖动起来。任何人，即使是一千人或更多，只要接触过他、他的衣服或与他相连的事物，就会有同样的体验。”
毫无疑问，现场观看演示的埃及人对他们所见到的景象印象深刻，但他们尽力不表现出惊讶。一名目睹化学演示的拿破仑的助手日后写道：“液体转化、电的骚动和流电实验等所有的奇迹完全没有让他们感到惊讶。”他说，演示结束后，一名穆斯林知识分子通过翻译提出了一个问题：“这一切都很好，但它们能做到让我同时在这里和摩洛哥吗？”贝托莱耸了耸肩，以示回答。这位谢赫说：“啊，好吧，他毕竟不是个足够出色的巫师。” 5 对此，哲拜尔提不能苟同，私下里他在他的书房里反思这些演示：“他们的［研究院］里有奇怪的东西、装置和设备，获得的成果像我们这样的人是无法理解的。” 6
1798年拿破仑入侵埃及的真正原因是地缘战略，而非文化因素。法国在18世纪后半叶的主要对手是英国。这两个欧洲海洋强国在多地争夺霸权，包括美洲、加勒比、非洲和印度。英国和法国的商业公司在印度进行了一场激烈的霸权争夺战，双方不得不通过7年战争（1756—1763）才分出胜负。当时英国打败了法国并取得了对次大陆的霸权，但法国从未接受过它在印度的失败。
1792年法国大革命战争爆发后，英法两国又恢复了敌对状态。拿破仑重回印度，以期寻找损害英国利益的方法。通过占领埃及，他希望统治东地中海，并关闭通往印度的战略性的海陆线路，这条线路从地中海通过埃及到红海和印度洋。英国人得知拿破仑正在土伦集结一支大规模的远征军，怀疑他将对埃及采取行动。于是，霍雷肖·纳尔逊上将（Admiral Horatio Nelson）率领一支强大的海军中队前往拦截法国舰队。实际上，他们一直追击到埃及，在那里他们与亚历山大总督进行了短暂而令人沮丧的会面。纳尔逊撤出他的舰队，去东地中海的其他地方搜寻拿破仑。
法国人成功地躲避了皇家海军，拿破仑的军队迅速征服了埃及。然而，纳尔逊的中队在一个月后赶上了法国舰队，并于8月1日在尼罗河战役中成功地击沉或夺取了所有法国军舰，只有2艘军舰幸免。拿破仑的旗舰“东方号”在战斗中被炸，形成了一个壮观的火球，照亮了夜空。在尼罗河战役中，法军折损了1700多人。
英国对法国舰队的胜利宣告了拿破仑远征的失败。法军2万人被困在埃及，无法与法国通信。这次失败严重打击了埃及法军的士气。1799年8月，拿破仑突然抛下他的军队，返回法国，同年11月他在法国夺取政权，这加剧了埃及法军的孤立感。
拿破仑逃离后，埃及的法军无所事事。拿破仑的继任者与奥斯曼人就法军从埃及全部撤离进行谈判。1800年1月，法国人和奥斯曼人达成了协议，但他们的计划被英国人破坏了，后者不希望看到一支庞大而富有经验的法军重新加入拿破仑的军团，从而在其他战线上与英国作战。1801年，英国议会批准进行军事远征，以确保法国在埃及投降。远征军于1801年3月抵达亚历山大，同奥斯曼人联合对开罗实行两边夹击。法国人于1801年6月和8月分别在开罗和亚历山大投降。之后，他们登上了英国和奥斯曼的船只，被运回法国，结束了这一令人遗憾的事件。
法国对埃及的占领只持续了3年。从人性的角度来说，这是一段令人着迷的时期，其间埃及人和法国人在彼此身上都找到了值得钦佩和谴责之处。在这次接触中，双方都受了伤。1801年夏天，在奥斯曼帝国和英国联军的驱赶下，从开罗撤出的法国人不再是自信的革命新秩序的代言人。相反，他们因战争和疾病而减员，他们的士气因困在埃及数年得不到救助而低落。许多法国人皈依了伊斯兰教，娶了埃及妻子——虽然这并不是对他们占领下的人民屈尊俯就的表现。但是埃及人的自信也因被占领的经历而动摇。面对法国人及其思想和技术，埃及人的优越感遭到了打击。
法国人的离去在埃及留下了权力真空。为期3年的占领破坏了马木鲁克人在开罗和下埃及的权力基础。奥斯曼人想不惜一切代价阻止各马木鲁克家族的重建——法国人离开了，对奥斯曼人来说，这是对叛乱的埃及行省重塑权威的绝佳时机。英国人担心拿破仑会试图夺回埃及，于是决心留下强大的威慑力量。就保卫埃及抵御法国未来的攻击而言，英国人对马木鲁克人比对奥斯曼人更有信心，因此他们努力复苏最强大的马木鲁克家族。他们向奥斯曼人施压，要求赦免那些开始重建各自家族和恢复势力的最核心的马木鲁克贝伊。奥斯曼人不得不违背对自己更有利的判断，遵从英国的意愿。
1803年，英国远征军刚一离开，奥斯曼人就采用自己的方案解决埃及问题。帝国中央政府命令开罗的总督消灭马木鲁克贝伊，并将他们的财富充入国库。 7 然而，马木鲁克人已经恢复元气，足以抵抗奥斯曼人的攻击。奥斯曼人和马木鲁克人随即展开激烈的权力斗争，从而延长了饱受战争折磨的开罗平民的苦难生活。混乱的局势下，一名奥斯曼军官冒了出来，控制了与马木鲁克人的冲突，并赢得了公众支持来统治埃及。事实上，他很快就会成为埃及近代史上最有影响力的人物之一。他的名字是穆罕默德·阿里（MuhammadʻAli）。
穆罕默德·阿里（1770—1849）是阿尔巴尼亚人，生于马其顿的卡瓦拉，在埃及的奥斯曼军队里统领一支由6000人组成的强大而桀骜难驯的阿尔巴尼亚分遣队。1803—1805年，穆罕默德·阿里通过不断变化的联盟关系强化了他的个人权力，牺牲了奥斯曼总督、其他奥斯曼兵团的统领和主要马木鲁克贝伊的利益。他公开寻求开罗显贵们的支持，这些人在经历了由法国人和奥斯曼人5年内先后带来的政治和经济动荡之后，变得益发躁动不安。到1805年，这位阿尔巴尼亚分遣队的统领已成为一名有能力在开罗拥立国王的人，但他自己也渴望成为国王。
穆罕默德·阿里的活动并未逃脱奥斯曼当局的注意。这位阿尔巴尼亚人的统领被认为是麻烦制造者，但他有天分和雄心，可以为帝国所用。阿拉伯半岛的局势依然严峻。1802年，瓦哈比派袭击了伊拉克的奥斯曼帝国领土，并于1803年控制了圣城麦加。这些伊斯兰改革者对来自开罗和大马士革的奥斯曼朝觐团施加压力，并威胁要完全禁止他们进入圣城麦加和麦地那（就像他们在1806年以后所做的那样）。对素丹来说，这种局面是难以忍受的，因为他通过他的帝王头衔宣称自己是伊斯兰教最神圣城市的守护者。1805年，开罗的显贵们首次请求伊斯坦布尔任命穆罕默德·阿里为埃及总督，帝国中央政府却决定任命他为阿拉伯半岛希贾兹行省的总督，并委派给他粉碎瓦哈比运动的危险任务。
作为希贾兹的候任总督，穆罕默德·阿里被晋升为帕夏，这使他有资格担任奥斯曼行省的总督。穆罕默德·阿里接受了希贾兹总督的任命，但仅仅是为了头衔。他对挪到这个红海行省任新职毫无兴趣。相反，他与开罗文职显贵中的盟友密谋向奥斯曼人施加压力，要求任命他为埃及总督。显贵们相信穆罕默德·阿里和他的阿尔巴尼亚士兵能够给开罗带来秩序。他们还有一种错觉，认为穆罕默德·阿里会因为他们的支持而心怀感激，进而允许显贵们操控这位他们任命的总督。他们希望利用这次机会减轻政府对开罗的商人和工匠所施加的税负，以重振该省的经济活力，为他们的利益服务。但是穆罕默德·阿里另有计划。
1805年5月，开罗市民起来抗议奥斯曼总督胡尔希德·艾哈迈德帕夏（Khurshid Ahmad Pasha）。在经历了多年的动荡、暴力、过度征税和不公正之后，开罗的普通民众已经到了爆发的临界点。他们关闭店铺以示抗议，并要求奥斯曼人任命他们选择的总督。经历过这些动荡时代的哲拜尔提描述了开罗各清真寺头戴缠头的谢赫们领导的大规模示威，年轻的男性在示威队伍里高呼口号，反对残暴的帕夏和奥斯曼制度的不公。暴民们来到穆罕默德·阿里的家。
穆罕默德·阿里问：“你们想让谁当总督？”
人们回答：“我们只接受你。根据我们的标准，你将成为我们的总督，因为我们知道你是一个公正、善良的人。”
穆罕默德·阿里谦逊地拒绝了这个提议，但暴民们坚持。在表达了不情愿之后，这位狡猾的阿尔巴尼亚人假装人们说服了自己。然后，领头的显贵们给他准备了一件毛皮披风和一件仪式长袍，就地给他举行了加冕仪式。这是前所未有的：开罗人民将他们自己选择的总督强加于奥斯曼帝国。
在任总督胡尔希德·艾哈迈德帕夏对此不以为然。他反驳道：“我是素丹任命的，我不会因农民的命令而被免职，只有在帝国政府的命令下才能让我离开城堡。” 8 开罗的平民围困了城堡里被罢免的总督一个多月，直到1805年6月18日，伊斯坦布尔发布命令确认了人民对总督的选择。现在，穆罕默德·阿里成为埃及的主人。
被任命为埃及总督是一回事——自1517年奥斯曼人征服埃及以来，已有数十人获得了这一头衔，而实际统治埃及则是另一回事。穆罕默德·阿里帕夏确立了对该行省的掌控，这是之前和之后的总督们都没能做到的。他成功地垄断了埃及的财富，并用财政收入建立了强大的军队和官僚机构。他依靠军队扩大了统治疆域，使埃及成为帝国的中心。但穆罕默德·阿里和伟大的阿里贝伊不一样。后者是一名马木鲁克，梦想着重建马木鲁克帝国；而前者是一个奥斯曼人，试图主宰奥斯曼帝国。
穆罕默德·阿里也是一位创新者，他借鉴欧洲的思想和技术，使埃及走上了一条改革之路，他的做法后来为奥斯曼人所效仿。他在中东建立了第一支以农民为主体的军队。他实施了欧洲之外最早的工业化项目之一，运用工业革命的技术为他的军队生产武器和织物。他向欧洲各国首都派遣了教育代表团，并设立了翻译局出版欧洲书籍和技术手册的阿拉伯语版本。他与欧洲列强建立了直接联系，后者视他为独立的君主，而非奥斯曼素丹的总督。到统治结束时，穆罕默德·阿里已经成功确立了他的家族对埃及和苏丹的世袭统治。他的王朝将统治埃及直到1952年革命推翻君主制。
虽然奥斯曼中央政府已将穆罕默德·阿里的任命从希贾兹转到开罗，但仍然期望他来发动一场反对瓦哈比派的战役，以恢复奥斯曼帝国在阿拉伯半岛的权威。这位新总督找了许多借口来忽视伊斯坦布尔的命令。他是在混乱中上台的，他知道，若他不能让开罗的公众和奥斯曼士兵服从的话，他也会倒台。
穆罕默德·阿里的阿尔巴尼亚士兵给他提供了独立的权力基础，帮助他在开罗使用武力获得控制权。支离破碎的各马木鲁克家族是他的第一个目标，他追打他们一直到上埃及。这位帕夏很快发现，这样的战役代价不菲，且光靠士兵不足以控制埃及，他也需要财政支持。农业是该省的主要收入来源，然而，埃及五分之一的农田被捐出以支持伊斯兰机构，其余五分之四则以包税的方式承包给各马木鲁克家族和其他大地主，几乎没给开罗的财库带来任何收益。为了掌控埃及的收入，穆罕默德·阿里必须控制埃及的土地。
通过建立对埃及土地直接征税的制度，穆罕默德·阿里获得了控制埃及所需的资源。在此过程中，他破坏了反对他的马木鲁克人和支持他的开罗显贵们的财政基础，剥夺了宗教学者自主获得的收入，地主们发现他们得依赖他们原本希望控制的总督。总的来说，穆罕默德·阿里先花了6年时间巩固了他在埃及的地位，然后才接受素丹的委托，在阿拉伯半岛发动针对瓦哈比派的军事行动。
1811年3月，穆罕默德·阿里派他的儿子图苏帕夏（Tussun Pasha）领导针对瓦哈比派的军事行动。这将是穆罕默德·阿里第一次在埃及境外行动。在把一大部分军队派往国外之前，他希望确保埃及的和平与稳定。他为图苏举行了授衔仪式，并邀请了开罗所有的重要人士参加，包括最有权势的马木鲁克贝伊们。在与穆罕默德·阿里政府多年敌对之后，贝伊们将这一邀请视为和解的姿态。显然，他们认为，总督会发现在马木鲁克的支持下统治要比继续反对他们容易得多。几乎所有的贝伊都接受了邀请，身着盛装来到开罗城堡参加仪式。如果说有哪个贝伊有疑虑的话，那么几乎所有马木鲁克首领都出席的事实一定给了他们某种安全感。此外，什么样的人会违反待客的规矩而对他的客人背信弃义呢？
授衔仪式结束后，马木鲁克们组成正式的巡游队列穿过城堡。当他们穿过一条通道时，两头的大门突然关上了。还没等困惑不已的贝伊们明白发生了什么，士兵们突然从墙头冒出来向他们开火。多年的战斗让士兵们十分仇恨马木鲁克人，他们兴致勃勃地执行任务，从墙头跳下去刺杀了那些贝伊。哲拜尔提记录道：“士兵们狂怒地屠杀埃米尔们并抢夺他们的衣物，带着恨意，他们一个都没有放过。”士兵们杀死了马木鲁克贝伊们及其打扮起来陪同巡游的随行人员，后者大多数是开罗的普通民众。“这些人喊叫着求救。有人叫着：‘我不是士兵，也不是马木鲁克。’另一个人喊着：‘我不是他们中的一员。’然而，士兵们毫不在意这些尖叫和哀求。”
然后，穆罕默德·阿里的军队横冲直撞地穿过了这座城市。他们拖出任何被怀疑是马木鲁克的人，把他们带回城堡斩首。穆罕默德·阿里在向伊斯坦布尔提交的报告中称，共有24名贝伊和40名他们的手下被杀，他送去了死者的首级和耳朵来支持他的说法。 10 但哲拜尔提的描述表明，暴力的范围要广得多。
城堡里的屠杀是对开罗马木鲁克人的最后一击。他们在开罗生存了近六个世纪，挺过了“冷酷者”塞利姆的征服和拿破仑的入侵，但却几乎被穆罕默德·阿里消灭殆尽。少数幸存的马木鲁克人留在了上埃及，他们知道开罗的统治者会不惜一切代价来获得权力，他们没法再挑战他。穆罕默德·阿里确信国内不再有对他统治的任何挑战，现在他可以派军队去阿拉伯半岛，去赢得奥斯曼素丹的感激。
事实证明，瓦哈比战役极大地消耗了穆罕默德·阿里统治的埃及的资源。战场离本土很远，通信和补给线又长又脆弱，图苏帕夏被迫在恶劣的环境中、在敌人的地盘上作战。1812年，瓦哈比派利用他们熟悉乡村环境的优势，把埃及军队引入一条狭窄的小路，大败这支8000人的军队。许多士气低落的阿尔巴尼亚军官退出了战场，返回开罗，导致图苏人手不足。穆罕默德·阿里向吉达派遣了增援部队，次年，图苏成功地占领了麦加和麦地那。1813年，穆罕默德·阿里亲自陪同朝觐团，并把圣城的钥匙送交伊斯坦布尔的素丹，作为素丹恢复对伊斯兰教诞生地的统治权的象征。但是这些胜利付出了高昂的代价：埃及军队损失了8000人，埃及财政支出了17万袋钱（相当于1820年的670万美元）。
而瓦哈比派并没有被完全击败，他们只是在埃及军队进攻之前撤退了，且一定会回来。
图苏率领的埃及军队和阿卜杜拉·本·沙特（Abdullah ibn Saud）率领的瓦哈比军队之间的战斗仍在继续，直到1815年双方才达成休战。回到开罗，图苏感染了瘟疫，回家几天后就去世了。图苏的死讯传回阿拉伯半岛时，阿卜杜拉·本·沙特打破休战协定，袭击了埃及的营地。穆罕默德·阿里任命他的长子易卜拉欣（Ibrahim）为埃及军队统帅。这是易卜拉欣帕夏辉煌的军事生涯的开始，他将成为穆罕默德·阿里的大元帅。
1817年初，易卜拉欣帕夏在阿拉伯半岛接任统帅，对瓦哈比派展开无情的打击。他首先确保埃及对红海希贾兹行省的控制，然后将瓦哈比派逐回阿拉伯半岛中部的纳季德。尽管纳季德已经位于奥斯曼帝国领土之外，但易卜拉欣帕夏决心一劳永逸地消除瓦哈比派的威胁，一直将他的敌人赶回他们的首都迪尔伊叶。在那里，双方进行了一场长达6个月的激烈的消耗战。城墙内的瓦哈比派，在埃及人的围困下，慢慢地缺水缺粮，而埃及军队因疾病和阿拉伯半岛中部致命的夏季高温而遭受重大损失。最终，埃及人获胜，1818年9月瓦哈比派投降，他们知道自己将面临彻底的灭亡。
根据穆罕默德·阿里的命令，埃及军队摧毁了迪尔伊叶，并将瓦哈比运动的所有领导者送往开罗囚禁。穆罕默德·阿里知道，通过镇压让奥斯曼素丹政权合法性遭受长达16年质疑的运动，他赢得了素丹马哈穆德二世（Sultan Mahmud Ⅱ）的青睐。此外，他在阿拉伯半岛中部的战役中获胜，这是其他奥斯曼总督或将领没有做到过的。阿卜杜拉·本·沙特和瓦哈比政权的其他领导者从开罗被送往伊斯坦布尔，接受素丹的审判。
马哈穆德二世（1808—1839年在位）将处决瓦哈比运动领导者变成了一个国家庆典。他召集高级政府官员、外国大使和帝国的重要人士到托普卡珀宫观礼。3名罪犯——军队统帅阿卜杜拉·本·沙特、首相和瓦哈比运动的精神领袖被戴上重链，因犯下反宗教和反国家罪接受公开审判。审讯结束后，素丹判处3人死刑。阿卜杜拉·本·沙特在阿亚索菲亚清真寺正门前被斩首，首相在王宫正门前被处决，精神领袖在伊斯坦布尔的一个大市场内被砍头。他们的尸首被拿去示众，头塞在胳膊下，示众3日后，尸首抛入大海。 12
随着法国军队被驱逐出埃及和瓦哈比运动的失败，素丹马哈穆德二世可能有理由相信，奥斯曼帝国在阿拉伯世界的地位经受住了最严峻的挑战。然而，在阿拉伯半岛取得胜利的埃及总督本人将对马哈穆德二世构成更为严重的威胁。瓦哈比派攻击的是帝国的边缘地区，虽然该地区就信仰而言非常重要，但边缘终究是边缘，而穆罕默德·阿里将对奥斯曼帝国的中心和统治王朝本身构成挑战。
为了表彰易卜拉欣为奥斯曼帝国击败瓦哈比派，马哈穆德二世将穆罕默德·阿里的这个儿子晋升为帕夏，并任命他为希贾兹总督。红海行省希贾兹就以这种方式成为穆罕默德·阿里帝国的第一块新增领土。此后，埃及财政将获得吉达港的海关收入。吉达是红海贸易中的重要港口，也是每年前往麦加朝觐的门户，因此，吉达海关的收入相当可观。
1820年，穆罕默德·阿里的军队入侵苏丹，大大巩固了埃及对红海的控制。他在尼罗河上游为他的军队寻找新的奴隶士兵来源，同时也希望在苏丹找到神话中的金矿，以充实他的财库。暴行破坏了这次在苏丹的军事行动。喀土穆以北尼罗河边辛迪地区的统治者杀害了穆罕默德·阿里的儿子伊斯玛仪（Ismail），埃及远征军采取报复行动，杀害了3万名当地居民。黄金从未出现，苏丹人宁愿死也不愿在穆罕默德·阿里的军队服役。数千名被俘的服兵役者在从家中被带走时满心沮丧，他们染上了病，在前往埃及训练营的长途跋涉中丧命。1820—1824年间被奴役的2万名苏丹人中，到1824年只有3000人幸存。 13 苏丹战役（1820—1822）真正让埃及受益的是商业和领土。将苏丹纳入埃及帝国后，穆罕默德·阿里将他控制的土地面积扩大了一倍，并控制了红海贸易。埃及对苏丹的霸权将持续136年，直到1956年苏丹重获独立。
埃及军队新兵短缺让穆罕默德·阿里严重受限。阿拉伯半岛和苏丹的战事，以及士兵年事的增长，使他最初的阿尔巴尼亚军队的实力大打折扣。到苏丹战役时，穆罕默德·阿里军队中幸存的阿尔巴尼亚人已经在埃及待了20年。奥斯曼人于1810年禁止从高加索向埃及输出军事奴隶，以防止马木鲁克复兴并遏制穆罕默德·阿里本人的野心。奥斯曼帝国也不愿意派任何帝国的士兵去为穆罕默德·阿里服务，因为欧洲的前线还需要他们。缺少外部的新兵资源，埃及总督不得不回过头来依靠自己的民众。
在奥斯曼帝国的世界里，建立一支国家军队——一支从工人和农民中征募士兵的军队，仍然是新鲜事物。士兵是由奴隶构成的军事阶层。在17和18世纪，奥斯曼帝国著名的步兵军团，也就是所谓的禁卫军，调整了他们的征兵方式，不再实行“男孩征募”。士兵们娶妻生子，并让他们的儿子加入禁卫军，但有别于其他人群的军事阶层的概念依然存在。农民们被认为过于被动、缺乏活力而不适合服兵役。
18世纪，奥斯曼帝国开始在同欧洲军队作战时失利，这让素丹对帝国步兵的战斗力渐生疑虑。他们邀请退役的普鲁士和法国军官到伊斯坦布尔介绍现代欧洲的作战方法，如阵形组合、刺刀冲锋和移动火炮的使用。18世纪末，素丹塞利姆三世（1780—1807年在位）建立了一支新的奥斯曼军队，士兵征募自安纳托利亚的农民，身着欧式马裤，由西方军官训练。他称这支新军为“尼扎米·杰地德”（ Nizam-i Cedid ），即“新制”部队，该部队的士兵被称为尼扎米兵。
1801年，素丹塞利姆三世向埃及派了一支4000人的尼扎米军团，穆罕默德·阿里得以亲眼见证军团的训练有素和纪律严明。一名同时代的奥斯曼人记录道，派到埃及的尼扎米军团“勇敢地与异教徒作战，连续击败他们的入侵，未见也未听闻任何一名士兵脱逃”。
尼扎米军团对强大的禁卫军构成的直接威胁甚于任何一支欧洲军队。尼扎米军是“新制”，意味着禁卫军是“旧制”，但后者不会在仍有能力保护自己利益的情况下接受裁减。1807年，禁卫军叛变，推翻了塞利姆三世，解散了尼扎米军。虽然奥斯曼帝国的首次国家军队试验以不幸的结局告终，但它仍为穆罕默德·阿里提供了一个可在埃及复制的模式。
而拿破仑的军队给穆罕默德·阿里提供了第二个参考模式。法国的全民兵役带来了一支大规模公民军队，在精明能干的指挥官的带领下，具有征服各大陆的能力。然而，穆罕默德·阿里认为埃及人民是臣民，而不是公民，他从来没有像法国的革命将领那样，试图用振奋人心的意识形态口号来鼓动他的军队。他建设埃及的新制军队，除了决定延请法国军事专家来训练他征募的军队外，效仿的是奥斯曼帝国的尼扎米军的先例。1822年，他委托参加过拿破仑战争的老兵塞韦斯上校（Colonel Sèves）——一名在埃及被称为苏莱曼·阿加（Sulayman Agha）的皈依伊斯兰教的法国人，来组织和训练一支完全从埃及农民中征召的尼扎米军。一年之内，他就组建了一支3万人的部队。到19世纪30年代中期，该部队的人数达到13万。
埃及尼扎米军的组建并非一蹴而就。埃及农民担心他们的农场和家人的福利，他们对家园和村庄十分依恋，导致服兵役成为一种真正的折磨。当征兵队逼近时，有些农民逃离他们的村庄以躲避征兵。另一些人则故意割下手指或打掉一只眼睛，使自己残疾，以便以此获得豁免。各地都起来反抗征兵，1824年，上埃及估计有3万名农民造反。即便被迫服兵役，也有许多农民逃走。只有通过严厉的惩罚，穆罕默德·阿里的政府才能迫使埃及农民参军。令人吃惊的是，这支不情不愿的军队在战场上却非常成功。在希腊，这支军队接受了第一次考验。
1821年，奥斯曼帝国的希腊诸省爆发了民族主义起义。这次起义是秘密社团“友谊社”（Filiki Etairia）的成员发起的，该社成立于1814年，目标是建立独立的希腊国。奥斯曼帝国的希腊人是一个独特的社群，维系这个社群的是他们的语言、东正教信仰和共同的历史，从古典时期一直到希腊化的拜占庭帝国。作为奥斯曼帝国第一次公开的民族主义起义，希腊战争带来的危险要比18世纪地方领袖的叛乱严重得多。以前的叛乱仅由领袖个人的野心推动，而民族主义的新颖之处在于，它是一种能够激励全体人民起来反抗奥斯曼统治者的意识形态。
1821年3月，起义在伯罗奔尼撒半岛南部爆发，并迅速蔓延到希腊中部、马其顿、爱琴海诸岛和克里特岛。奥斯曼人发现他们同时在几条战线上进行阵地战，于是向穆罕默德·阿里求助。1824年，他的儿子易卜拉欣帕夏率领一支由1.7万名新近训练好的步兵、700名骑兵和4个炮兵连组成的埃及军队向伯罗奔尼撒半岛进发。由于他麾下所有的士兵都是土生土长的农民，这是我们第一次谈论真正的埃及军队。
埃及人在希腊战争中取得了完全的胜利，新组建的尼扎米军证明了他们的英勇无畏。在征服克里特岛和伯罗奔尼撒半岛后，易卜拉欣帕夏被授予这些行省的总督职位，进而将穆罕默德·阿里的帝国从红海扩大到爱琴海。具有讽刺意味的是，他的军队在打击希腊人的战场上表现得越好，素丹和他的政府就越担心。埃及人正在镇压反抗奥斯曼帝国的叛乱，并在扩大开罗控制的领土。如果穆罕默德·阿里也起来反叛的话，很难说奥斯曼人能抵挡住他的军队。
埃及的胜利和希腊的苦难也在欧洲各国首都引发关注。希腊战争吸引了英国和法国知识精英的注意力。当古典世界的城市变成现代战场时，欧洲支持希腊的团体大声疾呼，要求他们的政府干预，以保护信仰基督教的希腊人免受信仰伊斯兰教的土耳其人和埃及人的伤害。1823年，诗人拜伦勋爵航行到迈索隆吉翁支持独立运动，引起了国际社会对希腊问题的关注。1824年4月，拜伦因发烧去世，这使他成为希腊独立事业的烈士，虽然他并没有死在奥斯曼士兵手中。拜伦死后，公众要求欧洲干预的呼声倍增。
英国和法国政府容易受到公众压力的影响，但更关注更为重要的地缘战略因素。法国同穆罕默德·阿里的埃及发展了特殊的关系。相应地，这位埃及总督为他的军队聘请法国军事顾问，依靠法国工程师满足工业和公共设施建设的需求，还派学生到法国接受高级训练。法国渴望保持与埃及的特殊关系，以此扩大在东地中海地区的影响力。然而，埃及向希腊的扩张让巴黎政府陷入两难的境地。在东地中海地区看到埃及比法国更强大，这不符合法国的利益。
对英国政府来说，情况更为明确。看着巴黎在埃及的影响力不断扩大，伦敦日益担忧。自拿破仑入侵以来，英国一直试图阻止法国统治埃及和通往印度的海陆通道。拿破仑时代的大陆战争也给英国留下了创伤，英国担心欧洲列强在奥斯曼帝国领土上谋求影响力可能会再次引发列强之间的冲突。因此，英国政府致力于保护奥斯曼帝国的领土完整，以维护欧洲的和平。很明显，奥斯曼帝国无法依靠自身留住希腊，英国也不希望看到埃及伤害奥斯曼帝国的利益并将势力扩展至巴尔干半岛。因此，帮助希腊人在奥斯曼帝国内部实现更大的自治，确保奥斯曼和埃及军队撤出争议领土，最符合英国的利益。
穆罕默德·阿里在他的希腊战役中毫无收获。这场战争大大损耗了他的财库。他的尼扎米新军在希腊被过度使用。奥斯曼人对他的猜疑与日俱增，很明显，奥斯曼人正尽其所能耗尽他的军队和财库。到1827年夏天，欧洲列强已明确表示反对埃及在希腊的地位，并集结了一支英法联合舰队，迫使奥斯曼帝国和埃及撤军。埃及总督最不希望的事情是与欧洲列强在战场上交战。1827年10月，穆罕默德·阿里给他在伊斯坦布尔的政治代理人的信中说道：“我们必须认识到，我们无法站出来对抗欧洲人，［如果我们这么做，］那唯一可能的结果就是整个舰队沉没，多达3万至4万人阵亡。”虽然穆罕默德·阿里为自己的陆军和海军感到骄傲，但他知道他们不是英国和法国的对手。他写道：“尽管我们是军人，但我们只具备基础的技战术水平，欧洲人在这方面远远领先我们，并已将他们［关于战争］的理论付诸实践。”
尽管穆罕默德·阿里对可能发生的灾难有着清晰的认识，但他还是将海军投入了这次战斗，派遣舰队前往希腊。奥斯曼人不愿承认希腊独立，素丹决定戳穿欧洲列强虚张声势的幌子，选择无视他们的联合舰队。但这是个致命的错误。联合舰队在纳瓦里诺湾困住了埃及船只，并在1827年10月20日的交战中，4小时内击沉了奥斯曼帝国和埃及的几乎全部78艘舰船。超过3000名埃及人和奥斯曼人在战斗中丧生，而进攻的联合舰队中约有200人阵亡。
穆罕默德·阿里对他的损失暴跳如雷，并要求素丹马哈穆德二世对他海军的损失负责。此外，埃及人发现自己处于拿破仑在尼罗河战役后所处的状况：成千上万的士兵被困，没有船只能够补给他们或接他们回国。穆罕默德·阿里直接与英国谈判，达成休战协议，并在没有同素丹商量的情况下将儿子易卜拉欣帕夏和埃及军队从希腊接回埃及。马哈穆德二世被总督的违逆抗命激怒了，但是穆罕默德·阿里不再寻求素丹的支持。他忠心耿耿侍奉君王的日子已经过去了。从此往后，穆罕默德·阿里将牺牲素丹的利益，追求自己的目标。
纳瓦里诺战役也是希腊独立战争的转折点。1828年，在法国远征军的协助下，希腊战士将奥斯曼军队赶出了伯罗奔尼撒半岛和希腊中部。同年12月，英国、法国和俄国三国政府会晤，同意建立独立的希腊王国，然后将他们的方案强加于奥斯曼帝国。经过3年多的谈判，希腊王国终于在1832年5月的伦敦会议上成立。
在希腊经历溃败之后，穆罕默德·阿里把目光投向了叙利亚。自1811年他首次同意领导反对瓦哈比派的军事运动以来，他就一直渴望统治叙利亚。1811年，他向奥斯曼帝国中央政府请愿，要求统治叙利亚。1818年战胜瓦哈比派后，他又再次请愿。奥斯曼人两次都回绝了他，不想让他们的埃及总督变得太强大而不再为中央政府效劳。当伊斯坦布尔要求埃及驰援希腊时，中央政府提出有望将叙利亚交给穆罕默德·阿里。在纳瓦里诺折损了他的舰队之后，埃及总督要求兑现承诺，但索求无果。中央政府认为，经历这次损失，穆罕默德·阿里已被大大削弱，无须再去赢得他的好感。
穆罕默德·阿里意识到，中央政府从未打算把叙利亚让给他。他也知道奥斯曼人没有力量阻止他夺取领土。易卜拉欣帕夏和他的军队一回到埃及，穆罕默德·阿里就开始组建新舰队，并重新装备他的军队，准备入侵叙利亚。他同英国和法国接触，以获得两国对他勃勃雄心的支持。法国对与埃及达成协议表现出一定的兴趣，但英国继续反对一切对奥斯曼帝国领土完整的威胁。穆罕默德·阿里毫不气馁，继续备战。1831年11月，易卜拉欣帕夏开始率军入侵叙利亚。
现在，埃及军队同奥斯曼帝国交战了。易卜拉欣帕夏率领3万名士兵迅速征服了巴勒斯坦。到11月底，他的军队已经到达北部要塞阿卡。当有关埃及行动的报告送达伊斯坦布尔时，素丹派了一名特使去说服穆罕默德·阿里停止进攻，但没有效果。帝国中央政府随即要求大马士革和阿勒颇的总督们组建军队去击退埃及入侵者。埃及军队正围攻阿卡，这个几乎坚不可摧的要塞，这给了总督们6个月的短暂时机。
虽然奥斯曼人准备击退埃及军队的入侵，但巴勒斯坦和黎巴嫩的一些地方领袖在面对来自埃及的新威胁时，选择支持易卜拉欣帕夏，以维护自身的地位。埃及军队到达阿卡时，黎巴嫩山的统治者埃米尔巴希尔二世（Amir Bashir Ⅱ）同易卜拉欣帕夏缔结盟约。埃米尔巴希尔所在的统治家族——谢哈卜家族的一名成员派亲信幕僚米哈伊勒·米舍卡去观察埃及对阿卡的围攻，并向黎巴嫩山的统治者们汇报。
米舍卡在阿卡观察埃及军队的行动近3周。他刚到达就目睹了埃及海军和奥斯曼守军在阿卡进行的激烈战斗。穆罕默德·阿里投入22艘军舰围攻，向阿卡城堡发射了7万多发炮弹。守军顽强抵抗，并在激烈的交火中成功地让许多军舰失去了战斗力。米舍卡写道，炮火从早晨持续到日落，“在火药的烟尘中，阿卡隐匿不见了”。根据米舍卡的资料，埃及派出了8个步兵团（1.8万人）、8个骑兵团（4000人）和2000名贝都因非正规军攻击守卫阿卡的“3000名勇敢善战的士兵”。看到阿卡坚固的海堤和保护城墙的防御工事，米舍卡警告他的雇主们围攻将是一场持久战。
埃及人连续攻打了阿卡要塞6个月。到1832年5月，城堡坚不可摧的城墙已经损坏到足以让易卜拉欣帕夏集结步兵攻入城堡的地步。他发表了振奋人心的演讲，让久经沙场的战士们回想起他们在阿拉伯半岛和希腊所取得的胜利。易卜拉欣帕夏警告他们，开弓没有回头箭，“大炮会跟在他们身后，轰炸任何没有攻占城墙就回撤的战士”。在夹杂着威胁的鼓励言语的演讲后，易卜拉欣帕夏带领他的部下攻向残损不堪的阿卡城墙。他们轻而易举地攻破了壁垒，迫使幸存的守军投降。经过几个月的战斗，阿卡守军只剩下350人。 16
占领阿卡后，易卜拉欣帕夏向大马士革进发。大马士革城的奥斯曼总督动员1万名平民进行防御。易卜拉欣帕夏知道，未受过训练的平民无法同专业军队作战，他命令部队向这些参与防御的平民脑袋上方开火，吓得他们四散奔逃。确实，枪声足以驱散大马士革人。总督撤离，加入北方的奥斯曼军队。埃及人进入大马士革，没有遭到任何抵抗。易卜拉欣帕夏命令他的士兵尊重市民和他们的财产，并宣布大赦全部大马士革人。他打算统治叙利亚人民，所以不想同他们产生隔阂。
易卜拉欣帕夏为大马士革任命了一个执政委员会，随后继续他对叙利亚的无情征服。这位埃及将领把一些大马士革的重要人士带在身边，以防止市民在他离开后造反。米哈伊勒·米舍卡又一次追踪了埃及的军事行动，为黎巴嫩山的统治者们收集情报。当埃及人从大马士革出发时，他统计了他们的人数：“1.1万名步兵，2000名正规骑兵，3000名［贝都因］骑兵”，总共有1.6万人，加上43门大炮和3000头运送补给和物资的骆驼。他们行进到叙利亚中部的霍姆斯，在那里又有6000名埃及士兵加入了他们的队伍。
7月8日，埃及人在霍姆斯附近同奥斯曼人进行了争夺叙利亚控制权的第一场大战。米舍卡写道：“场面令人激情澎湃。当埃及正规军到达战场时，他们遇到了数量更多的土耳其正规军。日落前一小时，双方爆发激烈的战斗，枪声炮火持续不断。”在山顶上观战的米舍卡无法判断战斗的走向。“那是可怕的一小时，其间地狱各门都打开了。日落时分，枪声停歇，只留下大炮轰鸣，直到日落后一个半小时，才重回寂静。”直到那时，他才知道埃及人在霍姆斯战役中取得了完全的胜利。奥斯曼将领们匆忙抛弃了营地，开始逃亡。“食物还留在火上炙烤，医药箱、成卷的敷料和［给死者的］裹尸布、大量的毛皮和受奖时穿的披风以及许多物资都留了下来。”
不知疲倦的易卜拉欣帕夏并没有在霍姆斯逗留。取胜一天后，他率军向北去往阿勒颇，以完成对叙利亚的征服。和大马士革一样，阿勒颇没有反抗埃及军队就投降了，易卜拉欣帕夏留下一个新政府，代表埃及统治这座城市。奥斯曼帝国的总督早已撤离，加入了一支庞大的奥斯曼军队，其中包括霍姆斯战役中幸存的部队。7月29日，奥斯曼人在亚历山大勒塔附近的贝伦村（时属阿勒颇行省，现位于土耳其）与埃及军队交战。埃及军队虽然在人数上处于劣势，但依然重创奥斯曼军队直至接受后者投降。随后，易卜拉欣帕夏率军前往阿达纳港，那里有埃及的舰船，给精疲力竭的军队提供补给。易卜拉欣帕夏给开罗发去了详细记录埃及胜绩的战报，等待他父亲下一步的命令。
而穆罕默德·阿里从战争转向谈判，试图通过素丹的法令或欧洲的干预来确保他在叙利亚的所得。就奥斯曼人而言，他们不愿意向叛变的埃及总督割让任何利益。奥斯曼帝国的大维齐尔（即首相）穆罕默德·拉希德帕夏不承认穆罕默德·阿里在叙利亚的地位，并开始组建一支8万多人的庞大军队，试图将埃及人从土耳其海岸和整个叙利亚赶走。而易卜拉欣帕夏在重组军队和补给军需之后，于1832年10月进入安纳托利亚中部，以对抗奥斯曼人的威胁。当月，他占领了科尼亚城，并在此备战。
埃及军队将不得不在能想象到的最恶劣的环境中作战。习惯了夏季沙漠的炎热和尼罗河畔温和冬季的埃及军队，发现自己身处冬季安纳托利亚高原的漫天暴雪和零下冰封之中。然而，即使在这样的条件下，那些被迫应征入伍的士兵仍被证明是一支纪律严明的军队。尽管人数少于对手，但他们在科尼亚战役（1832年12月21日）中大胜奥斯曼军队。埃及人甚至抓到并囚禁了大维齐尔，这极大地加强了他们在谈判中的筹码。
素丹一听到军队战败和大维齐尔被俘的消息就屈服了，答应了穆罕默德·阿里提出的大部分领土要求。在科尼亚战败后，素丹失去了所有军事选择，他现在直面一支驻扎在安纳托利亚西部屈塔希亚镇的埃及军队，距离帝国首都伊斯坦布尔只有200千米（124英里）。为了确保埃及军队完全撤出安纳托利亚，马哈穆德二世重立穆罕默德·阿里为埃及总督（他在入侵叙利亚后被剥夺了头衔，并被宣布为叛徒），并将希贾兹、克里特岛、阿卡、大马士革、的黎波里和阿勒颇等省授予穆罕默德·阿里和易卜拉欣帕夏，同时赋予阿达纳港的征税权。1833年5月，在俄罗斯和法国的斡旋下，《屈塔希亚合约》签订，上述战果得到了确认。
《屈塔希亚合约》签订后，易卜拉欣帕夏将他的部队撤回叙利亚和埃及。穆罕默德·阿里没有实现他所渴望的独立。奥斯曼帝国把他牢牢地束缚在帝国的统治之下。但是他已经把奥斯曼帝国的大部分阿拉伯行省都置于他的家族统治之下，建立了一个埃及帝国，在19世纪30年代余下的时间里与奥斯曼帝国相抗衡。
埃及对叙利亚的统治很不受欢迎。新的税收给社会各阶层——从最贫穷的工人到最富有的商人，带来了沉重的负担。本地领袖被剥夺了传统权力，被隔绝在统治阶层之外。米舍卡记录道：“当埃及人开始改变宗族习俗，对民众征收比他们习惯支付的更多的税时，人们开始鄙视他们，希望再次回到土耳其人的统治之下，因此表现出反叛的迹象。”埃及人的反应是解除叙利亚人的武装并将他们征召入伍，这反而激起了更剧烈的反抗。米舍卡解释说：“士兵没有期满后获得自由、回归家庭的固定的服役期限，相反，服役期像地狱一样长久。”
许多年轻人为了躲避征兵而逃跑，这进一步损害了当地的经济生产力。叛乱从叙利亚沿海的阿拉维山区蔓延到黎巴嫩山和叙利亚南部的德鲁兹地区，再到巴勒斯坦高地的纳布卢斯。1834—1839年，易卜拉欣帕夏发现他的军队一直忙于镇压不断升级的叛乱。
穆罕默德·阿里没有被叙利亚乡村的民众动乱所吓倒，他把叙利亚看作是他的埃及帝国的永久领土。他坚持不懈地争取欧洲对他计划的支持：脱离奥斯曼帝国，在埃及和叙利亚建立独立王国。1838年5月，他告知奥斯曼帝国中央政府和欧洲列强，他决意建立自己的王国，提出向奥斯曼人支付300万英镑（合1500万美元）的脱离费。英国首相帕默斯顿对此发出了严厉警告：“这位［穆罕默德·阿里］帕夏必将会发现，英国将同奥斯曼帝国素丹一起要求纠正如此骇人听闻的针对素丹的错误行为，以防止土耳其帝国被肢解。” 19 就连穆罕默德·阿里的法国盟友也警告他，不要采取可能导致他与素丹和欧洲对抗的举措。
得到欧洲的支持，奥斯曼人倍感振奋，决定立即对穆罕默德·阿里采取行动。素丹马哈穆德二世再次组建了一支远征军。自从1826年暴力解散禁卫军以来，马哈穆德大力建设新的奥斯曼尼扎米军。他的高级军官向他保证，这支德国人训练的步兵要强于埃及军队，后者在连续5年镇压叙利亚民众叛乱后已疲惫不堪。1839年6月24日，奥斯曼军队行进到阿勒颇附近的叙利亚边境，袭击了易卜拉欣帕夏的部队。与所有人的预期相反，埃及人在尼济普之战（Battle of Nezib）中击溃了奥斯曼人，造成后者大规模伤亡，并俘虏了1万多人。
素丹马哈穆德二世没能收到军队被击败的消息。由于素丹患了肺结核，健康状况已经恶化了好几个月，6月30日，他在得知尼济普惨败之前就去世了。他尚处青春期的儿子素丹阿布杜·迈吉德一世（Abdulmecid I，1839—1861年在位）继位，他年轻、缺乏经验，无力安抚帝国将领们的紧张情绪。奥斯曼舰队的海军上将艾哈迈德·费夫齐帕夏（Ahmed Fevzi Pasha）带领他的整个海军横渡地中海，投奔穆罕默德·阿里麾下。这位海军上将担心，俄国有可能像他所预料的那样介入奥斯曼政局、扶持年轻的素丹，一旦如此，舰队可能会落入俄国的控制之下。他也相信穆罕默德·阿里是最有能力维护奥斯曼帝国的领袖；相较于乳臭未干的王储，刚健有力的叛乱者会成为更好的素丹。恐慌在伊斯坦布尔蔓延。年轻的素丹面临着奥斯曼帝国历史上最大的内部威胁，却没有陆军或海军来保护他。
欧洲列强对奥斯曼帝国的动荡同样忧心忡忡。英国担心俄国会利用权力真空占领博斯普鲁斯海峡和达达尼尔海峡，以确保其黑海舰队可以进入地中海。这将冲击英国数十年来旨在遏制俄国黑海舰队并拒绝其进入温水港口的政策，该政策维持了对英国有利的海上力量均衡。此外，法国有意使其盟友埃及将统治范围扩大到整个东地中海地区，英国希望能挫败法国的这一图谋。英国领导了一个由欧洲列强组成的联盟（法国没有参加）来介入这场危机，旨在支持奥斯曼王朝，迫使穆罕默德·阿里从土耳其和叙利亚撤出。
谈判持续了一年，穆罕默德·阿里试图利用他在尼济普的胜利来获得更多的领土和主权特权，而英国和奥斯曼帝国则要求埃及从叙利亚撤军。1840年7月，英国、奥地利、普鲁士和俄国组成的欧洲联盟提出让穆罕默德·阿里终身统治大马士革，让他的家族世袭统治埃及，条件是他的士兵立即撤出叙利亚其他地区。这是他们的最终提案，同时英国和奥地利舰队已在东地中海集结准备采取行动。穆罕默德·阿里相信自己拥有法国的支持，拒绝了这一提案。
盟军舰队在英国海军上将内皮尔（Napier）的指挥下迫近港口城市贝鲁特，并于9月11日炮轰埃及的阵地。英国利用当地特工在叙利亚和黎巴嫩各地散发传单，呼吁当地人民起来反抗埃及人。大叙利亚地区的人们过去曾经起来反抗过，很乐意再来一次。与此同时，盟军舰队从贝鲁特开往阿卡，力争把埃及人赶出城堡。埃及人原以为他们能抵挡住任何攻击，但根据米哈伊勒·米舍卡的记录，英国、奥地利和奥斯曼联合舰队用了3小时20分钟就攻克了这座城堡。埃及人刚刚收到的火药露天堆放在城堡的中心，而盟军舰船的一枚炮弹引爆了火药，“爆炸出其不意，阿卡城内的士兵四散奔逃，无人继续留守”。 20 欧洲和奥斯曼军队夺回了阿卡，并控制了整个叙利亚海岸。
易卜拉欣帕夏发现他的位置越来越不稳固。海路被切断，他无法补给他的部队，而这些部队正不断受到当地居民的骚扰。他率军从土耳其和叙利亚各地撤回到大马士革。1841年1月，约7万名士兵在大马士革集结，易卜拉欣帕夏开始从叙利亚沿陆路有序撤回埃及。
埃及的威胁已经得到控制，但第二次埃及危机对奥斯曼帝国生存构成的挑战需要正式解决。一项协议在伦敦达成，奥斯曼人授予穆罕默德·阿里对埃及和苏丹的终身统治，并确立他的家族对埃及的世袭统治，而穆罕默德·阿里承认奥斯曼素丹是他的宗主，并同意每年向帝国中央政府支付一笔款项，以表示他对帝国的顺从和忠诚。
英国还希望确保东地中海地区的纷争不再威胁欧洲的和平。而防止欧洲列强因在黎凡特地区争夺战略优势而发生冲突的最佳保障，是确保奥斯曼帝国的领土完整，这是英国首相帕默斯顿勋爵一直以来的重点关切。在1840年《伦敦公约》的一份秘密附件中，英国、奥地利、普鲁士和俄国政府正式承诺“不寻求领土扩张，不寻求排他性影响力，不为其臣民谋取任何他国臣民无法公平获得的商业利益”。 21 这一克己的条约为奥斯曼帝国提供了近40年的保护，使其免受欧洲对其领土的图谋之害。
从1805年到1841年，穆罕默德·阿里的雄心壮志经历了一个循环。他升为总督，成为埃及的主人。一旦他在埃及站稳了脚跟并增加了财政收入，他就开始建设现代军队。随后，他将自己的领土范围从苏丹和红海沿岸的希贾兹一度扩大到包括希腊的大部分地区和整个叙利亚。但外部干涉剥夺了他的战果，到1841年，他的势力范围又缩回到埃及和苏丹。埃及将拥有自己的政府，将制定自己的法律，但仍将受奥斯曼帝国外交政策的约束。虽然埃及人可以铸造自己的钱币，但他们的金币和银币上都须印有素丹的名字，而埃及统治者的名字则只能印在价值低廉的铜币上。埃及可以拥有自己的军队，但士兵人数不能超过1.8万人，这与埃及之前部署的10万至20万人的庞大军队相去甚远。穆罕默德·阿里取得了很大的成就，但他曾经的雄心更大。
穆罕默德·阿里在他执政的最后几年饱受失望与疾病困扰。这位帕夏已进入风烛残年，当他的军队从叙利亚回来时，他已经71岁了。他日渐被他的儿子易卜拉欣疏远。在叙利亚战役期间，父子俩通过宫廷官员沟通。两人都与疾病作斗争，易卜拉欣被送到欧洲治疗结核病，而穆罕默德·阿里因服用治疗痢疾的硝酸银而开始丧失思维能力。1847年，素丹意识到穆罕默德·阿里不再具有足够的统治能力，于是任命易卜拉欣帕夏接替。6个月后，易卜拉欣去世。那时，穆罕默德·阿里早已远离了人们的视线。王位传给了穆罕默德·阿里的孙子阿巴斯（Abbas）。1849年8月2日，穆罕默德·阿里去世，阿巴斯主持了他的葬礼。
地方领袖的时代结束了。在剥夺了埃及人对克里特岛、叙利亚各省和希贾兹的统治权后，奥斯曼政府小心翼翼地派自己人担任这些行省的总督。大马士革的阿兹姆家族，就像摩苏尔的加利利家族一样，失去了他们在18世纪大部分时间里所统治的城市。黎巴嫩山自治政府因谢哈卜家族与埃及政府勾结而被推翻。在黎巴嫩山，奥斯曼人也试图任命自己的总督，但这将带来爆炸性的后果，使黎巴嫩走上教派冲突的道路。谋求脱离奥斯曼政府的地方自治让阿拉伯世界的劳动人民付出了高昂的代价，他们遭受了战争、通货膨胀、政治动荡和雄心勃勃的地方领袖治下无数的不公正待遇。现在，他们想要和平与稳定。
奥斯曼人也想结束对他们统治的内部挑战。在被外国威胁以及与俄国和奥地利的战争所困扰的同时，他们看到了放任阿拉伯行省自行其是的风险：“伟大的阿里贝伊”同扎希尔· 欧麦尔的联盟威胁到了奥斯曼帝国在叙利亚和埃及的统治；瓦哈比派蹂躏了伊拉克南部，并夺取了奥斯曼统治下的希贾兹；穆罕默德·阿里利用埃及的财富建立了军队，并掌控他自己的帝国，从而威胁奥斯曼帝国的生存。如果没有欧洲列强的干预，穆罕默德·阿里可能已在第二次埃及危机中推翻了奥斯曼帝国。这些经历使奥斯曼政府认识到改革的必要性。改革不是对已有的政府机构进行温和的修补，而是对古老的统治机器进行彻底检修。
奥斯曼人意识到，他们无法依靠自身来改革他们的帝国。他们需要利用使他们的竞争对手欧洲变得强大的那些思想和技术。奥斯曼的政治家们注意到穆罕默德·阿里如何成功地利用现代欧洲思想和技术建设了一个充满活力的国家。向欧洲派遣代表团、引进欧洲的工业和军事技术，以及在各级军事和官僚机构中聘用欧洲技术顾问，这些举措极大地帮助了穆罕默德·阿里成就功业。
奥斯曼帝国与欧洲邻国的关系正进入一个复杂的新时代。欧洲将成为榜样，成为军事和技术领域的典范。但欧洲也是一个威胁，既是觊觎奥斯曼帝国领土的好战者，也是危险的新意识形态的源头，因此必须与之保持距离。奥斯曼改革者面临如下挑战：如何在不损害自身文化完整性和价值观的情况下采纳欧洲的理念和技术。
奥斯曼帝国无法对欧洲的进步视而不见。在19世纪，欧洲已经成为主导世界的力量，奥斯曼帝国被迫按照欧洲规则行事的趋势日益显著。