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中医学借阴阳来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化，并指导临床诊断和治疗，是中医的重要认知方法之一。它渗透于中医理论体系的各个层面，因而脏腑有阴阳之别，病理有阴阳盛衰之变，病症有阴证阳证之分，治疗有温阳滋阴之异，药物性味有寒凉阴药与温热阳药的不同等。
（一）脏腑阴阳——人体组织结构
人体是一个有机整体，也是一个极为复杂的阴阳对立统一体，人体内部充满着阴阳对立统一现象，人的一切组织结构，既是有机联系的，又可以划分为相互对立的阴、阳两部分，所以说“人生有形，不离阴阳”（《素问·宝命全形论》）。“阳化气，阴成形”（《素问·阴阳应象大论》），五脏六腑之有形实体属于阴，而五脏六腑之功能（即五脏、六腑之气）则属于阳。即当事物表现为气化功能时便属于阳，而成为有形物质时便属于阴。根据阴阳所代表的不同功能和属性，中医学把对人体具有温煦推动作用的气称之为“阳”，而把对人体具有营养滋润作用的气称之为“阴”。就人体部位来说，人体的上半身为阳，下半身属阴；体表属阳，体内属阴；体表的背部属阳，腹部属阴；四肢外侧为阳，内侧为阴。
就人体脏腑功能特点来说，心、肺、脾、肝、肾五脏为阴，胆、胃、大肠、小肠、膀胱、三焦六腑为阳。就人体经络来说，经属阴，络属阳，而经之中又有阴经与阳经，络之中又有阴络与阳络。就十二经脉而言，就有手三阳经与手三阴经之分，足三阳经与足三阴经之别。就人体的血与气而言，血为阴，气为阳。在气之中，营气在内为阴，卫气在外为阳。
总之，人体上下、内外、表里、前后各组织结构之间，以及每一组织结构本身之间的复杂关系，无一不包含着阴阳的对立统一。
（二）气血阴阳——人体生理功能
中医认为，人体的正常生命活动，是阴阳两个方面保持着对立统一的协调关系，使阴阳处于动态平衡状态的结果。人体生理活动可概括为阴精（物质）与阳气（功能）的矛盾运动。属阴的物质与属阳的功能之间的关系，就是这种对立统一关系的体现。营养物质（阴）是产生功能活动（阳）的物质基础，而功能活动又是营养物质的能量表现。人体的生理活动（阳）是以物质（阴）为基础的，没有阴精就无以化生阳气，而生理活动的结果又不断地化生阴精，没有能量也不能化生物质。这样，物质与功能，阴与阳共处于相互对立、依存、消长和转化的统一体中，维护着物质与功能、阴与阳相对的动态平衡，保证了生命活动的正常进行。例如，属阳的气具有生血、行血、摄血的功能；而属阴的血则有载气、藏气、生气的作用。气血之间又体现着阴阳关系的多个层面。
不论是物质与功能的矛盾运动，还是生命活动的基本形式，都说明在正常生理情况下，阴与阳是相互对立又相互依存，处于一个有利于生命活动的相对平衡的协调状态的。如果阴阳不能相互为用而分离，阴精与阳气的矛盾运动消失，升降出入停止，人的生命活动也就结束了。
（三）正邪阴阳——人体病理变化
用阴阳学说来阐释人体的生理病理，则认为“阴平阳秘”即阴阳的平衡协调，是人体生理活动的基础。这种平衡协调关系一旦受到破坏，使阴阳失去平衡，便会产生疾病。因此，疾病的发生发展取决于两方面的因素：一是邪气，所谓邪气，就是各种致病因素的总称。二是正气，正气泛指人体抗病能力。邪气又有阴邪（如寒邪、湿邪）和阳邪（如风邪、火邪）之分，正气又有阴精和阳气之别。疾病的发生发展过程就是邪正斗争过程，邪胜正衰导致阴阳失调而出现各种各样的病理变化。无论外感病或内伤病，其病理变化的基本规律，不外乎阴阳的偏盛或偏衰。
1.阴阳偏盛 指阴或阳的任何一方面偏亢过盛而高于正常水平的病理状态。中医把它概括为“阴胜（盛）则阳病，阳胜（盛）则阴病”，“阳胜（盛）则热，阴胜（盛）则寒”（《素问·阴阳应象大论》）。
（1）阳盛则热：指阳邪侵犯人体，机体呈现出功能亢奋，而表现为一系列实热征象的病证。如暑热之邪侵入人体，可造成机体阳气偏盛出现高热、汗出、口渴、面赤、脉数等症，其性质属热，所以说“阳盛则热”。因为阳热亢盛往往可以导致阴液的损伤，出现口渴饮冷、肤燥便结等阴液亏耗现象，故曰“阳盛则阴病”。“阳盛则热”是就因阳邪所致疾病的性质而言；“阳盛则阴病”，是指阳盛状态下对阴的制约过度，使阴呈现功能减弱的病理状态。
（2）阴盛则寒：指感受阴邪致体内功能受到阻滞障碍，而表现为一系列实寒征象的病证。如受寒饮冷，可以造成机体阴气偏盛，出现腹痛泄泻、舌淡苔白、脉沉等症，其性质属寒，所以说“阴盛则寒”。阴寒偏盛往往可以导致阳气的损伤，出现形寒肢冷等阳气耗伤的现象，故曰：“阴盛则阳病”。“阴盛则寒”，是指因阴邪所致疾病的性质而言；“阴盛则阳病”，是指阴盛状态下对阳的制约过度，使阳呈现功能减弱的病理状态。
以上阴阳的偏盛，产生中医所说的实寒证、实热证。
2.阴阳偏衰 指阴或阳的任何一方面低于正常水平的病理状态。无论是阴或阳的不足，无力制约对立的另一方面，必然导致另一方的相对偏亢。
（1）阳虚则寒：指体内阳气虚损，对阴的制约能力减退，导致阴的一方相对偏盛的病理状态。临床常表现为形寒肢冷，面色苍白，神疲蜷卧，小便清长，舌淡胖，脉沉微等虚寒征象的病证。
（3）阴虚则热：是指体内阴气亏虚，对阳的制约能力减退，导致阳的一方相时偏盛的病理状态。临床常表现为五心烦热，或低热不退，潮热盗汗，舌红少苔，脉细数等虚热征象的病证。
以上阴阳的偏衰，即产生中医所认识的虚寒证和虚热证。
3.阴阳互损 指阴或阳任何一方虚损到一定程度而引起另一方逐渐不足的病理变化，包括阴损及阳、阳损及阴。
（1）阴损及阳：指阴虚到一定程度时，不能滋养于阳，使阳亦随之生成不足的病理过程。此即“无阴则阳无以生”。表现为临床中先有阴虚的症状，继之又出现阳虚症状的病证。例如，肾阴亏虚致形体消痩，腰膝酸软，五心烦热，遗精滑精等，阴损及阳，致肾阳亏虚，则形寒肢冷，腰膝冷痛，阳痿不举，小便清长等。
（2）阳损及阴：指阳虚到一定程度时，无力促进阴的化生，使阴亦随之化生不足的病理过程。此即“无阳则阴无以化”。表现为临床中先有阳虚的症状，继之又出现阴虚症状的病证。同理，例如肾阳亏虚，阳损及阴，则继而表现出肾阴虚症状。
阴阳不可分离，“阴损及阳”或“阳损及阴”，最终导致“阴阳两虚”的病理状态。