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小龙虾栖息在湖泊、河流、水库、沼泽、池塘及沟渠中，有时也见于稻田，但在食物较为丰富的静水沟渠、池塘和浅水草型湖泊中较多。栖息地多为土质，特别是腐殖质较多的泥质，有较多的水草、树根或石块等隐蔽物。栖息地水体水位较为稳定的，则小龙虾分布较多。
生活习性：淡水小龙虾为夜行性动物，营底栖爬行生活。白天常潜伏在水体底部光线较暗的角落、石块旁、草丛或洞穴中，夜晚出来摄食。在自然情况下，由于缺饵和水体透明度较低，白天也见其觅食。该虾有较强的攀援和迁徙能力，在水体缺氧、缺饵、污染及其他生物、理化因子发生剧烈变化而不适的情况下，常常爬出水面进入另一水体。如下雨特别是下大雨时，该虾常爬出水体外活动，从一个水体迁徙到另一个水体。该虾喜逆水，常常逆水上溯，且逆水上溯的能力很强。20世纪90年代，人们在汉江上游丹江水库的大坝下发现了该虾，而现在该虾在嘉陵江的上游——甘肃省陇南市的白龙江也有天然分布，这些事实都说明了这一点，这也是该虾在下大雨时常随水流爬出养殖池塘的原因之一。淡水小龙虾掘洞能力较强，在无石块、杂草及洞穴可供躲藏的水体，常在堤岸处掘穴。洞穴的深浅、走向与水体水位的波动、堤岸的土质及小龙虾的生活周期有关。在水位升降幅度较大的水体和小龙虾的繁殖期，所掘洞穴较深；在水位稳定的水体和小龙虾的越冬期，所掘洞穴较浅；在生长期，淡水小龙虾基本不掘洞。小龙虾洞穴最长的可达100厘米，直径可达9.2厘米。淡水小龙虾能利用人工洞穴和水体内原有的洞穴及其他隐蔽物作为其洞穴，其掘穴行为多出现在繁殖期，因而在养殖池中适当增放人工巢穴，并加以技术措施，能大大减轻其对池埂、堤岸的破坏。
生态环境：淡水小龙虾广泛分布于各类水体，尤以静水沟渠、浅水湖泊和池塘中较多，小龙虾对水体的富营养化及低氧有较强的适应性。一般水体溶氧保持在3毫克/升以上即可满足其生长所需。当水体溶氧不足时，小龙虾常攀援到水体表层进行呼吸或借助于水体中的杂草、树枝、石块等物将身体偏转，使一侧鳃腔处于水体表面进行呼吸，甚至爬上陆地借助空气中的氧气进行呼吸。在阴暗、潮湿的环境条件下，小龙虾离开水体能成活1周以上。
食性与摄食：淡水小龙虾的食性很杂，植物性饵料和动物性饵料均可食用，各种鲜嫩的水草、水体中的底栖动物、软体动物、大型浮游动物、各种鱼虾的尸体及同类尸体都是淡水小龙虾喜食的饲料，对人工投喂的各种植物、动物下脚料及人工配合料也喜食。在生长旺季、池塘下风处浮游植物很多的水面，能观察到淡水小龙虾将口器置于水平面处，用两只大螯不停划动水流将水面藻类送入口中的现象，表明淡水小龙虾甚至能够食用水中的藻类。
淡水小龙虾的食性在不同的发育阶段稍有差异。刚孵出的幼虾以其自身存留的卵黄为营养，之后不久便摄食轮虫等小浮游动物，随着个体不断增大，摄食较大的浮游动物、底栖动物和植物碎屑。成虾兼食动植物，主食植物碎屑、动物尸体，也摄食水蚯蚓、摇蚊幼虫、小型甲壳类及一些水生昆虫。
淡水小龙虾摄食方式是用螯足捕获大型食物，撕碎后再送给第2、第3步足抱食。小型食物则直接用第2、第3步足抱住啃食。龙虾猎取食物后，常常会迅速躲藏或用螯足保护，以防其他虾来抢食。
淡水小龙虾的摄食能力很强，且具有贪食、争食的习性，饵料不足或群体过大时会有相互残杀的现象，尤其会出现硬壳虾残杀并吞食软壳虾的现象。淡水小龙虾摄食多在傍晚或黎明，尤以黄昏为多。在人工养殖条件下，经过一定的驯化，白天也会出来觅食。淡水小龙虾耐饥饿能力很强，十几天不进食仍能正常生活，其摄食强度在适温范围内随水温的升高而增加。摄食的最适水温为25℃～30℃，水温低于8℃或超过35℃时摄食明显减少，甚至不摄食。
在20℃～25℃条件下淡水小龙虾摄食的马来眼子菜每昼夜可达体重的3.2%，摄食竹叶菜可达2.6%，摄食水花生达1.1%，摄食豆饼达1.2%，摄食人工配合饲料达2.8%，摄食鱼糜达4.9%，而摄食蚯蚓高达14.8%，可见淡水小龙虾是以动物性饲料为主的杂食性动物。天然水体中的主要食物有高等水生植物、丝状藻类、植物种子、底栖动物、贝类、小鱼、沉水昆虫及有机碎屑。由于其游泳能力较差，在自然条件下对动物性饲料捕获的机会少，因此在该虾的食物组成中植物性成分占98%以上。
掘洞与趋水：淡水小龙虾在冬夏两季营穴居生活，具有很强的掘洞能力，且掘洞很深。大多数洞穴的深度为50～80厘米，部分洞穴的深度超过1米。通常，沿横向平面走向的淡水小龙虾的洞穴才有超过1米以上深度的，而沿垂直纵深向下洞穴一般都比较浅。淡水小龙虾的掘洞习性可能对农田、水利设施有一定影响，但到目前为止还没有发生因淡水小龙虾掘洞而引起的毁田决堤现象。淡水小龙虾的掘洞速度很快，尤其当其在一个新的生活环境中更明显。洞穴直径不定，视虾体大小有所区别，此类洞穴常为横向挖掘的，然后转为纵向延伸，直到洞穴底部有水为止，在此过程中如遇水位下降，虾会继续向下挖掘，直到洞穴底部有水或潮湿。小龙虾挖好洞穴后，多数都要加以覆盖，即将泥土等物堵住唯一的出入口，但在外还是能明显看到有一个洞口的。淡水小龙虾掘洞的洞口位置通常选择在水平面处，但这种选择常因水位的变化而使洞口高出或低于水平面，故而一般在水面上下20厘米处淡水小龙虾的洞口较多。它对掘洞位置的选择并不很严格，在水上池埂、水中斜坡及浅水区的池底都有淡水小龙虾洞穴，但较集中于水草茂盛处。
水体底质条件对小龙虾掘洞的影响较为明显，在底质有机质缺乏的沙质土淡水小龙虾打洞较多，而在硬质土打洞较少。在水质较肥、底层淤泥较多、有机质丰富的条件下，淡水小龙虾洞穴明显减少，但是无论在何种生存环境中，繁殖季节淡水小龙虾打洞数量都明显增多。在人工养殖淡水小龙虾时，有人工洞穴的小龙虾存活率为92.8%，无人工洞穴的对照存活率仅为14.5%，差异极显著。主要原因是小龙虾领域性很强，当多只小龙虾拥挤在一起，进入彼此领域内时就会发生打斗，造成伤亡。
淡水小龙虾有很强的趋水流性，喜新水活水，逆水上溯，且喜集群生活。在养殖池中常成群聚集在进水口周围。大雨天，小龙虾可逆水流上岸边作短暂停留或逃逸，水中环境不适时也会爬上岸边栖息，因此养殖时要有防逃的围栏设施。