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本书主要采取了以下几种研究方法。
（1）文献学方法与理论研究相结合。本书最大范围地搜集文献、考古资料和国内外研究的既有成果，并进行分类阅读，梳理出既有理论脉络和最新进展，同时运用民俗学、社会学等相关学科的理论方法进行分析和解读，得出正确结论。
（2）田野调查与科学实证相结合。民间信仰的研究离不开田野考察和口述访谈，在撰写本书过程中，笔者在条件允许的情况下，有计划地对运河区域各城镇和乡村的民间信仰进行了周密而细致的田野考察，并就民间信仰的相关问题对当地民众进行访谈，力求在搜集相关资料的同时，对民间信仰现象有更加直观和深入的了解。
（3）个案研究与宏观研究相结合。由于运河区域神灵种类众多，地域范围广阔，本书在对运河区域民间信仰进行宏观、整体考察的同时，也采用个案研究的方法，对典型区域和代表性神灵进行深入、细致的研究，力求在勾勒民间信仰发展全貌的同时，凸显民间信仰的地域特色。
地方文献和民间文献是研究区域社会史的重要史料来源。本书在撰写过程中除利用正史、实录、奏疏、档案等传统文献资料以外，还重视对地方志、碑刻、文集、家谱、地方政协文史资料等地方文献和民间文献的利用，力求在史料上有所突破的同时，更加全面、清晰地揭示运河区域民间信仰的全貌；笔者在撰写过程中，对山东运河区域范围内的所有地方志进行了认真梳理，从整体上把握民间信仰发展的基本脉络；利用图书馆、数据库、网络等手段，最大限度地搜集与民间信仰有关的文集、碑刻等资料；在完善文献资料的基础上，对研究涉及的相关区域和遗迹进行田野考察，搜集碑刻、家谱以及口头访谈等资料；此外，还通过网络、考察、购买等手段获取和购买了与研究有关的地方文史资料、地名志等史志资料。