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里斯（William L.Reese）在其主编的《哲学与宗教词典》里认为，“詹姆斯一生处于科学与宗教之间，他最早的两本著作（《心理学原理》《心理学简编》）是科学方面的，接着的两本（《信仰的意志》《宗教经验之种种》）皆属宗教方面的。此后的著作似乎是由哲学的观点同时肯定这两个方面，并加以结合。如果把詹姆斯的思想分为三期，第一期是科学期，第二期是宗教期，第三期是综合期”
。里斯对詹姆斯本人的评价基本上是准确的，科学与宗教并重，这已是学术界的一致定论。路易斯·梅南德（Louis Menand）在《哲学俱乐部：美国观念的故事》里也称詹姆斯为拥有两种思想的人，他一生中的多数时间都在努力捍卫他所坚持的世界观：现代科学与宗教信仰。
至于对詹姆斯思想的划分，里斯是按照年代尤其是以其著作的出版顺序为依据。如果对象是诸如维特根斯坦这样的前后期思想发生明显变化的哲学家，此种划分是可取的，对詹姆斯却不能做如此决断的归类。在詹姆斯这里，科学、宗教和哲学的部分虽然都各自独立成书，内容上却是相互交融的。
以其作为科学代表的《心理学原理》为例，就其内容而言，它不仅仅是实验心理学的教科书，也不单纯是大脑功能、大脑活动的一般条件等生理学上的论述，还包括自由意志、意识流、经验、心灵学说这样的哲学意味浓厚的章节，这些论题在他后来的宗教和哲学方面的著作中也被反复论述过。
就其成书过程来看，1872年詹姆斯在哈佛大学谋到一个职位，一开始讲授生理学，次年加上解剖学，1875年开始讲授心理学，并创建了世界上第一个心理学实验室，这才有了1878年撰写一本实验心理学教科书的邀约
[1]
，原本出版社规定了两年的期限，但詹姆斯用了12年才完成。同一年，他停止了生理学的课程，并在次年开始讲授哲学，从此他不再讲授生理学和解剖学。詹姆斯患有背部疾病和眼疾，在给汤姆·沃德（Tom Ward）的信中写道：“我不会成为一个生理学、病理学和解剖学的教师，因为我无法做实验，更无法看显微镜和做解剖方面的事情。”
即便在哈佛大学授课的6年间，他所写的书评和短文也大都是心理学和哲学的。
詹姆斯接受了哈佛大学的正式教职，但一开始就志不在科学，他想接替鲍恩（Francis Bowen）的教职出任哲学教师。1876年7月在给雷诺维叶（Charles Renouvier）的信里他表达了自己的意愿和苦闷，“我盼着有空专心致志地研究‘二元论与一元论’问题。我一直在哈佛大学教授解剖学和生理学……我的健康并不是很好；我觉得，实验工作和研究都使我感到力有不逮。因此，我在1877～1878学年被转到哲学系，并非没有可能，那里可能会出现一个空缺”
。可见，詹姆斯在写《心理学原理》的过程中，并没有把心力只放在心理学上，同时进行的还有哲学上的思考和他一直以来对宗教的关注。而且，那时的心理学和哲学尚没有严格的区分。因此，研究詹姆斯的思想，应当注意以下三点。
第一，尽管詹姆斯的想法多变，在问题的抉择上也优柔寡断、多次反复，但在主要问题的观点上，比如多元的宇宙观、坚定的经验主义立场、对自由意志的支持、宗教观、真理观，他始终保持一致，只是在细节问题上的想法有所变动。比如在身心关系的问题上，前期写《心理学原理》时，詹姆斯“为近代大脑生理学和病理学的发展所鼓舞，将大脑的变化看作意识经验的直接相关物”
，因而尚持有一种身心平行论的观点；晚期写《彻底的经验主义》时提出“中立的一元论”，是为实用主义学说扫清障碍，彻底清除二元论，因而特别强调意识与身体的关联。他对于“自我”的学说，在不同时期也有不同的表述。此外，“在《多元的宇宙》中，詹姆斯主张一种泛心理主义，但是在其他地方却否定这种主张”
。
第二，詹姆斯的思想并不是一个具有严密逻辑性的理论体系，其学说也分散于心理学、宗教和哲学领域，看似杂乱无章，却有着一致的目标，他的问题面向的对象始终是人，是出于对人本身的关注。如培里所言，“如果一个人在一天之内读完詹姆斯的著作，而忘掉其出版的顺序，我想他就会发现，这些著作是讨论三个大题目——人心的本质、知识的结构与标准和宗教信仰的根据。如果他然后考虑一下作者的发展以及其兴趣和爱好，他就会看见这些题目中的第一个是原始的和根本的。詹姆士的哲学乃是一种关于人或人生的研究。生物学、医学、心理学、哲学本身和宗教，在他看来，并不是一些独立的学问，而是通向人性的许多光源”
。
在心理学领域的代表作《心理学原理》中，詹姆斯一方面要保持与自然科学观点的接近，另一方面又强调其人文科学的性质，他认为心理学源于生理学和哲学，面向的应该是活生生的生活世界，希望能够用科学的方法研究人类经验的各个方面。他在宗教方面的代表作《宗教经验种种》的副标题是“人性的研究”，关注的是人性中对宗教的需求，研究的是个人的宗教体验。其哲学代表作《实用主义》是为了给人们提供一种能够调和科学与宗教冲突的哲学，为人的宗教需求提供理论上的支持，而且比起“实用主义”，他更喜欢以“人本主义”来命名自己的哲学，可惜被席勒（F.C.S.Schiller）抢先使用了。在《实用主义》最后一讲“实用主义和宗教”中詹姆斯也表明了这一点，“我怕我过去多次的讲演，因为限于人性和人本主义方面的讨论，也许对你们许多人会留一种印象：实用主义故意避而不谈超人的因素。的确，我对于‘绝对’是敬意太少了；直到现在，我没有提到过旁的超人的假设”
。
第三，詹姆斯的思想（主要指哲学方面和宗教方面）与其个人经历密切相关。迈尔斯说，“詹姆斯在概括他的思想时总加入一些跟他个人相关的东西，……在他的著作中，个性和哲学是不可分割地联系在一起的” [2] 。他对心理学的偏爱是承袭了他年少时学习绘画时对前拉斐尔学派的喜爱，他在哲学上的思考最初也是为了解决个人问题，是为他的人生态度和宗教观提供一种理论支持。因此，了解詹姆斯的生活，尤其是从他开始学习绘画到1872年参加工作之前的那段经历，是理解詹姆斯思想的一个很好的切入点。