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在科学与宗教的较量中，詹姆斯并非一开始就站在宗教一边。虽然生长在宗教意味浓厚的家庭，父亲的宗教思想也给了他潜移默化的影响，但是在精神危机发生之前，这种影响只是认知层面的，宗教对他没有实在的意义。而且，与宗教相比，詹姆斯在科学方面受过专业的训练，在思想上更容易倾向于站在科学的立场上分析问题。
1861年詹姆斯放弃绘画开始了科学生涯，当一个人面对不感兴趣的事物时往往会茫然无措，找不到方向感。进入哈佛大学劳伦斯学院后，他先是跟查尔斯·威廉·艾略特（Charles William Eliot）
学习化学，但他并不喜欢化学，也讨厌在实验室工作，第二年便改学自然历史，跟杰弗里斯·怀曼（Jeffries Wyman）
学习解剖学，怀曼是第一个向他讲授进化论的人。同时，他还经常去听路易斯·阿加西（Louis Agassiz）
的讲座，阿加西与怀曼在进化论上有着强烈的分歧，詹姆斯也不同意他的观点，而是把阿加西当成艺术家来赞赏。
与此同时，詹姆斯又面临新的选择难题——基础科学和实用科学，这也是他的导师们——怀曼、阿加西以及阿萨·格雷（Asa Gray）曾经不得不面对的问题，他们都做了同样的选择，即为了生存先学医而后转入自然科学，“在19世纪，这通常是妥协——在希望获得更多的自然科学训练与谋生之间达成的妥协”
。毕竟对许多学科的科学家来说，行医的收入是一个很大的诱惑。在60年代，阿萨·格雷甚至“建议那些才华横溢的科学家先去拿一个医学学位”
。在纯科学和医学之间，詹姆斯喜欢前者，可是迫于生存的压力，他还是听从了老师的意见选择了医学。他对堂妹凯瑟琳（Katherine）说出了自己的无奈，“生活的大难题似乎是如何使躯体与灵魂合二为一，而我必须要考虑收益”
。因为从1861年9月开始，詹姆斯的妈妈突然开始限制孩子们的花销，她要求每个人都得写明自己的花钱记录，这给了詹姆斯很大的压力。
1864年1月，詹姆斯在怀曼的鼓励下转入医学院，直到1869年6月取得医学博士学位。从1865年4月至1866年1月，他跟随阿加西到巴西进行科学考察，最大的收获是认清自己不适合科学这一职业，而更适合哲学这样的理论研究工作。1866年回国后的詹姆斯像老师怀曼曾经做过的那样，也在麻省总院（Massachusetts General Hospital）做书记员，可惜不到一年又病倒了。1867年4月他又回到欧洲休养，除了一开始在巴黎的短暂停留，之后的18个月（詹姆斯是在1868年11月回到坎布里奇的）几乎都是在德国度过的。欧洲之旅期间，詹姆斯跟父亲保证他要继续学习科学。他报名参加了在柏林举办的生理学系列讲座，但3个月后便中止了；跟父亲保证要去海德堡学科学，但也在6天后就离开了。不过这段时间詹姆斯也没有闲着，“他大量阅读文学和哲学著作（多数是德文版），带着严肃的目的性，灵敏的悟性”
，这个爱好在他回国后得以继续保持。此次欧洲之旅的收获，除了确定自己在追求科学方面的失败外，更重要的是他开始发展自己在哲学上的兴趣，为日后的哲学研究奠定了基础。
詹姆斯的身体不好，在性格上对实际事物缺乏兴趣，但最根本的原因是他把满腔的热情都给了艺术，所以他认为自己并不适合科学研究工作。同时父亲希望他成为一个科学家，并逼他放弃艺术，詹姆斯是不愿意强迫自己的人，但他是个孝顺的孩子，知道如果自己不听从父亲的安排将会给父亲带来痛苦和伤害，所以他只能埋葬个人的喜好将痛苦留给自己。对于未来究竟会做出怎样的选择，取决于三个量：“（1）我将收受多大的痛苦；（2）我会给别人造成多大的痛苦（现在）；（3）我会‘接受’别人多少痛苦，才不至于中止我在他们的生存中寻求快乐。” [2] 不过，詹姆斯之所以允许自己忍受屈从，是因为他相信这种忍让是暂时的。且在屈从的同时，他也用自己的方式表达了他对个人意愿一直被禁锢、自我意识被抹杀的抗议，他通过长时间的出国旅行来延迟其科学生涯的到来，并在取得医学博士学位后就病倒了，之后休养了4年之久。
尽管詹姆斯认为自己并不适合从事科学研究，对于医学他甚至是厌恶的，转入医学院两个月后，他跟朋友说：“我的第一印象是，这里（哈佛医学院）有很多骗子，只有外科学例外，因为在外科学里，某些实证性的东西有时可以实现。”
但这并不意味着他会因此而否定科学的意义。相反，他很喜欢自然科学，也曾经感受到并着迷于科学的“权威”，他从自然科学的立场出发，得出自然宗教不可避免地破产的结论，对父亲的宗教理论也产生了怀疑。
老亨利在《自传纲要》中讲述了一个在严厉的宗教氛围下生活的童年时代，这种加尔文式的缺乏自发性的生活对野性十足、活泼好动而又具有反叛精神的“小”亨利来说是难熬的，而更令他痛苦的是13岁这一年，他在跟同学做纸气球升空的实验时意外烧伤了腿，因为伤势过重他永远失去了这一条腿。这是来自肉体和精神的双重打击，他不明白上帝为什么会让自己遭受这一切，自己还只是个孩子，顶多就是顽皮些，没有做过大恶的事，就算是惩罚也太严重了；如果不是惩罚而是上帝在创生时就已安排好的，那又是为什么呢？另一次重大的打击来自父亲的遗嘱（他的父亲——奥尔巴尼的威廉·詹姆斯死于1832年12月19日），他被剥夺了财产继承权。老亨利的父亲是虔诚的加尔文教信徒，赞美劳动，认为世俗的成功是上帝对自己恩宠的证明，而自己的努力劳作也就是对上帝的最好回报，所以他诅咒挥霍和罪恶，他希望老亨利将来做律师可以在商业上帮到他。而老亨利对实际事务缺乏兴趣，他认为信仰是发自内心的事情，不应该拘泥于形式，他甚至还酗酒、花钱大手大脚，这些都同父亲的信仰要求相悖。但是，对老亨利来说，他不明白父亲为什么还要惩罚他，他已经失去一条腿了，这样的惩罚难道还不够吗？这是另一次对创世者与被创造者关系的发问，父亲对他而言也算是一个“创世者”，而这一问题也成为日后老亨利宗教理论的核心问题。
1829年老亨利从联合学院（Union College）逃离，到波士顿找到一份为《基督教主考官》做校对的工作，而且就住在编者詹克斯先生（Jenks）家里，詹克斯抨击加尔文教派的上帝是暴君，批评他冷冰冰地看着这个世界上的人在受苦而不施以援手，这给老亨利以强烈的震撼，他还在校对的过程中发现了尊重个人自由这样的观点。总之，波士顿所具有的基督教自由主义的氛围令老亨利感到身心愉悦。
自19世纪30年代老亨利经历了精神上的重生，便对宗教产生极大的热情，但是他讨厌一切现存的宗教制度，找不到一个可以让他皈依的宗教派别，直到1844年他经历了一次精神上的崩溃，在做温泉疗养时听奇切斯特（Chichester）夫人说斯维登伯格把他的这种病症称为“幻觉放大症”。于是，老亨利开始研究斯维登伯格的思想并惊喜地发现这正是他一直以来要找的东西。斯维登伯格的宗教思想带有强烈的神秘主义色彩，他推崇个人与上帝的直接交流，强调个人的宗教体验而不拘泥于任何的宗教形式，这是一种自由主义者的宗教，正好满足了老亨利的宗教需求，从此他成为斯维登伯格的信徒。在个人的自由与上帝的救赎之间找到平衡点就是老亨利要解决的问题，正如1863年他在《实体与阴影》中所阐明的那样，“哲学的全部的问题就是使自由与依赖达成妥协，或者表明，无限是如何不间断地赋予有限以生机的，不必夸大下层的利益，也不必贬损上层的利益”
。
这也是创世者与被创造者之间的关系问题，詹姆斯在19世纪60年代末与父亲争论的正是老亨利的“创生理论”（theory of creation）。1868年詹姆斯在欧洲休养时读到父亲发表在《北美评论》上的《斯维登伯格的本体论》，他写信给父亲说：“必须承认，你就这方面主题所写的一切，对我来说，总是笼罩着一层黑幕，至今仍未消除。每一句话似乎都不知道从何观点出发，完全超出我的理解范围，而且忽略了我目前有能力看到的所有问题……我知道，我的问题是属于悟性范畴的，而且我假定，我处理的完全是有关事物的自然构成问题；但是我发现，很难摆脱自然事物，径直进入他们与精神事实的联系之中……”
老亨利回信说：“在我看来，你的理解陷入混乱，显然是因为你的思想主要为纯粹的科学模式所束缚，暂时的阴影遮蔽了你的形而上学睿智。日常的科学想象对于本体论问题似乎无能为力，因为它已被我们称作‘自然’的可怕迷信弄得麻痹了。你争辩说，我们内心的客观倾向并非实在的，因为这种倾向只有主观的动因和基础。你的这种争辩好像是贬低我的精神人格，贬低我实际上对一切善与真的客观的同情，因为你可以从科学的角度把我贬入物质类别，归于动物的、植物的甚至无机的祖先。我具有意识的确凿证据，可以证明我精神的实在性，这个证据嘲笑一切相反的推论——事实上，它伴随外部的反对声茁壮成长，反而在退让或承认的气氛中凋零。”
老亨利的“创生理论”借助了柏拉图主义的思想，1857年他在《基督教的创生逻辑》中写道：“自然世界，即表象世界或现象世界，预先假定了精神世界的存在，精神世界是实体的世界或现实的世界。没有起源于那时的光芒和‘救赎’，自然世界是完全不可知的。”
这种观点也出现在《斯维登伯格的本体论》中。一方面，此时的詹姆斯尚没有读过父亲的《基督教的创生逻辑》，这本书1870年才列入他的阅读书目，他无法对父亲的观点有全面的理解甚至有所误解。他攻击父亲的“创生理论”会沦为一种泛神论，而这恰恰是老亨利之前在《实体与阴影》里强烈反对的，“创生意味着给确实不是自己的东西赋予存在或提供生命……创造物必须绝对不变地成为自己，必须占有身份，或者真实、有意地与其创造者区分开来：否则，任何诚实意义的创生都必定承认自己是一个合格的赝品，并跌入泛神论的无底深渊”
。另一方面，确如老亨利所言，他是从科学的视角来看问题，因而他无法理解父亲怎么会认为我们生活的这个自然世界不是真实的世界，反而自己无法感受到的精神世界倒成了现实的世界，不是我们从自然世界中获得知识，而是精神世界投射给自然世界以知识，这与他接受的科学教育是相悖的。这是二人基于立场的不同——科学与宗教的立场、经验哲学与唯心主义玄学的立场——而导致的意见上的分歧与思想上的隔膜。
此外，截肢手术令年轻时的老亨利有过“幻肢”体验，他能感觉到失去的那条腿仍然存在，但事实上它已经不在了，这一体验让他认为肉体与精神是分离的。詹姆斯在德国学到的生理心理学的观点则认为任何有意识的活动都有其生理上的基础，思想是大脑的功能。后来同样重视心理学研究的梅洛-庞蒂在《知觉现象学》中用身体知觉场分析过“幻肢”现象，认为它不是单纯的心理现象，即人由于心理上无法接受身体已经残缺的事实，就产生了一种心理寄托，在心理上想象着、幻想着自己仍然拥有完整的躯体，从而认定自己失去的那条腿还在，甚至还能感觉到那条腿的疼痛。但如果我们切断通往大脑的感觉传导神经，“幻肢”现象就消失了，所以“幻肢”现象实际上还是有生理上的基础。在梅洛-庞蒂看来，身体和心灵从来都是紧密结合在一起的，它们共同构成了一个身体知觉场，虽然身体的一部分缺失了，但完整的知觉场还在，它会拒绝身体上的缺失，因而产生了“幻肢”现象。尽管如此，詹姆斯也还认可父亲说的精神实体性在个人意识上的确切证明，只不过“我无法像你谈及的那样，获得任何如此无可辩驳的证词，以证明我的精神现实的存在。而这肯定是一个决定性的时刻，它决定了一个人对待此类问题的态度”
。
几年后，詹姆斯也迎来了这样一个“决定性的时刻”，即发生在1872年秋的精神危机，“此后，我眼里的世界完全改变了。我每天早晨醒来，总觉得心窝有一种极大的恐惧，并觉得生活没有安全保障，这是我以前从不知道的，以后也再也没有感受过。这种经验像是一种启示；尽管直接的感觉消失，但此后，我对其他人的病态感受深表同情”
。这次的个人体验使詹姆斯意识到宗教的重要性，他开始从情感上、从生命意义的层面考察宗教，并得出人是有宗教需求的结论。
詹姆斯在捍卫宗教信仰时，首先将矛头指向了科学。“人的本性中，含有一种天生的自然主义和唯物主义心灵，它只承认实际可感触到的事实。”
而科学正是基于可供验证的事实而得出的结论，相较于看不见摸不着、只能体验不能证明的宗教信仰，它很容易就能赢得人们的信任。同时，能够提供某种“不可辩驳的事实”也使科学具有一种权威性，一旦权威被确定，科学便具有一种强制的排他的力量，而转变成一种“偶像”，这已经成为另一种形式的信仰。
事实上，科学结论虽然给我们一种客观、确实可信的感觉，但就科学研究的过程来看，它不仅受到个人学识、兴趣、价值观以及信念的引导，也无法脱离时代背景的影响，所以科学研究的结论是暂时的，具有局限性，我们每一时代的科学发现只是囿于我们有限的认识能力而做出的尽可能接近终极真理的阐释。詹姆斯对此评论道：“在我们这一代产生了多少绝对崭新的科学概念；又产生了多少新的疑难问题，而我们以前却从未思考过这些问题；……这种有关宇宙真实的爆发性知识，这种一夜间的知识增长，会比人们在充分理解宇宙后对宇宙真实瞬间的一瞥更可信吗？不！我们的科学只是沧海一粟，而我们的无知却是茫茫大海。无论我们是否对其他事物确定无疑，但至少下面一点是确定的：我们现有的自然知识世界是被某个更大的世界所包裹着的，而对于后者的各种剩余属性，我们目前尚未获得任何肯定的观念。”
对于这个未知的“更大的世界”，科学能够提供给我们的确定性并不比宗教信仰多一分一毫，若就此来说，科学并不比宗教更具有权威，至少它不能够成为压制宗教信仰的一个工具。
不过，当科学被当作一种确定的事实或者一条具有强解释力的规律而被推广给世人时，出于方便实用的目的，科学往往就只剩下最后的结论，即某种科学理论、科学规律或公式，而不管整个科学研究的过程是怎样的，更不用说去探究其发现者内心的某种情感。而詹姆斯相信，“如果没有一种要求我们追求理想的逻辑和数学和谐的专横的内在要求，我们就永远不能证明这些和谐隐藏在原是自然界的所有裂缝与空隙之间。人们最初不惜血汗而孜孜追求的，并非一条在科学中确立的规律，或科学所确定的事实”
。牛顿的科学研究是为了能够发现上帝创世的秘密，使自己更加接近上帝，牛顿的内在需求是否完全得到满足我们不得而知，能够确定的是，当他的万有引力和力学原理作为人类伟大的科学发现而传递给世人的同时，他本人的研究动机或者说内心情感并没有一并被传达出去，事实上也很难被传达。这是科学的另一个局限所在。“科学中所确立的规律和所确定的事实几乎不能满足人们的内在需要。这种需要产生于我们所不知道的东西。”
詹姆斯相信自然世界是某种比它自身更具精神性和永恒性的存在，而对这种精神性和永恒性的渴望就是人的宗教需求，这是科学无法涵盖的领域。“如此确定的科学没有任何权威，因为她只能说什么是，什么不是；而不可知论的所谓‘在没有强有力的感觉证据的情况下，你不应该相信’之说，仅仅是一种私人性的渴求某种特殊证据之欲望的表现（对任何一个人来说，都可能有这样的表现）。”
因而，没有什么权威可以阻止我们信任自身的宗教需求。“我们有权利相信，物序只是一种片面的秩序；且我们有权利用一种看不见的精神秩序来补充之，如果生活只有因此才可能使我们觉得更值得过的话，那么我们就得相信这种精神秩序的存在。”
詹姆斯所说的相信，不仅是在宗教与科学的冲突中要相信自己的宗教信仰，而且在种种宗教派别的争斗中也要相信自己的宗教信仰。
科学和实证主义者会说这只是一种无法证明的假设，只是一种“也许”，但在詹姆斯看来，信念能够转化为一种动力并用于实践使我们的生活得以改变，这是一种实在的力量；“也许”代表的是未来的种种可能性，当科学处于假想阶段而未被证实时，不也只是一种“也许”？所以，“只要人代表着某种东西，只要人最终还是生产性和创造性的，我们就可以说，他的整个生命功能就不得不涉及到‘种种也许’”
。
在此，有两点需要注意。其一，詹姆斯之所以反复强调信仰的意志和信仰的权利，是因为他想在一个科学的时代捍卫宗教信仰以减少科学对宗教的冲击，为个人的宗教信仰争得一席之地，他宣讲的对象主要是那些面对科学事实而对自己的宗教信仰产生动摇或已经放弃的人，那些因为科学与宗教的冲突而遭受痛苦的人，而非那些完全没有宗教情感的人或者始终有着坚定的宗教信仰的人。其二，詹姆斯指出科学的不足之处，并不意味着他就此否定了科学本身，他接受的科学上的训练使他不能抛弃科学的立场。詹姆斯对科学的批评主要是从自然科学容易使人陷入物质主义而忽视人的精神需求这个视角来说的，除此之外，他很乐意接受科学，毕竟他还是个心理学家。只是在科学的运用上，他特别强调多元论，即考虑同一个问题通常不止有一种解决方法，以避免科学的滥用。
宗教信仰在科学时代是如何可能的？詹姆斯对这个问题并没有做太多的直接论述，但从总体上来把握其思想，我们能够感受到詹姆斯强烈的宗教关怀渗透其中，尤其是他后期的哲学研究。可以这样说，詹姆斯的哲学研究背后隐含的正是“宗教信仰在科学时代是如何可能的”这一问题，带着这样的疑问去阅读詹姆斯的哲学著作，能够更准确地理解其哲学思想的内涵。
在题为《信仰的意志》的演讲中，詹姆斯一开始就指明这是“有关信仰证明的一篇论文，一种为我们有权利在宗教问题上采取信仰的态度的辩护，尽管事实上我们纯逻辑的理智也许一直未被强制过。因此我的文章的题目就叫做‘信仰的意志’”
。不同于罗蒂（Richard Rorty）将宗教信仰归为“私人项目”后就认为不一定需要在别人面前证明它们，詹姆斯认为，宗教信仰虽然在本质上是一种个人事务，但是在一个科学盛行的年代，从思想上或知识上为宗教信仰提供一种合法性是科学家的义务和责任。
事实上，许多科学家都这样做了。应该说，尽管达尔文关于生物进化的“自然选择”理论在内容上否定了传统基督教的“上帝创世说”以及“原罪”和“救赎”，但也激起了相当一部分人的宗教热情。詹姆斯的老师阿加西（Louis Agassiz）——在国际上享有威望的博物学家、祖上六代都是福音的传播者——就是基督教信仰的忠实拥护者、达尔文进化论的坚定反对者。阿加西认为物种是上帝创造的，而且这些物种都是按照相同的数量在相同的地理位置上创造出来的，他想以此来否定达尔文的“自然选择”理论。可惜，他是一个优秀的有煽动力的演说家，却不善于科学的论辩，不能拿出有力的证据证明自己的观点。而“自然选择”理论恰恰是基于丰富的事实材料而提出的科学猜想，相较之下，阿加西想在科学领域驳倒达尔文的理论是很困难的。不过他并没有放弃自己的观点，对阿加西来说，上帝造物是他深信不疑的一个事实，以至于他在进行科学研究时都是置于上帝创世这个大前提之下的。尽管在学术上无法否定“自然选择”理论，但凭借著名博物学家的国际声望、对上帝的坚定信仰以及优秀的演说才能，阿加西还是能够给那些因达尔文著作的内涵而深感不安的信仰者以安慰和鼓励，使其坚定自己对上帝的信仰。
与老师阿加西不同，詹姆斯既支持达尔文的理论又抱有一种“世俗化的”宗教观，通过维护上帝的权威来捍卫宗教信仰不是他的方式。对詹姆斯来说，宗教在本质上是一种个人宗教，“宗教关系直接由心到心，由灵魂到灵魂，直接发生在人与上帝之间”
，个人与上帝的交流最终凭借的不是“圣经”和教义，而是“信念”，即个人对上帝的虔诚信仰。这样，“信念”就成为个人与上帝联系的纽带，在宗教信仰中占据关键位置，詹姆斯所要做的正是维护信仰的信念。
“信念意味着相信某件在理论上可能还存在疑问的事物；因为对信念的检验是是否愿意去付诸行动，所以有人会说，信念即愿意在一个它的兴旺成功的情况没有事先得到保证的事业里行动。”
“信仰的信念”即在没有外部证据对一个宗教信条进行证明时就相信他是真的，比如在无法通过经验事实证明上帝存在的时候就相信他是存在的。这样的观点在一些人看来不仅不合逻辑而且是可耻的。赫胥黎（Thomas H.Huxley）说：“我惟一的安慰就在于这样一种认识：我们的子孙不论可能多么地坏，只要他们坚持不假装相信他们没有理由相信的东西这条简单的准则——因为这样假装可能对他们有利——他们就不会沦入最不道德的境地。”
克利福德（William K.Clifford）抱有同样的观点，他说：“在任何地方，对任何人来说，信仰任何没有充分证据的东西永远是错误的。”
但问题在于，若对象是有了充分证据证明的东西，还能否说是“相信”？
赫胥黎等人的意见代表了那些崇尚理智的人对宗教的态度，即主张不可知论。詹姆斯认为，这是把宗教问题当作科学问题来研究，而信仰使用的“逻辑”和理性的逻辑是完全不同的。“理性要求其结论要有确定性及决定性。信仰会感到满意，如果她的结论看起来是有可能的而且在实践上是明智的。……信仰的论证形式大略如下：考察一个世界观，她觉得它满‘适合’是真的；她说，‘如果’它是真的也还不错，它‘大概’是真的，它‘可能’是真的，它‘应该’是真的；她接着说，它‘必须’是真的；最后她结论说，对我而言，它‘将会’是真的，亦即，就我的主张及行动而言，我会把它当作‘好像’是真的。……显然这不像逻辑书本中‘连锁推理’那样的知性推论步骤。如果你喜欢，你可以把它叫做‘信仰的阶梯’。” [3]
可见，在信仰行为里起支配和引导作用的是个人的意志和情感，而不是理性，詹姆斯是借用“帕斯卡尔赌博”来阐明这一观点的。帕斯卡尔认为，人的认识能力有限，上帝是否存在不是理智能够解决的问题，既然如此，我们又凭什么来判定要不要信仰上帝？帕斯卡尔说这是一场赌博，关系一生，最终的输赢要等到终审的时刻才能揭晓。“有两件东西可以赌：即你的理智和你的意志，你的知识和你的福祉；而你的天性又有两样东西要躲避：即错误与悲惨。既然非抉择不可，所以抉择一方而非另一方就不会更有损于你的理智。这是已成定局的一点。然而你的福祉呢？让我们权衡一下赌上帝存在这一方面的得失吧。让我们估价这两种情况：假如你赢了，你就赢得了一切；假如你输了，你却万无一失。”
帕斯卡尔的意思很明确，如果听从理智、依据所学的知识，选择上帝存在或者不存在都是可能的，因为他超出理性的认识而难以抉择；如果遵循意志、从个人的福祉来考量，你会赌他存在并相信他存在，因为如果赢了——上帝存在，你会获得永恒的福祉，如果输了——上帝不存在，你也不会有所损失。因此，信仰信念的基础不是理智而是意志本性（willing nature）。意志本性“不仅仅是指那些深思熟虑的意志——它们或许已经建立了我们现在不可能摆脱的信仰习惯；我指的是所有诸如恐惧和希望、成见和激情、模仿和偏袒、我们的等级和阶层所带来的整个压力等等之类的信仰因素。作为事实，我们发现自己在信仰，但我们几乎不知道是怎样信仰的或为什么信仰的”
。
詹姆斯认为，帕斯卡尔的这段论辩是“针对非信仰心灵的顽固性所能抓住的最后的武器”
。他也觉得，这种通过计算得失而获得的信仰是“缺乏信仰真实性的内在灵魂的”
。对于那些非信仰的心灵来说，对上帝的信仰本身就不是一个有生命力的假设。所谓“有生命力的假设”，即“作为一种真实的可能性，对于面对这个假设的人有吸引力”
。也就是说，一个假设对某人而言有一种天生来电的感觉，是他感兴趣的并与其天性相符，他就有可能真正接受这个假设并意愿依照它行动，这样的假设对他而言就是有生命力的。在宗教信仰的问题上，只有信仰与不信仰，不存在且信且不信的中间道路，詹姆斯称之为“强制性选择”，即“在两种选择之外没有立足之地”，“任何一种以完全的逻辑选言命题为基础的、不能不作选择的两难推理，都属于这种强制性选择”
，所以，赫胥黎所说的“假装相信”的情况在宗教信仰上是不成立的，帕斯卡尔的“有所得”与“无所失”也很难对非宗教的心灵有所撼动，信仰上帝的人必定是因为上帝存在的假设于他而言是有生命力的选择。
如果人们在“赌博”时已经对“弥撒和圣水”感兴趣，已经有某种宗教的情感和意志，那么帕斯卡尔的论证就不是虚弱无力的，“它好像是一种挺不错的最终解决，是使我们完成对弥撒和圣水信仰所必需的最后一击”
。詹姆斯的意思是，既然宗教信仰不是理智能够解决的问题，上帝存在还是不存在不能够被证实，那么，信仰上帝与“不做决定而让问题搁在那里”都只是与各自脾性相符的一种个人选择，在各自的选择能够被证实之前二者都是假设，同样要冒着失去真理的风险，何不听从自己的心意冒一次险，相信宗教的假设从而踏上信仰之路。詹姆斯称这是一个“重大的选择”，机会是唯一的，赌注是重大的，决定是不可悔改的。
在为信仰的合法性做辩护时，詹姆斯将信仰所设定的一切称作假设，这种宗教假设根据个人是否相信可分为有生命力和没有生命力的，对这两种假设所做的决定叫作选择，分为三种：有生命力或无生命力的、强制性的或可以避免的、重大的或非重大的。詹姆斯认为一种选择如果是充满活力的、强制性的和重大的，它就是一种真正的选择，
而相信宗教假设正是一种真正的选择。真正的选择的三个条件里，充满活力对宗教信仰的选择是最重要的，因为它直接与信仰者的个人意愿相联系；第二点，强制性的，显示了信仰意志的纯粹；第三点，重大的选择要满足的三个小条件里，第一条和第三条容易引起他人的反驳。因为选择信仰的机会并不是“唯一”的，只要生命还在继续，我们随时可以选择相信；同样选择信仰的决定也并非“不可悔改”，现在决定不相信不代表以后不能改变决定。苏克尔（E.K.Suckiel）认为我们应该广义地理解“唯一”（uniquness）和“不可悔改”（irreversibility，或译作“不可逆”），“如果不将个人的存在视为一系列不连续的选择瞬间，而是当作一个整体，那么对是否通过宗教重塑个人生命的选择，就可以被理解为是唯一的和不可悔改的”
[4]
。
詹姆斯在《信仰的意志》一文里除了用两个例子来说明“重大的选择”外，便没有更多地提及。其后，在《宗教经验种种》一书中谈到“突然皈依是短暂的还是持久的”这一问题时，他认为“皈依的经验即便时间短暂，它毕竟向人们表明，精神能力的极限是什么”。詹姆斯借用斯塔柏克（Edwin D.Starbuck）在《宗教心理学》里对这个问题的结论表明自己的观点，即“皈依的结果使皈依者‘改变了生活的态度，尽管情感有所波动，但是，这种态度是持久的、永恒的……换句话说，经历皈依的人一旦采取宗教生活的立场，便觉得自己与这种立场同一，不管他们的宗教热情出现多大的衰退’”
。这应该也可以视作詹姆斯对“重大的选择”的一种解释。
如艾耶尔（Alfred J.Ayer）所说，对詹姆斯而言，宗教理论和道德理论的本质特性在于满足我们情感上和实践上的需求。
[5]
所以，有宗教情感倾向的人有相信自己“信仰的意志”的权利，正如那些非信仰的心灵有不信仰的权利。梅登（Madden）也指出，一个人在证据不足时有权利相信，只是詹姆斯的“信仰的意志”所表达的比较弱义的一层意思，还有一层比较强义的意思，在此，情感和意志扮演更为重要的角色。
事实的确如此。詹姆斯认为，那些在天性上有相信宗教假设倾向的人，不仅有相信的权利，更为重要的是要选定信仰，坚信自己的决定是正确的，将模糊的宗教情感转变为“信仰的信念”。
詹姆斯特别强调信念的作用，在他看来，若没有个人的喜好、信念或先兆的帮助，一门哲学根本不可能建构起来，“在人类思想进化史上其独创性占有一席之地的每一个哲学家或科学家，都是立足于一种无声的信念——相信真理必在这一方向而不是在那一方向，以及一种原始的确信——相信能够使他的想法起作用；并且他们都是在尽力使它发挥作用中产生了他们最好的成果的”
。这一点却被大多数人忽视了。
不可知论认为，在没有强有力的感觉证据的情况下我们不应该相信。也就是说，一个观念即便有可能是真的，如果证据不充分，我们就不能接受它。詹姆斯尊重他们的选择，也认为“客观证据”和“确定性无疑”是人类本能的一种追求。问题在于：我们能否确定何时真正得到真理？真理所依据的证据是否就是客观的？我们是否应该为了避免犯错而不做决定、让问题搁在那里直到证据出现？
为了避免“武断”，詹姆斯仍旧首先提出一种假设：真理是存在的，我们心灵的命运就是要达到它。这样，“真理”和“上帝”一样都成为心灵的信仰对象，都离不开“信念”，即我们相信心灵能够发现真理，这种确信有两种方式，绝对主义和经验主义。二者都认为我们可以实现对真理的认识，只是前者认为我们还能够知道何时实现对真理的认识，而后者认为这是不可能的。
詹姆斯是个彻底的经验主义者，他认为绝对主义者所抱有的关于真理的信念是一种错误的态度，除了那些“抽象的比较命题（比如2+2=4）”——这种命题本身并不告诉我们任何具体实在的内容，人们找不到一个能够被所有人接受或者从未被怀疑过的命题。
每一个哲学家都相信自己的理论体系提供了“永恒的有效基础”，造成的事实是哲学史上的派别林立，每个人都占据着自己所相信的这一份“真”。
在詹姆斯看来，“那种赞美有加的客观证据决不可能轻松喜悦地等在那里。它是一种激励，或极限概念，标志着我们思维生活的无限遥远的理想。主张某些真理现在就具有客观证据，实际上就是说，当你认为它们是真的并且它们就是真的时候，那么它们的证据就是客观的，否则它们的证据就不是客观的。但实际上，人们所依照的证据是真正客观的这一信念，只不过是添加在意见总体上的一个更加主观的意见。因为这么多对立的意见都宣称自己具有客观的证据和绝对的确定性”
。所以，詹姆斯主张，“我们必须不断地去经验，并不断地对我们的经验加以思考，我们的意见才能愈加真实”
。真理是随着我们经验事实的增加而有所调整的，它如同“上帝”一样，是追求、信仰的目标，我们能做的就是在实践经验的过程中不断地接近它，而真理的意义也正在于它能够给人以指导，对生活有所帮助。这样，以“不可知”“没有证据”为由来否定信仰的说法就不能成立。
事实上，“要求我们不要相信任何未经理智检验的事物”的谨慎态度原本就是基于科学的立场提出的，“这一命令至多是个小心的规则，旨在从长远看使我们正确的思考最大化，错误最小化。在具体的事例中，我们一定会因为遵守该命令而错过真理；但在总体上如果坚持遵守它，我们就会更安全，因为我们所得的一定会超过所失的。这就像以概率为基础的赌博和保险规则，我们是通过立足全局两方面下注使我们免于具体的损失。但是这个下注原理要求长期玩下去：这就使它不适用于宗教信仰问题——当个人完全理解宗教信仰时。个人玩人生的游戏不是要避免损失，因为他没有什么可损失的：他是为了获得；而且，这是现在和他在一起，或是从未和他在一起，那在长远看确实对人类存在的，对他并不存在”
。
说到底，宗教问题对非信仰的心灵来说不是一个“有生命力的选择”，他们相信的是宇宙中反基督教的秩序，所以将信仰选择的问题搁置起来并不影响他们的生活。而对有宗教情感倾向的人来说，信仰问题有其迫切性，它关系到能否获得内心上的转变。而且，“在某些场合，除非对于某事实的出现预先存在有一种信仰，否则事实根本就不可能出现”
。比如，某人在攀登阿尔卑斯山时，不幸落到只有大跳一步才能获救的境地，这是一件他从未遇到过的事情，没有经验可以告诉他能否跳过去，这种情况下到底是跳还是不跳呢？如果他相信自己能够跳过去，并带着这种信心全力一跃，跳过去了，这就将“相信自己能跳过去”的信念变成了事实。当然，即便抱有信念，也有可能跳不过而坠入深渊。但是，选择不跳肯定会死——这是一个必须个人独自面对的问题，不跳等于主动放弃了生的机会；又或者选择了跳，却没有信心，畏首畏尾，多半要掉进深渊。
宗教信仰问题对那些认真考虑它的人来说就是这样一种“绝境”，要么相信，要么不相信。很多时候，我们需要经验的验证——这里的经验验证不是指科学领域或实证主义所说的可以公共验证的那种经验证实而是个人的体验——才能明白一种观点是否为真，宗教上的设定就是这样的观念。在信仰的道路上，需要人们主动迎上去才能认识上帝，需要以全部的信任去交换。不妨从《宗教经验种种》中找两个“瞬间皈依”的例子作为参考。第一个例子是阿兰的内心在感受到上帝后发生的转变，他说：“一旦我将自己的一切全部交给上帝，让他随意处置，并情愿让上帝按他的意愿支配我，刹那间，救赎的爱便随着反复吟诵的经文闯入我的灵魂，强烈无比，我的整个灵魂似乎都融化在爱中。罪恶的重负卸掉了，黑暗驱散了，我的心变得谦卑，充满感激。几分钟前，我的整个灵魂还在死亡之山的压迫下呻吟，向不认识的上帝求救，现在却充满不朽的爱，凭借信仰的翅膀在高空中翱翔，挣脱死亡与黑暗的束缚。”
第二个例子来自一位牛津大学毕业生，“我把自己生命的所有一切统统交给了上帝，所以，上帝千方百计地引导我，为我开辟道路。有些人没有福分享受真正的屈从生活，在他们眼里，这些几乎是天方夜谭”
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詹姆斯认为，在任何情况下我们都应该行动起来，把生命掌握在自己手中。正如詹姆斯·菲茨詹姆斯·斯蒂芬（James Fitziames Stephen，1829-1894）在《自由·平等·博爱》中所言，“我们确实不知道是否有正确的道路，我们必须怎么做？‘坚强并十分勇敢’，朝最好的方向努力，抱最乐观的希望，承受面临的事物……如果死亡结束了一切，我们也不可能找出比这更好的面对死亡的方式”
。这就是詹姆斯在信仰问题上所倡导的态度，也是他所推崇的人生态度。
詹姆斯在维护信仰的合法性时，重点强调了两点。第一，信仰是个人的事情，信仰行为中起引导和基础作用的是个人的情感和意志本性，一个人是否信仰宗教取决于其脾性里是否具有宗教情感的倾向，每个人都有权利依据自己的意志做出选择，不论选择相信还是不相信都应该受到尊重，“信仰的权利”是詹姆斯讲给所有人听的。第二，这是詹姆斯专门为那些对他们来说信仰问题是一个“有生命力的选择”的人准备的，即他们不仅有信仰宗教的权利，更应该选择信仰。