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政党协商对于我国协商民主建设具有重要的意义，也在实践中取得了显著的进展。但是，我国的政党协商同样也面临着需要应对的挑战与问题。有学者指出，政党协商民主存在五个方面的主要问题，即协商准备不足，协商形式较为简单化，协商内容不充分，协商效果不明显，党际协商效果难体现。
也有学者认为，当前中国党际协商民主存在协商制度不健全、协商意识不强、协商过程不够民主等问题。
还有学者认为，存在党际协商民主的意识还需进一步提高、党际协商民主的平等地位还需进一步改善、党际协商民主的内容还需进一步明确、党际协商民主的形式和程序还需进一步规范等问题。
这些观点侧重点各有不同，有的是从政党协商的过程来描述的，有的是从制度角度来分析的，也有的是从观念和意识视角来探讨的。
第一，政党协商的观念和意识相对薄弱。“协商民主”与“政党协商”都是在党的十八大及之后正式提出的党的理论创新成果。无论是执政党还是参政党的领导干部，正确认识并积极主动探索政党协商的实践，需要一个过程。在这一过程中，由于受传统文化中的“官本位”等观念文化、实际工作中的体制机制约束，甚至个人工作作风等因素的影响，有些执政党的领导干部不愿意开展协商、不屑于推进协商。一些地方出现了“政党协商随意性、表面化和形式化的问题，有的敷衍了事，‘想到了’‘有空了’才协商；有的流于形式，以通报情况、部署工作代替协商”
。而从民主党派的角度来看，受兼职因素、协商结果采纳率不高以及其自身政党意识不强等因素的影响，部分领导干部、民主党派成员政党协商意识也比较薄弱。
第二，政党协商规范化和常态化的程序性支撑不足。制度建设是政党协商有效运转并持续发挥作用的基础。但是，政党协商的制度建设存在程序性的不足。其一，中央层面顶层设计建构了方向性、原则性的结构与路径，但地方和基层的规范不够。这就导致了上热下冷（中央、省市热，基层冷）、内热外冷（统一战线内部热，统一战线以外冷）等现象。其二，顶层设计之下缺乏具有可操作性的程序性规范。例如，对于涉及公共利益的重大问题、重要事务，什么情况采取什么样的协商方式，协商参与者各自发挥什么作用、承担什么样的责任，协商的结果如何应用等问题都缺乏明文规定。其三，制度缺乏执行力。因为制度可行性、适应性不强，制度实施保障不够，以及监督力度不够，政党协商制度实施中还存在消极性执行、象征性执行、选择性执行等现象。
第三，协商过程的困境。政党协商的核心是执政党与民主党派共同参与协商过程。在协商过程中，存在利益表达不充分、利益沟通不平衡、利益反馈不及时等现象。例如，因为担心得罪上级部门或领导、害怕得罪与自己或所属机构的利益密切相关的部门或领导、害怕所谓不当言论被有关部门记录在案不利于自己的政治前途等而“不敢说”；或者因为意见得不到重视、建议不能产生实效、建言献策贡献得不到承认等而“不愿说”；或者因为协商过程中发言机会不公平、会议时间不够、发言被打断等而“不及说”；或者因为能力不够、信息不充分、准备不够而“不会说”等。
第四，民主党派协商能力建设还有一定的空间。首先，在政党协商实践中，作为协商重要主体的各民主党派面临着身份与认同困境。有的学者将这种困境称为“主体性困境”，即认知存在偏差，不敢协商；组织建设薄弱，不愿协商；参政技能缺乏，不会协商；信息资源不足，无法协商。
虽然这种困境源于参政党自身的缺陷和主体间关系的异化，但根本上讲，是政党协商的规范化、制度化、程序化水平不够，执政党在政党协商中的主体意识、主导意识过强。“在党际关系方面，执政党与参政党之间的政治力量对比不均衡，民主党派的主体作用难以有效发挥，影响到民主党派的协商自主性。”
其次，由于发展成员趋同、指导思想趋同，民主党派表达意见能力下降；受制度环境、自身能力素养的制约，民主党派对执政党的民主监督功能弱化；由于政治竞争水平相对较低，民主党派政治活力开始下降；等等。这些直接影响了民主党派参与协商民主实践。再次，在社会基础方面，公众对民主党派的认知趋于碎片化，缺乏统一的社会认同，影响到民主党派的阶层代表性。最后，民主党派的绝大多数成员集中于高校、科研机构，在政府职能部门任职者相对较少，政治历练和行政经验相对不足，因此整体协商能力需要加强。
第五，协商的实效性需要进一步提升。在协商过程中，主题聚焦度不够，容易泛泛而谈，缺乏深度；由于协商准备不够，信息、资料不充分，协商讨论的基础不扎实；有些协商活动是对政策决定或出台之后相关情况的通报，民主党派的可行性建议、建言献策获得采纳缺乏可操作性；民主党派集体智慧的作用发挥较小，存在个人参政议政能力强、集体参政议政能力弱的现象；对协商结果持续性关注不够，对效果如何缺乏反馈。