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光绪三十年（1904），英国攻陷拉萨，十三世达赖喇嘛出走库伦，1908年进京朝觐，1909年10月30日抵达拉萨，次年逃至印度大吉岭，1912年返回西藏，因驻藏川军军纪败坏，十三世达赖喇嘛与驻藏大臣发生矛盾。这些事都发生在1904年至1913年间国内外政局的急剧变化中。
鸦片战争后，英国在侵略中国东南沿海的同时，也将侵略的矛头直指西藏。光绪十四年，英国发动第一次侵藏战争。清廷则忙于对付列强对其他地区的入侵及内地民众的反抗，无暇也无力顾及西藏，从顺、康、雍、乾积极经营西藏的方针大幅度后退。而藏族爱国僧俗对英国的侵略充满愤慨，坚决抵抗。此时，达赖喇嘛奏请朝廷以乾隆五十九年（1794）所定边境（鄂博）为界，除光绪十六年中英签约规定亚东为商埠外，不准英人任意在江孜、帕里通商。
清廷却阻挠全藏上下抗击英军，使得以十三世达赖为首的西藏上层僧俗集团大为失望。
出走期间，达赖喇嘛仍想依靠和求助于清廷，认为破坏全藏抗英努力的主要是驻藏大臣，若向皇帝直接禀报西藏的灾难，会取得皇帝的理解和支持，改变对藏政策。但是，清廷听信驻藏大臣有泰的片面之词，以擅自出走为名，将达赖喇嘛名号革除。
此举大出达赖喇嘛意料，震惊了蒙藏僧俗，加深了对清廷的疑惧。但是，达赖仍对清中央表示服从和尊重，有赴京觐见皇帝的愿望和期盼。“达赖濒行，言拟赴北京吁请陛见，面陈西藏情形，恭请圣训，俾得有所遵循等语。达赖现驻西宁，商上等众议，令达赖就近吁恳陛见，乞据情代奏。如蒙俞允，即由西宁起程赴京。臣查达赖、班禅乾隆后久未入觐，致启强邻觊觎，得所借口。今天诉其衷，先后吁请陛见，则万国观瞻所系，主国名义愈见巩固。”
从上述情形来看，达赖喇嘛进京朝觐的政治意义是明确的，在内忧外患的情况下，仍然代表全藏僧俗承认清中央政府的权威，致力于维护国家统一和领土完整，这是对英国侵略西藏的政治反抗。同时，达赖的另外一个目的是面陈藏事，期望获得皇帝的支持，抗英保藏。
在达赖喇嘛流寓苦闷期间，清廷、英国、俄国三方加紧谈判。英军在光绪三十年从拉萨撤离后，仍占领西藏春丕和帕里地区。清廷希望英军尽快撤离，谈判中承认和接受了《拉萨条约》的大部分条款。光绪三十三年，英俄也正式签订了《西藏协定》，两国不派代表驻拉萨，都持“中立”政策。
清廷获得英、俄的保证，作为中国的内政，清廷可以“自由”处置西藏问题。光绪三十四年，英国从春丕、帕里撤军。至此，由英军侵略引起的藏事纠纷告一段落。
英军撤离后，清廷诏谕达赖喇嘛进京朝觐。光绪三十四年八月二十七日，达赖喇嘛从五台山前往北京，开始朝觐之旅。清廷在正式做出允许达赖进京朝觐决定之时，已经确定了治藏及对待达赖喇嘛的方针，“将达赖、班禅优加封号，尊为藏中教主，所有内政外交以及一切新政，由国家简员经理”，
筹藏改制正式进入朝廷议筹阶段，清廷将达赖喇嘛、班禅的权力限定在宗教领域。
达赖喇嘛第一次觐见是在光绪三十四年九月二十日，“是日，皇太后升仁寿殿，召御前大臣并御前侍卫等至仁寿殿内侍立。理藩部堂官分引达赖喇嘛并通事喇嘛一名、堪布喇嘛四名进仁寿殿左门，由纳陛左阶引达赖喇嘛纳陛上侧跪，通事喇嘛一名跪于达赖喇嘛之次，堪布喇嘛四名于纳陛下侧跪。达赖喇嘛敬谨跪递佛一尊，哈达一方，御前大臣接受。堪布喇嘛四名于原跪处敬谨跪递哈达，御前侍卫接受。达赖喇嘛跪请皇太后圣安，叩谢恩赏，跪听皇太后宣谕，御前大臣传旨，通事喇嘛递相转传。达赖喇嘛奏对，仍由通事喇嘛递相转答，御前大臣复奏，礼毕引出”。
十月初六日，达赖喇嘛在中南海紫光阁觐见光绪，并正式面陈藏事：现在有他国存心不良，妄想攫夺西藏土地，“为了西藏的政教和臣民，应帮助西藏进行抵抗外道国家的侵犯，保全西藏。显密二宗教律，为汉、蒙、藏三族人民所信奉，保教即安民护国，此为历代大皇帝所奉行不移之大政。请皇帝和皇太后仍旧贯彻前辈皇帝之仁政”。
此外，达赖喇嘛提出西藏事务由驻藏大臣转奏，每多误事，应允许其直接或与驻藏大臣会衔具奏，光绪当面未予答复。达赖喇嘛要求朝廷恢复历朝皇帝恩待西藏的政策，尊重以其为教主的政教制度，并给予较大的政治权力。
慈禧逝世之前，赐达赖喇嘛“诚顺赞化西天大善自在佛”封号，每年赏廪饩银1万两，给予优隆周到的接待和封赏，体现对他的重视和关怀。另外，懿旨谕：达赖喇嘛“务当恪遵主国之典章，奉扬中朝之信义，所有事务，依例报明驻藏大臣随时转奏，恭候定夺”。
坚持驻藏大臣主导藏政的既定政策。十一月初九日，宣统帝即位，达赖喇嘛进贺、祈祷，呈进贡品。十一月二十八日，达赖喇嘛离京，返回拉萨。
在西藏面临英军入侵之时，达赖喇嘛首先想到的是进京朝觐，承认中央政权的权威，维护国家的统一，希望获得清廷的支持，使清廷积极筹边保藏，共同抵抗外国的侵略，表明他认同自己的祖国。
事实上，达赖喇嘛在觐见、奏折等礼仪方面都尊称皇帝为天下之主，自为臣民。达赖喇嘛奏疏称“扶持佛法引导众生之达赖喇嘛合掌顿首谨奏天命至圣文殊师利大皇帝膝下”，或“文殊师利圣主敕封西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇恒达赖喇嘛望阙谨跪奏”。
正如西藏三大寺奏疏所称：“伏思卑唐古特自前明天启、崇祯之际，因其纲纪凌夷，断难托附，是以远道输诚，投归我曼殊师利菩萨太宗文皇帝，自是三百年来，渥荷列圣厚恩，御灾捍患，乃得乐业安居。……何敢不恭顺，何忍不恭顺。”
这是认同国家、拥护清朝的政治表态，也是达赖、班禅主动进京朝觐的根本原因。
清廷在达赖喇嘛离京之时，就已经命令川军入藏，准备削夺达赖喇嘛的政治权力，在藏区推行新政，强化对西藏的主权管理。在达赖喇嘛离京返藏的路途中，川滇边务大臣赵尔丰推行的改土归流已经在康藏地区造成恐慌，不断传入达赖喇嘛耳中。
达赖喇嘛是在光绪三十四年十一月离开北京的，实际上在宣统元年（1909）八月初三才抵哈拉乌苏，二十五日抵热振寺，据拉萨仅三日路程却迟迟不回藏。
显然，达赖喇嘛离京后一路观望清廷的态度，逡巡不前，犹疑不定，疑惧而恐慌。川军入藏的消息最终促使达赖喇嘛复致书于代理商上，起用前已革之噶布伦边觉夺吉等。川兵一千奉旨入藏，达赖喇嘛公然宣称拦阻汉兵，不使入藏。行事专拟反对汉人，商埠各事欲与英联系，夺我主权。
英人记述，达赖喇嘛到达距拉萨半个月路程的纳楚加，1909年12月7日遣人送电稿到江孜，托英国商务委员代发致英、俄等国公使：“声言汉藏两族虽属一家，而近来驻藏汉官赵尔丰、联豫辈种种措施，大不利于藏人。藏人或向清廷声诉，若辈则从中颠倒是非，不以真情上达清宫，又派大批军队入藏，以消灭西藏之宗教，以此声请各国政府向清廷抗议要求撤退川军。”
从中可以看出，达赖喇嘛仍然称“汉藏一家”，所反对的是汉官赵尔丰、联豫“虐待”藏人，并没有反对清朝中央政府。
同时，达赖喇嘛请求驻藏大臣联豫勿派兵进拉萨。遭到拒绝后，达赖喇嘛派藏兵前往昌都阻止川军。在这种情况下，驻藏帮办大臣温宗尧承诺入藏军队不超过千人，不加害喇嘛或毁坏寺院，不减达赖之宗教权力，但达赖方面应担保不抗拒川军入藏，遣散集合的藏军，向清廷谢恩，并照常尊重驻藏大臣地位。
“正月初二日午后，该已革达赖与帮办大臣温宗尧会晤，议立条约。”
但是，清廷已经下定决心，一定要削弱达赖喇嘛的政治权力。“现在治藏之策，自以统握政权，不使旁落为要义。”
宣统二年正月初三，川军将抵拉萨，达赖喇嘛正在布达拉宫，闻讯当晚逃离拉萨城，并进入英印属地大吉岭。驻藏大臣联豫派道员罗长裿到大吉岭与达赖会晤，达赖的条件是“不能驻川军，不能设巡警，不能封闭造枪、造币两厂，不能惩办犯官犯僧，不能平反第穆呼图克图冤狱”，意在尽揽政权。
此时的达赖喇嘛仍没有表示要脱离清朝，反对的是川军入藏，要求恢复其本人的政治权力。
清廷采取了维护中央权威的措施：“1895年达赖亲政以来，中间事事变化纠纷无宁日，系达赖一手造成。英军1904年远征，系达赖阴谋破坏约章结果，又不经许可擅自离职，清廷仍优礼有加，回藏后倒行逆施，居拉萨50日之内，拒绝与驻藏大臣会晤，并拒绝以友好态度商议一切，断绝驻藏大臣及其扈从日常供应，及一切运送事宜。中国对达赖解释入藏川军系用作警察以保护商埠，无改变内政或干涉宗教企图。而藏方阻挠川军入藏，烧毁军需给养。早经严饬入藏不得滋生事端，所传杀伤藏人及削减权力各节，殊难置信。驻藏帮办大臣，担保川军不过千名之事，中国政府无此命令，帮办大臣不敢擅自向藏担保。报章所传驻藏大臣及赵尔丰建议该西藏为行省之说，纯系捕风捉影之谈。中国绝无此意。中国有驻兵之权，保障条约履行。达赖个人问题，中国有权衡，无谓扰乱西藏宗教或改变体制。”
归结到一点，清廷是要加强对西藏的主权管理；而达赖喇嘛是想维持自己的政治权力，避难于大吉岭，并不是无保留的投靠，不接受英人的供给，仍与英国保持一定的距离，显然其对英军侵藏仍有警惕之心，也不愿意与清中央政府彻底决裂。