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大约在60万年前，就有人类居住在现今毛里塔尼亚地区。3.9万年前，毛里塔尼亚处于早期石器时代，当时属于阿舍利文化。
1.5万年前，毛里塔尼亚处于中期石器时代。公元前4000～公元前3000年，毛里塔尼亚已有大量人类活动，居民是黑人民族，被称为富拉尼人。当时毛里塔尼亚气候湿润，雨量充沛，富拉尼人主要从事农业，也从事渔业和狩猎。大约公元前1500年，毛里塔尼亚南部提希特的居民已经从事禾本科谷类植物的生产，使用碾磨器具和磨光石斧等劳动工具。现在已发现有这一时期的石雕、陶器和岩石壁画。当时的岩石壁画证明，毛里塔尼亚曾是古代骆驼商队从南摩洛哥通向尼日尔河的主要通道。商队从北方把食盐和手工业产品运往黑人之乡，在那里换回黄金等。公元前1000年，毛里塔尼亚人开始发现铜矿并进行开采，还用铜制造工具、武器和首饰。公元前2世纪，毛里塔尼亚沦为罗马帝国领地的一部分。
随着毛里塔尼亚北部气候逐渐干旱，农业生产条件恶化，大约从公元3世纪起，当地居民富拉尼人开始南迁至塞内加尔河流域附近，继续从事农业。北非的柏柏尔人牧民较能适应干旱气候，同时为了寻求新的牧场和逃避政治动乱，逐渐迁入毛里塔尼亚北部地区，并征服了那些未曾南迁的富拉尼人，使之成为自己的附属。公元7世纪和8世纪，阿拉伯人征服北非马格里布，大批柏柏尔人南迁到毛里塔尼亚。这些柏柏尔人带来了被称为“沙漠之舟”的单峰骆驼。毛里塔尼亚由此出现黑白民族共存的局面。在公元7世纪阿拉伯人第一次入侵毛里塔尼亚时，曾遭到柏柏尔人的顽强抵抗，但此后毛里塔尼亚开始伊斯兰化，柏柏尔人逐渐接受了伊斯兰教和阿拉伯语言文字，整个社会及人民生活也都逐步伊斯兰化。
公元8世纪，莱姆图族、迈斯苏法族和杰达拉族等新的、强大的柏柏尔人族群同时入侵毛里塔尼亚，并在毛里塔尼亚广泛传播伊斯兰教。公元9世纪莱姆图族和其他两个民族建立了松散的桑哈贾联盟并在其中发挥了主要作用，莱姆图族逐步在西北非占据了统治地位，并控制了撒哈拉西部的对外贸易。
即使在8世纪到9世纪末叶的极盛时期，桑哈贾联盟也不是一个强有力的中央集权国家，它由两个不同的集团组成：一个是游牧的柏柏尔人，他们性格强悍，独立性很强；另一个是居住在城市里的柏柏尔商人，他们经营着对外贸易，控制着商道，向北直达马格里布的商业城市西吉尔马萨（Sijilmasa），与地中海的商人进行贸易；向南直达加纳王国的首都昆比萨利赫（Koubi Saleh），与撒哈拉沙漠以南地区的商人进行贸易。
公元9世纪，桑哈贾联盟内的柏柏尔人爆发冲突，造成联盟内部的敌对、残杀，并最终导致联盟分裂。桑哈贾联盟由此分为两支：一支北上，到达今摩洛哥南部塔菲拉勒特地区，定都西吉尔马萨；另一支南下，占领了今毛里塔尼亚塔甘特省的奥达哥斯特。公元990年，加纳帝国乘桑哈贾联盟内部分裂、力量削弱之际，占据了奥达哥斯特，迫使莱姆图人称臣纳贡，并控制了毛里塔尼亚的东部和南部。
古代加纳王国于公元4世纪由柏柏尔人建立，但长期被索宁克族中的西塞部落统治，真实国名为瓦加杜，首都为昆比萨利赫，位于今毛里塔尼亚的塔甘特地区。加纳王国的主要经济活动是商业贸易。加纳王国统治时期，毛里塔尼亚是西非地区的一个贸易中心，出现了欣盖提、瓦拉塔、提希特和瓦丹等繁荣的商业城市。骆驼商队往返南北，从南经毛里塔尼亚向北非贩运乌木、象牙和黄金，从北经毛里塔尼亚向南贩运铜、羊毛、香料、玻璃制品和龙涎香。沿商道的所有重要城镇都发展起来了。11世纪的阿拉伯编年史作家巴克里（Bakli），描述了拥有五六千人口的奥达哥斯特城的景象，城内有一个大清真寺和几个小的清真寺，四周是大片的灌溉耕地。瓦拉塔是黄金和食盐贸易的重要转运点，也是朝圣者去麦加途中的主要集合地。昆比萨利赫在当时是国际大都市，由两部分组成：有阿拉伯风格建筑物的穆斯林区和有传统茅草和泥土建筑物的黑人区，后者还是非穆斯林的加纳国王的住地。瓦丹是一个重要的盐市，和欣盖提一起成为后来重要的伊斯兰教中心。虽然昆比萨利赫并没有存在到加纳王国衰落之时，但奥达哥斯特，特别是瓦拉塔等重要城市，一直存在到16世纪，直到贸易开始转移到欧洲人控制的沿海地区为止。伊斯兰教通过柏柏尔商人，得到最广泛的传播。由于商道的北方终点是在穆斯林聚集的马格里布，因此商业对伊斯兰教的传播起到了很重要的作用。被商人带进整个撒哈拉西部和南部的伊斯兰教，不仅成为普通民众的宗教，也成为统治阶级和学者的宗教。
11世纪之前，虽然伊斯兰教在撒哈拉沙漠西部开始传播，但并不稳固。到了11世纪，穆拉比特人对整个撒哈拉沙漠西部的征服，使毛里塔尼亚所有民族彻底伊斯兰化。
桑哈贾联盟的崩溃，给毛里塔尼亚的桑哈贾柏柏尔民族带来了一个连年战争的动荡时期。约在公元1035年，杰达拉族酋长亚希雅·伊本·易卜拉欣（Yahya Ibn Ibrahim）从麦加朝圣回来，带回一位狂热的马立克派神学家阿卜达拉赫·伊本·亚辛（Abdallah Ibn Yaxin），为他的臣民传授伊斯兰教教义。伊本·亚辛在努瓦克肖特以北的提德拉岛建立起一个社团。参加这个社团的人被称为穆拉比特。穆拉比特人发动圣战来讨伐桑哈贾联盟中不信教者和持异端邪说者。他们同时向南北两个方向展开圣战。往北，在摩洛哥建立了穆拉比特王朝，于公元1070年在马拉喀什（今摩洛哥的南部城市）建都。往南，穆拉比特武士于1054年重新夺回奥达哥斯特。
穆拉比特帝国两个分支的领袖阿布·巴克尔（Abu Bakr）和伊本·塔士芬（Ibn Tashfin）分别在公元1087年和1106年去世，之后穆拉比特帝国因为内部桑哈贾人的敌对和外部新穆斯林改革派的攻击而分裂。
在一个短时期内，穆拉比特帝国控制了从西班牙至塞内加尔的广大领土。这段摩洛哥和毛里塔尼亚短期统一在一个帝国内的历史成为日后摩洛哥对毛里塔尼亚提出大片领土要求的原因之一。而桑哈贾与穆拉比特人开创的伊斯兰化过程，在撒哈拉沙漠西部地区未来几个世纪的历史上产生了不可磨灭的影响。
虽然穆拉比特人在毛里塔尼亚历史上影响较深，然而加纳、马里和桑海
等黑人苏丹王国在毛里塔尼亚公元8～15世纪发展进程中的作用也不可忽视。第一个西非苏丹王国加纳，在9世纪和10世纪进入鼎盛时期，塔甘特和吉迪马卡地区的众多小王国都是其附庸。这个强大的中央集权国家，统治范围涵盖了全部桑哈贾柏柏尔人居住的地方，是穿越撒哈拉沙漠进行黄金、象牙和食盐贸易的主人。
曼迪人在传奇人物松迪亚塔（Sundiata）的领导下，建立了第二个苏丹王国——马里。到13世纪末，马里帝国已经扩展到毛里塔尼亚以前被加纳控制过的那部分土地，以及其他萨赫勒地区和塞内加尔河谷地。松迪亚塔和他的继承者取代加纳成为撒哈拉地区以及苏丹和萨赫勒广大地区的统治者。
马里帝国内部由于继承问题发生内讧，使以前的属国，即在加奧的桑海国，夺取了马里统治者的权力，并创建了一个新帝国。到15世纪末，桑海帝国扩大到今毛里塔尼亚的胡德、吉迪马卡和戈尔戈勒等塞内加尔河流域。到16世纪末，摩洛哥人的一支强大部队打败了桑海帝国，结束了中央集权的黑人王国对苏丹西部和毛里塔尼亚大部分地区长达七个世纪的统治。
在8世纪阿拉伯人征服马格里布西部的同时，毛里塔尼亚也经受了来自北方的阿拉伯人的入侵。这种入侵导致柏柏尔人对毛里塔尼亚的黑人居民进行挤压，到16世纪，绝大多数黑人被赶到塞内加尔河流域地区。
穆拉比特帝国衰落后，毛里塔尼亚开始了一个漫长的曾被柏柏尔人抵制过的阿拉伯化进程。那些一直蚕食非洲北部的也门阿拉伯人集团哈桑人，向南迁至毛里塔尼亚。他们居住在毛里塔尼亚北部，摧毁了贸易通道，迫使商道东移，并促使毛里塔尼亚商业城镇走向没落。柏柏尔人挣脱阿拉伯人束缚的最后一次努力，是毛里塔尼亚的30年战争（1644～1674年），它由莱姆图族的首领纳赛尔·丁领导。然而，这次解放战争以失败告终。哈桑人在柏柏尔人中传播伊斯兰教和阿拉伯文化，并把自己的民族语言哈桑语强加给柏柏尔人，使柏柏尔人逐渐阿拉伯化。17世纪末，哈桑人建立了卜拉克纳和特拉扎武士酋长国。18世纪初，又建立了阿德拉尔、塔甘特和胡德等武士酋长国。此后，阿拉伯哈桑人和柏柏尔人在语言、宗教、文化等方面逐渐融合，血缘相交，最终形成了一个阿拉伯—柏柏尔混合的民族——摩尔人。