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日本的妖怪研究多采用民俗学的研究方法，以民间事例的采撷为主要手段，以采撷到的资料为主要研究对象，柳田国男的研究是其代表。他开创出的“重出立证法”与“方言周圈论”的研究方法一直在日本民俗学中起着指导作用。柳田国男指出：“我们重视直接观察到的事实，而把它当作第一手资料。……历史发展至今的过程、历史发展的顺序都可以通过对这个横断面的全面观察得以了解。即使是同样的事象，剖开现代生活的一个切面来观察的话，可知各地是千差万别的。把这些事例集中起来加以观察，即使不能了解其起源或原始的状态，也至少可以很容易推测出其变化的过程。……我们的所谓重出立证法，类似于重叠照相的手法。”
柳田国男十分重视民间传说以及方言的采集与对比，通过这样的对比还原信仰的演变过程是柳田独特的特点。
柳田国男之后的妖怪研究也基本继承了柳田国男的研究方法，从民俗学、文化人类学的视角以田野调查为主要手段开展本国妖怪的研究。如小松和彦的《凭灵信仰论》就是在长期调查日本高知县物部村的“伊邪那岐流”祈祷师的基础上写成。当然，除了民俗学视角的研究外，文学视角的妖怪研究也不少，此外，还有一些图像学、史学视角的研究。
为了厘清中日自古至今“妖怪”的互动影响关系，文献资料的考察必不可少。因此，本研究主要采用史学、日本思想史学以及史料学的研究方法，同时借用文化人类学、神话学、宗教学等研究方法。在文献史料的整理与分析方面主要采用史学、日本思想史学以及史料学的研究方法。
井上亘指出，“古代史料主要分为一级史料和二级史料，一级史料是指在同时代形成的史料，按照其种类分为古文书学、古记录学、金石学、木简学等。二级史料指的是后世整理资料而编写的史料，对这类史料进行的研究就是所谓的文献史学”，文献史学主要包括书志学、文献学与注释学。
本研究主要使用古记录学与文献学的研究方法对古代史料加以整理分析。
在对中日“妖怪” “妖怪学”“天狗”的比较分析方面主要采用史学、日本思想史学的实证方法对其展开研究。
在中日比较方面主要借用文化人类学、神话学以及宗教的研究方法。文化人类学中跨文化比较研究方法是重要研究方法之一。“法国人类学家杜尔干强调要正确运用比较法，在研究社会现象的因果关系时，应比较它们同时或不同时出现的情况，考察它们在不同的环境组合中出现的变化，是否能证明一个现象取决于另一个现象，具体采用残余法和相异法。”
鲁刚在《文化神话学》一书中这样解释神话学的研究方法：神话学的研究方法主要包括历史的方法、综合的方法以及比较的方法。神话是一定历史条件下的产物，应该把神话视为一个历史发展过程，神话绝不都是出于一个历史层面上，往往含有不同层次的历史内涵。苏联著名的神话学家洛谢夫说：“不能把神话视为静止的图画，不管这幅图画多么美好。而应当把它视为永远成长着的思维活动。它反映着同样流动着的，同样不安静的，并且创造发展着的历史现实。” ……综合体的方法则是考察在具体的神话和神的身上所体现的时间和空间的综合性质。……把不同时间、不同空间的一些品质压缩在一则神话或一个神话人物身上，这则神话或者神话人物就是一个综合体。用这一方法才能对这样的神话和这样的神话人物剖析清楚，……泰勒在《原始文化》中多处表达了这样的思想。比如他说：“有双重的复杂性困扰着最清醒的研究者。这就是由于民族内部的发展和吸取外部的影响而导致神的变化。”
而“妖怪”正是具有这样的特征，它并非一成不变的，在漫长的历史长河中，它不断演变，不断有新的思想、认识注入其中，而日本的“妖怪”更是融合了日本本土文化思想与外来文化思想，是“把不同时间、不同空间的一些品质压缩”在一起的典型代表。因此，分析它的时候，我们需要有历史发展的眼光，运用综合的方法与比较的方法展开研究。
此外，对妖怪的分析除了可以以纵向展示妖怪的演变过程外，打破时间界限，以横向呈现妖怪的全貌，立足于空间意义比较中日的异同也不失为一个好方法。这种纵向描述与横向比较的方法是宗教学的重要研究方法之一。