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关于王船山的思想渊源、取向及其在宋明思想中的定位，一直是一个复杂的 、有争论的问题。
早在清末，谭嗣同有云：“黄（宗羲）出陆王，陆王将缵庄之仿佛；王（夫之）出周张，周张亦缀孟之坠遗。”
以王船山渊源于周敦颐、张载，可谓谭嗣同的卓见。梁启超对王船山的注意，也是受谭嗣同的影响。他以顾、黄、王为清初大师，认为清初大师“皆明学反动所产生也”，
认为“船山与亭林都是王学反动所产人物，但他们不但能破坏，而且能建设。拿今日的术语来讲，亭林建设方向是‘科学的’，船山建设方向是‘哲学的’”
。他从思潮的变化来看船山的思想特性，认为清初对明代学术的反思和对于王学的广泛批判是考察船山思想的重要背景。此说自然言之成理，不过，清初也有坚持王学（黄宗羲）和批判朱学（颜元）的学者，所以在总体上应当说，清初的反思与建设是多元性的。
嵇文甫可以说是20世纪最早的对船山思想研究有成绩的学者。他的《船山哲学》出版于1935年，1962年他把《船山哲学》与后来所写的论船山思想的论文合并，出版了《王船山学术论丛》。在《王船山学术论丛》的序言中他论及关于船山的评价：“对于他不应当作过苛的要求，也不应该作过高的估计。有人说船山是无神论，依我看，倒不如说他所主张的是泛神论，更为合适。有人说船山是民主主义者，依我看，他并没有离开儒家仁政思想的传统。有人说船山是代表市民的思想家，依我看，他所代表的还是地主，虽然是开明的地主。”
虽然这是他在60年代初的表达，但就思想方法和研究方法来说，与他在30年代的看法是有一贯性的。
在有关思想学术的渊源问题上，嵇文甫早就指出，船山的问题意识都来自理学，他说：“有几个人能把船山的理论体系说出个大概呢？这也无怪的，船山所讨论的问题是宋明以来道学家的问题。……船山对于这些问题固然有些新的见解，固然还可以给我们许多有价值的暗示，然而不是对于道学有相当的理解和兴味，有谁肯去看他的究竟呢？”
事实上，对船山思想理解上的许多不足，正是起因于许多研究者对理学思想史研究的不足。
他在讨论王船山的学术渊源一章中指出，船山奉横渠为圣学正宗，但是“我们也不能像有些人那样，把横渠学说讲得过于唯物主义化，好像他就不是个道学家。可是在道学范围内，横渠的确唱些别调，为正统道学所不满”
。他认为船山一切从气上讲，不离气而言理，是和横渠的唯气论一脉相通的。这显然是认为，船山与横渠一样，都属于道学家，只是非正统的道学家。不仅在宇宙—本体论上船山与正统道学有别，嵇文甫认为，在为学上船山也不同于正统的道学；船山把朱、王两家都撇开，而另走横渠“知礼成性，变化气质”的道路。
他还认为，在宋明理学的思想中，船山也受到东林学派的影响，“他极推尊泾阳，称东林卫道之功，他对高景逸和东林其他许多人物都有称赏。当早年时候，船山曾受知于高汇旃（景逸的儿子）……可知船山不仅在学风上砥砺节行，反对王学，和东林派气味很近，而且实在有渊源的关系。东林书院采用朱熹底白鹿洞书院的学规，明白表示出由王返朱的倾向，船山也是在这种由王返朱的空气中出现的。但是实际上东林派所走的学术道路并不类于朱子，而倒类乎王学右派。……船山的父亲曾从学于邹东廓的后人邹德溥，本来和王学右派有关系。船山虽强烈反对王学，但是他批评朱学的地方，我们总发现出他还是受王学的影响不少”
。邹东廓为王门首科，是尊王的，这与船山是根本不同的；船山对朱子的反思与王学对朱子的批评有相通之处，这也很自然，但不等于说船山正面接受了王学的思想。在这一点上，最多只能说，王学对朱子的批评在相当程度上解构了朱子的权威，使得在明代中后期的气氛下对于朱子的批评变得容易。所以，说船山受东林的由王返朱影响，以及从王学中（特别是江右邹东廓、王时槐等）也吸取了若干思想观念，是对的，但笼统说受王学影响不少，是不太妥当的。
嵇文甫最后认定，综合船山的体系，而判断他在中国近古思想史上的地位，可以说他是：宗师横渠，修正程朱，反对陆王。
这个十二字的判断是很精当的，当然，这是仅就宋明儒学的统系而言的。船山何以采取这样的立场呢？嵇文甫解释说：“船山宗旨在激烈底排除佛老，辟陆王为其近佛老，修正程朱亦因其有些地方还沾染佛老，只有横渠‘无丝毫沾染’，所以认为圣学正宗。”
这个说法甚有见地，非对船山有深入了解者不能道此言。
最后，嵇文甫说：
假如用辩证法的观点来看，程朱是“正”，陆王是“反”，清代诸大师是“合”。陆王“扬弃”程朱，清代诸大师又来个“否定之否定”，而“扬弃”陆王。船山在这个“合”的潮流中，极力反对陆王以扶持道学的正统，但正统派的道学到船山的手里，却另变一副新面貌，带上新时代的色彩了。
这里所说的“清代诸大师”是指顾、黄、王等，他们虽然是明朝的遗民，但他们的学术著述主要都是在清初写作的，如船山的著作主要是在康熙中写作完成。应当说，嵇文甫的“宗师横渠，修正程朱，反对陆王”十二字判断及其“扶持道学的正统”说是十分平实的。最多，我们在“宗师横渠”的后面再加上“渊源濂溪”，如果在宋明儒学之外再考虑到佛教和道教的因素，则可以说船山的学术立场即“批斥佛老，反对陆王，参伍程朱，宗师周张”。
船山的思想如果用三段式来表达，用他自己的说法，则应当说，他以周张为“正”，以程朱陆王为“正邪相胜”，而以他自己为“反归于正”。
不过，近几十年来，在有关船山思想的看法上，侯外庐的影响最大。早在20世纪40年代，侯外庐写了《船山学案》，主张王船山思想为唯物论，熊十力不同意，主张王船山是理学家。
照侯外庐的看法，此前冯友兰的《中国哲学史》，也是把船山轻描淡写地谓之像一位理学家。在侯外庐看来，王船山“开启了中国近代的思维活动”，
认为船山可与德国近代理性派、洛克、亚当·斯密等欧洲近代启蒙学者相比。所以侯外庐的主张是：王船山的哲学是唯物论，王船山思想的特质是启蒙主义。熊十力则认为船山之学尊生、明有、主动、率性，是“继续程朱以来之反佛教精神，而依据大易，重新建立中国人之宇宙观与人生观”
。熊十力与梁启超等人把王船山看做反道学的看法不同，认为王船山的精神是宋学精神，认为船山思想“宗主横渠，而和会于濂溪、伊川、朱子之间”（参看吴根友《熊十力“明清学术史观”斠评》，《船山学刊》2001年第4期）。熊十力的这个看法和嵇文甫可以相通。其实以王船山的哲学为唯物论，在当时有不少学者皆持此种看法，如张西堂、张岱年；而以船山为早期启蒙思想，则确实以侯外庐为代表。对于侯外庐，“早期启蒙思想”并不是仅仅用来分析王船山，而且更重要的是用于整个明末清初的历史与思想的把握，这一观点在国内外都有重要影响。
侯外庐的《船山学案》出版于1944年，1956年《中国早期启蒙思想史》中的王船山一章是其40年代论述的加工。然而，不同的学术观点是始终存在的。如前苏联学者布罗夫对侯外庐关于船山的看法相当重视，但也提出异议，他认为侯外庐的观点对船山而言有拔高之嫌：“侯外庐对王船山的本体论、认识论的分析有很重要的意义，但是远远没能详细研究他的全部论断和总的结论。特别是在书中把王船山说得比黑格尔和费尔巴哈还高，带着明显的把王船山现代化的特征。”
布罗夫也比较倾向于嵇文甫的看法，他在评价嵇文甫的《王船山学术论丛》时指出：“不能不同意他的是，不应该夸大王船山在中国社会思想史上的功绩，使古代思想家现代化，把他说成具有先见之明的人，似乎他早就知道现代解决许多哲学和社会问题的真理，这样也贬低了他在中国哲学思想库中的贡献。”
与上述嵇氏、侯氏50—60年代的讨论同时，陈荣捷也提出其对王船山的看法。陈荣捷的视角是专注在哲学史的，他并不反对以“唯物主义”一类的范畴来分析王船山哲学，而他在《中国哲学资料书》中强调，从哲学上说，王船山“所要求的不仅仅是世界的物质性，而且是物质存在的具体性”；在他看来，船山哲学中“气作为物质力是意味着构成事物的一般质料，但器作为具体事物则意味着特殊的和有形的客体或规则”。因此，“可以清楚地看出，王夫之在显然背离新儒学的同时，却又在一定的范围内继承了新儒学的传统。他虽然明确与王阳明相对立，但还是与朱熹相接近”。“王夫之的哲学具有多方面的重要意义，他是一个具有独立性格的思想家，通过批判宋代新儒学的理学和明代新儒学的心学，而走向一个新的方向。在这样做的时候，他预示了其后两个世纪内的中国思想，尽管他并没有直接影响这时期中国的思想。”
在朱熹和王阳明两者之间，王船山更接近朱熹，这是大多数学者所承认的，而指出王船山的哲学预示了后来两百年的哲学思想变化，这是陈荣捷的卓见，也是后来多数中国哲学史学者的认识。