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“慎独”之说，《大学》、《中庸》都有表达。《大学》传文释诚意章云：“所谓诚其意者，毋自欺也。……故君子必慎其独也。”《中庸》首章：“莫见乎隐，莫显乎微，故君子慎其独也。”我们在讨论船山的《大学》诠释的一章中之所以没有涉及关于“慎独”的问题，意即留待《中庸》中一并加以讨论。
按朱子《大学章句》释“君子必慎其独也”：
独者，人所不知而己所独知之地也。……盖有他人所不及知而己独知者，故必谨于此以审其几焉。……虽幽独之中，而其善恶之不可掩如此，可畏之甚也。
可见朱子把“慎独”的“独”解释为“己所独知”的知觉状态和境况，
而以“慎” 为谨慎地审察善恶之几。
《中庸》首章第二句有云：“戒慎乎其所不睹，恐惧乎其所不闻。莫见乎隐，莫显乎微，故君子慎其独也”。朱子《中庸章句》释其中慎独之义：
隐，暗处也；微，细事也。独者，人所不知而己所独知之地也。言幽暗之中，细微之事，迹虽未形，而几则已动。人虽不知，而己独知之。则是天下之事，无有着见明显而过于此者。
朱子在《中庸》中对慎独的解释和其《大学》中所解释的是一致的。朱子认为，“戒慎”讲“慎”，“慎独”也讲 “慎 ” ，但“不睹不闻”与“独”有别。简言之，“独者，人之所不睹不闻也”；“其所不睹不闻者，己之所不睹不闻也”。就是说，戒慎恐惧的“不睹不闻”是指自己无所闻无所见，也就是“未发”。而“独”是指自己的内心别人无所闻见，别人虽然不睹不闻，但自己的心有自我意识，自己知道自己在想什么，这种独知已属已发。也因此，朱子将“戒慎”与“慎独”的工夫加以分别，以“戒慎乎其所不睹，恐惧乎其所不闻”为未发时的工夫 ，以“莫见乎隐，莫显乎微，故君子慎其独也”为已发时的工夫。
船山在其读《大学》说中提出：
但当未有意时，其将来之善几恶几，不可预为拟制，而务于从容涵养，不可急迫迫地逼教出好意出来，及其意已发而可知之后，不可强为补饰，以涉于小人之揜著，故待己所及知，抑仅己所独知之时而加之慎。
从这里可以看出船山对慎独的看法。在他看来，“独”即是“己所及知抑仅己所独知之时”。这个说法吸收了朱子之说即人所不知不睹不闻、而己所独知。但“及知”的提出显示船山的提法也包含有自己的主张。船山之意以为，独属于意，属于意之已发；而且独所代表的意，只是自己刚刚知觉而别人完全不能知觉的意识状态。这个主张，其实就是以“独”指意念之初发将发之几。至于“慎”字，船山认为“慎字不可作防字解，乃缜密详谨之意”。
又说：“若夫慎之云者，临其所事，拣夫不善而执夫善之谓也。”
船山把独解释为意之几，这种对几的强调的讲法应当说是对朱子学慎独说的进一步展开。
船山认为独是已发，这与朱子相同。但船山明确提出独即意，这就与船山自己心性学重视诚意有关了。船山说：“慎独为诚意扣紧工夫，而非诚意之全恃乎此，及人所共知之后，遂无所用其力也。”
在他看来，从意来说，意之已发分为“己所独知”和“人所共知”两个阶段或部分，诚意是指两个部分全体都要慎之而严，慎独则专指“己所独知”的这前一个部分。故慎独属于诚意的一个部分，而不是全部。如果把慎独当成诚意工夫的全体，那么在人所共知的阶段就无工夫可言了。
船山说：
《中庸》云“莫见乎隐，莫显乎微”，谓君子自知也，此（《大学》）言“十目”“十手”，亦言诚意者之自知其意。如一物于此，十目视之而无所遁，十手指之而无所匿，其为理为欲，显见在中，纤毫不昧，正可以施慎之之功。
这也是说《中庸》的慎独之独是君子自知而他人不知的状态，这个状态属于意，而自知就是自知其意；船山强调这与《大学》讲诚意的自知其意的状态相同。由于独属于意之已发的状态，故船山又指出，这种状态下，自己内心之意念 ，为理为欲，自己都了然不昧，这种状态正好采用慎独的工夫。
船山说：“《礼记》凡三言慎独，独则意之先几，善恶之未审者也。”明确说明独属于意，是意的“先几”阶段，即意之初发初动初萌，此时意的善恶尚待分辨。船山强调，慎独是诚意工夫的一部分，慎的对象只能是意，而不能是心；
因为明德之心虚灵不昧，有善无恶，而“慎”的工夫是在善恶混杂之中“拣其不善以孤保其善”。
船山以此来说明何以《大学》专在诚意的部分提出慎独：“传独于诚意言慎者，以意缘事有，以意临事，则亦以心临意也。若夫心固不可言慎矣。是以意在省察，而心唯存养。省察故不可不慎，而存养则无待于慎，以心之未缘物而之于恶也。”
慎独是“拣其不善而执其善”，这属于省察，故慎独属于意之省察，也就是说，慎独是意的省察工夫。
船山精于易学，往往以易论《中庸》，如：
“戒慎不睹，恐惧不闻”，泰道也；所谓“不遐遗，朋亡，得尚于中行”，所以配天德也。“慎其独”，复道也；所谓“不远复，无祗悔”，“有不善未尝不知，知之未尝复行”，所以见天心也。
船山用泰卦九二爻辞解释《中庸》的戒慎恐惧，未明其意。按传统解释泰九二爻辞，是指用心宏大，包容不遗，但不知船山何以以此比喻戒慎恐惧。按《周易内传》论泰九二爻辞有云“乃不偏倚而尚于中道”，船山或以此喻未发之中的不偏不倚。
至于复卦，应当是用“有不善未尝不知”解释“独”，以比喻“独知”。无论如何，这个讲法可以看出船山也是把戒慎恐惧与慎独分开来看的。
朱子《中庸章句》解释戒慎恐惧为：“君子之心常存敬畏，虽不见不闻，亦不敢忽，所以存天理之本然，而不使离于须臾之顷也。”
船山的解说是：
乃君子则以方动之际，耳目乘权，而物欲交引；则毫厘未克，而人欲滋长，以卒胜夫天理。乃或虽明知之，犹复为之。故于此尤致其慎焉，然后不欺其素，而存养者乃以向于动而弗失也。“有不善未尝不知”，“莫见乎隐，莫显乎微”之谓也。“知之未尝复为”，慎独之谓也。使非存养之已豫，安能早觉于隐微哉？
方动之际就是意之先几，意之动则有善有恶，所谓恶即人欲之萌。此时若不能辨别理欲，则人欲将会滋长而最终胜过天理；或者虽独知意动于不善，却仍行之，则成乎不善之行。所以人须在意念方动之际，用“慎”的工夫，使意念不自欺于素正之心。
不过，船山所谓“然后不欺其素，而存养者乃以向于动而弗失也”，此种说法似乎将慎独属“存养”，而不像前面属之“省察”，有不协调处。其实船山是指，存养是未发工夫，是慎独以前工夫；正是由于善作工夫者在意念发动之前有存养的工夫，所以才能在意念方动之际行之以慎独的工夫，使在意念发动的状态得以弗失。如果不是素有未发工夫的存养，就不可能在意念初动时察觉善恶之几。船山认为《易传》“有不善未尝不知”，就是莫见莫显的独知，这是慎独的前提；“知之未尝复为”，就是慎独，亦即慎独的过程及结果。
由此，船山认为《中庸》首章的主旨是：“盖所谓中庸者，天下事物之理而措诸日用者也。若然，则君子亦将于事物求中，而日用自可施行。”
“中”代表天下之理，“庸”是将理措之于日常实践，而“中庸”就是要人在日常事物里面求理。“故中庸一篇，无不缘本乎德而以成乎道，则以中之为德，本天德；而庸之为道，成王道。天德、王道一以贯之，是以天命之性不离乎一动一静之间，而喜怒哀乐之本乎性、见乎情者，可以通天地万物之理。如其不然，则君子之存养为无用，而省察为无体，判然二致，将何以合一而成位育之功哉？”
存养为静中涵养性体工夫，但若无省察，则为无用；省察是动时审察工夫 ，若无存养为基础，则为无体。
船山又说：
“莫见乎隐，莫显乎微”，自知自觉于“清明在躬、志气如神”者之胸中。即此见天理流行，方动不昧，而性中不昧之真体，率之而道在焉，特不能为失性者言尔。则喜怒哀乐之节，粲然具于君子之动几，亦犹夫未发之中，贯彻纯全于至静之地。而特以静则善恶无几，而普遍不差，不以人之邪正为道之有无，天命之所以不息也；动则人事乘权，而昏迷易起，故必待存养之有功，而后知显见之具足，率性之道所以繇不行而不明也。一章首尾，大义微言，相为互发者如此。章句之立义精矣。
“清明在躬、志气如神，嗜欲将至，有开必先”出于《礼记》的《孔子闲居》，可理解为欲念未动未起时清醒的意识状态。自知自觉此清醒状态，就是《中庸》所说的莫见莫显的独知，故自知自觉即是独知，独知即自知自觉自审其意念之动的善恶。这个方动而不昧的意识状态，就是天理流行的表现，亦由此可见性之本体。因此这个“独”（动几）可以说是喜怒哀乐发而中节的根源。“未发之中”是发而中节的更深的根源，虽然未发时为静，此时意念未动，善恶无几，但“未发之中”在至静之中恒在不息。此时不能用慎独的工夫，必须用存养；只有经过长久的存养工夫，才能保证人在意念初动时有充足完全的独知去审辨之，而中和的大用才能成立。
所以，船山认为“慎独”是以“存养”为其基础的，“《大学》言慎独，为正心之君子言也。《中庸》言慎独，为存养之君子言也。唯欲正其心，而后人所不及知之地，己固有以知善而知恶。唯戒慎恐惧于不睹不闻，而后隐者知其见，微者知其显。……以明夫未尝有存养之功者，人所不及知之地已固昏然，而莫辨其善恶之所终，则虽欲慎而有所不能也”。
即有长久的存养为基础，隐微的独知才能辨知善恶如白日之明显；如果没有日常存养的工夫，所谓独知已昏昏然不能辨善恶，这种状态下“慎”的工夫也就无所用了。船山还主张，慎独在《大学》系统中是指“正心”，慎独在《中庸》系统中是指存养。船山以存养、慎独二分，认为存养是慎独的基础，并认为这个思想就是《中庸》首章的大义，这些都与朱子学的解释一致。船山在其读《中庸》说中，还屡次使用“圣贤心学”“心学”的概念，这些地方都可见他所受道学心性—工夫论的影响。