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《四书训义》是船山晚年所做，其中的《大学》训义部分，与《读书说》札记式的对以往注疏的批判阅读不同，正面且系统地阐述了船山对于《大学》“心性— 工夫”义理的看法。
《四书训义》是在《大学》的每章本文中都附入朱子注，而在每章之末以“训义”为题，综合阐述对此章的理解和解说。在《大学》经一章本文及朱注之后，船山表述了他对“修身”到“致知”的看法：
古之欲修其身者，则以为及其发而制之，有不胜制者矣。吾立身之始，有为身之主者，心也。当物之未感，身之未应，而执持吾志，使一守其正而不随感以迷，则所以修身之理，立之有素矣。乃心素定者也，而心与物感之始，念忽以兴，则意是也。静而不失其正，动而或生其妄，则妄之已成，而心亦随之以邪矣。古之欲正其心者，必先于动意有为之几，皆诚于善，而无一念之不善夺其本心焉。乃意者忽发者也，而意所未发之始，几可素审，则知是矣。发而乍欲其善，豫未有以知其不善，则着之不明，而意亦惑于所从出矣。古之欲诚其意者，必先于善恶可知之理力致其辨，而无一理之不明引意以妄焉。
这是说，修身如果只从行为上去制约，是不行的，要从身的主宰“心”下手，也就是要先正心。所谓正心，就是在外物还没有作用于身体，身体也还没有对外物做反应的时候，“执持吾志”，使志心一守其正而成为身的主宰，以便志心定之有素，即使在外物感动时，也不会迷乱。当心与外物相感应的时候，意念兴起，如果意念妄生妄动，使妄的意念充满心中，那么本来素正的志心也会被意念带动而失其正（这就是《读书说》所说的“意欺心”）。所以要达到正心的效果，先要在意念上面做工夫，这就是诚意。所谓诚意，尤其要在意念初发之几，审察其是非，力图使一念之几都诚于善，这就避免了不善之意欺夺本心的可能。要在一念发动之几审察明辨善恶，则依赖于“知”；如果知觉明辨的能力不强，一念初发为不善，却不能明辨知察，则意念发动之妄就不能避免。所以要做到诚意，先需要最大程度地发挥人的知善知恶的辨别力，在反复辨别是非善恶的实践中使此知觉明辨的能力保持锐利明亮。可见，船山的这些思想与《读四书大全说》是基本一致的。船山还指出，致知不是道家的“虚生白”（《庄子》“虚室生白”），也不是自信自任自己的聪明，而是必须接天下之物求其当然之则，察其固然之理，这就是格物。
以下再选船山在《四书训义》中对诚意、正心的解说来看其与《读四书大全说》的比较。其诚意章“训义”说：
学者有先致其知之功，则是非之辨既已素审，而有欲正其心之念，则秉正无邪之志又已豫定，可以一于善而无恶矣。……夫人虽已于善之所以为善、恶之所以为恶、善之疑于恶、恶之疑于善，知之明矣；而素所居之心，又固欲其以善为正也；乃忽发一意焉，或触于物而动，或无所感而兴。其念善也，而为之也难；其念不善也，而为之也利。于是此一意者，任其择于难易利害之间，而为善不利，为不善遂决。则将前此所知之理、素所正之心，欺而夺之使不得行；而远于善，就于不善；是自欺其心知也。故诚其意者，使意皆出于不妄，而心为实心，知为实知，意亦为诚实之意，而后为善去恶之几决矣。
这也说明，致知是致其是非之辨之知，正心是豫正其志心（豫是预备，即未接物时）。船山强调，有了致知和正心的工夫但仍不能保证意的诚。因为，善恶之知虽然已明，平常未接物的心虽然已正，但意念往往突发；意念可能因外物所感引起，也可能没有外感心中自己生起。无论如何，意念活动的倾向往往是趋易避难，而且常常会觉得为善很难，而觉得为不善既容易又有利。意念因趋利避难而决定为不善，此时知是知非之知、平素豫定的志心，就都会在一定程度上被意念所欺夺，从而不能正常行使和发挥他们的作用。而所谓诚意的工夫，就是要在这个环节上做慎独的工夫。可见船山的《四书训义》基本上是用其《读四书大全说》的思想来训释《大学》义理。
船山在传文正心修身章的“训义”中说：
夫心之不正，惟无理以为之宰制也。乃情之未生，则正不正不可得而知；迨乎情之既起，则无主之心必因情而流矣。……若心无定理守其正以待事物之至以为准，于是而有所忿懥，则偏于忮刻而不得其正矣；……此惟无至正之则以守此心而不妄动，则还为心累，始于偏而终成乎邪。
在《四书训义》中更强调正心是用理则或定理守住心，使理成为心的主宰，使心不妄动。这个说法比起《读四书大全说》对正心工夫的说法更进了一步。
从历史的角度来看，船山对朱子的态度前后有所变化。《读四书大全说》中对于朱子学的《四书》诠释，在大关节上予以肯定的同时，往往有苛评之处，虽然主要针对朱门后学者。但在船山后期，对朱子的态度渐就平实， 在《礼记章句》和《四书训义》中对朱子的推崇明显加重。
船山的《礼记章句》中对各篇都做了章句疏解，唯独其中的《中庸》和《大学》两篇，完全录用朱子的《中庸章句》和《大学章句》。而且，在《中庸》和《大学》各篇之前船山都有一大段文字阐明其意，如他在《大学》篇首说：
是篇按圣经之文以审为学之次第，令学者晓然于穷理尽性、守约施博之道，可谓至矣。愚谓十传之文，鳞次栉比，意得而理顺，即令古之为传者参差互发，不必一皆如此，而其命意，则实有然者。得朱子为之疏通而连贯之，作者之意实有待以益明，是前此未然而昉于朱子，固无不可之有。况《礼记》之流传舛误，郑氏亦屡有厘正而不仅此乎！是篇之序，万世为学不易之道也。
这是说，《大学》以格物为本的为学次序是不可改变的，朱子所分析的《大学》十传文理通顺，意旨明白。即使古人作《大学》传时，十传的次序或许与朱子定本有差异，但朱子所把握的《大学》意旨和工夫次序是正确的，而且只有经过朱子发明的《大学》，作者的意旨才得以彰显发明。在《大学》的问题上，船山的立场是捍卫朱子而反对阳明。
船山在《大学》本文“此谓知之至也”朱注下“衍”其说曰：
故以格物为始教而为至善之全体，非朱子之言也，经之意也。……补传之旨，与夫子博文约礼之教，千古合符，精者可以尽天德之深微，而浅者亦不亟叛于道，圣人复起，不易朱子之言矣。
这是说，以格物《大学》入手的工夫，不仅是朱子的主张，本来也是《大学》经文的主张；朱子的“补传”完全符合孔子的教导。
总之，船山《读大学说》，已呈现出其独特的心性—工夫论，其中以正心说和诚意说为其核心。船山有关《大学》的讲法，可以说是“接着”程朱讲的，但不是“照着”程朱讲的。他不是传统意义上的程朱学派，但受到程朱学派的较大影响。我们说船山是“接着”程朱讲的，但这种“接着”程朱讲，并不是指船山承诺自己为程朱学派的一员，而是说船山是顺承程朱《大学》解说的脉络，延续程朱《大学》诠释的问题性，吸取程朱许多的诠释学资源，同时又对朱子本人及朱门后学的论点提出广泛的批评，而提出自己的诠释主张。船山的《大学》解释是明清之际儒学的一部分，其心性—工夫论虽未及开展到清代儒学以接受理论和实践的辩证，但在儒学思想史上确有其意义。
就对于《大学》的诠释而言，把船山在细部上与朱子的不同都综合起来，是否可以看出船山哲学思想的特异之处呢？还不能明确肯定这一点。就学术思想而言，格物致知的解释是宋代和明代理学的中心问题，船山用朱子《集注》、《或问》为基础，不用《大学》古本，表明他在基本思想上是反阳明学的。在朱子学《大学》诠释中最重要的格物问题上，船山似无异议，他基本上肯定朱子对格物的解释，这就使得他在《大学》的立场与朱子是不对立的，而是接近的。他与朱子在解释方面的主要差异，在于他基于心意之辨的正心诚意说，在船山的诠释体系中，格物似非其最重视之处，他最重视的是以伊川的持志说解释、发挥其对正心诚意的诠释。这种在《大学》诠释方面的与朱子的差异，虽然还不能看出二者在哲学基本立场上的分别，但表现出船山的心性—工夫论是有其独特之处的。