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船山对于“诚意”的解释也很特殊，他在《大学》传六章的评论中说：
要此诚意之功，则是将所知之理，遇著意发时撞将去，教他吃个满怀；及将吾固正之心，吃紧通透到吾所将应底事物上，符合穿彻，教吾意便从者（这）上面发将出来，似竹笋般始终是者（这）个则样。
朱子注诚意，在正经部分，强调“意者心之所发也，实其心之所发，欲其必自慊而无自欺也”；在传文部分，主张“使其恶恶如恶恶臭，好善则如好好色，皆务决去而求必得之，以自快足于己”。其《或问》，则认为人性无有不善，本心莫不好善恶恶；但为气禀物欲拘蔽，对于事物之理不能真知其好恶，故不能完全好善而恶恶，以致意之所发有不诚者；诚意的工夫是在格物致知的基础上，加以慎独。船山理解的诚意工夫则是，在未接物的情形下，在意念主动发作时，用“已知之理”去覆盖意，这里的所知之理应当就是志心的范畴；在与物接触时，用“固正之心”，也就是上节所讲的（经过）正心的心去感应事物，这样就可以使因事而发出来的意都是在正心的主宰下所流出，这就是诚意。这“已知之理”、“固正之心”，又称为“取正之则、笃实之理”，与前节所说“当其发为意而恒为之主，则以其正者为诚之则”，“当其意之未发，而恒存恒持好善恶恶之理”，是一致的。
船山接着指出：
但当未有意时，其将来之善几恶几，不可预为拟制，而务于从容涵养，不可急迫迫地逼教好意出来。及其意已发而可知之后，不可强为补饰，以涉于小人之揜著。故待己所及知，抑仅己所独知之时而加之慎。实则以诚灌注乎意，彻表彻里，彻始彻终，强固精明，非但于独知而防之也。
若意尚未发，诚意的工夫不可“急”，应当“从容涵养”；意已发时，诚意工夫不可“强”，应当“以诚灌意”。此时所谓“以诚灌注乎意”，即前面所说的“将所知之理，遇着意发时撞将去，教他吃个满怀”，实际上是以志心灌注乎意。船山在这里强调的是，以诚灌意是彻始彻终的工夫，不仅限于慎独。另外，他反对在意念既好既恶之后用力去求诚，以为助长无益。
船山也用明代理学流行的本体—工夫的区分讲诚意：
恶恶臭、好好色，是诚之本体。诚其意而毋自欺，以至其用意如恶恶臭、好好色，乃是工夫至到，本体透露。将此以验吾之意果诚与否则可，若立意要如此，而径以如恶恶臭、如好好色，则直是无下手处。
《大学》传文中释诚意云：“所谓诚其意者，毋自欺也。如恶恶臭，如好好色，此之谓自谦。故君子必慎其独也。”船山认为，“恶恶臭、好好色”是明德之心的本来之体，但人为气禀物欲所蔽，心之本体往往无法呈现；“如恶恶臭、好好色”是经过诚意工夫所达到的心体呈露的境界，而不是诚意工夫本身，所以他也说：“传云‘此之谓自谦’，明是指点出诚好诚恶时本体，非用功语。”
由《大学》的“自欺”“自谦”，船山进一步讨论到“自”的问题，他认为“自”即是正心的心：
意无恒体。无恒体者，不可执之为自，不受欺，而亦无可谦也。乃既破自非意，则必有所谓自者。……则愚请破从来之所未破，而直就经以释之曰：所谓自者，心也，欲修其身者所正之心也。盖心之正者，志之持也，是以知其恒存乎中，善而非恶也。心之所存，善而非恶。意之已动，或有恶焉，以陵夺其素正之心，则自欺矣（小注：意欺心）。唯诚其意者，充此心之善，以灌注乎所动之意而皆实，则吾所存之心周流满惬而无有馁也，此之谓自谦也（小注：意谦心）。
意念善恶不定，起落不常，时有时无，故说意无恒体，即不是恒久的定体。推船山之意，“自”是恒体，故“自”非是“意”，故《大学》所谓自欺并不是指意而言。船山认为，受欺的主体是“自”，自就是心，也就是前面所说的正心的心。意未发时，志心恒存其中，可见此志心有恒体。意未发时所存的心，善而无恶；意已发后，就可能有恶念出现，且侵害本来正的心，这就是自欺。可见自欺的实质是“意以欺心”，即恶意欺犯正心。诚意的工夫就是以诚灌意，从意念将发时开始，即以素正之心灌注意念，使意念一皆笃实，于是吾心慊惬快足，这就是自谦。可见自谦的机制包含着“意以慊心”，即诚意慊足吾心。可见，船山是把自欺和自谦，归结为、诠释为“意”与“心”的不同关系，自欺就是意欺心，自谦就是意谦心。
不过，产生这种意欺心、意谦心的说法，虽然是在解释“诚意”的脉络中产生的，并力图说明意的重要性，但这种说法中，心容易变成被动的方面，与前节所说的正心的主导意义，不能融合。另外，船山的诚意说，与宋明理学的其他学者所主张的工夫相比，在实践上不是很容易掌握。
关于心与意的不同，船山接着说：
且以本传求之，则好好色、恶恶臭者，亦心而已。意或无感而生，心则未有所感而不现。好色恶臭之不当前，人则无所好而无所恶。意则起念于此，而取境于彼。心则固有焉而不待起，受境而非取境。今此恶恶臭、好好色者，未尝起念以求好之恶之，而亦不往取焉，特境至斯受，因以如其好恶之素。且好则固好，恶则固恶，虽境有间断，因伏不发，而其体自恒，是其属心而不属意明矣。
这是说，意可无感而生，而心无感则不现，必有感而始现。是以，没有色臭现于前，人就没有好恶之心起于内。与之不同，意念的生起，并不一定是对现前的境的感应；意可取境，即意可借依过去的或想象的境，而生起。而人所存之心本来即在，并非依境而起，因此本来就存在的心可以受境但非取境，即可以接受物境的外感，而不会像意那样取境。《大学》所说的“恶恶臭、好好色”，既不是起念，也不是取境，只是好色恶臭这些外境出现在人面前时，心受到它们的感，便使心之本有的好恶发作出来。而这种对恶臭的“恶”和对好色的“好”，并不因外境的有无而改变，也不因此好恶之心是否发作出来，这种内在的好恶是心所固有的，所以是恒体。心有恒体，意无恒体，既然此好恶是恒体，当然属于心而不属于意了。
此外，有关心意内外的问题，虽然与诚意不一定有直接的关系，也可一提。针对朱子学者的心内体外说，船山在传六章解说评论的最后提出：
盖中外原无定名，固不可执一而论。自一事之发而言，则心未发，意将发，心静为内，意动为外。又以意之肖其心者而言，则因心发意，心先意后，先者为体于中，后者发用于外，固也。
然意不尽缘心而起，则意固自为体，而以感通为因。故心自有心之用，意自有意之体。人所不及知而己所独知者，意也。心则己所不睹不闻而恒存矣。乃己之睹闻，虽所不及而心亦在。乃既有其心，则天下皆得而见之，是与夫意之为人所不及知者较显也。故以此言之，则意隐而心著，故可云外。
船山认为，只讲心内体外，意的定位（属于内还是属于外）就不清楚了。就心与意两者而言，在一般意义上，固然可以说心内意外，但具体分析起来，就不必然了。意可无感而生，亦可感物而起：就无感而生说，意的生起与心无关，故说不尽缘心而起，在这个意义上说，意并不是以心为体，意是自为其体。如果意自为体，而非以心为体，那么就不能说心是内而意是“外”了。就感物而起说，意的生起是以感通为条件，故说以感通为因。“慎独”的“独”朱子解释是“独者，人所不知而己所独知之地也”，又云“其实与不实盖有他人所不及知，而己独知之者”。船山认为，这个独知，就是意。独知是已发之意，只是他人不及知。意的本质是已发，而心不论意之发与未发，都恒然存在，可见心与意不同。但好恶之心比起独知之意，较为显著，在这个意义上，可以说意隐而心显，心比意更加形于外。船山的这些对于心与意的现象学分析，应当说是比较深入的。