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WTO法律体系的框架，是在1947年签署的《关税与贸易总协定》基础上，经过历次多边贸易谈判，修改、增加、补充了一系列协议、议定书，特别是乌拉圭回合所达成的“一揽子协议”而最终形成的。WTO法律体系框架中根本性的法律文件是《WTO协定》。根据《WTO协定》，WTO法律架构由以下几部分组成：
1．世界贸易组织的基本法
《WTO协定》是世界贸易组织最基本的法律文件，为其基本法，列于乌拉圭回合最后文本各项协定之首。它规定了WTO的宗旨和原则、活动范围、职能、组织结构、成员资格、法律地位、决策机制等。
2．世界贸易组织关于货物贸易的法律制度
货物贸易是GATT长期以来所调整的传统部门，也是WTO法律体系的基础。WTO多边货物贸易法律制度主要包括：
（1）《1994年关税与贸易总协定》（GATT1994）。必须指出的是，《1947年关税与贸易总协定》（GATT1947）与GATT1994在法律上既有联系又有区别。GATT1994除包含GATT1947本身外，还包括《WTO协定》生效前，依GATT1947生效的下列文件：有关关税减让的议定书或确认书；加入议定书；按GATT1947第25条准予豁免义务的决定，凡在《WTO协定》生效之日仍有效者；GATT1947缔约方全体作出的其他决定。除此之外，GATT1994还包括乌拉圭回合达成的对GATT第2条第1款（b）项、第17条、第24条、第28条的解释，对国际收支平衡、义务豁免等6个条款修订的“谅解”，以及GATT1994马拉喀什议定书。
（2）其他有关货物贸易的多边协定（Multilateral Agreements on Trade in Goods）。这些具体协定包括：《农业协定》、《卫生与动植物检疫措施协定》、《纺织品和服装协定》、《贸易技术壁垒协定》、《与贸易有关的投资措施协定》、《关于实施GATT1994第6条的协定》、《关于实施GATT1994第7条的协定》、《装运前检验协定》、《原产地规则协定》、《进口许可证程序协定》、《补贴与反补贴措施协定》、《保障措施协定》等。
3．世界贸易组织关于服务贸易的法律制度
WTO关于服务贸易领域的原则和规则主要体现在《服务贸易总协定》（General Agreement on Trade in Services，GATS）中。除此之外，乌拉圭回合最后文本中部长级会议决议和宣言中亦有相当多的文件与服务贸易有关，如《关于服务贸易与环境的决定》、《关于自然人流动谈判的决定》、《关于金融服务的决定》、《关于海运服务谈判的决定》、《关于基础电信谈判的决定》、《关于专业服务的决定》等。除此之外，《关于服务贸易总协定中机构安排的决定》和《关于服务贸易总协定中某些争端处理程序的决定》也是WTO服务贸易法律制度的重要组成部分。
4．世界贸易组织关于与贸易有关的知识产权法律制度
WTO规定了对版权、商标、地理标志、工业设计、专利、集成电路布图设计、未披露的信息等知识产权保护的国际最低标准，制定了保护的基本原则，明确了知识产权的效力、范围、取得和保护及相关程序以及争端的防止和解决。有关法律文件集中体现在《与贸易有关的知识产权协定》中。
5．世界贸易组织关于争端解决机制的法律制度
乌拉圭回合最后文本中所列的《争端解决规则和程序的谅解协定》，是作为《WTO协定》的附件二。该谅解协定中所规定的规则和程序，就是世界贸易组织争端解决机制所应遵循的规则，又称为WTO争端解决机制中的“普通程序”。
6．世界贸易组织关于贸易政策审议机制的法律制度
WTO贸易政策审查机制是在乌拉圭回合谈判过程中产生并最终形成协定的，它规定了贸易政策评审的目标、机构、审议范围、程序等方面的法律制度。
7．世界贸易组织有关复边贸易协定的规定
复边贸易协定，英文为“Plurilateral Trade Agreement”。对此，目前国内译法不同，有的译为“若干单项贸易协议”，有的译为“多方贸易协定”，亦有译为“复方贸易协定”和“诸边贸易协定”的。
笔者较为赞同赵维田所著《最惠国与多边贸易体制》中的译法，即“复边贸易协定”。正如他所指出的：在《WTO协定》中使用此词有其固定含义。因为复边（plurilateral）贸易协定的接受者的数目，多于双边（bilateral）而少于多边（multilateral）。
换言之，只有WTO部分成员方接受。在WTO中，“多边”是“WTO全体成员方”的同义语。列入《WTO协定》附件四的四个协定，如同东京回合制定的“守则”，而所有这类守则的签约方大都是GATT缔约方。签约方一般为二十多至四十多个不等，显然达不到WTO“多边”的要求。
当时，WTO的复边贸易协定有四个，即《民用航空器贸易协定》、《政府采购协定》、《国际乳制品协定》、《国际牛肉协定》。从法律上讲，复边贸易协定不属于乌拉圭回合“一揽子接受”的范围，其生效与接受从其自身的规定。也就是说，凡是GATT的缔约方，即使不接受复边贸易协定，也可以成为WTO的成员方。同样，不是GATT的缔约方，在申请加入WTO时，也无须以接受复边贸易协定为条件。对于前六类多边贸易协定，则是一揽子协定，即WTO成员方必须全部接受，不允许选择接受，并对所有WTO成员方有约束力。
乌拉圭回合通过的有关WTO的法律文件繁多复杂，其最后文本就包括21项内容，由45个文件组成，厚达550多页，尚不包括WTO成立之前的GATT1947及其四十多年来的各种法律文件。可以认为，WTO的法律文件几乎涉及国际贸易法的所有领域，甚至在某些领域已经超出了传统的国际贸易法的范围。例如，乌拉圭回合有关服务贸易、知识产权和投资等新领域的谈判虽限定在与贸易有关的部分，但实际上最后通过的协定已经超出了这个范围。
世界贸易组织的法律体系尽管涉及不同部门和领域，但是在这个整体中，各部门、各领域的法律之间既相互区别，又彼此联系与协调，具有内在的统一性。国内有的学者认为，WTO法律体系的内在统一性可以表现为：第一，各部门法基本原则的一致性。虽然各部门法调整的领域不同，但是均遵守一定的基本原则，如最惠国待遇原则、国民待遇原则、透明度原则等。第二，管理机制的协调性。与GATT相比，WTO不仅在组织机构上更为完备，而且在管理体制上更注重协调，形成了一整套协调网络。各领域的每一项协定几乎都设立了专门理事会或委员会，这些机构一方面是有关协定的管理机构，另一方面又隶属于WTO的主要机关，受后者的领导和监督。第三，争端解决机制的统一性。WTO的争端解决机制在程序上更趋完善，争端解决方法中增添了新的司法性特征。更重要的是，它具有与GATT无与伦比的统一性。不论是《WTO协定》本身的争端，还是其附件中多边贸易协定范围内的争端，均纳入WTO争端解决机制。
但是，WTO的法律体系内部也会有不协调乃至冲突。根据规定，当《WTO协定》的某一规定与任何多边贸易协定的某一规定发生冲突时，《WTO协定》的规定应在冲突的范围内优先；当GATT1994的某一规定与各项货物贸易多边协定的某一规定发生冲突时，货物贸易多边协定的某一规定应在冲突的范围内优先；当WTO普通争端解决机制与《关于争端解决规则和程序的谅解协定》附录二中所规定的适用协定中所含有的特殊或附加规则与程序存在差异时，特殊或附加规则优先。
世界贸易组织作为一个专门性国际组织，有其特定的工作范围和职能。对WTO职能的规定散见于乌拉圭回合的各项协定和决议中，其中最主要的条款是《WTO协定》第3条。根据该条，WTO作为一个正式国际组织，为处理和协调成员方间的多边贸易关系提供了一个重要的、完整的机制。WTO的职能也是GATT机构职能的完善和发展，其主要职能是：
《WTO协定》第3条第1款规定：WTO应为本协定和多边贸易协定的执行、管理、运作和进一步目标的实现提供方便，并对多边贸易协定的执行、管理和运作提供框架。乌拉圭回合通过的《WTO协定》和各项多边贸易协定是由一百二十多个国家和地区经过多年艰苦谈判而达成的，它们构成了国际贸易制度和秩序的基本法律框架与WTO法律体系的主要内容，是各成员方在进行国际贸易活动中必须遵循的国际贸易法律文件。
从法律性质上讲，《WTO协定》及其多边贸易协定是国际经济法的一个组成部分，它调整的是各成员方政府的贸易政策，而不是商人的具体贸易行为。这不仅涉及各成员方贸易政策中有关进出口产品的海关关税、卫生检疫措施、贸易技术壁垒、原产地规则、进口许可证程序等各方面的关系，而且包括服务贸易、投资、知识产权保护等重要领域。WTO对上述关系的调整，是通过执行乌拉圭回合谈判所达成的一系列法律文件实现的。因此，促进这些法律文件切实执行、统一管理和有条不紊地运作，以及不断推动其各项既定目标的逐步实现，就成为WTO最主要的职能。
《WTO协定》第3条第2款规定：WTO应为本协定及其附件有关各成员方的多边贸易关系的谈判提供场所，还应为成员方有关多边经贸关系的进一步谈判提供场所，并在部长级会议决定下，为谈判结果的执行提供便利。
多边贸易关系谈判是由多个国家同时对彼此相关的各种贸易问题所举行的洽商。与双边贸易谈判不同，由于多边贸易谈判同时有许多国家参与，各国意见众多，通常要拖延较长的时间。但是，一旦达成协议，其成就较双边谈判更为广泛，更能促进全球贸易的自由化。迄今为止，成员方间的多边贸易关系谈判主要有两种模式：一种是为现行协定的具体实施而举行的谈判，另一种是旨在制定新的协定而举行的进一步谈判。WTO成立后的新一轮贸易谈判称为“多哈发展议程谈判”，是2001年11月WTO第四届部长级会议通过的多哈部长级会议宣言所确定的谈判议程。多哈宣言预计的既定完成日期为2005年1月1日，但是迄今仍未结束。
《WTO协定》第3条第3款规定：WTO应对本协定附录二有关《争端解决规则和程序的谅解协定》进行管理。应当指出的是，《争端解决规则和程序的谅解协定》的签订及其WTO争端解决职能的确立，建立了一个比较合理的多边贸易争端解决制度，对多边贸易体制的深入发展起着提供安全保障和行为预测的重要作用。这是因为，WTO扭转了原来GATT解决机制的软弱和分散状态，建立了争端解决的统一运作和管理机制。长期以来，除了GATT1947第22条和第23条的争端解决程序外，反倾销协定、补贴和反补贴措施协定等东京回合制定的各项守则也都规定了各自独立的争端解决程序，并相应设置了争端解决机构。WTO的争端解决机制不仅统一适用于货物贸易领域，同时也统一适用于服务贸易、知识产权等货物以外的新领域。
为更好行使争端解决职能，WTO还设立了争端解决机构（DSB），专门执行WTO规定的争端解决规则和程序。该机构有权设立专家组，采纳专家组和上诉机构的报告，监督报告的执行，授权批准胜诉方对败诉方的中止减让义务和其他义务的履行，并应及时向WTO有关理事会和委员会报告有关争议的任何进展。可以认为，争端解决职能是多边贸易体制法律框架最重要的职能之一。
《WTO协定》第3条第4款规定：根据本协定附录三的规定，WTO应当对贸易政策评审机制（Trade Policy Review Mechanism，TPRM）进行管理。建立贸易政策评审机制的目的是：提高各成员方贸易政策和惯例的透明度，监督和改善各方履行WTO有关协定的规定、纪律及其承诺的条件，要求各成员方更严格地执行各协定的规定和纪律。该评审机制使对各个成员方贸易政策和惯例的全部领域及其对多边贸易体制的影响进行系统的、集体的评审和估价成为可能。这也是乌拉圭回合的重要成果之一。WTO设立贸易政策评审机构负责贸易政策评审，所有成员方的贸易政策和惯例均须接受定期的审议。
《WTO协定》第3条第5款规定：为了在全球性的经济决策方面进行较大程度的协调，WTO应与国际货币基金组织、国际复兴开发银行（世界银行）及其附属机构进行适当的合作。此外，《WTO协定》第5条还规定：总理事会有权作出适当的安排，与其他政府间或非政府间组织谋求协商与合作。加强WTO的协调合作职能，目的是使这些国际经济组织在全球性的经济决策方面更加协调，避免法律文件和决策发生不必要的冲突，从而使世界经济贸易更加协调发展。
世界贸易组织的各项职能都是由其各类组织机构实施的，这些组织机构的设置和运作，对于促进WTO宗旨的实现，充分、有效履行WTO的职能具有十分重要的意义。WTO的机构主要有部长级会议、总理事会、委员会、秘书处与总干事等。
部长级会议是WTO的决策机构。根据《WTO协定》第4条第1款的规定，部长级会议应当包括所有成员方的代表，每两年召开一次会议。部长级会议应当履行WTO的职能，并采取必要的措施以促使其宗旨的实现。同时，部长级会议有权对各多边贸易协定的事项作出决定。应成员方的请求，部长级会议应根据《WTO协定》和有关的多边贸易协定对它们的特殊需要作出决策。
WTO对部长级会议的设置，可以说是参考、借鉴了GATT历届多边贸易谈判的经验。GATT本身对各缔约方参加GATT大会的代表级别并没有规定。但是，在一个国际组织的实践中，会议代表的级别高低和权限大小都会直接影响到会议的顺利进行和最终成果。WTO较好地总结、借鉴了GATT的经验，设立了部长级会议这一机构。这样，GATT必须通过发起多边贸易谈判才能解决的问题，在WTO中往往通过部长级会议就可以解决了。WTO的部长级会议的性质、组成、议事和职权基本上与GATT的缔约方全体相似。但是，部长级会议作为WTO的最高决策机构，其职权要比GATT的缔约方全体的职权广泛得多。这是因为，它除了继承缔约方全体的传统职权外，还对一系列新领域的多边贸易协定所规定的事项有最高决策权。部长级会议还可通过谈判创立、修改WTO属下的各项法律规则。
根据《WTO协定》第4条第2款的规定，WTO应当设立一个包括所有成员方代表的总理事会，并应当在适当时候召开会议。在部长级会议休会期间，总理事会应当执行部长级会议的各项职能。总理事会还应当执行《WTO协定》交付的各项职能，制订自己的程序规则，并按规定审批各委员会的程序规则。
为充分、有效履行《WTO协定》赋予的职能，总理事会下设货物贸易理事会、与贸易有关的知识产权理事会和服务贸易理事会。在总理事会的领导下，货物贸易理事会（Council for Trade in Goods）具体负责监督《WTO协定》附件一中各多边货物贸易协定的执行情况，服务贸易理事会（Council for Trade in Services）具体负责《服务贸易总协定》的执行情况，与贸易有关的知识产权理事会（Council for Trade-Related Intellectual Popery Rights）具体负责监督《与贸易有关的知识产权协定》的执行情况。货物贸易理事会设各分委员会，包括市场准入委员会、保障措施委员会、反倾销委员会、海关估价委员会、原产地规则委员会、进口许可证委员会、与贸易有关的投资措施委员会、卫生与动植物检疫措施委员会、农产品委员会、补贴与反补贴措施委员会、技术贸易壁垒委员会、信息技术产品委员会等。
具体而言，总理事会在部长级会议休会期间，除执行部长级会议的各项职能外，还应当执行《WTO协定》规定的下列各项职能：
（1）指导货物贸易理事会、服务贸易理事会、与贸易有关的知识产权理事会的工作，批准各理事会相应的程序规则。
（2）定期或不定期听取贸易与发展委员会，国际收支限制委员会，以及预算、财务和行政委员会的汇报，促使各委员会更好履行《WTO协定》和多边贸易协定赋予的各种职能。
（3）履行争端解决机构的职能。在通常情况下，总理事会在履行争端解决职能时，即视为争端解决机构。争端解决机构可以有自己的主席，并建立必要的程序规则以履行自己的义务。
（4）履行贸易政策评审机构的职能。贸易政策评审机构也可以有自己的主席，并建立必要的程序规定以履行自己的义务。
部长级会议设立贸易与发展委员会（Committees on Trade and Development），国际收支限制委员会（Committees on Balance-of-Payments Restrictions），以及预算、财务和行政委员会（Committees on Budget，Finance and Administration）。它们应当负责履行《WTO协定》和多边贸易协定赋予的各种职能。例如，贸易与发展委员会应当定期评审有关给予最不发达国家成员方优惠待遇的执行情况，并向总理事会提出报告，以便采取适当行动。委员会的委员应当从所有成员方的代表中产生。在必要情况下，WTO可以为了履行某些职能而设立其他委员会。
秘书处的职能是为WTO的各种机构提供秘书性服务。秘书处为WTO的各种会议进行会务安排；应理事会和各委员会要求，准备背景资料；出版秘书处各种文件；等等。除此之外，秘书处的经济学家对国际贸易和世界经济增长以及贸易政策进行分析；法律专家主要是起草文件，协助组织会议、谈判，向代表团提供法律咨询，并协助WTO争端解决机构解决贸易争端。秘书处设在瑞士日内瓦。与秘书处承担的庞大事务性工作相比，其工作人员非常精干，只有500人左右。相比之下，国际货币基金组织（IMF）秘书处有两千多人，世界银行秘书机构则有高达六千多人，即便比WTO成员与规模小得多的OECD秘书处也有三千多人。
尽管秘书处不是WTO决策机构，但是其技术能力、对各种贸易问题的熟悉使其具有实质性的影响。一般而言，如果各委员会、工作组或成员方代表团的主席缺乏相应的资力，那么秘书处对这些委员会、工作组或成员方代表团的影响加大。
总干事是WTO秘书处的首脑，其人选由部长级会议任命。总干事的权力、职责、服务条件和任期均由部长级会议以立法形式确立。总干事应当是每一轮多边贸易谈判的当然主席。WTO首任总干事是意大利前外贸部长雷纳托·鲁杰罗。1999年初，对于雷纳托·鲁杰罗任期届满后的继任者问题，发展中国家成员方和OECD成员国不能达成一致。最后，各方不得不达成妥协，将WTO第二任总干事任期一分为二，前半个任期即从1999年9月至2002年9月由新西兰前总理迈克·默尔（Mike Moore）担任总干事，后半个任期即从2002年9月至2005年9月由泰国副总理素帕猜·巴尼巴滴（Supachai Panitchpakdi）担任总干事。素帕猜是第一个来自发展中国家成员方的总干事。
现任WTO总干事为帕斯卡尔·拉米（Pascal Lamy），他是WTO第四任和第五任总干事。