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自庄、刘、宋、魏等人竖起今文的旗帜，今文运动遂成了晚清学术界的主流。庄、刘之后，治公羊的有陈立，著《公羊义疏》七十卷，又著《白虎通疏证》十二卷，最为精博。专治《榖梁传》的有钟文蒸的《榖梁补注》，柳兴恩的《榖梁大义述》。辑三家《诗》的有陈乔枞的《三家诗遗说考》，分析家法，较魏氏为精。治今文《尚书》的有皮锡瑞，著有《今文尚书考证》三十卷，又有《尚书大传疏》一卷，考证精详，是晚清今文家最重要的著作。
以上诸家，虽专门研究今文经说，但所用的方法仍是乾嘉诸老训诂考据的方法，渐由龚、魏的粗疏，而走上精密的途径。和他们方法不同，舍训诂考证，专讲微言大义的是廖、康、梁、崔等人，在今文家中别成一派。廖平治今文由《礼》制入手，不像陈立、皮锡瑞等人但事考据。他注意今古文的系统，以为今古之分以《礼》制为主。《王制》为今学之宗，以《周礼》为古学之宗，使今古之分，畔若鸿沟，著《今古学书目表》，将《周礼》、《左传》、《仪礼经》、《逸周书》、《国语》、《说文》尽归之于古文。于是今古文之争，益为扩大。到了康有为更采其说而恢宏扩大之。康据《史记》、《河间献王传》、《鲁恭王传》不得载古文经之事，遂以古文经皆是刘歆所伪造以媚王莽者，不但认为古文经是刘歆所伪造的，甚至认为经籍中《易经》的《序卦》、《杂卦》、《费氏易》、《古文尚书》、《周官经》、《司马法》、《乐记》、《春秋古经》、《左氏传》、《榖梁传》、《左氏微》、《铎氏微》、《古文论语》、《孝经》、《尔雅》、《西京杂记》、《逸礼》、《小尔雅》，八体六技的古文，《苍颉篇》，整部的《汉书》，大部的《史记》，以至后世发现的殷、周彝器，皆为刘歆所伪造。不知刘歆以有限的时间精力，那能制作这一大堆古书？果然如此，应该是古今中外第一个大学者。康有为之所以如此主张，因为他要讲《公羊》，他所以讲《公羊》因为他要主张变法。他作了一部《新学伪经考》，认为古文经典全是假的；又著了一部《孔子托古改革考》，又证明今文的经典中的事实也完全靠不住，因为孔子要改制，不得不造出这一大片谎话。所以这书的第一篇便是《上古茫昧无稽考》，他直否认孔子以前的历史！依他的说法，中国历史至少须缩短两千年。
康、梁后又有崔适，尝著《史记探源》，以为《史记》凡与古文有关的全是刘歆窜乱的，将《史记》“探”去了三分之一。又著《春秋复始》，凡与《公羊》不合的，全行改易，又几乎改了一少半！
所以晚清的今文运动，实际有两派，一派如陈立、皮锡瑞，实事求是，抉微阐幽，虽不免囿于家法的偏见，但恢复西汉的绝学，对学术上颇有贡献。一派是康、梁、廖、崔等人，乃是一种政治运动，而以今文为政治工作，以摧毁守旧派的反对。现在康、梁所倡导的政治运动已经过去，他们的书也渐没有人过问。最近西洋汉学家专以驳廖、康的学说，表示他们的方法的细密，不知这一派的学说，在中国早已经过去了。
今古文之争到现在虽已过去，但是对于后来史学思想却有莫大的影响。其影响可以从三方面来说：第一，今文家指出了古史的神秘性。本来今古文最大的分别乃是今文家说是神秘的，古文家说是历史的。古文家因为不信今文家的神话，以为怪妄虚诞，而将这神话皆改为历史的事实。但是最初的历史本是神话式的传说，这本是历史的通则。这等神话今文说保存了不少，譬如《诗经·大雅·生民篇》说姜嫄因“履帝武敏歆”，而生后稷。今文家说：帝是上帝，姜嫄祀郊禖之时，见地上有大人的足迹（武敏），姜嫄戏践之，心受歆动，遂生后稷。这本是图腾社会很普通的一种感生神话，事情自然不可能，但是此种信仰却极普遍。古文家因不信神话，遂将帝改为高辛，谓姜嫄从高辛祭礼而生后稷，以后稷有父，非感天而生，遂将原始的神秘性完全排除，认为姜嫄生后稷，和普通人并没有不同。此种解释虽较合理，但是将原始神秘性的神话却抹杀了。后儒愈解释而愈使之合理化，但是愈失了原来的面目，于是将大批的原始神话认作真正的史实。近来今文家搜辑西汉今文家的说法，我们才渐渐知道许多古史上的事实原来本是些神话。近年来的疑古运动即是受今文说的影响。
第二，今文家指出了周、秦诸子托古改革的事实。古文家以为六经皆是史实，今文家却相信六经皆是政治哲学，经书的事情仅是哲学的实例。即便是《春秋》中的事情，依今文家看来，只是些寓言事例而已，并不一定实有其事。这种态度，虽然似乎太过，但是指出了一个重要的事实，即是战国时期，诸子托古改制的风气。崔述在他的《考信录提要》中已经指出周秦诸子托古改制的事实，但是他虽知道诸子书中所说的古代制度不可信，而却以为儒家所述的古制可信。到了晚清今文家才大胆的指出即儒家所说三代的质文礼制，也仅是一种理想而已，未必是真正的历史的制度，而康有为的《孔子托古改制考》，尤为有系统的名著。这书出版以后，对于古史的研究，自然也有很大的影响。
第三，今文家引起了现代辨伪的风气。今文家因为不相信古文家的经典和经说，所以他们认为古文家特有的经典（如《周礼》，《左传》等）和经说（如费氏《易》，孔氏《尚书》，《诗毛传》等）都是伪书。到了康有为作《新学伪经考》，直指凡与古文学说有关的皆是伪书，都是刘歆所伪撰。他这种说法，固未必可信，但自今文家提出了一大串伪书，于是乎大家对于许多古书的信念发生了动摇。这正如当时的西方学者怀疑《圣经》，怀疑荷马的史诗，提倡批评史料，具有同样的重要性。我们现在将审查史料的真伪作为研究历史的初步，这种风气一方面固然受了西洋史学方法的影响，一方面也是受了今文家的启示。
所以今文家的主张虽然多半偏激武断，今古文之争，早已成为陈迹，但对于现代史学界的发展颇有重大的影响。“五四”以后的“古史辨”运动，实在是直接受了今文运动的刺激，关于这点，我们放在下面讨论。