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清初学风大抵较晚明王学末流，“束书不观，游谈无根”之弊，竭力实事求是，易主观为客观，改空谈为征实，处处要求证据，不尚空谈。开创这种风气的几位先导大师，若顾炎武、颜习斋、黄梨洲、阎若璩几位先生，除黄氏外，都不是史家，多半是要学以致用的，不过这种精神最适于史学的发展。而他们所用的方法，如顾炎武的《日知录》是以考据的方法来表现他的政治经济思想的。黄梨洲治理学，不仿宋明人作语录，而辑《明儒学案》，俱是用的历史方法。黄梨洲更留心明代史实尝辑《明史案》二百四十二卷，又辑《明文海》四百八十二卷，将明代史料，网罗略备。弟子万斯同承其学，参与纂修《明史》之役，对于《明史》贡献极大，结果《明史》比明初人修的《元史》，元人修的《宋史》都好，在正史中，算是一部很好的书。
不过最能代表清代史学特点的还不是官修的《明史》。当清廷正准备着大开史馆，纂修明史的时候，邹平人马骕，网罗三代所有的史料，以及后世较古的记述，辑成《绎史》一百六十卷，起自开辟，迄于秦亡，这是古今对于上古史最伟大的著作。这书的特点尚不在其取材浩博，搜讨详备，而在其编制体裁的特殊。他这部大书，是将古史分成一百多个题目，依次纂述。大体说来，可以说是纪事本末体。不过这书的前边有三十七篇世系表，又有《年表》一卷，后边又有《天官书》等书志专叙制度，仿佛《史记》的八书，《汉书》的十志，其中对于名物制度还有图，又有地图，末附古今人表，表列书中的人物，则又采取了纪传史的特点来补苴纪事本末的不足。至于书中有图，更是前史所无，可见他的特识。后来章学诚所提倡改革纪传史的办法，他多早已实行了。至于这书叙次的方法，尤和以前的史家不同，在正文里面，他不用自己的话，而将以前的史料，直录原文，加以编排，每段史料，皆注明出处。而且他对于史料的斟酌去取，也煞费苦心。他在序里说：
经传子史，文献攸存者，靡不毕载。传疑而文极高古者亦复弗遗。真赝错杂者，取其强半。附记全伪者，仅存要略而已。汉、魏以还，称述古事，兼为采缀，以观异同。若乃全书阙轶，其名仅见，纬谶诸号，尤为繁多，则取笺注之言，类萃之帙，虽非全璧，聊窥一斑。又百家所记，或事同文异，或文同人异，互见叠出，不敢偏废，所疑则传疑，广异闻也。
可见他对于史料的真伪，时代的先后，很下过一番甄别的工夫。虽然现在看来，他所收取的仍未免失之于滥，但是因为他每条都注明出处，不夹杂自己的话，所以读者自己去加以区别并无困难。和宋人苏轼的《古史》，罗泌的《路史》比起来，这部书是何等谨严！何等客观！这种注重客观的矜慎态度，便是清代史学的特点。
马骕这部书出来之后，很受到当时人的重视，对于以后的史学有很大的影响。到了乾嘉时期，清代的学术已到极盛时代。当时正统的学问是经学，而他们治经的方法，是一反宋明人的主观武断的方法，而以小学考据学为工具，来研究古书的意义。有几位大师，治经之余又贾其余勇，拿同样的方法来治史。他们把正史看做经，来研究他们的版本，校正他们的文字，阐明他们的训诂，考证里边的天算历法，地理沿革，职官制度等问题。改变宋明人注重褒贬论断的方法，而注重客观的了解。当时最负盛名的著作是钱大昕的《二十二史考异》。钱氏是当时第一流的经学家小学家，他对于治史也用同样方法。他的序中说：
廿二家之书，文字繁多，义例纷纠。舆地则今昔异名，侨置殊所，职官则沿革迭代，冗要逐时，欲其条理贯串，了如指掌，良非易事……世更有空疏措大，辄以褒贬自任，强作聪明，妄生疻痏，不卟年代，不揆时势，强人以所难行，责人以所难受，陈义甚高，居心过刻，予以不效也。
这是乾嘉时期第一位史学大师整理旧史的方法。他不满前人笔记书中指摘正史中偶尔的伪误，他更反对宋明人空疏的史论，无谓的褒贬，如《读史管见》、《通鉴纲目》一类的书。他所注意的是文字训诂，全书义例，舆地沿革，职官制度，以及天算历法。钱氏是一位极精细缜密的学者，又深通小学地理算法，经过他一番整理，正史中的疑文晦义，解决了不少。这实在为治史的创了一个方法。
当钱大昕用新方法整理正史的时候，他的内兄王鸣盛也用同样方法整理正史。王鸣盛是当时的经学大师，他的《尚书后案》是当时极负盛名的一部巨著，而他的《十七史商榷》也和《二十二史考异》齐名，清人论史学，往往以钱王并称。他治史的态度和钱氏相同，也是注重了解，而陋视无聊的褒贬和空疏的议论。他自序中也说：
大抵史家所说典制，有得有失，读者不必横生意见，驰骋议论，以明法戒也。但当考其典制之实，俾数百千年建置沿革，了如指掌，而或宜法，或宜戒，待人之自择焉可矣。其事迹则有美有恶，亦不必强立文法，擅加与夺，以为褒贬也，但当考其事迹之实，俾年经事纬，部居州次，见闻之离合，一一条析，而若者可褒，若者可贬，听之天下之公论焉可矣。书生胸臆，每患迂愚，即使考之已详，而议论褒贬，犹恐未当，况且未确者哉。
可见他对于议论褒贬的厌恶，与钱氏相同。他以为事实弄清楚以后，是非自然明显，无须作者发论，如事实尚未弄清楚而大发议论，那议论也要不得。这种治史的精神，和清人治经的精神，完全相同。王氏是先治经后治史的，他用以治史的方法，也就是治经的方法。他于序中又述说自己治经史的经历道：
予束发好谈史学，将壮，辍史而治经，经既竣，乃重理史业，摩研排缵，二纪余年，始悟读史之法，与读经小异而大同。何以言之？经以明道，而求道者不必空执义理以求之也。但当是正文字，辨音读，释训诂，通传注，则义理自见而道在其中矣……读史者不必议论求法戒，而但当考其典制之实，不必以褒贬为与夺，而但当考其事迹之实，亦犹是也。故曰同也。若夫异者则有矣，治经断不敢驳经，而史则虽子长、孟坚，苟有所失，无妨箴而砭之，此其异也。……要之，二者虽有小异而总归于务求切实之意则一也。（钱氏也曾说：“经史岂有二学哉？”见《二十二史考异》序）
由这一段引文看，更可证明清儒如钱、王者流，治史和治经，是用同一个方法，都是避虚而求实，抱着实事求是的精神去整理它。至于他所说的小异，不过仍宥于传统的成见，以为经是圣人制作的，哪敢驳正？至于他们所用以整理二者的方法，是并无不同的。
自钱、王二氏创了这种整理史学的新方法，以后用这方法整理正史的人很多。如张熷的《读史举正》（八卷），洪颐煊的《诸史考异》（十八卷）等书都是这类的书。但是以一个人的精力要用考证的方法去整理全部的正史，自然不是一件容易的事体。像钱、王二氏，皆是早岁通籍，中年即引退不仕，以天赋的聪明，雄厚的根基，用毕生的精力去整理史籍，又兼秉赋过人，克享大年，才有这样的成绩，这岂是普通人所能作到的？但是就钱、王的书而论，每部史书经他们举正的也不过数十条而已，疑文晦义，所余尚多。于是又有人用这方法专治一史的。最著名的如惠栋的《后汉书补》（二十四卷），梁玉绳的《史记志疑》（三十六卷），钱坫的《史记补注》（一百六十卷未刊），赵一清的《三国志补注》（六十五卷），施国祁的《金史详校》，汪辉祖的《元史本证》都是这类的书。他们范围虽然较小，而成绩则比钱、王的书细密得多了。更有专治某部史书中的某一部的，最著名的有梁玉绳的《古今人表考》（九卷），专考《汉书》中这一卷所列的人物，全祖望的《汉书地理志稽疑》（十六卷）。这种工作，清儒做得很多，经过他们这番整理工作，正史中的几部书才渐渐可以读了。到了清季王先谦才出主意，模仿清人新的经疏体例，将清儒对于两《汉书》所作的工作，网罗在一起，加以整理，修成《汉书补注》一百卷，《后汉书集解》一百二十卷，集清人研究二书的大成，其价值犹如清人的各经新疏。近来日人泷川龟太郎的《史记会注》，体例模仿王氏，也是很有用的一部书。
除了注释以外，清人研究正史第二种方法是补。这种与治经的方法不同了。经是不能补的（但前人也有补经的，如晋束皙补过《诗》，明人好补《周官》，都为后人所讥），史则可以补。司马迁、班固所创的纪传体例，其中有纪，有传，有志，有表，但是以后的正史中，纪传是都有的（《三国志·魏志》原亦有纪，今本无纪，系后人所改），但是表和志，却不是每部都有，譬如《后汉书》即无表（其志亦系刘昭用司马彪《续汉书》补入的），《三国志》表志全无，而且有志的也未必全，如《续汉书》（即刘昭所补《后汉书》者）、《晋书》无艺文志，于研究的人很是不便。于是又有人出来为正史补表补志，有补全史的，如万斯同的《历代史表》（五十九卷），他鉴于自《后汉书》至《五代史》，除了《新唐书》处皆无表，本《史》汉之前例，各为之补撰；有专补一史的，最著名的如钱大昭（大昕弟）的《后汉书补表》（八卷）；志的方面如《续汉书缺艺文志》，便有几家替他来补（钱大昭补《续书艺文志》二卷，侯康补《后汉书艺文志》四卷）。这种工作，清人做得更多。最近开明书店将清人和近人这类工作辑印为《二十五史补编》，是一部极有用的书。
补编之外，清人整理正史第三种方法是改编，不过这种工作清人做得并不甚多，成绩也较少。正史中，前四史清人奉之如经，自然谈不到改作。清人最不满意的是宋元二史。《宋史》成于元初人之手，时值异族入主，文物荡然，而是书又卷帙浩繁，成书仓促，所以书中重复矛盾，脱落疏漏，不一而足。清人好纠弹其失，若邵晋涵、章学诚辈皆发愤重修，然皆无成书。至于《元史》，则又以文字隔膜，所涉繁杂，而成书仓促，所以较《宋史》尤劣，清诸儒如钱大昕、汪辉祖等人皆于是书用功甚深，不过尚只是就本书细斟，至于运用新材料去整理，那是近百年的事，后边再细说。此外周济将《晋书》改编为《晋略》（六十卷），较原书为明析易读，是改编正史较为成功的一部书。
清人整理正史，大约出不了以上所举注释、补作、改编三种方法。但是赵翼的《二十二史札记》则又创出将正史分成若干小题来研究的方法。赵氏是钱、王同时的人，书前边有大昕的序，但他所用的方法却能于钱、王之外，独创一格。赵氏不是小学家，他不长于文字训诂，但是他读书很细心，他用比较的方法，对于史事有许多发明。他自序中说：
是以此编多就正史纪传表志中，参互斟校，其有牴牾处自见。
正史是以人物为主的，所以同一件事，往往散在数处。他用心将他们聚在一起，往往发现其中的牴牾矛盾之处，而可以改正某处的错误。这是“用本书证本书”的方法。此外更利用两部书相同的部分，如《史》、《汉》、《后汉书》与《三国志》，南北朝八书与《南北史》，新旧《唐书》，互相参证，更可发现某一部不实的地方。利用这方法，赵氏对于正史中的问题颇有些重要的发现。
钱、王、赵三氏不但是同时的人，并且是很熟的朋友，在学问上自然互相影响。他们都是当时正统派的学者，但是清代最伟大的史学家，却是一位在当时不甚知名的人。崔述因为生在穷僻的大名，未得与当时的名流学者来往，所以声名不出乡里。但是他对史学的贡献，却远在钱、王之上。他毕生的工作是整理古史，他研究的对象和马骕一样，用的材料也和马氏差不多，但是他的成绩比马氏更伟大些，这是由于他采用了细密的方法和怀疑的态度。由他看来，“大抵战国秦汉之书，皆难征信，而其所记上古之事，尤多荒谬”（《考信录提要》卷上），于是他便把马骕所采取的材料，剔去了大半。至于秦汉以后的谶纬伪书，他更不信了。他所信据的只是经书，经书中未有的，他不敢信，与经书牴牾的，他加以辨正。他用司马迁“考信于六艺”的典故称他的书为《考信录》，他对于经书的看法，也与乾嘉时汉学家不同，汉学家是尊崇汉儒的家法的，崔述却不受他们的束缚。他说：“彼汉人之说经，有确据者几何？但亦自以其意度之耳。”（《考信录提要》卷上）他这见解真高出当时笃信汉儒的经学家之上。他不但不信汉唐人的注疏，他对于经书本身的估价，也和当时一般的经学家不同。他未看过阎若璩的《古文尚书疏证》，但已经发现了二十五篇伪古文。此外他不信《周礼》、《仪礼》、《尔雅》是周公的书，他不信《礼记》是“圣人之经”，他不信《孝经》是孔子的书，他甚至认为《论语》的后五篇，也靠不住，所以剩下他认为可信的也没有几部了。这是对于古代史料第一次的彻底批判，这是对于传说神话第一次的大扫除。他的《考信录提要》，详述古史传说的造成和旧史料多半不可信的原因，是清代第一部讲史学方法的书，直到现在凡治古史的人都应当细读。
和崔述同时又有一位史学家章学诚，他治学的方法也和当时正统派的学者们不同，他在当时的名望比崔述大。章氏不为当时的训诂章句之学，而专讲史学，他治史学的方法又不从考据入手，而专讲史学的体例。他要改造纪传体，要从“局馆纂修”恢复迁、固的独断别裁，所作《文史通义》一书，议论振奇，锐利无前。但是他因厌薄考据，不免专讲体例，而不讲事实，史学而不重事实，独断别裁，从那里表现呢？他因不愿用考据，所以一部史书也没有作出，他所修的方志，也往往论体例的话多过事实，并且有的时候不免因牵就体例而往上凑材料，殊难令人满意。并且他的议论，初看惊人，实甚肤浅，除方志外，也并没有什么影响。与崔述的潜沉笃实，真是迥乎不同了。