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企业纳税筹划战略是企业的职能性战略，是企业整体战略的一个重要组成部分，它伴随着企业整体战略运行发挥作用。从运行程序看，企业纳税筹划战略作为整体战略的一个子系统，与整体战略运行程序既有相同的一般性内容，也有因特定职能要求而具有的特殊性特征。
企业整体战略运行程序由一系列时间上、逻辑上相互关联的环节组成，企业战略管理就是用科学方法组织和指导每个环节的工作，使之相互协调、共同协作，达成企业运行的最终目标。企业战略管理的运行程序是管理者有效推行战略管理的手段，科学的管理程序既可使管理者有效地获得影响企业战略管理的相关信息，把握关键因素，确定合理的战略目标；又可使管理者在企业战略的实施中根据内外部环境的变化及时修正原有方案，使企业运行不断逼近最佳目标。近年来，对于企业整体战略运行程序，国内外专家学者提出了多种模式，但总体来讲是大同小异的，一般包括以下几个步骤：
（1）战略分析阶段。这是确定适当战略的基础。这一阶段所需做的具体工作包括：确定战略任务和战略目标；收集相关资料和信息；研究战略环境；分析企业内部条件。这一阶段是在充分分析外部环境中可能存在的机会与风险以及企业内部优势与劣势的基础上，确定未来一定时期企业的运行目标、中心任务及各项任务的主次、轻重排序。
（2）战略选择阶段。这一阶段的主要任务是制订解决问题的各种方案，评价这些方案，最后选择出一个最佳方案。这一阶段实际上是将上一阶段的基础性工作转化为计划战略的阶段。方案的评价与选择须特别注意将企业自身优势与外部机会结合起来，充分考虑可能的机会，并对可能的风险设计有效的规避措施。
（3）战略实施阶段。这是将选定的战略方案投入实施的阶段，是最具实质性的阶段。在具体实施过程中，管理者要进行有效控制，制定组织管理体制与制度，合理配置企业各类资源，协调各环节的运行，并不断根据内外部情况变化对原方案进行微调。
（4）战略评价阶段。根据战略实施的不同阶段，对实际运行状况进行评价。主要是通过各种信息反馈，检验战略是否正确，并采取必要的步骤，保证正常运行。这种评价与反馈过程是必需的，在变幻莫测的内外部环境中，只有通过经常性的、阶段性的评价与检验，才能及时发现战略制定与实施的问题与缺陷，及时进行矫正，以防偏离企业总体战略的目标。
企业战略性纳税筹划运行程序从根本上讲是融于企业整体战略运行程序之中的，但仍有其需独立解决的问题。
战略分析是企业战略管理的起点，从我们前面对企业纳税筹划概念及相关问题的阐述中可以看出，企业纳税筹划贯穿于企业经营的全过程。从战略管理的运行程序看，从一开始就应将纳税筹划的理念纳入对企业内外部因素的分析之中。根据企业战略分析阶段的主要工作，其中内含的纳税筹划理念和思路包括：第一，确定企业战略任务和战略目标时应对企业未来运行中的涉税问题做出充分考量。例如，所需缴纳的主要税种有哪几个；企业主要税种的负担率水平；企业经营规模扩大导致税负增加的幅度；能否通过调整企业经营范围或经营行为改变所适用主体税种达到减轻税负的目的；当发生某些特定事项（如重组、转行等）时可能增加的税收负担，等等。第二，国家税收政策、制度及执行中的具体规定是企业战略分析阶段所需收集信息的重要组成部分，企业需充分了解与把握。不仅需把握现行税收政策、制度的规定，而且需了解未来一定时期国家税收政策制度变化的趋势。第三，在战略环境与企业内部条件的分析中，都须将税收政策制度作为重要的外部条件，将本企业业务税种以及相关条款而产生的税收负担作为内部条件进行分析与考察。这些做法既是企业整体战略管理的起点，也是企业战略性纳税筹划的开始。
在战略选择阶段，企业所做的主要工作是方案的设计与选择。显然，所有方案的设计都须将未来方案运行中可能涉及的税收问题作为重要因素进行分析与比较。有时，甚至由于涉及的税种或税收政策条款不同，就会有不同的方案。例如，在方案设计时，企业选择哪一类业务作为企业的主营业务，不仅需要考虑市场的需求、企业自身的资源占有情况等因素，还必须考虑所需缴纳的流转税可能是不同的：如果企业以工业、商业的产品生产与销售为主营业务，就需缴纳增值税；但如果选择以提供各类劳务为主营业务，则需缴纳营业税。税种的不同使企业的实际税负产生很大差异。再如，企业在新设机构的战略选择时，是设立子公司还是设立分公司，不仅会影响总机构对分支机构的控制能力，还会由于两类不同分支机构的法律地位不同，其盈亏情况对企业整体所得税计算结果产生不同影响，从而，使企业整体所得税实际税负出现较大差别。这些都是在方案设计与选择中必须考虑的因素。可以看出，这些分析与考察既是企业整体战略选择阶段工作的重要内容，也是企业战略性纳税筹划的重要步骤。
从企业整体战略角度看，这一阶段是将选定的战略方案投入实施的阶段，是最具实质性的阶段。而从企业战略运行的前两个阶段的分析，又可以看到，战略性纳税筹划实际上已经融入企业整体战略运行的过程。那么，到了战略实施阶段，纳税筹划更是成为战略实施的不可或缺的部分。在这一阶段，纳税筹划可以体现为两个不同的方面：一方面，前期设计的整体纳税筹划方案要在这一阶段付诸实施，要有具体的管理、落实的措施，要使企业内部各相关部门按照筹划方案的要求行动，相互协调，相互配合。另一方面，在战略实施阶段还会遇到很多具体的涉税事项，其中很多涉税事项在前期是难以预料的。这就要求企业必须根据具体情况，按照纳税筹划的原则、思路及时做出安排。
在这一阶段，需特别注意的是：第一，企业战略性纳税筹划并不是在方案设计、选择完成后就可以结束的工作，纳税筹划的理念应贯穿于战略实施的全过程；或者说，企业战略实施的过程中始终应保持纳税筹划的理念与眼光，这种理念与眼光既能帮助企业实现战略规划的目标，又能帮助企业不断发现新的纳税筹划空间。第二，战略实施是一个跨越时间很长的阶段，在这个阶段中，国家税收制度政策、市场供求状况、企业内部各要素情况都可能发生变化，原定的纳税筹划方案可能不适应变化了的内外部条件，为此，企业对原方案需不断做出修正，以保证为企业带来更大的税收利益。
这一阶段是处理反馈信息、分析评价战略方案运行情况的阶段。分析评价的内容也应包括纳税筹划方案实施的效果。对纳税筹划方案的评价既要考察方案直接、间接的节税效应，又要考察纳税筹划方案对企业整体战略运行的协调、配合效果。应以企业整体战略目标为标准，评价纳税筹划整体方案与具体方案的优劣，为纳税筹划方案的进一步改善提供建议。