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正当长江流域的远古稻作遗址接二连三地被发现之时，黄淮地区开始打破沉默，不断爆出新的重要发现，似乎要为自己争得一席之地。
1994年，南京博物院等单位发掘了江苏高邮龙虬庄遗址。龙虬庄遗址是江淮东部地区的一支原始文化，风格独特，文化特征稳定，文化序列完整，可划分为连续发展的两个阶段：第一阶段距今7000—6300年；第6至第4文化层为第二阶段，距今6300—5500年。考古工作者在4个新石器时代的文化层中浮选出大量的炭化稻米，并发现了距今5500年的人工优化选育稻种的实证。第一次发掘时，在探方T3729第6层发现炭化稻米。接着在T3729的对角探方T3830进行发掘，对第8至第4层的5个新石器时代文化层逐层进行淘洗浮选，除第5层为居住面未发现稻米之外，第8层浮选出炭化稻米数10粒，第7、第6和第4层各浮选出炭化稻米1000余粒，颗粒大多完整。尤其宝贵的是，它们是在同一遗址同一探方的不同层位发现的，从时间上贯穿了虬庄遗址新石器时代的始终。
为了获取这些炭化稻米的变异形态所包含的遗传进化信息，鉴定其所属亚种类型，江苏农业科学院对第8、第7、第6、第4层中随机取样的炭化稻米，以及探方T3830、T3929第8至第4层的5个土壤样品作水稻植物蛋白石分析，结果是：T3929的第8层未见水稻植物蛋白石，第7、第6、第5、第4层均见大量的水稻植物蛋白石。每层测量了50个水稻植物蛋白石的参数并求出平均值，然后计算出籼粳类型判别值。根据临界判别值判别，每一层的水稻植物蛋白石均属β型，均为粳型稻。T3830第8、第7、第6、第4层的稻米形态是，稻壳保存完好的颖尖无芒，有的连有枝梗，颖尖无芒和落粒性降低均为人工栽培稻的特征。对粒长、粒宽、粒厚也作了测量，其分布范围和标准差以第4层为最大，第6、第7层居中，第8层最小；第4层的炭化稻米在1％水平上极显著地大于其他3层。第8、第7、第6、第4层的变异系数，明显地由第8向第4层逐层增大。最后计算了炭化稻米的粒型指数、粒大指数和粒重指数，并用现代江苏农家粳型稻品种5个作为对照，第4层籽粒的大小及重量已与现代农家品种相似，其他三层处于栽培稻的初级阶段，并开始向大粒化演变。
龙虬庄遗址发现的史前栽培稻具有重要价值，它将距今7000年前后我国稻作文化区的北缘划在北纬33°的淮河流域，证明江淮东部地区的栽培稻至少已有5500年的历史。更为重要的是，它反映了距今7000—5500年之间江淮东部的野生稻驯化为栽培稻的过程，即第8至第6层，栽培稻处于初级阶段；在第6至第4层之间，开始人工选育良种，第4层的炭化稻中，小粒野生稻演化为大粒栽培稻，无芒、非落粒性等栽培化性状已经明显出现，并达到与现代农家品种相似的水平。这对于研究水稻的原始种质向栽培种质的演变和进化、研究我国稻作农业的起源和发展都有重要意义。
黄河下游的山东地区也多次发现原始稻作遗迹。1981年，考古工作者在山东栖霞杨家圈龙山文化遗址的红烧土中发现十几个稻壳的印痕，稻粒已经炭化。经中国科学院遗传研究所和日本佐贺大学农学部鉴定，判定为普通栽培稻种，形态特征与现今的粳型稻相似。其后，山东日照县的尧王城遗址中也浮选出10余粒粳米。1995年，山东省文物考古研究所发掘了膝州的庄里西遗址，面积200余平方米，发现龙山文化时期的房址、灰坑和窖穴等，出土一批陶器、石器、骨器和蚌器，并在灰坑内发现了炭化稻米粒。考古工作者对13个含腐殖质较多的典型灰坑中的灰土进行水洗和浮选，在41号、52号、62号、77号和100号灰坑内共发现炭化稻米280余粒，其中仅77号灰坑中就有162粒，是迄今为止山东龙山文化遗存中发现炭化稻米数量最多的一例，灰坑的年代距今约4000年，属于龙山文化的中晚期阶段。炭化稻米呈扁椭圆形，质脆，呈黑色，标本大多完整无损，部分颗粒饱满，侧面出现2条纵棱，其旁有2～3道浅沟，在下部呈现凹入的胚区，颖果基端为椭圆形疤痕，米粒长宽之比在2左右。经中国科学院植物研究所鉴定，确认是人工栽培的粳稻的米粒。这证实龙山文化时期山东地区是人工栽培水稻的重要地区之一。
河南舞阳的贾湖遗址，是新石器时代中期的裴李岗文化遗址，其文化遗存分为3期，每期都有大量的稻谷遗存出土。据碳十四测年，遗址的年代为公元前6800—前5700年，与彭头山文化的年代相当。考古工作者在一些窖穴的底部发现深黑色的灰烬与泥土相混杂，其中有许多炭化的稻米，以及少量稻谷。在房屋残壁的涂层中也发现许多稻谷壳。有的陶片的断面上也可见稻壳碎屑。稻米的长宽之比，多为2:1。经扫描电镜观察，稻谷的表面形态和结构，与现代粳稻大体相同，少数与籼稻相近。此外，贾湖遗址还出土有粟，以及石磨盘、石磨棒等裴李岗文化的各种农具。种种迹象表明，贾湖稻作业已经不是初始阶段的水平。
舞阳贾湖出土炭化稻米
采自严文明著《农业发生与文明起源》