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音乐的起源可以追溯到远古洪荒时代，在人类刚刚走出丛林，还没有产生语言时，就已经知道利用声音的高低、强弱等来表达自己的意思和感情。随着人类劳动的发展，逐渐产生了统一劳动节奏的号子和相互间传递信息的呐喊呼叫，这便是最原始的声乐形式；当获取渔猎耒耜成果之时，往往敲打石器、木器以表达喜悦、欢乐之情，这便是最原始的乐器雏形。“伏羲氏教民佃渔，有网罟之歌；神农氏教民食谷，有丰收之咏”，形象地展现了音乐的起源。
中国是音乐治疗最早的发祥地，2200多年前的《吕氏春秋》（公元前239年前后）中就已经指出：“音乐之所由来远矣，生于度量，本于太一。太一出两仪，两仪出阴阳，阴阳变化，一上一下，和而成章。”这应该是我国历史上最早使用“音乐”一词的文献，不仅如此，《吕氏春秋》还精辟地指明了音乐的核心要素——“阴阳变化，一上一下，和而成章”，诸如节奏的“疾徐”、情绪的“哀乐”、风格的“刚柔”、音色的“清浊”，无不体现出“阴阳变化”的相辅相成、互根互用、消长起伏要素。
用音乐来养生养性，古已有之。“礼者，天下之中经；乐者，天下之中和；礼乐者，先王所以养人之神，正人气而归正性也”（王安石《临川先生文集·礼乐论》），古人把“乐”看得和“礼”同等重要。音乐能促进疾病的康复，能延年益寿，其医疗保健作用已被无数的事例所证实。
音乐治疗的历史可见于中医典籍《黄帝内经》（以下称《内经》）。该书记录了我国传统乐学理论，将古代五音和十二律与五行学说相互配属，通过五行学说将音律与五脏六腑、五志七情紧密联系在一起，《内经》王冰注：“角谓木音，调而直也；徵谓火音，和而美也；宫为土音，大而和也；商谓金音，轻而劲也；羽谓水音，沉而深也。”明代张景岳阐释《内经》时用“律吕相生卦气图”来显示律吕变化的规律，进而用于人体心身的养生康复和疾病治疗（《类经附翼》）。
唐宋以后，音乐已被用来养生保健和防治疾病，已较广泛地应用于临床。唐代诗人白居易有《好听琴》诗：“本性好丝桐，尘机闻即空，一声来耳里，万事离心中；清畅堪销疾，恬和好养蒙，尤宜听三乐，安慰白头翁。”此诗逼真地记述了诗人喜好音乐，并且以之来陶冶性情和预防疾病的事实。
金元明清时期，有一些医家善用音乐疗法治病，如金元时期名医张子和，明代名医张景岳、龚居中，清代名医吴师机等，但多是吉光片羽，难成体系。
中国古代认为音乐能对人体发生作用，是因为音乐能调节平衡机体的阴阳，“谨察阴阳之所在而调之，以平为期”。调和以致和谐，是音乐治疗的关键理念。《史记》：“音乐者，所以动荡血脉，通流精神，正如和心也。”即通过调和来平衡人体气机的升降有序、脏腑的运转正常。
音乐和药物不同，它无法通过对人的脏腑组织直接发挥作用，只能通过“声能”的传递、转换来间接对人体产生作用，因此，它的作用机制只能是“调和”。“龢”是“和”的古字，其义符“龠”，即是类似于笙的编管乐器；而“和”的义符“口”，更是以发音发声的协调来表达和谐的意义。《礼记》中“喜怒哀乐之未发，谓之中；发而皆中节，谓之和”，即是表述音乐对情志的调节作用。
中国传统音乐将“乐与人和”“天人合一”作为理想境界，这与中医强调阴阳平衡、五脏相因、情志相胜、三因制宜的诉求是一致的，理论的互通互用成为两者结合的内在契机，中医通常将音乐与诗词歌舞游戏等文体活动相结合，形成方式多样又切合个体化需求的综合疗法。